อาเซียนก่อกำเนิดขึ้นในปี 2510 อันเป็นความฝันของคนในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ที่จะรวมตัวกันเพื่อประโยชน์ในการดำรงชีวิตร่วมกันเพื่อให้เกิดความสันติสุขและมั่งคั่ง โดยชั้นต้นพยายามที่จะจัดตั้งสมาคมอาสา หรือ Association of South East Asia แต่เกิดปัญหาภายในของกลุ่ม โดยเฉพาะความขัดแย้งเรื่องเขตแดน และแหล่งทรัพยากรเกิดปัญหาสงครามระหว่างอินโดนีเซียกับมาเลเซียและสิงคโปร์ที่เรียกว่า สงครามเผชิญหน้าหรือ Confrontation ใน ค.ศ.1962-1966 ซึ่งประเทศตะวันตกเข้าช่วยสิงคโปร์ และมาเลเซีย
กรณีที่อินโดนีเซียบุกยึดครองพื้นที่บางแห่งในเกาะบอเนียวที่นอกเหนือเขตปกครองของตัวเอง และจะยึดบรูไน รวมทั้งอินโดนีเซียจะบุกขึ้นเกาะสิงคโปร์ด้วยในปี 1965 และสงครามยุติได้โดยมีการประชุมหย่าศึกที่กรุงเทพฯ จึงทำให้แนวคิดการรวมตัวกันต้องยุติไปโดยปริยาย
การขยายตัวสงครามอินโดจีนที่พัฒนาจากสงครามปลดแอกของเวียดนาม โดยโฮจิมินห์ต้องการแยกตัวจากอาณานิคมของฝรั่งเศส และเวียดนาม ชนะเด็ดขาดที่สมรภูมิเดียนเบียนฟูใน ค.ศ. 1954 สอดคล้องกับภาวะเข้าตาอับ (Stalemate) กรณีสงครามเกาหลีที่ปันมุนจอม ค่ายโลกตะวันตกสถาปนาเวียดนามใต้ให้เป็นแนวป้องกันการขยายเขตอิทธิพล และการยึดครองของคอมมิวนิสต์แต่เกิดการต่อต้านของประชาชนเวียดนามใต้บางส่วนที่ไม่ต้องการรัฐบาลหุ่นเชิดของสหรัฐฯ ซึ่งเป็นกลุ่มที่แสวงอำนาจเพื่อคอร์รัปชันจึงเกิดสงครามปลดแอกอีกครั้งหนึ่งในยุค 1960 ทำให้สหรัฐฯ ส่งกำลังทหารเข้าช่วยเหลือรัฐบาลเวียดนามใต้ และพัฒนาเป็นสงครามเวียดนามที่มีสมรภูมิครอบคลุมประเทศลาว และเขมร โดยรัฐบาลไทยให้การสนับสนุนสหรัฐฯ ในการใช้ฐานทัพในประเทศไทย
ในห้วงวิกฤตการเมืองในภาวะสงครามเย็นโลกประชาธิปไตยตะวันตกกับโลกคอมมิวนิสต์ที่ฝ่ายคอมมิวนิสต์นำโดยอดีตโซเวียตใช้ทั้งอิทธิพลการเมือง และการทหารเข้ายึดประเทศต่างๆ เช่น ฮังการี ซึ่งชาวฮังการีต่อต้านเป็นสงครามกองโจรในเมืองกลางกรุงบูดาเปส หรือการยึดครองอดีตเชคโกสโลวาเกียใน ค.ศ. 1948 รวมทั้งจีนกลายเป็นรัฐคอมมิวนิสต์ที่แผ่อิทธิพลสู่เกาหลีและเวียดนาม ทำให้รัฐบาลประธานาธิบดีไอเซนฮาวเวอร์ สถาปนาทฤษฎีโดมิโนอันหมายความว่า ถ้าประเทศใดประเทศหนึ่งในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ตกเป็นของโลกคอมมิวนิสต์แล้ว ประเทศเพื่อนบ้านก็ได้รับอิทธิพลทั้งทางตรงและทางอ้อมกลายเป็นประเทศคอมมิวนิสต์ด้วย
