บทความเรื่อง “ความรุนแรงและความตายภายใต้นโยบายรัฐ : กรณีสามจังหวัดชายแดนภาคใต้” ซึ่งเขียนโดย กฤตยา อาชวนิจกุล กุลภา วจนสาระ และ หทัยรัตน์ เสียงดัง เล่าเรื่องราวของ นครรัฐปัตตานีไว้ว่า
“ ดินแดน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้เคย เป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรที่เรียกว่า “ปตานี” หรือ “ฟาฏอนี” หรือ “ปัตตานี “ซึ่งเป็นอาณาจักรอิสระอยู่บริเวณชายฝั่งทะเลตะวันออกของแหลมมลายูที่อยู่ระหว่างสองอารยธรรม คือพุทธและมุสลิม โดยมีพัฒนาการด้านอารยธรรมสำคัญที่น่าสนใจ แบ่งได้เป็น 3 ช่วง คือ
1.สมัยราชอาณาจักรลังกาสุกะ (ราวพุทธศตวรรษที่ 7– พ.ศ. 2043) พงศาวดารกรุงศรีอยุธยาฉบับวันวลิต ระบุว่า ลังกาสุกะ อยู่ห่างจากเมืองปัตตานีสมัยนั้น (บ้านกรือเซะ อำเภอเมืองปัตตานี) ไปทางตอนเหนือของลำน้ำปัตตานี คือบริเวณเมืองโบราณ ที่อำเภอยะรัง จังหวัดปัตตานี ใน ปัจจุบัน ลังกาสุกะในสมัยนั้นเป็นเมืองท่าอิสระ ดูแลเส้นทางการค้าจากตะวันออกไปยังตะวันตกผ่านทางคอคอดกระ การเป็นเมืองท่าค้าขายทางทะเลทำให้ลังกาสุกะมีความสัมพันธ์กับชนต่างถิ่นต่างเชื้อชาติ ต่างศาสนา ต่างภาษา มีการแลกเปลี่ยนวัฒนธรรม รับเอาอารยธรรมฮินดู-ชวา หรือฮินดู-พุทธเข้ามาในสังคมมลายู ก่อนจะรับเอาอารยธรรมอิสลามเข้ามาในเวลาต่อมา
2.ปตานีดารุสสะลาม หรือนครแห่งสันติภาพ (พ.ศ. 2043-2351) เป็นยุคที่รัฐปัตตานีรับอารยธรรมอิสลามจากมะละกาซึ่งเป็นศูนย์กลางการค้าที่รุ่งเรือง ในสมัยกษัตริย์ราชวงศ์ศรีวงสา ต่อมาในสมัยของสุลต่าน อิสมาเอลชาฮ์ มีการย้ายพระนครโกตา มหลิฆัย (หรือลังกาสุกะ) มาสร้างพระนครใหม่ขึ้นที่หมู่บ้านกรือเซะ ในท้องที่ปัตตานีปัจจุบัน เรียกว่า "ปัตตานี ดารัสลาม" (นครแห่งสันติ) นับแต่นั้นมา ปัตตานีก็ปรากฏขึ้นในฐานะนครรัฐที่มีความสัมพันธ์กับผู้คนหลากหลายวัฒนธรรม เพราะเป็นเมืองท่าค้าขายสำคัญ มีการผสมผสานทางวัฒนธรรมค่อนข้างสูง เนื่องจากเชื่อมโยงโลกตะวันตก ทั้งโปรตุเกส อังกฤษ ฮอลันดา เปอร์เซีย อาหรับ กับโลกตะวันออก คือจีน ญี่ปุ่น อินเดีย และชวา เป็นต้น
ในช่วงนี้ อยุธยาได้พยายามส่งกองทัพเข้ามายึดครองปัตตานีหลายครั้ง เนื่องจากเป็นยุคที่ปัตตานีเจริญรุ่งเรืองมากจากการค้าขายทางทะเลกับชาวต่างประเทศ เช่น ในสมัยพระนเรศวรมหาราช (พ.ศ.2146) พระเจ้าปราสาททอง (พ.ศ.2175) เป็นต้น มีทั้งการร่วมมือพึ่งพากันยกทัพไปช่วยอยุธยาตีพม่า (พ.ศ.2092) ในขณะเดียวกันก็มีการดำเนินการทางการทูตเพื่อฟื้นฟูสันติภาพระหว่างรัฐ โดยราชินีแห่งปัตตานีส่งบุหงามัสหรือดอกไม้เงินดอกไม้ทอง6 ให้อยุธยา
การส่งบรรณาการเช่นนี้ถูกตีความจากฝั่งสยามว่าคือ การยอมเป็นเมืองประเทศราช และอ้างอำนาจอธิปไตยเหนือปัตตานีและรัฐมลายูอื่นๆ ไม่ว่าจะเป็นเคดาห์ (ไทรบุรี) กลันตัน ตรังกานู และเปอร์ลิส โดยให้มีผู้ปกครองของตัวเอง มีสุลต่าน มีกฎหมาย ศาสนา และวัฒนธรรมของตัวเองได้
