ตามหลักของการจัดองค์กรแบ่งออกได้เป็น 2 ประเภทคือ
1. องค์กรรูปนัย (Formal Organization) ได้แก่องค์กรที่มีการจัดตั้งเป็นทางการ โดยมีกฎหมายรองรับการเกิดขึ้นและดำรงอยู่
2. องค์กรอรูปนัย (Informal Organization) ได้แก่องค์กรมิได้มีการจัดตั้งอย่างเป็นทางการ ไม่มีกฎหมายรองรับการเกิดขึ้นและดำรงอยู่ แต่เกิดขึ้นและดำรงอยู่โดยอาศัยความสัมพันธ์ภายในกลุ่มสมาชิก อันเกิดจากความเหมือนกันภายในกลุ่ม เช่น พูดภาษาเดียวกันมาจากแหล่งกำเนิดเดียวกัน เป็นต้น และมีความต่างกับกลุ่มอื่นภายในองค์กรเดียวกันอย่างชัดเจน เป็นต้น
องค์กรทั้งสองประเภทนี้อาจแยกกันหรืออยู่รวมกัน โดยที่องค์กรอรูปนัยแทรกซ้อนอยู่ในองค์กรรูปนัย
องค์กรสงฆ์ในประเทศไทยก็มีลักษณะ 2 องค์กรซ้อนกันอยู่ในทางพฤตินัย แต่ในทางนิตินัยมีเพียงองค์กรเดียวที่เรียกว่า คณะสงฆ์ตามนัยแห่งพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 มาตรา 5 ทวิ ความว่า คณะสงฆ์หมายความว่า บรรดาภิกษุที่ได้รับบรรพชาอุปสมบทจากอุปัชฌาย์ตามพระราชบัญญัตินี้ หรือตามกฎหมายอื่นที่ใช้บังคับก่อนพระราชบัญญัตินี้ ไม่ว่าจะปฏิบัติศาสนกิจในหรือนอกราชอาณาจักร
ในความเป็นจริงที่เป็นอยู่โดยพฤตินัย ภายในคณะสงฆ์ตามพระราชบัญญัตินี้มีองค์กรสงฆ์อันเป็นอรูปนัย ดังจะเห็นได้จากองค์ประกอบที่ก่อให้เกิดองค์กรอรูปนัยดังต่อไปนี้
1. ภายในคณะสงฆ์เดียวกัน ซึ่งกฎหมายรองรับมีการแบ่งออกเป็น 2 นิกายคือ มหานิกาย และธรรมยุติกนิกาย ซึ่งเป็นองค์กรอรูปนัยแทรกอยู่ในคณะสงฆ์ซึ่งเป็นองค์กรรูปนัย โดยที่แต่ละนิกายซึ่งเป็นองค์กรอรูปนัย มีข้อแตกต่างที่เด่นชัดพอจะเรียกได้เป็นปัจจัยให้เกิดการแบ่งคือ
1.1 การห่มจีวร โดยที่มหานิกายห่มด้วยการม้วนลูกบวบออกนอกตัวหรือม้วนไปทางขวามือ
ส่วนธรรมยุติกนิกายห่มด้วยการม้วนลูกบวบเข้าหาตัว หรือม้วนไปทางซ้ายมือ
1.2 ในการถือปฏิบัติพระธรรมวินัยบางข้อแตกต่างกัน เช่น สิกขาบทที่ 8 แห่งโกสิยวรรคในนิสสัคคียกัณฑ์ที่ห้ามมิให้ภิกษุรับเอง ใช้ให้รับทอง เงิน หรือยินดีในทอง และเงินที่เขาเก็บไว้เพื่อตน มหานิกายรับเงินด้วยตนเอง และพกพาไปด้วยตนเองเพื่อใช้จ่าย ส่วนธรรมยุตไม่รับด้วยตนเอง แต่รับคำปวารณาและเรียกหาปัจจัย 4 จากไวยาวัจกรซึ่งผู้ถวายฝากเงินและทองไว้ เป็นต้น
2. ในการขอบรรพชาอุปสมบท บรรพชาอุปสมบทมหานิกายจะใช้คำขอขึ้นต้นด้วยอุกาสะ วันทามิ ภันเต ฯลฯ ส่วนธรรมยุตจะใช้คำขอขึ้นต้นด้วย เอสาหัง ภันเต เป็นต้น