เวียดนามเหนือให้การสนับสนุนสงครามกองโจรปลดแอกในเวียดนามใต้อย่างสมบูรณ์แบบ โดยกำหนดเส้นทางส่งกำลังบำรุงเรียกว่า เส้นทางโฮจิมินห์ผ่านลาวและเขมรสู่เวียดนามใต้ได้ทุกภาคและในห้วงต้นยุค ค.ศ. 1970 เวียดนามเหนือเริ่มมีชัยชนะในสงครามการเมือง โดยเฉพาะที่โต๊ะเจรจาสันติภาพที่กรุงปารีส
กลุ่มประเทศเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ที่กำลังเผชิญกับความเป็นจริง หรือไม่เป็นจริงของทฤษฎีโดมิโน ซึ่งสำแดงผลอย่างชัดเจนขึ้นเมื่อโมเมนตัมสงครามการเมืองที่ฝ่ายเวียดนามเหนือเหนือกว่าสหรัฐฯ โดยเฉพาะประชาชนอเมริกันเองออกมาต่อต้านสงครามเวียดนามอย่างเข้มข้น จริงจัง และเมื่อผนวกกับพลังต่อต้านของชาวยุโรปแล้วทำให้รัฐบาลทั้งของประธานาธิบดีจอห์นสัน และนิกสัน พูดถึงการยุติสงคราม แต่โฮจิมินห์ต้องการให้ชัยชนะ และรวมชาติซึ่งประสบความสำเร็จในวันที่ 30 เมษายน ค.ศ. 1975 เมื่อธงเวียดนามเหนือชักสู่ยอดเสาที่ทำเนียบรัฐบาลเวียดนามใต้ในกรุงไซง่อน ซึ่งต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นนครโฮจิมินห์
รัฐบาลไทยโดยพันเอกถนัด คอมันตร์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศขณะนั้นและเป็นอดีตหัวหน้าพรรคประชาธิปัตย์ เป็นผู้ที่มีความสำคัญมากในการวิ่งลอกระหว่างไทย อินโดนีเซีย มาเลเซีย สิงคโปร์ และฟิลิปปินส์ ที่ต่างก็เป็นเป้าหมายของเวียดนามตามยุทธศาสตร์สหพันธรัฐอินโดจีนของโฮจิมินห์ ทั้งทางตรงและทางอ้อม ขณะเดียวกันนายลี กวนยู เดินทางไปแสดงปาฐากถาทั้งที่สหประชาชาติ และกลุ่มประเทศยุโรปเพื่อขอให้มีการสนับสนุนอาเซียน
จุดกำเนิดอาเซียนจึงมีเพียงการรวมตัวกัน 5 ประเทศแรกเพื่อความเข้มแข็งทางการเมือง การรวมความมั่งคั่งทรัพยากร และสร้างความเข้มแข็งทางเศรษฐกิจเพื่อให้มีการลงทุนจากประเทศที่พัฒนาแล้ว การขจัดความต่างในเรื่องวัฒนธรรมเพื่อให้เป็นประชาคมที่อยู่ร่วมกันได้โดยไม่มีข้อขัดแย้ง และการพัฒนาระบอบการปกครองตามวิถีทางประชาธิปไตย
ความแข็งแกร่งของอาเซียนมีผลทำให้เกิดความสัมพันธ์ที่ดีระหว่างกลุ่มกำเนิดอาเซียน มีการแลกเปลี่ยนข้อมูลข่าวสารโดยเฉพาะเรื่องความมั่นคง การต่อต้านการขยายอิทธิพลลักษณะจักรวรรดินิยมคอมมิวนิสต์เวียดนาม จนจีนเปิดสงครามสั่งสอนเวียดนาม ประกอบการลดความขัดแย้งทางการเมืองภายในกลุ่มประเทศกำเนิดอาเซียนได้สร้างแรงดึงดูดให้มีการลงทุนจากประเทศอุตสาหกรรมมากขึ้น โดยเฉพาะจากประเทศญี่ปุ่น
