หนังสือ กรณีธรรมกาย ซึ่งเขียนโดย สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ ( ป.อ.ปยุตโต) เมื่อ พ.ศ. 2542 ครั้งที่ยังเป็น พระธรรมปิฎก กล่าวถึง วัดพระธรรมกาย ไว้ ว่า
ปัญหาเกี่ยวกับวัดพระธรรมกายที่กำลังได้รับการวิพากษ์วิจารณ์กันอยู่นี้มีหลายเรื่อง แยกได้หลายแง่หลายประเด็น เช่นเรื่องความประพฤติส่วนตัวของพระ เรื่องการดำเนินงานขององค์กร คือวัดและมูลนิธิ เกี่ยวกับการครอบครองกรรมสิทธิ์ในที่ดิน เป็นต้น ตลอดจนการดำเนินธุรกิจต่างๆ การแสวงหาเงินทอง โดยวิธีซึ่งเป็นที่สงสัยว่าจะไม่ถูกต้อง ในแง่กฎหมายบ้าง ในแง่พระวินัยบ้าง โดยเฉพาะการยกอิทธิฤทธิ์ปาฏิหาริย์ขึ้นมาเผยแพร่ในลักษณะที่เป็นการชักจูงให้คนบริจาคเงิน การใช้วิธีกึ่งเกณฑ์ให้เด็กนักเรียน นักศึกษา ตลอดจนข้าราชการ เป็นต้น จำนวนมากๆ มาร่วมกิจกรรม โดยมีเป้าหมายที่น่าสงสัยว่า จะมุ่งไปที่การให้บริจาคเงินหรือไม่ ตลอดจนในที่สุดก็คือ ปัญหาที่เกี่ยวกับพระธรรมวินัยโดยตรง โดยเฉพาะการแสดงหลักการของพระพุทธศาสนาเรื่องนิพพานเป็นอัตตา และเรื่องธรรมกาย
ปัญหาทั้งหมดนั้น ล้วนมีความสำคัญ และจะต้องแก้ไขด้วยวิธีที่เหมาะสมให้ถูกต้องแต่ละอย่าง แต่เมื่อ พิจารณาในแง่ของการดำรงรักษาพระศาสนา ปัญหาที่สำคัญที่สุดก็คือ ปัญหาเกี่ยวกับพระธรรมวินัย ซึ่งกระทบถึงหลักการของพระพุทธศาสนา
พูดให้เข้าใจง่ายว่า การทำพระธรรมวินัยให้วิปริต ซึ่งร้ายแรงยิ่งกว่าการประพฤติ วิปริตจากพระธรรมวินัย
สำนักวัดพระธรรมกาย เผยแพร่คำสอนคลาดเคลื่อนไปจากหลักพระพุทธศาสนาหลายประการ เช่น
1. สอนว่านิพพานเป็นอัตตา
2. สอนเรื่องธรรมกายอย่างเป็นภาพนิมิต และให้มีธรรมกาย ที่เป็นตัวตนเป็นอัตตาของพระพุทธเจ้ามากมายหลายพระองค์ ไปรวมกันอยู่ในอายตน-นิพพาน
3. สอนเรื่องอายตนนิพพาน ให้เข้าใจผิดต่อนิพพาน เหมือนเป็นดินแดนที่จะเข้าสมาธิไปเฝ้าพระพุทธเจ้า ได้ ถึงกับมีพิธีถวายข้าวพระ ที่จะนำข้าวบูชาไปถวายแด่พระพุทธเจ้าในอายตนนิพพานนั้น
คำสอนเหล่านี้ ทางสำนักสายวัดพระธรรมกายคิดขึ้นใหม่ เป็นของนอกธรรมนอกวินัยของพระพุทธเจ้า แต่แทนที่จะสอนไปตามตรงว่าเป็นลัทธิของครูอาจารย์ ทางวัดพระธรรมกายกลับพยายามนำเอาคำสอนใหม่ของ ตนเข้าใส่แทนที่หลักคำสอนเดิมที่แท้ของพระพุทธศาสนา
ยิ่งกว่านั้น เพื่อหาทางให้ลัทธิของตนเข้าแทนที่พระธรรมวินัยได้สำเร็จ สำนักวัดพระธรรมกายยังได้เผย แพร่เอกสาร ที่จ้วงจาบพระธรรมวินัย ชักจูงให้คนเข้าใจผิด สับสน หรือแม้แต่ลบหลู่พระไตรปิฎกบาลี ที่เป็นหลัก ของพระพุทธศาสนาเถรวาท เช่น
- ให้เข้าใจว่าพระไตรปิฎกบาลี บันทึกคำสอนไว้ตกหล่น หรือมีฐานะเป็นเพียงความคิดเห็นอย่างหนึ่ง เชื่อถือหรือใช้เป็นมาตรฐานไม่ได้
- ให้นำเอาพระไตรปิฎกฉบับอื่นๆ เช่น พระไตรปิฎกภาษาจีน และคำสอนอื่นๆ ภายนอกมาร่วมวินิจฉัยพระพุทธศาสนาเถรวาท
- ให้เข้าใจเขวไปว่าหลักการของพระพุทธศาสนาเป็นเรื่องอภิปรัชญา ขึ้นต่อการตีความ และความคิดเห็น ตลอดจนการถกเถียงทางวิชาการ
- อ้างนักวิชาการต่างประเทศ และการปฏิบัติของตน ดังว่าจะใช้วินิจฉัยหลักพระพุทธศาสนาได้
ฯลฯ
อีกทั้งสิ่งที่ยกมาอ้าง เช่น คัมภีร์ของมหายาน และทัศนะของนักวิชาการตะวันตก ก็ไม่ตรงตามความเป็นจริง หรือไม่ก็เลื่อนลอย
นอกจากนั้น ยังนำคำว่า "บุญ" มาใช้ในลักษณะที่ชักจูงประชาชนให้วนเวียนจมอยู่กับการบริจาคทรัพย์ เพื่อวัตถุประสงค์ต่างๆ ชนิดที่ส่งเสริมความยึดติดถือมั่นในตัวตนและในตัวบุคคล อันอาจกลายเป็นแนวโน้มที่บั่นรอนสังคมไทยในระยะยาว พร้อมทั้งทำพระธรรมวินัยให้ลางเลือนไปด้วย
พฤติการณ์ของสำนักวัดพระธรรมกายอย่างนี้ เป็นการจาบจ้วง ลบหลู่ ย่ำยีพระธรรมวินัย สร้างความสับสนไขว้เขวและความหลงผิดแก่ประชาชน