ไม่น่าเชื่อว่า วัดยานนาวาได้รับการสถาปนาเป็นวัดหลวงมาถึง ๒๔๘ ปีแล้ว หลังจากวัดพระศรีรัตนศาสดารามไม่นาน และสันนิษฐานว่าสร้างมาตั้งแต่สมัยสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ราว ๔๒๐ ปีก่อน ตอนที่สร้างก็เป็นเพียงวัดราษฎร์เล็กๆ มีชื่อว่า “วัดคอกควาย” ปัจจุบันกลายเป็นวัดหลวงที่มีความโดดเด่นจนชื่อใหม่ของวัดได้เป็นชื่ออำเภอไปด้วย
จุดเด่นของวัดนี้ก็คือ มีสำเภาลำใหญ่เป็นเอกลักษณ์ ซึ่งสร้างขึ้นในสมัยรัชกาลที่ ๓ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ และเป็นแห่งเดียวในประเทศไทย
ตามประวัติ วัดนี้เกี่ยวพันมาหลายรัชกาลตั้งแต่สมัยกรุงธนบุรี สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงสถาปนาขึ้นเป็นวัดหลวงเมื่อ พ.ศ.๒๓๑๑ เพื่อให้เป็นที่สถิตย์ของพระราชาคณะ และพระราชทานชื่อใหม่ว่า “วัดคอกกระบือ”
ในสมัยรัชกาลที่ ๑ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ ทรงเห็นว่าวัดคอกกระบือได้รับความเสียหายคราวกรุงศรีอยุธยาแตกด้วย จึงโปรดฯให้บูรณะซ่อมแซมและสร้างพระอุโบสถขึ้นในคราวเดียวกับการสร้างกรุงรัตนโกสินทร์ และเสด็จพระราชดำเนินโดยกระบวนพยุหยาตราชลมารถเป็นระยะทางราว ๕ กม.จากพระบรมมหาราชวัง มาพระราชทานผ้าพระกฐินตั้งแต่ปี ๒๓๓๐ เป็นประจำทุกปี ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ ๒ ก็ยังทรงเสด็จฯเช่นเดียวกับพระราชบิดาจนถึงปี ๒๓๕๓
ในสมัยรัชกาลที่ ๓ วัดคอกกระบือคึกคักเป็นพิเศษ ทรงปฏิสังขรณ์พระอารามที่ทรุดโทรมขึ้นใหม่ สร้างหมู่กุฏิสงฆ์ ขยายพระอุโบสถที่เล็กไปให้ใหญ่ขึ้น และโปรดฯให้สร้างสิ่งแปลกใหม่ คือสำเภาลำใหญ่เป็นฐานพระเจดีย์ จากต้นแบบเป็นสำเภาแบบฮกเกี้ยนที่เจ้าพระยานิกรบดินทร์ฯ ต้นตระกูลกัลยาณมิตร ถวายตั้งแต่ยังเป็นกรมหมื่นเจษฎาบดินทร์ก่อนขึ้นครองราชย์ มาเป็นแบบสำเภาคอนกรีตเสริมเหล็กลำนี้
หัวสำเภาหันหน้าไปทางทิศใต้ เหมือนกำลังบ่ายหน้าออกปากอ่าว มีความยาวจากหัวถึงท้ายบาหลี ๔๘ เมตร ตอนกลางลำกว้าง ๙.๕ เมตร สูง ๕.๕ เมตร บนสำเภาสร้างพระเจดีย์ขึ้น ๒ องค์ในตำแหน่งที่เป็นเสากระโดง เรียกว่า “พระสำเภาเจดีย์” จัดสมโภชเมื่อปี ๒๓๙๐
พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวนั้นทรงมุ่งมั่นในพระศาสนา กล่าวกันว่าคนโปรดประจำรัชกาลนี้คือคนที่สร้างวัด ฉะนั้นในสมัยรัชกาลที่ ๓ จึงมีขุนนางข้าราชการสร้างวัดกันมาก
นอกจากนี้ ในรัชสมัยของพระองค์การสงครามเบาบางลง จึงทรงหันมามุ่งทางด้านเศรษฐกิจ จัดสำเภาไปค้าถึงเมืองจีนและประเทศต่างๆย่านใกล้เคียง จนมีเงินเหลือสะสมในพระคลังเป็นจำนวนมาก ทรงนำเงินเหล่านี้ใส่ในถุงผ้าเก็บไว้ เรียกกันว่า “เงินถุงแดง” และรับสั่งเหมือนทรงคาดเดาอนาคตได้ว่า “เก็บไว้ไถ่ประเทศ” แล้วก็ได้ใช้ไถ่จริงๆใน ร.ศ.๑๑๒ หรือ พ.ศ.๒๔๓๗ สมัยรัชกาลที่ ๕ เมื่อฝรั่งเศสนำเรือรบฝ่าแนวป้องกันที่ปากน้ำเจ้าพระยาเข้ามา เกิดการปะทะกัน ล้มตายด้วยกันทั้ง ๒ ฝ่าย แต่ฝรั่งเศสกลับบังคับให้ไทยจ่ายค่าเสียหายจำนวนมหาศาลแก่ฝ่ายบุกรุก พระบรมวงศานุวงศ์ต่างขายแก้วแหวนเงินทอง เอาเงินมารวมกับ “เงินถุงแดง”ไถ่ประเทศ