ต่อมากลุ่มประเทศยุโรปจนทำให้สิงคโปร์กลายเป็นเสือเศรษฐกิจตัวที่ห้าของเอเชีย (New Industrial Countries-NIC) และนโยบายสร้างสนามรบให้กลายเป็นสนามการค้าของ พล.อ.ชาติชาย ชุณหะวัณ ที่เป็นวลีแห่งยุคซึ่งแสดงปาฐกถาที่ทำเนียบขาวว่า “ไทยจะเป็น Nice หรือจะเป็นประเทศที่น่ารัก” และด้วยการรวมตัวของอาเซียนนี่เองทำให้แนวคิดสหพันธรัฐอินโดจีนไม่สัมฤทธิผล จนกระทั่งโลกคอมมิวนิสต์ยุโรปที่เริ่มต้นที่เยอรมันตะวันออกเสื่อมลง จนแผ่ขยายผลอย่างรวดเร็ว และในที่สุดสหภาพโซเวียดก็กลายเป็นอดีตไปด้วย
ภาวะความตึงเครียดระหว่างระบอบการปกครองต่างอุดมการณ์ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้เริ่มลดลงไปสู่สันติ กลุ่มก่อตั้งอาเซียนใจกว้างเปิดรับสมาชิกเพิ่มจนปัจจุบันมี 10 ประเทศ คือ อินโดนีเวีย พม่า บรูไน เขมร ลาว ฟิลิปปินส์ มาเลเซีย สิงคโปร์ เวียดนาม และไทยซึ่งมีศักยภาพแข็งแกร่งพอที่จะดึงดูดให้นางฮิลลารี คลินตัน เดินทางมาร่วมประชุมรัฐมนตรีต่างประเทศอาเซียน ครั้งที่ 16 ที่จังหวัดภูเก็ต
แต่ภายในกลุ่มประเทศอาเซียนมีปัญหาภายในที่มีผลกระทบทั้งภายใน และต่อทัศนคติของประชาคมโลก เช่น กรณีความขัดแย้งระหว่างไทยกับเขมรในเรื่องปราสาทพระวิหาร ซึ่งเกี่ยวข้องกับองค์การยูเนสโกแห่งสหประชาชาติที่ต้องระลึกถึงบูรณภาพดินแดนไทยด้วย ปัญหาพม่าที่เกี่ยวข้องกับระบอบการปกครองโดยรัฐบาลเผด็จการทหาร การก่อการร้ายในเขต 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้ซึ่งเกี่ยวข้องกับมาเลเซีย และการก่อการร้ายสากลที่ยังคงมีอิทธิพลในอินโดนีเซีย ซึ่งได้มีการวางระเบิดในกรุงจาการ์ตาเมื่อเร็วๆ นี้
ปัญหาพม่าเป็นปัญหาเกี่ยวข้องกับปัญหาสิทธิมนุษยชนโดยตรง ซึ่งเป็นเรื่องใหญ่สำหรับอาเซียนทั้งกลุ่มโดยรวม แต่เรื่องของไทยกับเขมรกรณีปราสาทพระวิหารเป็นเรื่องภายในของทั้งสองประเทศ แต่เรื่องการก่อการร้ายสากลนั้นเป็นเรื่องใหญ่ เพราะถ้าทฤษฎีการสร้างรัฐดาอุห์ อิสลาเมียห์ ลายา (Daulah Islamiah Raya) สามารถสร้างฐานที่เข้มแข็งได้ที่อินโดนีเซียและเมื่อผนวกมาเลเซียตะวันออก และภาคใต้ของฟิลิปปินส์ได้อย่างแน่นแฟ้นแล้ว ภัยคุกคามในสี่จังหวัดชายแดนภาคใต้ของไทยก็จะเปลี่ยนรูปโฉมทั้งที่จะมีความรุนแรงขึ้น