นอกจากข้อแตกต่างข้างต้นแล้ว ก็ยังมีข้อปลีกย่อยในการปฏิบัติที่แตกต่างกัน ซึ่งเป็นข้อปลีกย่อยแต่ส่วนใหญ่จะเหมือนกัน
ถึงแม้ว่าจะมีข้อแตกต่างเพียงเล็กน้อย แต่โดยรวมแล้วทั้งสองนิกายนี้ก็แบ่งออกเป็นองค์กรอรูปนัยที่ชัดเจน และถือได้ว่าเป็นนานาสังวาสคือร่วมสังฆกรรม เช่น กรานกฐิน และทำอุโบสถร่วมกันไม่ได้
ด้วยข้อแตกต่างดังกล่าวข้างต้นแล้ว จึงทำให้มีอุปสรรคในการแก้ไขปัญหาในทางปกครอง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการระงับอธิกรณ์หรือการชำระคดีความในหมู่สงฆ์ ทั้งนี้เนื่องจากเหตุปัจจัยดังต่อไปนี้
1. การตีความพระธรรมวินัยในข้อเดียวกันต่างกัน
2. ระบบอุปถัมภ์และระบบพึ่งพาอาศัยได้เข้ามาครอบงำวงการสงฆ์ ทำให้การถือปฏิบัติตามพระธรรมวินัยย่อหย่อน
3. การบังคับใช้กฎหมายเพื่อเกื้อกูลพระธรรมวินัยไม่มีประสิทธิภาพ
ทั้ง 3 กรณีนี้เห็นได้ในกรณีของพระธัมมชโย แห่งวัดพระธรรมกาย ซึ่งมีอนุวาทาธิกรณ์คือถูกโจทย์ด้วยอาบัติปาราชิก และสมเด็จพระสังฆราชได้มีพระลิขิตว่าเป็นอาบัติปาราชิกแล้ว
แต่ก็ดื้อแพ่งไม่ยอมรับผิด และต่อมาได้อ้างว่าไม่ผิด เมื่อศาลยกฟ้องด้วยเหตุว่าได้คืนที่ดินอันเป็นเหตุให้ต้องอาบัติแล้ว และที่สำคัญมหาเถรสมาคมภายใต้การนำของสมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ ผู้ปฏิบัติการแทนสมเด็จพระสังฆราช ไม่ดำเนินการใดๆ ให้เป็นไปตามมาตรา 26, 27 แห่งพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ. 2505
จากกรณีของพระธัมมชโยเพียงกรณีเดียวก็พอจะอนุมานได้ว่า องค์กรสงฆ์ควรจะมีการปฏิรูปหรือไม่เพียงใด และถ้าจำเป็นต้องทำการปฏิรูปจะปฏิรูปอย่างไร
เกี่ยวกับประเด็นนี้ ผู้เขียนมีความเห็นว่าวันนี้และเวลานี้ ถึงเวลาแล้วที่องค์กรแห่งนี้จะต้องมีการปฏิรูป ทั้งนี้ด้วยเหตุนี้ ด้วยเหตุปัจจัยดังต่อไปนี้
1. ภิกษุสามเณรในยุคนี้มีความประพฤติย่อหย่อนทางพระธรรมวินัย เช่น เสพยาเสพติด เที่ยวสถานที่อโคจรไปจนถึงมั่วสีกา และอวดอุตริมนุสธรรม ซึ่งล้วนแล้วทำให้พุทธศาสนาเสื่อม
2. มหาเถรสมาคม ซึ่งเป็นฝ่ายปกครองสงฆ์ ถึงแม้ว่าจะมีพระวินัยและกฎหมายเป็นเครื่องมือในการปกครอง แต่ก็ไม่สามารถนำมาใช้ในการแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้นอย่างมีประสิทธิภาพ ปล่อยให้ปัญหาเรื้อรังดังที่ปรากฏให้เห็นอย่างดาษดื่น ดังเช่นทุกวันนี้
