แม้จะมีชีวิตที่น่าทึ่งทั้งในแง่ผลงานที่ทำให้เขาได้รับการยกย่องว่าเป็นอัจฉริยะเทียบเท่าอัลเบิร์ต ไอน์สไตน์ และ เซอร์ ไอแซค นิวตัน รวมถึงการมีชีวิตอยู่อย่างยาวนานแม้ต้องทนอยู่กับโรคกล้ามเนื้ออ่อนแรงเอแอลเอสที่น้อยคนจะรอดชีวิต แต่ สตีเฟน ฮอว์กิง (Stephen Hawking) ก็มีปัญหาเหมือนกับคนทั่วไป โดยได้ผ่านการแต่งงานถึง 2 ครั้ง
ข้อมูลจากบีบีซีนิวส์ระบุว่า ฮอว์กิงหย่าขาดจาก เจน ไวล์ด (Jane Wilde) ภรรยาคนแรกเมื่อปี 1990 หลังจากใช้ชีวิตร่วมกัน 26 ปี และมีลูกด้วยกัน 3 คน และ 5 ปีต่อมาเขาได้แต่งงานกับพยาบาลส่วนตัวของเขา แต่หลังจากใช้ชีวิตคู่ด้วยกัน 11 ปีเขาก็หย่าอีกครั้งหนึ่ง ตอนนี้เขามีหลาน 3 คน นอกจากนี้เขากับลูกสาวชื่อลูซี (Lucy) ยังได้ช่วยกันเขียนหนังสือฟิสิกส์สำหรับเด็กอีกหลายเล่ม