มีฐานเงินทุนที่แข็งแกร่งขึ้นกว่าปัจจุบันหลายเท่า และมีตัวเชื่อมโยง และตัวเชื่อมโยงนี้อยู่ที่ไหน ตัวเชื่อมโยงแม้ดูว่าเป็นเรื่องเพียงเล็กน้อย แต่สามารถสร้างแรงสะท้อนกลับได้อย่างเต็มที่ โดยเฉพาะเกี่ยวกับเรื่องสิทธิมนุษยชนซึ่งต้องเกี่ยวข้องกับการก่อความไม่สงบในเขตสี่จังหวัดภาคใต้
มีคดีเชื่อมโยงคดีหนึ่งซึ่งเป็นเรื่องของรัฐกับประชาชนคนไทยที่นับถืออิสลามเป็นเรื่องเกี่ยวกับคดีความการก่อความไม่สงบในพื้นที่จังหวัดภาคใต้ เป็นเรื่องการแสดงความจริงตามขบวนการยุติธรรม เพื่อสงวนสิทธิของคนไทยที่ตกเป็นผู้ต้องหา
คดีนี้คือคดีนายสมชาย นีละไพจิตร อดีตประธานชมรมนักกฎหมายมุสลิม และนักเคลื่อนไหวด้านสิทธิมนุษยชน ซึ่งหายตัวไปอย่างลึกลับ เมื่อวันที่ 12 มีนาคม พ.ศ. 2547 ในช่วงสมัยรัฐบาลทักษิณ 1
เมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์ 2547 เสนอแนวทางแก้ปัญหาความไม่สงบใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ และขอความเป็นธรรมในการสอบสวน 5 ผู้ต้องหาที่ถูกกล่าวหาว่าเป็นผู้ก่อการร้ายมูจาฮีดีน ซึ่งทนายสมชายชี้แจงว่า มีการกระทำทารุณกรรมต่อผู้ต้องหาเหล่านี้ให้สารภาพ ซึ่งกรณีนี้สร้างความอับอายให้กับกระบวนการสืบสวน สอบสวนของตำรวจเป็นอันมาก
เมื่อวันที่ 13 มกราคม 2549 ทักษิณขณะเป็นนายกรัฐมนตรีได้ออกมายอมรับเป็นครั้งแรกว่า กรมสอบสวนคดีพิเศษได้พบหลักฐานสำคัญที่ระบุว่า นายสมชาย นีละไพจิตร ได้เสียชีวิตแล้ว โดยมีเจ้าหน้าที่ตำรวจเกี่ยวข้องมากกว่า 4 คน และสามารถจะสรุปสำนวนเสร็จนั้นภายในเดือนกุมภาพันธ์ 2549 นั่นเอง แต่อำนาจบริหารของทักษิณยังไม่สามารถที่จะทำให้คดีนี้คลี่คลายได้ หรือเป็นเพราะว่ามีเรื่องต้องอำพรางและปิดบังความจริง ทักษิณสามารถสั่งการตำรวจได้โดยตรงอย่างหนักแน่นให้ พล.ต.อ.โกวิท วัฒนะ ผู้บัญชาการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ให้ทำการสอบสวนคดีนี้เป็นอันดับหนึ่ง ทั้งความสำคัญและความเร่งด่วน
คดีทนายสมชาย นีละไพจิตร จะเป็นตัวเชื่อม 2 กรณีคือ เป็นเหตุในการปลุกระดมการก่อการร้ายสากลให้ใช้เป็นเหตุผลเพื่อเข้าแทรกแซง และสนับสนุนกำลังพลและเงินทุนการก่อการร้ายภาคใต้ที่อาเซียนก็ช่วยลำบาก และอีกประการหนึ่งที่สำคัญคือ เป็นเหตุผลที่สามารถแสดงให้โลกได้รับรู้ว่ารัฐบาลไทยไม่จริงจังและจริงใจต่อเรื่องสิทธิมนุษยชน
