ทีมในศึกเอไอเอส ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 ออกโรงขอคำชี้แจงจากผู้เกี่ยวข้อง หลังฝ่ายถูกจัดการแข่งขัน แบ่งโซนขึ้นใหม่ และโดนย้ายไปอยู่อีกภูมิภาค รวมถึงประเด็นสำคัญสโมสรนำร่องที่เพิ่มขึ้นมาใหม่อีก 5 ทีม นั้นเข้ามาได้อย่างไร โดยไม่ผ่านเกณฑ์การเลื่อนชั้นจากฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทาน ประเภท ข
หลังจากที่ฝ่ายจัดการแข่งขัน เอไอเอส ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 ได้ทำการแบ่งโซนการแข่งขันของแต่ละภูมิภาคที่จะทำศึกในฤดูกาล 2013 ขึ้นใหม่ จากเดิม 5 โซน เป็น 6 โซนโดยเพิ่มโซนตะวันตกเข้ามา พร้อมเพิ่มทีมนำร่องอีก 5 ทีม ประกอบด้วย เชียงราย ซิตี, ศรีสะเกษ ยูไนเต็ด, พานทอง เอฟซี, ฟุตเทล่า ซิคเคอร์ เอฟซี และ แหลมฉบัง ซิตี รวมทั้งสิ้น 84 ทีม
ทำให้มีหลายสโมสรเกิดข้อสงสัยและแสดงความไม่เห็นด้วย เนื่องจากทีมถูกจับย้ายไปภูมิภาคอื่น อาทิ โกลเบล็ก เอฟซี, ราชประชา, เกร็กคู-ลูกทัพฟ้า ปทุมธานี เอฟซี ที่ถูกโยกไปภาคกลางและตะวันตก จึงส่งผลให้กระทบต่อการเดินทาง และมีการตั้งข้อสังเกตว่า ทีมที่โดนย้ายส่วนมากจะเป็นทีมที่ส่งในนามของบริษัทเอกชน แม้ วิมล กาญจนะ ประธานจัดการแข่งขันดิวิชัน 2 จะออกมายืนยันว่า เป็นการแบ่งโซนอย่างบริสุทธิ์ยุติธรรม โดยประเมินจากภูมิประเทศ และการเดินทางของแต่ละสโมสรเป็นหลักก็ตาม
อีกทั้งในเรื่องของการเพิ่มทีมนำร่องเข้ามาอีก 5 ทีม เนื่องจากสโมสรเหล่านั้นไม่ได้ขึ้นชั้นมาตามเกณฑ์ที่ระบุ คือ เลื่อนมาจากถ้วยพระราชทาน ประเภท ข จึงทำให้หลายสโมสรต้องการทราบถึงเหตุผลของฝ่ายจัดฯ ในการบรรจุทีมเหล่านั้นเข้าแข่งขัน เพราะแต่ละจังหวัดที่ส่งทีมเข้ามานั้นมีทีมประจำจังหวัดอยู่แล้ว ซึ่งขัดต่อนโยบาย 1 จังหวัด 1 สโมสร รวมถึงกฎการตกชั้น และพักทีมที่ไม่แน่นอน ทำให้สโมสรอย่าง เซ็นทรัล ราชสีห์ ทีมอันดับรองบ๊วยโซนกรุงเทพฯและปริมณฑล ฤดูกาล 2012 ตกชั้น แต่ทีม นนทบุรี เอฟซี ทีมบ๊วยในโซนเดียวกันได้เข้าแข่งขันต่อ โดยอ้างว่าเป็นทีมจากสมาคมกีฬาจังหวัด ไม่สามารถตกชั้นลงไปเล่นในถ้วยฯ ข ได้
ด้าน สุเมธ สุวรรณพรหม รองประธานลีกภูมิภาค ได้ออกมาเผยว่า เรื่องทั้งหมดนั้นต้องให้ วิมล กาญจนะ และ วรวีร์ มะกูดี เป็นผู้ชี้แจง “ผมให้คำตอบอะไรมากไม่ได้ ไม่เข้าใจเหมือนกันว่าทำไมถึงออกมาเป็นแบบนั้น ส่วนตัวผมก็คิดว่าต้องว่าไปตามกฎถ้าทีมไหนไม่มีศักยภาพก็ควรจะตกชั้นหรือพักทีมไป และต้องไม่เลือกว่าเป็นทีมจากสมาคมจังหวัดหรือไม่ ซึ่งคนที่จะให้คำตอบในเรื่องนี้ได้ มีเพียง คุณวิมล และ คุณวรวีร์ เท่านั้น”
