ในส่วนของกรมสรรพสามิต ภาษีหลักๆ ที่เพิ่งได้รับการปฏิรูปไปนั้นคือภาษีรถยนต์ซึ่งจะเปลี่ยนหลักการในการคำนวณภาษี
เพื่อให้รถที่ปล่อยก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์สูงต้องเสียภาษีในอัตราที่สูงกว่ารถที่ปล่อยก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ต่ำ ล่าสุดในเดือน
กันยายนของปีที่แล้ว กรมสรรพสามิตได้ทำการปฏิรูปภาษีเหล้า-เบียร์ โดยภาษีทั้งสองชนิดนี้ได้รับการจับตามองเนื่องจากทำรายได้
จำนวนมากให้แก่รัฐ โดยรายได้ของการจัดเก็บภาษีสรรพสามิตจากสุราและเบียร์ในปีที่ผ่านมาคิดเป็นถึงร้อยละ 28.1 ของรายได้สรรพสามิตทั้งหมดเลยทีเดียว
ตรงข้ามกับการปฏิรูปภาษีตัวอื่น การปฏิรูปภาษีเหล้า-เบียร์กลับได้รับการตอบรับเชิงลบจากภาคอุตสาหกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเรื่องของการเปลี่ยนวิธีการคำนวณภาษีซึ่งเปลี่ยนจากการคิดจากราคา C.I.F. (ราคาต้นทุนสินค้า+ค่าขนส่ง+ค่าประกันภัย) หรือราคา ณ โรงงานสุราสำหรับผู้ผลิตในประเทศ ไปเป็นราคาขายส่งช่วงสุดท้าย การเปลี่ยนแปลงนี้ได้รับการอนุมัติจากคณะรัฐมนตรีไปเมื่อเดือนกันยายน ปีที่ผ่านมา และได้สร้างปัญหาให้แก่ผู้นำเข้าและผู้ผลิตเป็นอย่างมาก
โดยนิยามนั้นราคาขายส่งช่วงสุดท้ายในความหมายง่ายๆ ก็คือราคาที่ผู้ค้าปลีกทั้งหลายซื้อหาสินค้ามาเพื่อขายให้แก่ผู้บริโภคนั่นเอง แต่เมื่อนำสิ่งนี้มาใช้เป็นฐานในการคำนวณภาษีราคาขายส่งช่วงสุดท้ายได้สร้างความยากลำบากอย่างยิ่งต่อการบริหารจัดการ
เนื่องจากช่องทางการจัดจำหน่ายนั้นมีหลายประเภท และค่าใช้จ่ายที่เป็นต้นทุนในแต่ช่องทางนั้นมีความแตกต่างกัน โดยขึ้นอยู่กับปัจจัยต่างๆ อาทิ ต้นทุนค่าขนส่งสินค้าจากผู้ผลิตหรือผู้นำเข้าสุราไปยังผู้ค้าส่ง และต้นทุนค่าขนส่งจากผู้ค้าส่งไปยังผู้ค้าปลีก นอกจากนั้นยังมีต้นทุนค่าบริหารจัดการของผู้ผลิตหรือผู้นำเข้า ต้นทุนค่าบริหารจัดการของผู้ค้าส่ง และกำไรของผู้ค้าส่ง เป็นต้น เหล่านี้เป็นเพียงส่วนหนึ่งของค่าใช้จ่ายที่ผู้นำเข้าและผู้ผลิตจะต้องคำนวณรวมเป็นราคาขายส่งช่วงสุดท้ายเพื่อคำนวนภาษี ซึ่งผู้ผลิตและผู้นำเข้าไม่สามารถคาดการณ์ค่าใช้จ่ายส่วนต้นทุนส่วนของผู้ค้าส่งมาคำนวณได้
นอกจากนี้ ราคาขายส่งช่วงสุดท้ายยังสามารถคำนวณได้หลายราคา โดยขึ้นอยู่กับช่องทางการจัดจำหน่ายและต้นทุนค่าใช้จ่ายต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง ราคาขายส่งช่วงสุดท้ายแต่ละราคานั้นสามารถแปรผันได้เมื่อองค์ประกอบของค่าใช้จ่ายมีการเปลี่ยนแปลง ซึ่ง
หมายความว่าผู้นำเข้าและผู้ผลิตไม่สามารถทราบค่าใช้จ่ายที่แท้จริงได้เสมอไป ดังนั้น พวกเขาจึงไม่สามารถระบุราคาขายส่งช่วงสุดท้ายที่เหมาะสมเพื่อวัตถุประสงค์ในการคำนวณภาษีได้อย่างถูกต้อง อุตสาหกรรมเครื่องดื่มแอลกอฮอล์ไม่สามารถทำอะไรได้ นอกจากอธิบายประเด็นปัญหาการคำนวณภาษีจากราคาขายส่งช่วงสุดท้ายนี้ โดยทางภาคอุตสาหกรรมได้ฝากความหวังไว้ที่ประมวลกฎหมายภาษีสรรพสามิตว่ากฎหมายใหม่นี้จะแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้นจากการคำนวณฐานภาษีจากราคาขายส่งช่วงสุดท้าย ซึ่งกรมสรรพสามิตได้มอบหมายให้มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์เป็นผู้ทำการศึกษาร่างกฎหมายและกฎหมายลูกอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องในการศึกษาร่างกฎหมายนั้น ปัญหาของราคาขายส่งช่วงสุดท้ายได้ถูกยกขึ้นพิจารณาในการทำประชาพิจารณ์สองครั้ง
อีกทั้งยังมีการส่งหนังสือข้อคิดเห็นจากหน่วยงานภาคเอกชนและองค์กรด้านธุรกิจ ในการทำประชาพิจารณ์พบว่า ไม่มีใครสามารถอธิบายถึงประโยชน์หรือข้อดีของการคำนวณภาษีโดยใช้ราคาขายส่งช่วงสุดท้ายได้เลย ในขณะที่มีการอธิบายปัญหาต่างๆ อย่างละเอียดจากผู้ที่อยู่ในอุตสาหกรรมแอลกอฮอล์ซึ่งต้องประสบปัญหาในการคำนวณ ข้อมูลเหล่านี้น่าจะช่วยให้มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์พิจารณาวิธีการคำนวณที่มีความโปร่งใสมากกว่าและซับซ้อนน้อยกว่าในการศึกษาประมวลกฎหมายภาษีสรรพสามิตดังกล่าว อาทิ การคำนวณภาษีโดยใช้ราคาขายปลีก (RSP) ซึ่งผลิตภัณฑ์แต่ละชนิดจะมีราคาขายปลีกราคาเดียวกำกับอยู่ ทำให้ทั้งผู้นำเข้าและผู้ผลิตสามารถกำหนดราคาขายปลีกหรือราคาขายปลีกสูงสุดได้ (MRSP) ซึ่งสามารถพิมพ์ราคาขายปลีกสูงสุดลงบนบรรจุภัณฑ์หรือพิมพ์บนแสตมป์ภาษีเพื่อให้กรมสรรพสามิตสามารถตรวจสอบฐานภาษี
แหล่งข้อมูลจากภาคอุตสาหกรรมได้กล่าวว่า มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์นั้นรับรู้และเห็นด้วยกับประเด็นปัญหาต่างๆ ที่เกิดขึ้น รวมทั้งยังยอมรับว่าการคำนวณภาษีโดยการใช้ราคาขายส่งช่วงสุดท้ายสร้างปัญหาให้แก่หลายภาคส่วน แต่น่าแปลกที่ว่า การคำนวณภาษีด้วยราคาขายส่งช่วงสุดท้ายยังถูกนำเสนอในผลการศึกษาประมวลกฎหมายฯ ซึ่งทำให้ธรรมศาสตร์ถูกวิจารณ์ถึงความเหมาะสมในการศึกษารวมไปถึงบทบาทในการปฏิรูปเพื่อพัฒนาประเทศของสถาบันอันทรงเกียรติแห่งนี้ หรือนี่อาจเป็นเพียงเพราะกรมสรรพสามิตต้องการใช้การคำนวณจากราคาขายส่งช่วงสุดท้ายต่อไปเพื่ออำพรางความผิดพลาดของตัวเองจากการปฏิรูปที่ผ่านมาเพียงเท่านั้น
กรมสรรพสามิตควรต้องอย่าลืมว่า เมื่อครั้งกรมฯ ประกาศแนวทางการทำประมวลกฎหมายภาษีสรรพสามิตนั้น วัตถุประสงค์ก็เพื่อเน้นความโปร่งใสและความชัดเจนของกฎหมายที่ง่ายสำหรับทั้งต่อผู้เสียภาษีและเจ้าหน้าที่ผู้ปฎิบัติ แต่การใช้ราคาขายส่งช่วงสุดท้ายในประมวลกฎหมายภาษีสรรพสามิตไม่ได้ช่วยให้บรรลุวัตถุประสงค์ดังกล่าวแต่อย่างใด ทั้งยังจะส่งผลให้การบริหารจัดการภาษีนั้นไร้ประสิทธิภาพอีกด้วย หากกรมสรรพสามิตเข้าใจว่าการออกกฎหมายภาษีสรรพสามิตเป็นเครื่องมือสำคัญที่จะช่วยขับเคลื่อนการพัฒนาทางเศรษฐกิจและอุตสาหกรรมของประเทศ ประมวลกฎหมายภาษีสรรพสามิตฉบับใหม่ก็ควรจะแก้ไขประเด็นปัญหาต่างๆ เพื่อให้เกิดการปฏิรูปอย่างแท้จริง หัวใจของการปฏิรูปนั้นคือผลลัพธ์ที่ออกมาควรเป็นประโยชน์ต่อทั้งภาครัฐและภาคเอกชน
มิเช่นนั้นเราไม่ควรเรียกการกระทำดังกล่าวว่าเป็นการปฏิรูป