ปัจจุบันเหตุก่อความไม่สงบภาคใต้เป็นเรื่องภายในประเทศก็จริง แต่หากการก่อการร้ายสากลในภูมิภาคเอเชียแข็งแกร่งขึ้นด้วยสาเหตุอะไรก็ตาม เรื่องราวนายสมชาย นีละไพจิตร จะเป็นประเด็นและเป็นตัวเชื่อมได้ไม่มากก็น้อย และนี่เป็นรอยแผลหนึ่งของรัฐบาลทักษิณ
กรณีที่อินโดนีเซียบุกยึดครองพื้นที่บางแห่งในเกาะบอเนียวที่นอกเหนือเขตปกครองของตัวเอง และจะยึดบรูไน รวมทั้งอินโดนีเซียจะบุกขึ้นเกาะสิงคโปร์ด้วยในปี 1965 และสงครามยุติได้โดยมีการประชุมหย่าศึกที่กรุงเทพฯ จึงทำให้แนวคิดการรวมตัวกันต้องยุติไปโดยปริยาย
การขยายตัวสงครามอินโดจีนที่พัฒนาจากสงครามปลดแอกของเวียดนาม โดยโฮจิมินห์ต้องการแยกตัวจากอาณานิคมของฝรั่งเศส และเวียดนาม ชนะเด็ดขาดที่สมรภูมิเดียนเบียนฟูใน ค.ศ. 1954 สอดคล้องกับภาวะเข้าตาอับ (Stalemate) กรณีสงครามเกาหลีที่ปันมุนจอม ค่ายโลกตะวันตกสถาปนาเวียดนามใต้ให้เป็นแนวป้องกันการขยายเขตอิทธิพล และการยึดครองของคอมมิวนิสต์แต่เกิดการต่อต้านของประชาชนเวียดนามใต้บางส่วนที่ไม่ต้องการรัฐบาลหุ่นเชิดของสหรัฐฯ ซึ่งเป็นกลุ่มที่แสวงอำนาจเพื่อคอร์รัปชันจึงเกิดสงครามปลดแอกอีกครั้งหนึ่งในยุค 1960 ทำให้สหรัฐฯ ส่งกำลังทหารเข้าช่วยเหลือรัฐบาลเวียดนามใต้ และพัฒนาเป็นสงครามเวียดนามที่มีสมรภูมิครอบคลุมประเทศลาว และเขมร โดยรัฐบาลไทยให้การสนับสนุนสหรัฐฯ ในการใช้ฐานทัพในประเทศไทย
ในห้วงวิกฤตการเมืองในภาวะสงครามเย็นโลกประชาธิปไตยตะวันตกกับโลกคอมมิวนิสต์ที่ฝ่ายคอมมิวนิสต์นำโดยอดีตโซเวียตใช้ทั้งอิทธิพลการเมือง และการทหารเข้ายึดประเทศต่างๆ เช่น ฮังการี ซึ่งชาวฮังการีต่อต้านเป็นสงครามกองโจรในเมืองกลางกรุงบูดาเปส หรือการยึดครองอดีตเชคโกสโลวาเกียใน ค.ศ. 1948 รวมทั้งจีนกลายเป็นรัฐคอมมิวนิสต์ที่แผ่อิทธิพลสู่เกาหลีและเวียดนาม ทำให้รัฐบาลประธานาธิบดีไอเซนฮาวเวอร์ สถาปนาทฤษฎีโดมิโนอันหมายความว่า ถ้าประเทศใดประเทศหนึ่งในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ตกเป็นของโลกคอมมิวนิสต์แล้ว ประเทศเพื่อนบ้านก็ได้รับอิทธิพลทั้งทางตรงและทางอ้อมกลายเป็นประเทศคอมมิวนิสต์ด้วย
เวียดนามเหนือให้การสนับสนุนสงครามกองโจรปลดแอกในเวียดนามใต้อย่างสมบูรณ์แบบ โดยกำหนดเส้นทางส่งกำลังบำรุงเรียกว่า เส้นทางโฮจิมินห์ผ่านลาวและเขมรสู่เวียดนามใต้ได้ทุกภาคและในห้วงต้นยุค ค.ศ. 1970 เวียดนามเหนือเริ่มมีชัยชนะในสงครามการเมือง โดยเฉพาะที่โต๊ะเจรจาสันติภาพที่กรุงปารีส