โซนภาคเหนือ : 16 ทีม : เชียงใหม่ เอฟซี, พิษณุโลก เอฟซี, นครสวรรค์ เอฟซี, แพร่ ยูไนเต็ด, กำแพงเพชร เอฟซี, อุตรดิตถ์ หมอเส็ง, พิจิตร เอฟซี, ลำพูน วอริเออร์, อุทัยธานี ฟอเรสท์, พะเยา เอฟซี, น่าน เอฟซี, ลำปาง เอฟซี, สุโขทัย เอฟซี, เพชรบูรณ์ เอฟซี, เชียงราย ซิตี (นำร่อง), ตาก เอฟซี
โซนภาคตะวันออกเฉียงเหนือ : 16 ทีม : ร้อยเอ็ด ยูไนเต็ด, ศรีสะเกษ ยูไนเต็ด (นำร่อง), อุดรธานี เอฟซี, เลย ซิตี้, นครพนม เอฟซี, หนองคาย เอฟที, ยโสธร ยูไนเต็ด, มหาสารคาม ยูไนเต็ด, อำนาจเจริญ ทาวน์, กาฬสินธุ์ เอฟซี, ชัยภูมิ เอฟซี, หนองบัวลำภู เอฟซี, สุรินทร์ เอฟซี, สกลนคร เอฟซี, มุกดาหาร ซิตี้, อุบลราชธานี เอฟซี
โซนภาคกลาง-ตะวันออก : 14 ทีม : กบินทร์ยูไนเต็ด, กองเรือยุทธการ, จันทบุรีเอฟซี, ฉะเชิงเทรา เอฟซี, นครนายกเอฟซี, ปทุมธานี กปน.ยูไนเต็ด, ปราจีนบุรี ยูไนเต็ด, พานทอง เอฟซี (นำร่อง), ม.รังสิต, มาบตาพุด นาวิกโยธิน, ลูกอีสานการบินไทย, สมุทรปราการ เอฟซี, สโมสรระยอง, สระแก้วซิตี้
โซนภาคกลาง-ตะวันตก : 13 ทีม : กรุงธนบุรี, เกร็กคูลูกทัพฟ้า ปทุมธานี เอฟซี, โกลเบล็ค เอฟซี, ธนบุรีบีจี ยูไนเต็ด, ประจวบเอฟซี, เพชรบุรี เอฟซี, ฟุตเทล่า ซิคเคอร์ เอฟซี (นำร่อง), เมืองกาญจน์ ยูไนเต็ด, ราชประชา, สมุทรสาคร เอฟซี, สิงห์บุรีเอฟซี, หัวหิน ซิตี้, อ่างทองเอฟซี
โซนกรุงเทพฯและภาคกลาง : 14 ทีม : กรุงเทพคริสเตียน, จามจุรี ยูไนเต็ด, ไทยฮอนด้า, นนทบุรี เอฟซี, นอร์ทกรุงเทพ เอฟซี, ปากน้ำโพ เอ็นเอสอาร์ ยูเอฟซี, ม.เกษตรศาสตร์, ม. เกษมบัณฑิต, ราชวิถี, ศุลกากร ยูไนเต็ด, สมุทรปราการ ยูไนเต็ด, แหลมฉบัง ซิตี (นำร่อง), อัสสัมชัญ ธนบุรี, อาร์แบ็ค บีอีซีเทโร
โซนภาคใต้ : 11 ทีม : ตรัง เอฟซี, ปัตตานี เอฟซี, นรา ยูไนเต็ด, พังงา เอฟซี, สตูล ยูไนเต็ด, ชุมพร เอฟซี, นครศรี เฮอริเทจ, พัทลุง เอฟซี, ระนอง เอฟซี, สุราษฎร์ธานี เอฟซี, ยะลา เอฟซี
ส่วนการเข้ารอบแชมเปียนส์ลีก ยังคัดเอา 12 ทีมเช่นเดิม โดยทีมอันดับ 1 และ 2 ของ โซนภาคเหนือ, ตะวันออกเฉียงเหนือ, กลางและตะวันออก, กลางและตะวันตก, กรุงเทพฯและภาคกลาง และอันดับ 1 ของภาคใต้ เข้ารอบอัตโนมัติ ส่วนทีมอันดับ 2 ของภาคใต้ และต้องเพลย์ออฟกับ ทีมอันดับ 3 ที่ดีที่สุดระหว่าง ภาคเหนือ กับ ตะวันออกเฉียงเหนือ
โดยกำหนดการเปิดสนามของศึก เอไอเอส ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 ฤดูกาล 2013 จะฟาดแข้งวันที่ 14 ก.พ.56
