ศาลปกครองกลางมีคำพิพากษาให้เพิกถอนคำสั่งกระทรวงการคลังที่ 658/2551 ลงวันที่ 12 พฤษาคม 2551 ที่ลงโทษปลดนายศิโรตม์ สวัสดิ์พาณิชย์ อดีตอธิบดีกรมสรรพากร ออกจากราชการ กรณีมีความเห็นว่าการพิจารณารับโอนหุ้นบริษัท ชินคอร์ปอร์เรชั่น จำกัด (มหาชน) ของนายบรรณพจน์ ดามาพงษ์ จาก น.ส.ดวงตา วงศ์ภักดี ผู้ถือหุ้นแทนคุณหญิงพจมาน ชินวัตร จำนวน 4.5 ล้านหุ้น มูลค่า 738 ล้านบาท เมื่อปี 2540 ไม่ต้องเสียภาษีเงินได้ โดยศาลเห็นว่า นายศิโรตม์ ไม่มีความผิดตามที่ ป.ป.ช. ชี้มูล เนื่องจากการพิจารณาเรื่องยกเว้นภาษีดังกล่าวเป็นไปตามลำดับขั้นตอนของหน่วยงานที่รับผิดชอบ ซึ่งทั้งสำนักตรวจสอบภาษี และสำนักกฎหมาย กรมสรรพากร ต่างเห็นตรงกันว่าเป็นการได้รับโอนจากการให้โดยเสน่หา เนื่องในพิธีหรือตามโอกาสแห่งขนบธรรมเนียมประเพณี และเป็นการได้รับจากการอุปการะโดยหน้าที่ธรรมจรรยา เข้าข่ายได้รับการยกเว้นภาษี อีกทั้งไม่ปรากฏว่าในเวลานั้นกรมสรรพากรมีการกำหนดหลักเกณฑ์และแนวปฏิบัติเรื่องเงินที่ได้รับจากการอุปการะลักษณะดังกล่าวไว้ชัดเจน
ดังนั้น การพิจารณาจึงอยู่ในดุลพินิจของเจ้าหน้าที่และผู้มีอำนาจสั่งการ ซึ่งจะพิจารณาเป็นรายกรณี และในกรณีนี้ก็ไม่ปรากฏข้อเท็จจริงที่แสดงว่านายบรรณพจน์ หรือคุณหญิงพจมาน ให้ผลประโยชน์ตอบแทนแก่นายศิโรตม์ เพื่อให้มีความเห็นเป็นประโยชน์กับบุคคลทั้งสอง หรือมีพฤติการณ์ที่บ่งชี้ว่า นายศิโรตม์ มีเจตนาปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ เพื่อให้บุคคลหนึ่งบุคคลใดได้รับประโยชน์ที่มิควรได้โดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย หรือมีเจตนาไม่ปฏิบัติตามกฎหมาย ระเบียบราชการ ที่เข้าข่ายเป็นผู้มีความประพฤติชั่วอย่างร้ายแรง จนเป็นเหตุให้เสียหายแก่ราชการอย่างร้ายแรง ดังที่คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ปปช.) ได้ชี้มูลความผิดไปก่อนหน้านี้ จึงมีคำพิพากษาให้เพิกถอนคำสั่งกระทรวงการคลังที่ลงโทษปลดนายศิโรตม์ และให้กระทรวงการคลังคืนสิทธิประโยชน์ที่นายศิโรตม์ พึงได้รับ หากมิได้ถูกลงโทษทางวินัยตามคำสั่งดังกล่าว นับตั้งแต่วันที่ 29 ธันวาคม 2549 ซึ่งเป็นวันที่คำสั่งนี้มีผลบังคับใช้ โดยให้ดำเนินการให้แล้วเสร็จภายใน 30 วัน นับแต่วันที่คำพิพากษาถึงที่สุด
