เอกสารลับของกองทัพสหรัฐฯ ชี้ว่าเมืองโยะโกะฮะมะและเกียวโต เป็นเป้าหมายหลักในการถูกถล่มด้วยระเบิดปรมาณูในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 ก่อนที่สหรัฐฯจะเปลี่ยนเป้าหมายไปยังเมืองนางาซากิในภายหลัง
เอกสารลับของกองทัพสหรัฐฯ เปิดเผยเป้าหมายในการโจมตีญี่ปุ่นด้วยระเบิดปรมาณู โดยเมืองฮิโรชิมะ คือเป้าหมายอันดับ 1 ตามมาด้วยเกียวโตและโยะโกะฮะมะ นักประวัติศาสตร์ชาวญี่ปุ่นได้ค้นพบเอกสารชิ้นนี้ในหอจดหมายเหตุแห่งชาติของสหรัฐฯ และกำลังวิเคราะห์ว่า เหตุใดเมืองอุตสาหกรรมใหญ่อย่างโยะโกะฮะมะ และอดีตเมืองหลวงอย่างเกียวโต ถึงได้รอดพ้นจากการถูกถล่มด้วยระเบิดนิวเคลียร์?
รัฐบาลสหรัฐฯได้วางแผนหาเป้าหมายโจมตีญี่ปุ่นด้วยระเบิดปรมาณูตั้งแต่ราวเดือนเมษายน ปี 1945 โดยใช้ชื่อยุทธศาสตร์ “แมนฮัตตัน โปรเจค” ภายใต้การนำของพลเอกเลสลีย์ กรูฟ
พื้นที่เป้าหมายที่ฝ่ายสหรัฐฯจะทิ้งระเบิดนั้นจะต้องมีพื้นที่เส้นผ่านศูนย์กลางไม่น้อยกว่า 4.8 กิโลเมตร ตั้งอยู่ระหว่างกรุงโตเกียวและเมืองนางซากิ และต้องมีความสำคัญทางยุทธศาสตร์
ฝ่ายอเมริกาตั้งเป้าไว้แต่แรกว่าจะใช้ญี่ปุ่นเป็นที่ทดลองระเบิดนิวเคลียร์เป็นครั้งแรก จึงต้องทิ้งระเบิดในเขตเมืองที่มีประชาชนหนาแน่น เพื่อประเมินศักยภาพในการทำลายล้างของระเบิดปรมาณู และได้คัดเลือกเมือง 17 เมืองไว้ในบัญชี เช่น คาวะซะกิ, โยะโกะฮะมะ, นาโงยะ, โอซากา, เกียวโต, ฮิโรชิมะ, ฟุกุโอกะ และ นางาซากิ เป็นต้น
อย่างไรก็ตาม ภายหลังการประชุมของฝ่ายเสนาธิการ สหรัฐฯได้เลือกเมืองฮิโรชิมะ เป็นเป้าหมายอันดับ 1 เกียวโต อันดับ 2 และโยะโกะฮะมะ อันดับ 3
โยะโกะฮะมะเป็นเมืองอุตสาหกรรมสำคัญและเป็นฐานการผลิตเครื่องบินรบ รวมทั้งอาวุธและเครื่องจักรต่างๆ ทั้งใช้ในการสงครามและหล่อเลี้ยงเศรษฐกิจญี่ปุ่น นอกจากนี้ยังมีท่าเรือและโรงกลั่นน้ำมันขนาดใหญ่ด้วย โดยในช่วงสงคราม อุตสาหกรรมต่างๆได้ย้ายออกจากกรุงโตเกียวที่ถูกโจมตีทางอากาศอย่างหนักมายังโยะโกะฮะมะ
อย่างไรก็ตาม ในการประชุมครั้งที่ 3 เมื่อวันที่ 28พฤษภาคม สหรัฐฯได้ถอดโยะโกะฮะมะออกจากบัญชีเป้าหมาย และให้เมืองนีงะตะเป็นเป้าหมายอันดับ 3 แทน
นักประวัติศาสตร์ชาวญี่ปุ่น ประเมินว่าที่โยะโกะฮะมะรอดพ้นจากการถูกถล่มด้วยระเบิดปรมาณู เนื่องจากตัวเมืองทอดยาวไปตามชายฝั่งทะเล และไม่เข้าเงื่อนไขมีพื้นที่เส้นผ่านศูนย์กลางไม่น้อยกว่า 4.8 กิโลเมตร
นอกจากนี้ โยะโกะฮะมะยังมีระบบป้องกันทางอากาศที่ดีเยี่ยม การโจมตีเมืองต้องใช้เครื่องบินรบ B-29 มากกว่า 500ลำซึ่งฝ่ายสหรัฐฯยากที่จะระดมเครื่องบินจำนวนมากเช่นนี้ได้ในวันดีเดย์ รวมทั้งฝ่ายสหรัฐฯ จะถูกตอบโต้อย่างหนักหน่วงจนอาจไม่สามารถทิ้งระเบิดเมืองได้
ไม่กี่วันก่อนกำหนดการดีเดย์ สหรัฐฯได้ถอดเกียวโตออกจากเป้าหมาย เพราะเกรงว่าจะถูกวิจารณ์อย่างหนักหากโจมตีเมืองหลวงเก่าของญี่ปุ่น และทำลายสิ่งก่อสร้างทางประวัติศาสตร์จนย่อยยับ
6 สิงหาคม 1945 ระเบิดปรมาณูลูกแรกถูกทิ้งลงที่เมืองฮิโรชิมะตามแผนของสหรัฐฯ และอีก 3วันต่อมา นักบินของสหรัฐฯได้รับคำสั่งให้ไปทิ้งระเบิดลูกที่ 2 ที่เมืองโคคุระ แต่เนื่องจากทัศนวิสัยไม่ดี ทำให้จำต้องเปลี่ยนแผนกะทันหันไปถล่มเมืองนางาซากิแทน.