กลุ่มประเทศเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ที่กำลังเผชิญกับความเป็นจริง หรือไม่เป็นจริงของทฤษฎีโดมิโน ซึ่งสำแดงผลอย่างชัดเจนขึ้นเมื่อโมเมนตัมสงครามการเมืองที่ฝ่ายเวียดนามเหนือเหนือกว่าสหรัฐฯ โดยเฉพาะประชาชนอเมริกันเองออกมาต่อต้านสงครามเวียดนามอย่างเข้มข้น จริงจัง และเมื่อผนวกกับพลังต่อต้านของชาวยุโรปแล้วทำให้รัฐบาลทั้งของประธานาธิบดีจอห์นสัน และนิกสัน พูดถึงการยุติสงคราม แต่โฮจิมินห์ต้องการให้ชัยชนะ และรวมชาติซึ่งประสบความสำเร็จในวันที่ 30 เมษายน ค.ศ. 1975 เมื่อธงเวียดนามเหนือชักสู่ยอดเสาที่ทำเนียบรัฐบาลเวียดนามใต้ในกรุงไซง่อน ซึ่งต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นนครโฮจิมินห์
รัฐบาลไทยโดยพันเอกถนัด คอมันตร์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศขณะนั้นและเป็นอดีตหัวหน้าพรรคประชาธิปัตย์ เป็นผู้ที่มีความสำคัญมากในการวิ่งลอกระหว่างไทย อินโดนีเซีย มาเลเซีย สิงคโปร์ และฟิลิปปินส์ ที่ต่างก็เป็นเป้าหมายของเวียดนามตามยุทธศาสตร์สหพันธรัฐอินโดจีนของโฮจิมินห์ ทั้งทางตรงและทางอ้อม ขณะเดียวกันนายลี กวนยู เดินทางไปแสดงปาฐากถาทั้งที่สหประชาชาติ และกลุ่มประเทศยุโรปเพื่อขอให้มีการสนับสนุนอาเซียน
จุดกำเนิดอาเซียนจึงมีเพียงการรวมตัวกัน 5 ประเทศแรกเพื่อความเข้มแข็งทางการเมือง การรวมความมั่งคั่งทรัพยากร และสร้างความเข้มแข็งทางเศรษฐกิจเพื่อให้มีการลงทุนจากประเทศที่พัฒนาแล้ว การขจัดความต่างในเรื่องวัฒนธรรมเพื่อให้เป็นประชาคมที่อยู่ร่วมกันได้โดยไม่มีข้อขัดแย้ง และการพัฒนาระบอบการปกครองตามวิถีทางประชาธิปไตย
ความแข็งแกร่งของอาเซียนมีผลทำให้เกิดความสัมพันธ์ที่ดีระหว่างกลุ่มกำเนิดอาเซียน มีการแลกเปลี่ยนข้อมูลข่าวสารโดยเฉพาะเรื่องความมั่นคง การต่อต้านการขยายอิทธิพลลักษณะจักรวรรดินิยมคอมมิวนิสต์เวียดนาม จนจีนเปิดสงครามสั่งสอนเวียดนาม ประกอบการลดความขัดแย้งทางการเมืองภายในกลุ่มประเทศกำเนิดอาเซียนได้สร้างแรงดึงดูดให้มีการลงทุนจากประเทศอุตสาหกรรมมากขึ้น โดยเฉพาะจากประเทศญี่ปุ่น
