ปัญหาขาดทุนของโรงพยาบาลในส่วนของผู้ป่วยในนั้นเกิดจากการใช้กลุ่มวินิจฉัยโรคร่วม (Disease related group: DRG) ของ สำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ (สปสช.) ในการจ่ายเงินแบบเหมารวมตามกลุ่มโรค เช่น เป็นกลุ่มโรคหัวใจมาจ่ายเงินให้เท่านั้นเท่านี้ อาจจะมีปรับนิดหน่อยตามน้ำหนักสัมพัทธ์ (Relative weight : RW) ตามความหนักเบา ซับซ้อนของโรคและจำนวนวันนอน