การคุมคามของตะวันตกยุคล่าอาณานิคม ทำให้พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงเข้าพระทัยและเล็งเห็นว่า การแพทย์แผนไทยต้องสลายแน่ ถ้าไม่มีการบูรณาการ และไม่นำพาไปสู่ระบบสถาบันการศึกษา คำพยากรณ์ของพระองค์ท่านเกี่ยวกับการล่มสลายการแพทย์แผนไทย เมื่อ พ.ศ. 2433 ว่า “ขอเตือนว่าหมอฝรั่งนั้นดีจริง แต่ควรให้ยาไทยสูญหายหฤาหาไม่หมอไทยควรจะไม่ให้ต่อไปภายหน้า หฤาควรมีไว้บ้าง ถ้าว่าส่วนตัวฉันเองสมัครกินยาไทยและยังวางใจหฤาอุ่นในหมอไทยมาก ถ้าหมอไทยจะรักษาแบบฝรั่งหมด ดูจะเยือกเย็นไม่เห็นอื่น” และใน พ.ศ. 2450 พระองค์กล่าวว่า “ถ้าจะแต่งอนาคตวงศ์ของเมืองไทยแล้ว วิชาหมอจะสูญก่อนทั้งหมอนวด หมอยา…ถ้ารัฐบาลไม่อุดหนุนเรื่องหมอนี้แล้ว ใน 10 ปี คำที่เรียกว่าหมอไทยนี้ไม่เป็นอันขาด”
หลังจากที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ผู้ทรงอุปถัมภ์และเอาใจใส่ต่อการแพทย์แผนไทยเสด็จสวรรคตใน พ.ศ. 2453 ทำให้การแพทย์แผนไทยเข้าสู่ยุคมืดอย่างแท้จริง เริ่มแต่หมอยาไทยเองมักไม่ให้ความร่วมมือเกี่ยวกับกิจการด้านการเรียนการสอน ขาดความสามัคคี รังเกียจหมอสำนักอื่น มักปิดบังวิชาความรู้ และยึดมั่นเฉพาะในด้านตำหรับยาของตนเอง แต่ไม่ยอมเผยแพร่ นำมาสอนเพียงตำรายาหลวงเท่านั้น อีกทั้งยังขาดผู้อุปถัมภ์ค้ำจุน และผู้เรียนเองก็ขาดแรงจูงใจ เบื่อหน่าย มักเห็นเรื่องการแพทย์แผนไทยเป็นสิ่งล้าสมัย
สำหรับข้อด้อยของยาไทยในสมัยนั้นที่เห็นได้ชัด คือยาไทยส่วนใหญ่เป็นพันธุ์ไม้ทำให้ยุ่งยากในการกิน เพราะต้องผลิตขึ้นมากๆ กินเป็นหม้อๆ จึงจะหายจะพกพาไปไหนลำบาก การผลิตบางครั้งไม่มีความสะอาดทำให้ตัวยามีเชื้อโรค อีกทั้งการเจียดยาของหมอมักจะเป็นการกำหนดน้ำหนักโดยการคำนวณคร่าวๆ ไม่แน่นอน ในขณะที่ยาฝรั่งในสมัยนั้นเป็นโลหะธาตุ หรือบางชนิดอาจใช้สมุนไพรแต่สกัดมาเป็นเฉพาะหัวยา คัดกากออกไปหมดโดยกระบวนการทางวิทยาศาสตร์ ทำให้พกพาไปไหนสะดวก และปัญหาอีกบางประการที่แสดงให้เห็นถึงยาไทยไม่ได้รับการศึกษาและวิจัยอย่างมีระบบ ซึ่งถ้ายาไทยเข้าสู่ระบบสถาบันการศึกษาแล้ว ก็จะมีการพัฒนาไปเช่นเดียวกับยาฝรั่ง ตามแนวคิดของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว
สิ่งที่สำคัญที่สุดในการตกต่ำของการแพทย์แผนไทยอีกประการหนึ่ง คือการคุกคามของอิทธิพลตะวันตก ที่เข้ามามีบทบาทในโรงเรียนแพทย์และโรงพยาบาล ฝรั่งต่างชาติมีข้อเสนอต่างๆ ผ่านมูลนิธิรุกเข้ามาที่จะยื่นเงื่อนไขเสนอให้เงินช่วยเหลือทุกด้าน เพื่อพยายามที่จะลดบทบาททางการแพทย์แผนไทย
จากปัญหาหลายๆ ประการที่ประดังเข้ามา ทำให้ผู้บริหารในสมัยนั้นเห็นว่า การเรียนการสอนแพทย์แผนไทยร่วมกับการแพทย์แผนตะวันตกนั้น เสียเวลาเปล่าและเป็นเรื่องไร้สาระ ไม่เป็นไปในลักษณะวิทยาศาสตร์ ถ้านักศึกษาแพทย์สนใจก็ให้ไปศึกษาด้วยตัวเองที่บ้านก็ได้ จึงได้ประกาศยกเลิกการสอนวิชาการแพทย์แผนไทยในโรงเรียนแพทยาลัยอย่างสิ้นเชิงเมื่อ พ.ศ. 2458 และมีผลการตรวจโรค การจ่ายยาตามแนวการแพทย์แผนไทยในศิริราชพยาบาลก็ถูกยกเลิกไปอีกเช่นกัน
เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นเป็นการผลักดันจากที่ปรึกษาชาวตะวันตก ที่ต้องการขายยาและล้างสมองปัญญาชนไทย ทำให้รัฐบาลสยามที่เห่อฝรั่งขับการแพทย์แผนไทยออกนอกระบบ และไม่ได้รับการอุปถัมภ์จากรัฐบาลอีกต่อไป อีกทั้งพระราชบัญญัติการแพทย์ พระพุทธศักราช 2466 มีข้อความปิดประตูความงอกงามของการแพทย์แผนไทยเลยทีเดียว ดังข้อความที่ว่า “ห้ามมิให้ผู้ใดประกอบโรคศิลปะ หรือประกาศตนโดยวิธีใดว่าพร้อมที่จะประกอบวิชาชีพประเภทหนึ่งประเภทใด (คือหมอยาไทย) และห้ามมิให้ผู้ใดรักษาคนไข้ บาดเจ็บ ป่วยไข้ เพื่อแสดงผลประโยชน์ หรือสินค้าเพื่อบำเหน็จทดแทนหรือรางวัล...จนกว่าผู้นั้นจะได้ยื่นคำร้องขอทำการนั้นต่อสภาการแพทย์และได้ขึ้นทะเบียนและรับอนุญาตพระราชบัญญัติ”
ประกาศฉบับนี้ใช้ในมณฑลกรุงเทพฯ ก่อน และขยายตัวออกไปทั่วประเทศในเวลาต่อมา ทำให้หมอยาไทยต้องเลิกอาชีพเพราะถ้าทำผิดพระราชบัญญัติ โทษในสมัยเมื่อแปดสิบกว่าปีก่อนนั้น ปรับไม่เกิน 500 บาท และจำคุกไม่เกินหกเดือน หรือสถานเลยทีเดียว นับว่าหนักหนาสาหัสมากเหมือนกัน
ต่อมาใน พ.ศ. 2472 รัฐบาลได้ประกาศยกเลิกพระราชบัญญัติฉบับเก่า และตราพระราชบัญญัติขึ้นมาใหม่ เรียกว่า กฎเสนาบดี ได้จัดการแพทย์แผนไทยเป็นการรักษาแบบประเภทแผนโบราณ ซึ่งกล่าวว่ามิได้เป็นไปในทางวิทยาศาสตร์ คืองมงายไร้สาระ และใน พ.ศ. 2474 รัฐบาลประกาศเลิกผลิตยาไทยอย่างสิ้นเชิง จะเห็นว่าจะใช้ยาของหมอไทยผิดกฎหมายและยาไทยของรัฐบาลก็เลิกผลิต ทำให้ราษฎรเดือดร้อน ถึงมีการประชุมสภาการแพทย์ระบุว่าอย่าให้ราษฎรและแพทย์แผนโบราณที่ไม่มีประกาศนียบัตรได้รับความเดือดร้อน เพราะหมอยาไทยถูกตำรวจจับ จนต้องเลิกประกอบอาชีพเป็นหมอรักษาชาวบ้าน ยาไทยที่ออกมาเผยแพร่ในช่วงนี้จึงเรียกว่า ยาผีบอก คือรับยาจากหมอ ก็ห้ามบอกตำรวจว่าได้มาจากหมอคนใด สำนวนยาผีบอกจึงแพร่หลายมากขึ้น
ใน พ.ศ. 2484 รัฐบาลได้ออกกฎพระราชบัญญัติคอยคุมสถานพยาบาล อีกฉบับหนึ่งที่ข้อความว่า “พระราชบัญญัติสถานพยาบาลครอบคลุมถึงสถานที่ใช้หรือกำลังจะใช้เป็นที่รับคนเจ็บไว้พยาบาล รวมถึงสถานที่ทำการคลอดลูก” จะเห็นได้ว่า ในขณะนั้นนอกจากจะทำให้หมอยาไทยเกือบสูญพันธุ์แล้ว พระราชบัญญัติฉบับนี้ยังคุกคามไปถึงหมอตำแย ซึ่งเป็นผู้ทำคลอดให้แก่ชาวบ้าน อันหมายถึงการตัดรากถอนโคนการแพทย์แผนไทยเลยทีเดียว เรียกได้ว่าไม่เหลือซากไว้ให้เห็น ยกเว้นเพียงหมอนวด
ในการกระทำอันน่าสรรเสริญของรัฐบาลไทยในสายตาตะวันตก โดยเฉพาะมูลนิธิอันทรงอิทธิพล รัฐบาลชาวตะวันตกและมูลนิธิเหล่านั้นก็ตอบแทนในความดี โดยได้พัฒนาโรงพยาบาล และให้ทุนการศึกษาทางการแพทย์แก่นักศึกษาไทย เป็นการขอบคุณที่รัฐบาลสามารถสร้างความหายนะให้แก่หมอไทยยาไทยได้เกินความคาดหมาย โดยฝรั่งตาน้ำข้าวเจ้าความคิดมิได้ลงแรงอะไรเลย แต่ได้รับผลประโยชน์จากการขายยานั้นมหาศาล (ติดตามตอนจบในสัปดาห์หน้า)