3. ประเทศไทยภายใต้การปกครองของรัฐบาล และคสช.ที่กำลังเดินหน้าปฏิรูปประเทศในหลายๆ ด้าน จึงเป็นโอกาสเหมาะที่จะได้หยิบยกปัญหาการปกครองสงฆ์ ซึ่งมีปัญหาเรื้อรังมานานขึ้นมาสะสางในการปฏิรูปขจัดสิ่งที่เป็นอุปสรรคต่อการดำรงอยู่ของพระสัทธรรมคำสอนของพระพุทธองค์ให้หมดไป และในขณะเดียวกัน กำหนดมาตรการเสริมเพื่อให้พระพุทธองค์ดำรงอยู่ได้ ซึ่งอาจกำหนดเป็นขั้นตอนดังต่อไปนี้
1. ในการให้บรรพชาอุปสมบทแก่ผู้มาขอบวช ให้เจ้าอาวาสซึ่งผู้มาขอบวชสังกัดร่วมกันอุปัชฌาย์ (ในกรณีที่เจ้าอาวาสมิได้เป็นพระอุปัชฌาย์) ตรวจสอบคุณสมบัติของผู้มาขอบวชให้ครบถ้วนและถูกต้อง ตามที่อันตรายิกธรรมระบุ โดยเฉพาะอย่างยิ่งข้อที่จะต้องปฏิเสธ (นตฺถิ ภันเต) และหากพบภายหลังว่าบกพร่อง เจ้าอาวาสและอุปัชฌาย์จะต้องรับผิดชอบ โดยการถูกลงโทษปลดออกจากตำแหน่ง
2. เมื่อบวชเข้ามาแล้วจะต้องให้การศึกษา และอบรมให้รู้เรื่องพระธรรมวินัย และไม่ควรอนุญาตให้ย้ายไปอยู่ที่อื่น รวมทั้งไม่อนุญาตให้ออกธุดงค์ด้วย
3. ให้ปรับปรุงหลักสูตรปริยัติธรรมแผนกบาลี โดยเพิ่มวิชากฎหมายที่เกี่ยวกับสงฆ์เข้าไปด้วย
4. ในการวัดผลการศึกษาให้ปรับปรุงวิธีการออกข้อสอบ และการตรวจข้อสอบให้ทันสมัย สอดคล้องกับการศึกษาทางโลกเพื่อจูงใจให้มีผู้มาเรียนเพิ่มขึ้น
1. องค์กรรูปนัย (Formal Organization) ได้แก่องค์กรที่มีการจัดตั้งเป็นทางการ โดยมีกฎหมายรองรับการเกิดขึ้นและดำรงอยู่
2. องค์กรอรูปนัย (Informal Organization) ได้แก่องค์กรมิได้มีการจัดตั้งอย่างเป็นทางการ ไม่มีกฎหมายรองรับการเกิดขึ้นและดำรงอยู่ แต่เกิดขึ้นและดำรงอยู่โดยอาศัยความสัมพันธ์ภายในกลุ่มสมาชิก อันเกิดจากความเหมือนกันภายในกลุ่ม เช่น พูดภาษาเดียวกันมาจากแหล่งกำเนิดเดียวกัน เป็นต้น และมีความต่างกับกลุ่มอื่นภายในองค์กรเดียวกันอย่างชัดเจน เป็นต้น
องค์กรทั้งสองประเภทนี้อาจแยกกันหรืออยู่รวมกัน โดยที่องค์กรอรูปนัยแทรกซ้อนอยู่ในองค์กรรูปนัย
องค์กรสงฆ์ในประเทศไทยก็มีลักษณะ 2 องค์กรซ้อนกันอยู่ในทางพฤตินัย แต่ในทางนิตินัยมีเพียงองค์กรเดียวที่เรียกว่า คณะสงฆ์ตามนัยแห่งพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 มาตรา 5 ทวิ ความว่า คณะสงฆ์หมายความว่า บรรดาภิกษุที่ได้รับบรรพชาอุปสมบทจากอุปัชฌาย์ตามพระราชบัญญัตินี้ หรือตามกฎหมายอื่นที่ใช้บังคับก่อนพระราชบัญญัตินี้ ไม่ว่าจะปฏิบัติศาสนกิจในหรือนอกราชอาณาจักร