ต่อมากลุ่มประเทศยุโรปจนทำให้สิงคโปร์กลายเป็นเสือเศรษฐกิจตัวที่ห้าของเอเชีย (New Industrial Countries-NIC) และนโยบายสร้างสนามรบให้กลายเป็นสนามการค้าของ พล.อ.ชาติชาย ชุณหะวัณ ที่เป็นวลีแห่งยุคซึ่งแสดงปาฐกถาที่ทำเนียบขาวว่า “ไทยจะเป็น Nice หรือจะเป็นประเทศที่น่ารัก” และด้วยการรวมตัวของอาเซียนนี่เองทำให้แนวคิดสหพันธรัฐอินโดจีนไม่สัมฤทธิผล จนกระทั่งโลกคอมมิวนิสต์ยุโรปที่เริ่มต้นที่เยอรมันตะวันออกเสื่อมลง จนแผ่ขยายผลอย่างรวดเร็ว และในที่สุดสหภาพโซเวียดก็กลายเป็นอดีตไปด้วย
ภาวะความตึงเครียดระหว่างระบอบการปกครองต่างอุดมการณ์ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้เริ่มลดลงไปสู่สันติ กลุ่มก่อตั้งอาเซียนใจกว้างเปิดรับสมาชิกเพิ่มจนปัจจุบันมี 10 ประเทศ คือ อินโดนีเวีย พม่า บรูไน เขมร ลาว ฟิลิปปินส์ มาเลเซีย สิงคโปร์ เวียดนาม และไทยซึ่งมีศักยภาพแข็งแกร่งพอที่จะดึงดูดให้นางฮิลลารี คลินตัน เดินทางมาร่วมประชุมรัฐมนตรีต่างประเทศอาเซียน ครั้งที่ 16 ที่จังหวัดภูเก็ต
แต่ภายในกลุ่มประเทศอาเซียนมีปัญหาภายในที่มีผลกระทบทั้งภายใน และต่อทัศนคติของประชาคมโลก เช่น กรณีความขัดแย้งระหว่างไทยกับเขมรในเรื่องปราสาทพระวิหาร ซึ่งเกี่ยวข้องกับองค์การยูเนสโกแห่งสหประชาชาติที่ต้องระลึกถึงบูรณภาพดินแดนไทยด้วย ปัญหาพม่าที่เกี่ยวข้องกับระบอบการปกครองโดยรัฐบาลเผด็จการทหาร การก่อการร้ายในเขต 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้ซึ่งเกี่ยวข้องกับมาเลเซีย และการก่อการร้ายสากลที่ยังคงมีอิทธิพลในอินโดนีเซีย ซึ่งได้มีการวางระเบิดในกรุงจาการ์ตาเมื่อเร็วๆ นี้
ปัญหาพม่าเป็นปัญหาเกี่ยวข้องกับปัญหาสิทธิมนุษยชนโดยตรง ซึ่งเป็นเรื่องใหญ่สำหรับอาเซียนทั้งกลุ่มโดยรวม แต่เรื่องของไทยกับเขมรกรณีปราสาทพระวิหารเป็นเรื่องภายในของทั้งสองประเทศ แต่เรื่องการก่อการร้ายสากลนั้นเป็นเรื่องใหญ่ เพราะถ้าทฤษฎีการสร้างรัฐดาอุห์ อิสลาเมียห์ ลายา (Daulah Islamiah Raya) สามารถสร้างฐานที่เข้มแข็งได้ที่อินโดนีเซียและเมื่อผนวกมาเลเซียตะวันออก และภาคใต้ของฟิลิปปินส์ได้อย่างแน่นแฟ้นแล้ว ภัยคุกคามในสี่จังหวัดชายแดนภาคใต้ของไทยก็จะเปลี่ยนรูปโฉมทั้งที่จะมีความรุนแรงขึ้น มีฐานเงินทุนที่แข็งแกร่งขึ้นกว่าปัจจุบันหลายเท่า และมีตัวเชื่อมโยง และตัวเชื่อมโยงนี้อยู่ที่ไหน ตัวเชื่อมโยงแม้ดูว่าเป็นเรื่องเพียงเล็กน้อย แต่สามารถสร้างแรงสะท้อนกลับได้อย่างเต็มที่ โดยเฉพาะเกี่ยวกับเรื่องสิทธิมนุษยชนซึ่งต้องเกี่ยวข้องกับการก่อความไม่สงบในเขตสี่จังหวัดภาคใต้