3. การผนวกรัฐปัตตานี เป็นส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรสยาม ( พ.ศ. 2351) ในสมัยรัชกาลที่ 1 เมื่อราชวงศ์จักรีแห่งสยามมีอำนาจเข้มแข็ง มีการส่งกองทัพไปปราบรัฐปัตตานี (พ.ศ. 2328 และ 2334) และกวาดต้อนผู้คนมายังกรุงเทพฯ แบ่งเป็นกลุ่มก้อนให้ไปอยู่ในที่ต่าง ๆ โดยแต่งตั้งขุนนางมลายูเป็นเจ้าเมืองปัตตานี และแต่งตั้งคนไทยเป็นข้าหลวงควบคุมการปกครองอีกชั้นหนึ่ง เพื่อให้รัฐปัตตานีอ่อนแอลง ไม่คิดกบฏแข็งเมืองต่อสยามอีก
การแข็งขืนต่อต้านอำนาจครอบงำของสยามเกิดขึ้นเป็นระยะๆ ตั้งแต่สมัยสุลต่านมูหัมมัด (พ.ศ. 2329) ตึงกู ลามิดดีน (พ.ศ. 2334) และดาโตะ ปึงกาลัน (พ.ศ. 2351) ภายหลังสงครามครั้งที่สามนี้ สยามปรับโครงสร้างการปกครองเมืองปัตตานี แบ่งแยกเป็น 7 หัวเมือง คือ ปัตตานี ยะลา ยะหริ่ง ระแงะ ราห์มัน สายบุรี และหนองจิก ขึ้นกับสงขลา ทั้งยังกวาดต้อนผู้คนและทรัพยากรเข้าไปในกรุงเทพฯและหัวเมือง เพื่อไม่ให้หัวเมืองมลายูก่อการแข็งเมืองได้อีก
เจ้าเมืองในแต่ละเมืองได้รับการแต่งตั้งโดยตรงจากรัฐสยามในกรุงเทพฯ มีการย้ายชาวไทยพุทธเข้าไปอยู่ในเจ็ดหัวเมืองเหล่านี้ เพื่อสร้างสมดุลอำนาจในเชิงเชื้อชาติ และป้องกันการคุกคามจากชาวพื้นเมืองที่ไม่พอใจ ซึ่งเกิดความขัดแย้งระหว่างประชาชนใน 7 หัวเมืองกับรัฐสยามเป็นระยะ ๆ เ จ้าเมืองบางคนได้แอบสะสมอาวุธและผู้คนไว้เพื่อก่อการแข็งขืนกับรัฐสยาม ในสมัยรัชกาลที่ 3 เองก็เกิดสงครามกอบกู้เอกราชปัตตานีขึ้นอีกในไทรบุรีเมื่อ พ.ศ. 2374-2375 ก่อนจะขยายไปยังหัวเมืองทั้งเจ็ด
หลังสงคราม รัฐสยามได้ใช้นโยบายแบ่งแยกแล้วปกครอง แบ่งเคดาห์ (ไทรบุรี) ออกเป็น 4 เขตคือ เปอร์ลิส สตูล ไทรบุรี และกะบังปาสู ให้แต่ละเขตปกครองตนเอง แต่ให้ขึ้นต่อเมืองนครศรีธรรมราช หัวเมืองมลายูจึงอ่อนแอลง (อิมรอน มะลูลีม 2538: 54-55)
ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ 5 (พ.ศ. 2444) ได้เปลี่ยนระบบการปกครองจากระบบหัวเมืองประเทศราช7 มาเป็นระบบมณฑลเทศาภิบาล ออกข้อบังคับที่เรียกว่า “กฎข้อบังคับสำหรับปกครองบริเวณเจ็ดหัวเมือง ร.ศ.120” กำหนดวิธีการปกครองและตำแหน่งหน้าที่ราชการในหัวเมืองทั้งเจ็ด ให้มีหน่วยบริหารของตัวเองที่เรียกว่ามณฑล มีผู้ปกครองมณฑลตามคำสั่งจากกรุงเทพฯหรือเจ้าเมืองนครศรีธรรมราช ยกเลิกความเป็นอิสระและอำนาจปกครองหัวเมืองท้องถิ่นของบรรดาเจ้าเมือง เจ้าเมืองต่าง ๆ จึงไม่พอใจ พากันคัดค้านการกำหนดอาณาเขตที่สยามอธิบายว่าเพื่อไม่ให้ถูกรุกรานจากต่างชาติ ว่า เป็นการตัดขาดจากโลกของมลายูมุสลิมและหมายถึงการสูญเสียดินแดน สูญเสียอำนาจการปกครอง ถูกบังคับให้เป็นดินแดนของสยาม แม้จะมีการร้องทุกข์ต่อกงสุลอังกฤษที่สิงคโปร์ เพื่อให้เข้ามาช่วยแทรกแซงยับยั้ง แต่ไม่เป็นผล