ในความเป็นจริงที่เป็นอยู่โดยพฤตินัย ภายในคณะสงฆ์ตามพระราชบัญญัตินี้มีองค์กรสงฆ์อันเป็นอรูปนัย ดังจะเห็นได้จากองค์ประกอบที่ก่อให้เกิดองค์กรอรูปนัยดังต่อไปนี้
1. ภายในคณะสงฆ์เดียวกัน ซึ่งกฎหมายรองรับมีการแบ่งออกเป็น 2 นิกายคือ มหานิกาย และธรรมยุติกนิกาย ซึ่งเป็นองค์กรอรูปนัยแทรกอยู่ในคณะสงฆ์ซึ่งเป็นองค์กรรูปนัย โดยที่แต่ละนิกายซึ่งเป็นองค์กรอรูปนัย มีข้อแตกต่างที่เด่นชัดพอจะเรียกได้เป็นปัจจัยให้เกิดการแบ่งคือ
1.1 การห่มจีวร โดยที่มหานิกายห่มด้วยการม้วนลูกบวบออกนอกตัวหรือม้วนไปทางขวามือ
ส่วนธรรมยุติกนิกายห่มด้วยการม้วนลูกบวบเข้าหาตัว หรือม้วนไปทางซ้ายมือ
1.2 ในการถือปฏิบัติพระธรรมวินัยบางข้อแตกต่างกัน เช่น สิกขาบทที่ 8 แห่งโกสิยวรรคในนิสสัคคียกัณฑ์ที่ห้ามมิให้ภิกษุรับเอง ใช้ให้รับทอง เงิน หรือยินดีในทอง และเงินที่เขาเก็บไว้เพื่อตน มหานิกายรับเงินด้วยตนเอง และพกพาไปด้วยตนเองเพื่อใช้จ่าย ส่วนธรรมยุตไม่รับด้วยตนเอง แต่รับคำปวารณาและเรียกหาปัจจัย 4 จากไวยาวัจกรซึ่งผู้ถวายฝากเงินและทองไว้ เป็นต้น
2. ในการขอบรรพชาอุปสมบท บรรพชาอุปสมบทมหานิกายจะใช้คำขอขึ้นต้นด้วยอุกาสะ วันทามิ ภันเต ฯลฯ ส่วนธรรมยุตจะใช้คำขอขึ้นต้นด้วย เอสาหัง ภันเต เป็นต้น
นอกจากข้อแตกต่างข้างต้นแล้ว ก็ยังมีข้อปลีกย่อยในการปฏิบัติที่แตกต่างกัน ซึ่งเป็นข้อปลีกย่อยแต่ส่วนใหญ่จะเหมือนกัน
ถึงแม้ว่าจะมีข้อแตกต่างเพียงเล็กน้อย แต่โดยรวมแล้วทั้งสองนิกายนี้ก็แบ่งออกเป็นองค์กรอรูปนัยที่ชัดเจน และถือได้ว่าเป็นนานาสังวาสคือร่วมสังฆกรรม เช่น กรานกฐิน และทำอุโบสถร่วมกันไม่ได้
ด้วยข้อแตกต่างดังกล่าวข้างต้นแล้ว จึงทำให้มีอุปสรรคในการแก้ไขปัญหาในทางปกครอง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการระงับอธิกรณ์หรือการชำระคดีความในหมู่สงฆ์ ทั้งนี้เนื่องจากเหตุปัจจัยดังต่อไปนี้
1. การตีความพระธรรมวินัยในข้อเดียวกันต่างกัน
2. ระบบอุปถัมภ์และระบบพึ่งพาอาศัยได้เข้ามาครอบงำวงการสงฆ์ ทำให้การถือปฏิบัติตามพระธรรมวินัยย่อหย่อน
3. การบังคับใช้กฎหมายเพื่อเกื้อกูลพระธรรมวินัยไม่มีประสิทธิภาพ
ทั้ง 3 กรณีนี้เห็นได้ในกรณีของพระธัมมชโย แห่งวัดพระธรรมกาย ซึ่งมีอนุวาทาธิกรณ์คือถูกโจทย์ด้วยอาบัติปาราชิก และสมเด็จพระสังฆราชได้มีพระลิขิตว่าเป็นอาบัติปาราชิกแล้ว
