เรารู้กันว่า พระปฐมเจดีย์ ที่จังหวัดนครปฐม เป็นเจดีย์แห่งแรกของประเทศไทย มีอายุอยู่ราว ๑,๕๐๐ ปีมาแล้ว แต่ก็ไม่ใช่เจดีย์ที่เราเห็นกันในปัจจุบัน องค์ที่เห็นในตอนนี้กลับเป็นองค์ที่ ๓ และยังมีอีก ๒ องค์ซ้อนอยู่ข้างใน
พระปฐมเจดีย์องค์แรกนั้น นักโบราณคดีสันนิษฐานกันว่า สร้างขึ้นในสมัยที่นครปฐมยังเป็นเมืองศรีวิชัย ของอาณาจักรทวารวดี และมีอาณาเขตติดต่อกับทะเล เป็นเมืองท่าที่ติดต่อกับต่างประเทศ เช่น จีน อินเดีย ชวา เมื่อพระเจ้าอโศกมหาราชแห่งชมพูทวีปทรงส่งพระโสณะเถระ และพระอุตตระเถระ เป็นสมณทูตมาเผยแพร่พุทธศาสนาในสุวรรณภูมิ ศรีวิชัยก็ได้กลายเป็นเมืองสำคัญทางพุทธศาสนาในย่านนี้ และมีการสร้างพระเจดีย์ใหญ่ขึ้นเพื่อประกาศความยิ่งใหญ่ของพระพุทธศาสนา โดยบรรจุพระบรมสารีริกธาตุที่พระเจ้าอโศกขุดพบในอินเดีย และแจกจ่ายให้สมณทูตที่ไปเผยแพร่ศาสนาในเมืองต่างๆ นำไปด้วย
พระปฐมเจดีย์องค์แรกนี้ สร้างเป็นทรงบาตรคว่ำ ลักษณะคล้ายสถูปสาญจีในอินเดีย สูง ๑๘ วา ๒ ศอก ซึ่งนักโบราณคดีสันนิษฐานว่าสร้างราว พ.ศ. ๑๑๐๐ หรือหลังจากนั้นไม่นาน
ต่อมาพระปฐมเจดีย์องค์นี้ก็ผุพังไปตามกาลเวลา กลายเป็นเนินดินขนาดใหญ่ จนราว พ.ศ. ๑๘๐๐ กว่าๆ เจ้าศรีศรัทธารัตนมณีลังกาทวีป เจ้านายพระองค์หนึ่งในราชวงศ์พระร่วงแห่งกรุงสุโขทัย ซึ่งทรงเหนื่อยหน่ายในทางโลกออกผนวช และธุดงค์ไปในถิ่นต่างๆ จนผ่านอินเดียไปถึงลังกา บวชเรียนที่ลังกาอีกครั้งหนึ่งก่อนจะกลับมาเป็นสังฆราช อธิบดีสงฆ์ที่ยิ่งใหญ่ของกรุงสุโขทัยในรัชสมัยพญาเลอไท ซึ่งเจ้าศรีศรัทธาฯองค์นี้ธุดงค์ผ่านมาพบเนินดินที่เป็นพระปฐมเจดีย์องค์แรก จึงได้สร้างพระเจดีย์ขึ้นใหม่บนเนินนั้น เป็นเจดีย์ยอดปรางค์ สูง ๔๒ วา ๒ ศอก
พระปฐมเจดีย์องค์นี้ ก็คือองค์ที่มีตำนานว่าพญาพานเป็นผู้สร้างขึ้นสูงเท่านกเขาเหิน เพื่อเป็นการไถ่บาปที่ได้ทำปิตุฆาตพญากง โดยไม่ทราบว่าเป็นบิดาของตนเอง
พระปฐมเจดีย์ที่สร้างโดยเจ้าศรีศรัทธาฯนี้ยั่งยืนต่อมาจนถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ แต่ในสมัยต้นกรุงศรีอยุธยานั้น แม่น้ำเกิดเปลี่ยนทิศทาง ทำให้เมืองศรีวิชัยกลายเป็นเมืองกันดารขาดแคลนน้ำ ทั้งยังมีโรคระบาดเกิดขึ้นบ่อยๆ จนผู้คนพากันอพยพหนีหายไปเรื่อยๆ ต่อมาในรัชสมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ กษัตริย์พระองค์ที่ ๑๕ ของกรุงศรีอยุธยา โปรดให้สร้างเมืองใหม่ขึ้นที่ตำบลท่านา ริมแม่น้ำนครไชยศรี ซึ่งอยู่ทางตะวันออกของเมืองศรีวิชัยเดิม ผู้คนจึงอพยพมาอยู่จนเมืองศรีวิชัยกลายเป็นเมืองร้างไป