มีคดีเชื่อมโยงคดีหนึ่งซึ่งเป็นเรื่องของรัฐกับประชาชนคนไทยที่นับถืออิสลามเป็นเรื่องเกี่ยวกับคดีความการก่อความไม่สงบในพื้นที่จังหวัดภาคใต้ เป็นเรื่องการแสดงความจริงตามขบวนการยุติธรรม เพื่อสงวนสิทธิของคนไทยที่ตกเป็นผู้ต้องหา
คดีนี้คือคดีนายสมชาย นีละไพจิตร อดีตประธานชมรมนักกฎหมายมุสลิม และนักเคลื่อนไหวด้านสิทธิมนุษยชน ซึ่งหายตัวไปอย่างลึกลับ เมื่อวันที่ 12 มีนาคม พ.ศ. 2547 ในช่วงสมัยรัฐบาลทักษิณ 1
เมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์ 2547 เสนอแนวทางแก้ปัญหาความไม่สงบใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ และขอความเป็นธรรมในการสอบสวน 5 ผู้ต้องหาที่ถูกกล่าวหาว่าเป็นผู้ก่อการร้ายมูจาฮีดีน ซึ่งทนายสมชายชี้แจงว่า มีการกระทำทารุณกรรมต่อผู้ต้องหาเหล่านี้ให้สารภาพ ซึ่งกรณีนี้สร้างความอับอายให้กับกระบวนการสืบสวน สอบสวนของตำรวจเป็นอันมาก
เมื่อวันที่ 13 มกราคม 2549 ทักษิณขณะเป็นนายกรัฐมนตรีได้ออกมายอมรับเป็นครั้งแรกว่า กรมสอบสวนคดีพิเศษได้พบหลักฐานสำคัญที่ระบุว่า นายสมชาย นีละไพจิตร ได้เสียชีวิตแล้ว โดยมีเจ้าหน้าที่ตำรวจเกี่ยวข้องมากกว่า 4 คน และสามารถจะสรุปสำนวนเสร็จนั้นภายในเดือนกุมภาพันธ์ 2549 นั่นเอง แต่อำนาจบริหารของทักษิณยังไม่สามารถที่จะทำให้คดีนี้คลี่คลายได้ หรือเป็นเพราะว่ามีเรื่องต้องอำพรางและปิดบังความจริง ทักษิณสามารถสั่งการตำรวจได้โดยตรงอย่างหนักแน่นให้ พล.ต.อ.โกวิท วัฒนะ ผู้บัญชาการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ให้ทำการสอบสวนคดีนี้เป็นอันดับหนึ่ง ทั้งความสำคัญและความเร่งด่วน
คดีทนายสมชาย นีละไพจิตร จะเป็นตัวเชื่อม 2 กรณีคือ เป็นเหตุในการปลุกระดมการก่อการร้ายสากลให้ใช้เป็นเหตุผลเพื่อเข้าแทรกแซง และสนับสนุนกำลังพลและเงินทุนการก่อการร้ายภาคใต้ที่อาเซียนก็ช่วยลำบาก และอีกประการหนึ่งที่สำคัญคือ เป็นเหตุผลที่สามารถแสดงให้โลกได้รับรู้ว่ารัฐบาลไทยไม่จริงจังและจริงใจต่อเรื่องสิทธิมนุษยชน
ปัจจุบันเหตุก่อความไม่สงบภาคใต้เป็นเรื่องภายในประเทศก็จริง แต่หากการก่อการร้ายสากลในภูมิภาคเอเชียแข็งแกร่งขึ้นด้วยสาเหตุอะไรก็ตาม เรื่องราวนายสมชาย นีละไพจิตร จะเป็นประเด็นและเป็นตัวเชื่อมได้ไม่มากก็น้อย และนี่เป็นรอยแผลหนึ่งของรัฐบาลทักษิณ
