ตั้งแต่วันที่ 1 ม.ค.2553 เป็นต้นไป ข้อตกลงเขตการค้าเสรีอาเซียน หรืออาฟตา มีผลบังคับใช้อย่างสมบูรณ์แบบ กล่าวคือ กำแพงภาษีที่เคยเป็นอุปสรรคทางการค้า รวมไปถึงมาตรการที่มิใช่ภาษี ของประเทศสมาชิกอาเซียน จะถูกยกเลิกทั้งหมด ทำให้การค้า การขาย ภายในอาเซียนมีความเสรีมากยิ่งขึ้น
ตามข้อตกลงอาฟตา ประเทศสมาชิกอาเซียนเดิม 6 ประเทศ คือ บรูไน อินโดนีเซีย มาเลเซีย ฟิลิปปินส์ สิงคโปร์ และไทย จะต้องลดภาษีสินค้าทั้งหมดเหลือ 0% แต่สมาชิกอาเซียนใหม่ 4 ประเทศ คือ กัมพูชา ลาว พม่าและเวียดนาม จะลดเหลือ 0% ในอีก 5 ปีข้างหน้า หรือในปี 2558
โดยในการลดภาษีดังกล่าว อาเซียนจะมีรายการสินค้าอ่อนไหวและสินค้าอ่อนไหวสูงที่จะไม่ลดภาษีเหลือ 0% เพียง 93 รายการ จากรายการสินค้าทั้งหมด 8,300 รายการที่มีการค้าขายในอาเซียน โดยไทยมีเพียง 4 รายการที่จะลดภาษีสุดท้ายเหลือ 5% คือ ไม้ตัดดอก มะพร้าวแห้ง มันฝรั่ง และกาแฟ ขณะที่สินค้าข้าว เป็นสินค้าอ่อนไหวสูงของอินโดนีเซีย มาเลเซีย และฟิลิปปินส์ และน้ำตาลทราย เป็นสินค้าอ่อนไหวสูงของอินโดนีเซียและฟิลิปปินส์
หากมองในแง่ดี การเปิดเสรีอาฟตา จะช่วยให้สินค้าอุตสาหกรรมของไทย คือ ยานยนต์และชิ้นส่วน คอมพิวเตอร์และชิ้นส่วน อิเล็กทรอนิกส์ จะได้ประโยชน์จากการใช้วัตถุดิบในอาเซียน การแบ่งงานกันผลิตชิ้นส่วนที่แต่ละประเทศสมาชิกมีความได้เปรียบ ส่งผลให้อุตสาหกรรมของไทยสามารถพัฒนาตัวเองเป็นศูนย์กลางการผลิตในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ได้
ขณะที่สินค้าเกษตร ไทยจะได้ประโยชน์ในการส่งออก ที่เห็นได้ชัดเจน คือ ข้าว ที่ไทยจะได้ประโยชน์จากการลดภาษี ได้แก่ อินโดนีเซียผูกพันภาษีใน WTO สูงถึง 160% แต่ในอาเซียน 25% น้ำตาลที่ตลาดหลักของไทย คืออินโดนีเซีย จะลดภาษีภายใต้ AFTA เหลือ 5-10 ในปี 2558 เป็นต้น
แต่หากมองในแง่ลบ การลดกำแพงภาษีลงมาเหลือ 0% จะทำให้มีสินค้าจากอาเซียนทะลักเข้ามาในไทยได้อย่างเสรี โดยสินค้าที่น่าเป็นห่วงมากที่สุด ก็คือ สินค้าเกษตร ที่อาจจะมีพ่อค้าหัวใส นำสินค้าเกษตรจากประเทศเพื่อนบ้านเข้ามาหาประโยชน์จากโครงการประกันราคาของไทย ทำให้เกษตรกรไทยได้รับผลกระทบ หรือนำเข้ามาแอบอ้างว่าเป็นสินค้าเกษตรไทย ซึ่งจะมีผลในเรื่องคุณภาพ มาตรฐาน และหากมีการนำไปส่งออกต่อ ก็อาจจะส่งผลต่อชื่อเสียงของไทยได้
การดูแลการนำเข้าสินค้าภายใต้อาฟตา ดูเหมือนว่าภาครัฐแทบจะไม่กระตือรือร้นในการหามาตรการป้องกัน เพราะมาตรการต่างๆ กว่าจะมีความชัดเจน ก็เกือบจะสิ้นปี 2552 เข้าไปแล้ว และต่างฝ่ายต่างปัดให้พ้นตัวว่าตัวเองไม่ได้เป็นหน่วยงานหลักในการรับผิดชอบ ทำให้การกำหนดมาตรการในการดูแลล่าช้ากว่าที่ควรจะเป็น
ยกตัวอย่างเรื่องข้าว ซึ่งถือเป็นสินค้าเกษตรสำคัญที่มีการแสดงความเป็นห่วงมากที่สุด กว่าจะมีมาตรการในการดูแลออกมาได้ ก็เสียเวลาไปเกือบปี และมาตรการที่ออกมา ก็ไม่แน่ใจว่าจะดูแลการนำเข้าข้าวได้จริงหรือไม่
ขณะที่สินค้าเกษตรอื่นๆ ก็เช่นเดียวกัน กว่ารัฐจะมีมาตรการรองรับออกมาได้ ก็เกือบจะสิ้นปีอีกเช่นเดียวกัน
“กระทรวงพาณิชย์รับผิดชอบในการจัดทำมาตรการกำกับดูแลการนำเข้าสินค้าเกษตรภายใต้อาฟตาตัวเดียว คือ ข้าว ซึ่งได้การจัดทำมาตรการดูแลออกมาแล้ว โดยกำหนดให้อุตสาหกรรมที่ใช้ข้าวเป็นวัตถุดิบเท่านั้น ที่สามารถนำเข้าได้ และยังต้องผ่านขั้นตอนต่างๆ อีกมากมาย เช่น ต้องไม่มีสารตกค้าง ผ่านมาตรฐานสุขอนามัย ปลอด GMOs ต้องนำเข้าตามด่านที่กำหนด และจะมีระบบตรวจสอบการนำเข้า จึงมั่นใจได้ว่าข้าวที่เข้ามาจะไม่มีเล็ดรอดหลุดออกไป”นางพรทิวา นาคาศัย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์กล่าว
ส่วนสินค้าเกษตรอื่นๆ กระทรวงพาณิชย์จะเป็นผู้ออกประกาศกระทรวงพาณิชย์ในการกำกับดูแลการนำเข้า ตามที่กระทรวงเกษตรและสหกรณ์เสนอมา ซึ่งจะมีมาตรการไม่แตกต่างกันมากนัก เช่น กำหนดคุณสมบัติผู้นำเข้า ผ่านมาตรฐานสุขอนามัย ไม่มีสารตกค้าง กำหนดด่านนำเข้า และมีระบบติดตามการนำเข้า
การเปิดเสรีอาฟตา แม้จะมีประโยชน์ทำให้สินค้าไทยมีโอกาสในการบุกเจาะตลาดอาเซียนได้เพิ่มขึ้น แต่ในทางกลับกัน สินค้าจากอาเซียนก็มีโอกาสในการบุกเจาะตลาดไทยได้เพิ่มขึ้น ซึ่งหากไม่มีการวางแผนในการตักตวงผลประโยชน์ และวางแผนในการรับมือสินค้านำเข้าให้ดี ไทยอาจจะได้ไม่คุ้มเสียจากการเปิดเสรีอาฟตาก็ได้