อนุสรณ์อีกอย่างหนึ่งของพระองค์ก็คือ ตุ๊กตาหินแบบจีนที่ตั้งอยู่ตามวัดต่างๆ มีมากที่วัดโพธิ์และวัดพระแก้ว ทั้งนี้ก็เพราะสินค้าไทยที่ส่งไปขายเมืองจีนนั้น ส่วนใหญ่เป็นข้าวและไม้ซึ่งมีน้ำหนักมาก แต่สินค้าขากลับส่วนใหญ่เป็นผ้าและแพรซึ่งมีน้ำหนักเบา เมื่อสำเภาออกทะเลเจอคลื่นลมจึงทำให้โคลงมาก พระองค์จึงทรงให้ซื้อตุ๊กตาหินเหล่านี้กลับมา เพื่อถ่วงน้ำหนักเรือ
จากที่ทรงเห็นคุณค่าของสำเภาและมีพระวิสัยทัศน์อันยาวไกล พระองค์จึงทรงให้สร้างสำเภาลำใหญ่นี้ขึ้นที่วัดคอกกระบือ เพื่อให้อนุชนรุ่นหลังที่ไม่มีโอกาสได้เห็นสำเภาเมื่อเลืกใช้กันไป จะได้รู้ว่ารูปร่างหน้าตาสำเภาเป็นอย่างไร
และโดยที่ทรงมุ่งมั่นในพระศาสนา ทรงรำลึกถึงพระธรรมในเวสสันดรชาดก ตอนพระเวสสันดรทรงตรัสเรียกกัณหาและชาลีให้อุทิศตนร่วมกับพระบิดา สร้างมหากุศลอันเป็นเสมือนสำเภาใหญ่พามนุษยชาติข้ามโอฆสงสารไปสู่พระนิพพาน พระราชทานนามวัดคอกกระบือใหม่ เป็น “วัดญาณนาวาราม” มีความหมายว่า “ญาณอันเป็นพาหนะดุจดังสำเภาข้ามโอฆสงสาร” แต่ต่อมาได้เลือนไปเป็น “วัดยานนาวา” เรียกขานกันสะดวดขึ้นแต่ก็ยังมีความหมายเดิม
ในสมัยรัชกาลที่ ๗ วัดยานนาวาตกอยู่ในสภาพทรุดโทรมอีก พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าฯจึงโปรดเกล้าให้บูรณปฏิสังขรณ์พระอุโบสถขึ้นใหม่ทั้งหลัง คงไว้แต่ฐานราก พร้อมบูรณะพระสำเภาเจดีย์ เสร็จในปี ๒๔๖๙
ในปี ๒๕๒๖ กรมศิลปากรได้ขึ้นทะเบียนถาวรวัตถุในวัดยานนาวาเป็นโบราณวัตถุ ๔ อย่าง คือ ๑.พระสำเภาเจดีย์ ๒.พระอุโบสถ ๓.ที่ประทับนั่งตอนมาคุมงานก่อสร้างพระสำเภาเจดีย์ของ ร.๓ และ ๔.เก๋งจีนซึ่งเก่าแก่อยู่ในวัด
ในปี ๒๕๔๔ เมื่อพระพรหมวชิรญาณ มาเป็นเจ้าอาวาส ได้ปรับปรุงอาคารเจษฎาบดินทร์ หอพระไตรปิฎก รวมทั้งบูรณะพระสำเภาเจดีย์ขึ้นใหม่ และขอพระราชทานพระบรมราชานุญาตสร้างพระบรมราชานุสาวรีย์พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าฯขึ้นที่ลานหน้าพระสำเภาเจดีย์ ซึ่งสมเด็จพระนางเจ้าฯพระบรมราชินีนาถได้เสด็จฯทรงประกอบพิธีเปิดเมื่อวันที่ ๒๔ พฤษภาคม ๒๕๕๐
นี่ก็เป็นเรื่องราวความเป็นมาของวัดหนึ่งในกรุงเทพฯ ซึ่งสร้างมาตั้งแต่สมัยสมเด็จพระนเรศวรมหาราช มีสำเภาลำใหญ่ฐานพระเจดีย์เป็นเอกลักษณ์ และมีชื่อวัดเป็นชื่ออำเภอที่ตั้งวัด ทั้งยังเป็นสถานที่เตือนใจให้ระลึกถึงพระมหากษัตริย์พระองค์หนึ่ง ที่ทรงเห็นความสำคัญของเศรษฐกิจ ทรงสร้างความมั่งคั่งให้ประเทศ กรุงเทพมหานครในรัชสมัยของพระองค์จึงเป็นนครที่สง่างาม รุ่งเรืองด้วยพระพุทธศาสนา การศึกษา ศิลปวัฒนธรรม และสถาปัตยกรรม
และพระราชดำริที่ทรงสร้างพระสำเภาเจดีย์ขึ้นนี้ ยังแสดงถึงพระองค์ทรงคำนึงถึงอนุชนรุ่นหลัง ดังคำที่นักปราชญ์ทางการปกครองรุ่นใหม่กล่าวไว้ว่า
“นักการเมืองคำนึงถึงแต่การเลือกตั้ง รัฐบุรุษคำนึงถึงอนุชนรุ่นหลัง”