แต่ก็ดื้อแพ่งไม่ยอมรับผิด และต่อมาได้อ้างว่าไม่ผิด เมื่อศาลยกฟ้องด้วยเหตุว่าได้คืนที่ดินอันเป็นเหตุให้ต้องอาบัติแล้ว และที่สำคัญมหาเถรสมาคมภายใต้การนำของสมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ ผู้ปฏิบัติการแทนสมเด็จพระสังฆราช ไม่ดำเนินการใดๆ ให้เป็นไปตามมาตรา 26, 27 แห่งพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ. 2505
จากกรณีของพระธัมมชโยเพียงกรณีเดียวก็พอจะอนุมานได้ว่า องค์กรสงฆ์ควรจะมีการปฏิรูปหรือไม่เพียงใด และถ้าจำเป็นต้องทำการปฏิรูปจะปฏิรูปอย่างไร
เกี่ยวกับประเด็นนี้ ผู้เขียนมีความเห็นว่าวันนี้และเวลานี้ ถึงเวลาแล้วที่องค์กรแห่งนี้จะต้องมีการปฏิรูป ทั้งนี้ด้วยเหตุนี้ ด้วยเหตุปัจจัยดังต่อไปนี้
1. ภิกษุสามเณรในยุคนี้มีความประพฤติย่อหย่อนทางพระธรรมวินัย เช่น เสพยาเสพติด เที่ยวสถานที่อโคจรไปจนถึงมั่วสีกา และอวดอุตริมนุสธรรม ซึ่งล้วนแล้วทำให้พุทธศาสนาเสื่อม
2. มหาเถรสมาคม ซึ่งเป็นฝ่ายปกครองสงฆ์ ถึงแม้ว่าจะมีพระวินัยและกฎหมายเป็นเครื่องมือในการปกครอง แต่ก็ไม่สามารถนำมาใช้ในการแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้นอย่างมีประสิทธิภาพ ปล่อยให้ปัญหาเรื้อรังดังที่ปรากฏให้เห็นอย่างดาษดื่น ดังเช่นทุกวันนี้
3. ประเทศไทยภายใต้การปกครองของรัฐบาล และคสช.ที่กำลังเดินหน้าปฏิรูปประเทศในหลายๆ ด้าน จึงเป็นโอกาสเหมาะที่จะได้หยิบยกปัญหาการปกครองสงฆ์ ซึ่งมีปัญหาเรื้อรังมานานขึ้นมาสะสางในการปฏิรูปขจัดสิ่งที่เป็นอุปสรรคต่อการดำรงอยู่ของพระสัทธรรมคำสอนของพระพุทธองค์ให้หมดไป และในขณะเดียวกัน กำหนดมาตรการเสริมเพื่อให้พระพุทธองค์ดำรงอยู่ได้ ซึ่งอาจกำหนดเป็นขั้นตอนดังต่อไปนี้
1. ในการให้บรรพชาอุปสมบทแก่ผู้มาขอบวช ให้เจ้าอาวาสซึ่งผู้มาขอบวชสังกัดร่วมกันอุปัชฌาย์ (ในกรณีที่เจ้าอาวาสมิได้เป็นพระอุปัชฌาย์) ตรวจสอบคุณสมบัติของผู้มาขอบวชให้ครบถ้วนและถูกต้อง ตามที่อันตรายิกธรรมระบุ โดยเฉพาะอย่างยิ่งข้อที่จะต้องปฏิเสธ (นตฺถิ ภันเต) และหากพบภายหลังว่าบกพร่อง เจ้าอาวาสและอุปัชฌาย์จะต้องรับผิดชอบ โดยการถูกลงโทษปลดออกจากตำแหน่ง
2. เมื่อบวชเข้ามาแล้วจะต้องให้การศึกษา และอบรมให้รู้เรื่องพระธรรมวินัย และไม่ควรอนุญาตให้ย้ายไปอยู่ที่อื่น รวมทั้งไม่อนุญาตให้ออกธุดงค์ด้วย
3. ให้ปรับปรุงหลักสูตรปริยัติธรรมแผนกบาลี โดยเพิ่มวิชากฎหมายที่เกี่ยวกับสงฆ์เข้าไปด้วย
4. ในการวัดผลการศึกษาให้ปรับปรุงวิธีการออกข้อสอบ และการตรวจข้อสอบให้ทันสมัย สอดคล้องกับการศึกษาทางโลกเพื่อจูงใจให้มีผู้มาเรียนเพิ่มขึ้น