พระปฐมเจดีย์องค์ที่ ๒ ถูกทอดทิ้งอยู่ในป่าหลายร้อยปี จนเมื่อพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงผนวชก่อนครองราชย์ได้ธุดงค์ไปพบเข้า ทรงเห็นว่าเป็นเจดีย์ใหญ่กว่าทุกเจดีย์ในประเทศไทยหรือในประเทศใกล้เคียง จึงนำความขึ้นกราบบังคมทูลรัชกาลที่ ๓ ให้ทรงบูรณะปฏิสังขรณ์ แต่พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวรับสั่งว่า
“เป็นของรกอยู่ในป่า จะปฏิสังขรณ์ขึ้นมาก็ไม่เกิดประโยชน์อันใดนัก”
พระปฐมเจดีย์จึงถูกทิ้งร้างต่อไป จนเมื่อพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าฯ ขึ้นครองราชย์ พระองค์ทรงระลึกถึงพระเจดีย์องค์ใหญ่ที่ธุดงค์ไปพบ จึงโปรดให้สร้างเจดีย์ทรงลังกาเป็นรูประฆังคว่ำขึ้น มีความสูงถึง ๑๒๐ เมตร เส้นผ่าศูนย์กลางรอบฐานวัดได้ ๖๐ เมตร ครอบเจดีย์องค์เดิมไว้ ทั้งยังโปรดให้จำลองเจดีย์องค์ที่ถูกครอบไว้ภายใน มาสร้างไว้ทางทิศใต้ขององค์พระปฐมเจดีย์ด้วย
เพื่อให้การเดินทางจากกรุงเทพฯไปพระปฐมเจดีย์ได้สะดวก จึงโปรดให้ขุดคลองเจดีย์บูชาเชื่อมต่อกับคลองมหาสวัสดิ์เป็นเส้นทางคมนาคม แต่กระนั้นการเดินทางไปนมัสการพระปฐมเจดีย์ก็ยังไม่อาจเดินทางไป-กลับในวันเดียวกันได้ ทรงสร้างที่ประทับแรมขึ้นเช่นเดียวกับที่กษัตริย์กรุงศรีอยุธยาสร้างที่ประทับแรมสำหรับเสด็จไปนมัสการพระพุทธบาทสระบุรี พระราชทานนามพระราชวังประทับแรมที่นครปฐมนี้ว่า “พระราชวังปฐมนคร” ซึ่งต่อมาในสมัยรัชกาลที่ ๕ ก็ใช้ประทับแรมในคราวเสด็จมานมัสการพระปฐมเจดีย์หลายครั้ง แต่ได้ถูกรื้อสร้างเป็นที่ทำการของเทศบาลเมืองนครปฐมไป
แต่เดิมนั้น เรียกพระปฐมเจดีย์กันว่า “พระประธม” เพราะเชื่อกันว่าพระพุทธเจ้าเคยเสด็จมาบรรทม ณ ที่นี้ สุนทรภู่ก็ยังเคยแต่ง “นิราศพระประธม” ไว้ว่า
“ครั้นถึงพระประธมบรมธาตุ
สูงทายาทอยู่สันโดดบนโขดเขิน
แลทมึนทึนเทิ่งดังเชิงเทิน
เป็นโขดเขินสูงเสริมเขาเพิ่มพูน”
พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าฯ ทรงถวายพระนามใหม่เป็น “พระปฐมเจดีย์” ให้สมกับที่เป็นเจดีย์แห่งแรกของพุทธศาสนาในสุวรรณภูมิ
ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ ๕ ทรงเห็นว่าบริเวณโดยรอบองค์พระปฐมเจดีย์ยังเป็นป่าเปลี่ยวรกร้าง ที่ทำการของรัฐบาลก็ต้องไปอาศัยอยู่ตามระเบียงและวิหารของพระปฐมเจดีย์ จึงโปรดฯให้ย้ายเมืองนครไชยศรีจากตำบลท่านามาอยู่บริเวณองค์พระปฐมเจดีย์ โดยวางผังเมืองใหม่ สร้างอาคารต่างๆขึ้น ตัดถนนหลายสายพร้อมกับสร้างตลาด ผู้คนจึงอพยพเข้ามาอยู่ ทำให้เมืองศรีวิชัยเดิมกลับเป็นชุมชนขึ้นมาอีกครั้ง
สมเด็จพระปิยมหาราชยังทรงให้นำกระเบื้องเคลือบสีเหลืองขึ้นติดรอบองค์พระ แต่ทว่ายังไม่แล้วเสร็จก็สิ้นรัชกาลเสียก่อน พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดฯให้ทำต่อจนเสร็จสมบูรณ์ ทรงอัญเชิญพระร่วงโรจนฤทธิ์ พระพุทธรูปปางห้ามญาติ ซึ่งพระองค์ทรงพบที่เมืองสวรรคโลกในสภาพชำรุด เหลือแต่เพียงพระเศียร พระหัตถ์ และพระบาท โปรดให้นำมาต่อเติมจนเต็มองค์ ประดิษฐานไว้ที่ซุ้มด้านเหนือ ซึ่งถือว่าเป็นด้านหน้าขององค์พระปฐมเจดีย์ ถวายพระนามว่า “พระร่วงโรจนฤทธิ์ ศรีอินทราทิตย์ธรรโมภาส มหาวชิราวุธ ราชปูชนียบพิตร” ทั้งยังทำพระราชพินัยกรรมระบุให้นำพระสริรังคารของพระองค์มาบรรจุไว้ที่ฐานพระร่วงโรจนฤทธิ์ด้วย ซึ่งก็เป็นไปตามพระราชประสงค์
นอกจากจะทรงตกแต่งรอบบริเวณองค์พระปฐมเจดีย์ให้งดงามเป็นระเบียบแล้ว รัชกาลที่ ๖ ยังทรงให้ตัดถนนเพิ่มขึ้นอีก ๕ สาย คือ ถนนหน้าพระ ถนนซ้ายพระ ถนนขวาพระ ถนนหลังพระ และถนนเทศาจากองค์พระปฐมเจดีย์ผ่านหน้าวัดพระประโทนอีกด้วย ทรงสร้างพระราชวังสนามจันทร์เป็นที่ประทับแห่งใหม่ และเสด็จแปรพระราชฐานมาประทับที่พระราชวังแห่งนี้เป็นประจำ ส่วนพระอุโบสถที่ทรงสร้างไว้ยังไม่เสร็จ พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๗ ทรงสร้างต่อจนแล้วเสร็จ
เมืองศรีวิชัยซึ่งเคยรุ่งเรืองมาเมื่อประมาณ ๒,๐๐๐ ปีก่อน และได้ตกเป็นเมืองร้างถูกทอดทิ้งให้กลายสภาพเป็นป่ามานาน ก็กลับรุ่งเรืองสมบูรณ์พูนสุขขึ้นอีกครั้งด้วยพระปฐมเจดีย์
นอกจากพระปฐมเจดีย์ จะเป็นเจดีย์แรกของประเทศไทย เป็นเจดีย์ใหญ่และสูงที่สุดแล้ว ยังเป็นสถานที่แห่งเดียวที่สร้างพระเจดีย์ใหญ่สุดถึง ๓ เจดีย์อยู่ในที่เดียวกัน