นอกจากนั้น ศาลปกครองยังเห็นว่าอำนาจการพิจารณาคดีเกี่ยวกับการชี้มูลความผิดวินัยร้ายแรงของ ป.ป.ช. เนื่องจากการใช้อำนาจของ ป.ป.ช. ในการชี้มูลความผิดวินัยร้ายแรงนั้นเป็นการใช้อำนาจตาม พ.ร.บ. ป.ป.ช. 2542 ไม่ใช่การใช้อำนาจวินิจฉัยชี้ขาดตามรัฐธรรมนูญ มาตรา 223 วรรคสอง แต่อย่างใด
ทั้งนี้ หลังศาลอ่านคำพิพากษาเสร็จสิ้น นายศิโรตม์ ซึ่งเดินทางมารับฟังคำพิพากษาด้วยตัวเอง ปฏิเสธที่จะให้สัมภาษณ์ โดยกล่าวเพียงสั้น ๆ ว่า ที่ผ่านมาไม่เคยพูด ก็ขอที่จะไม่พูดต่อไป ขณะที่ตัวแทนของ ป.ป.ช. ระบุว่าจะมีการยื่นอุทธรณ์คำพิพากษาของศาลปกครองกลางต่อไป
ดังนั้น การพิจารณาจึงอยู่ในดุลพินิจของเจ้าหน้าที่และผู้มีอำนาจสั่งการ ซึ่งจะพิจารณาเป็นรายกรณี และในกรณีนี้ก็ไม่ปรากฏข้อเท็จจริงที่แสดงว่านายบรรณพจน์ หรือคุณหญิงพจมาน ให้ผลประโยชน์ตอบแทนแก่นายศิโรตม์ เพื่อให้มีความเห็นเป็นประโยชน์กับบุคคลทั้งสอง หรือมีพฤติการณ์ที่บ่งชี้ว่า นายศิโรตม์ มีเจตนาปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ เพื่อให้บุคคลหนึ่งบุคคลใดได้รับประโยชน์ที่มิควรได้โดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย หรือมีเจตนาไม่ปฏิบัติตามกฎหมาย ระเบียบราชการ ที่เข้าข่ายเป็นผู้มีความประพฤติชั่วอย่างร้ายแรง จนเป็นเหตุให้เสียหายแก่ราชการอย่างร้ายแรง ดังที่คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ปปช.) ได้ชี้มูลความผิดไปก่อนหน้านี้ จึงมีคำพิพากษาให้เพิกถอนคำสั่งกระทรวงการคลังที่ลงโทษปลดนายศิโรตม์ และให้กระทรวงการคลังคืนสิทธิประโยชน์ที่นายศิโรตม์ พึงได้รับ หากมิได้ถูกลงโทษทางวินัยตามคำสั่งดังกล่าว นับตั้งแต่วันที่ 29 ธันวาคม 2549 ซึ่งเป็นวันที่คำสั่งนี้มีผลบังคับใช้ โดยให้ดำเนินการให้แล้วเสร็จภายใน 30 วัน นับแต่วันที่คำพิพากษาถึงที่สุด
นอกจากนั้น ศาลปกครองยังเห็นว่าอำนาจการพิจารณาคดีเกี่ยวกับการชี้มูลความผิดวินัยร้ายแรงของ ป.ป.ช. เนื่องจากการใช้อำนาจของ ป.ป.ช. ในการชี้มูลความผิดวินัยร้ายแรงนั้นเป็นการใช้อำนาจตาม พ.ร.บ. ป.ป.ช. 2542 ไม่ใช่การใช้อำนาจวินิจฉัยชี้ขาดตามรัฐธรรมนูญ มาตรา 223 วรรคสอง แต่อย่างใด
ทั้งนี้ หลังศาลอ่านคำพิพากษาเสร็จสิ้น นายศิโรตม์ ซึ่งเดินทางมารับฟังคำพิพากษาด้วยตัวเอง ปฏิเสธที่จะให้สัมภาษณ์ โดยกล่าวเพียงสั้น ๆ ว่า ที่ผ่านมาไม่เคยพูด ก็ขอที่จะไม่พูดต่อไป ขณะที่ตัวแทนของ ป.ป.ช. ระบุว่าจะมีการยื่นอุทธรณ์คำพิพากษาของศาลปกครองกลางต่อไป