กรมเจ้าท่าชี้แจงกรณีมีกระแสข่าวว่า พระราชบัญญัติการเดินเรือในน่านน้ำไทย ฉบับที่ 17 พ.ศ. 2560 นี้ ไม่เข้าใจปัญหาหรือสภาพความเป็นจริงที่เกิดขึ้นในสังคม รวมถึงกฎหมายฉบับดังกล่าวส่งผลกระทบกับชาวบ้านที่อยู่ชุมชนริมน้ำรวมถึงตลาดน้ำทั่วประเทศนั้นว่า จากการปรับปรุงแก้ไข พ.ร.บ.การเดินเรือในน่านน้ำไทยฉบับดังกล่าว เพื่อเอื้อประโยชน์ในการบังคับใช้กฎหมาย เพื่อให้การควบคุมการปลูกสร้างสิ่งล่วงล้ำลำน้ำ และกำหนดโทษที่รุนแรงขึ้นต่อผู้ที่ฝ่าฝืน และเจ้าหน้าที่ให้มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น ซึ่งอาจกระทบต่อวิถีชีวิตของผู้ที่อาศัยอยู่ริมลำน้ำ กรมเจ้าท่าจึงได้นำเสนอมาตรการ เพื่อแก้ไขปัญหาความเดือดร้อนของผู้ได้รับผลกระทบไปยังกระทรวงคมนาคม และเมื่อวันที่ 27 มิ.ย. 2560 คณะรักษาความสงบแห่งชาติ มีมติให้ออกคำสั่งตามมาตรา 44 ลดความเดือดร้อนของผู้ได้รับผลกระทบรวม 3 ประเด็นด้วยกัน คือ ขยายระยะเวลาการแจ้งครอบครองสิ่งปลูกสร้างล่วงล้ำลำน้ำที่ไม่ได้รับอนุญาต หรือได้รับอนุญาตแต่สร้างไม่เป็นตามที่ได้รับอนุญาตออกไปอีก 60 วัน เพื่อเปิดโอกาสให้ประชาชนที่ยังไม่ได้แจ้ง สามารถแจ้งได้โดยไม่ต้องรับผิดตามโทษที่สูงขึ้น โดยผู้ที่มาแจ้งภายในกำหนดใหม่ จะไม่ต้องเสียค่าปรับ รวมถึงลดค่าตอบแทนรายปีสิ่งปลูกสร้างล่วงล้ำลำน้ำที่ต้องจ่ายให้กับองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น เหลือตารางเมตรละ 5บาทต่อปี ขณะที่กระชังเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำได้รับการยกเว้นไม่ต้องชำระค่าตอบแทนรายปี