ในปีต่อมา (พ.ศ.2445) สยามได้ออกกฎบังคับให้ใช้ระบบการปกครองแบบใหม่ มีการเก็บภาษีอากร แต่บรรดาหัวเมืองทั้ง 7 พากันปฏิเสธ พระยาวิชิตภักดีหรือตึงกูอับดุลกอเดร์ เจ้าเมืองปัตตานีมลายูมุสลิมคนสุดท้ายที่ปกครองปัตตานี ถูกจับถอดยศในข้อหาพยายามก่อการขบถ ถูกส่งไปคุมขังที่พิษณุโลกจนถึงปี พ.ศ. 2448 ก่อนจะไปอยู่รัฐกลันตัน มาเลเซียในที่สุด
ในสมัยรัชกาลที่ 6 มีการแบ่งอาณาเขตการปกครองภาคใต้ใหม่ (พ.ศ. 2450) โดยการปรับ 7 หัวเมืองให้เหลือเพียง 4 หัวเมือง คือ ปัตตานี ยะลา สายบุรี และระแงะ รวมอยู่ในเขตมณฑลหนึ่ง มีการยกเลิกเมืองสายบุรีในพ.ศ. 2475 จนกระทั่งพ.ศ. 2476 ก็มีประกาศจัดระเบียบราชการบริหาร ยกเลิกการตั้งเจ้าเมือง แต่งตั้งผู้นำท้องถิ่นจากกระทรวงมหาดไทย มณฑลปัตตานีจึงแบ่งออกเป็น 3 จังหวัด คือปัตตานี ยะลา นราธิวาส ถึงปัจจุบัน
ในระหว่างช่วงเปลี่ยนผ่านเหล่านี้ เกิดเหตุการณ์ต่อต้านการครอบนำของรัฐสยามหลายลักษณะด้วยกัน ตั้งแต่การต่อต้านขัดขืนเงียบ ๆ ไปจนถึงการก่อการไม่สงบขึ้นในที่ต่าง ๆ เช่น การไม่ยอมเสียภาษีให้กับรัฐบาลที่ไม่ใช่มุสลิม เนื่องจากเชื่อว่าเป็นเรื่องฮาราม (ถูกสั่งห้าม) การเผาที่ทำการรัฐบาลในพ.ศ. 2453 กรณีกบฏฮัจญีบูลาพ.ศ. 2454 การเผาที่ว่าการอำเภอยะลา พ.ศ. 2463 และการประท้วงไม่ยอมจ่ายภาษีที่ดินที่บ้านน้ำใส จ.ปัตตานีในพ.ศ. 2465 เป็นต้น”
หาก แนวทาง “นครปัตตานี” ที่พลเอกชวลิต ยงใจยุทธ ในฐานะประธานพรรคเพื่อไทย เสนอเป็นแนวทางแก้ไขปัญหา 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็นเรื่องเดียวกับ “ปตานีดารุสสะลาม หรือนครแห่งสันติภาพ” ก็เท่ากับการหมุนเวลากลับไปหาอดีต แยก 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ออกไปปกครองตนเอง ซึ่งเป็นแนวทางเดียวกับ ขบวนการแบ่งแยกดินแดน เรียกร้องมาตลอด
ในหนังสือ “การต่อสู้ครั้งสุดท้ายของ พลเอก ชวลิต ยงใจยุทธ” เรียบเรียงโดย บุญกรม ดงบังสถาน ซึ่งพิมพ์ออกมาเมื่อกลางปี 2548 พูดถึงปัญหาความขัดแย้งในพื้นที่ 3 จังหวัดภาคใต้ โดยปูพื้นมาตั้งแต่ยุคอาณาจักรศรีวิชัย จนถึง เหตุการณ์ความรุนแรงในปัจจุบัน
พล.อ.ชวลิต ได้เสนอ “ ทฤษฎีดอกไม้หลากสี” ในการแก้ไขปัญหา 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ คือ ทำให้ประชาชนในพื้นที่ที่มีความหลากหลาย อยู่กันด้วยความสุขสงบและสันติได้เหมือนดอกไม้ที่มีหลากสีสัน โดยเสนอให้ทั้งฝ่ายรัฐและกลุ่มผู้ก่อความไม่สงบ ถอยหลังฝ่ายละ 3 ก้าว เพื่อเปิดการเจรจาหาข้อยุติในปัญหาความขัดแย้ง เพื่อดึงองค์กรภาคประชาชนให้เข้ามาร่วมสร้างความสมานฉันท์ในพื้นที่ และเพื่อทำหใ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็นพื้นที่ปกครองท้องถิ่นในระดับ "นครเชียงใหม่" หรือ "นครภูเก็ต"
เป็นแนวทางที่ทักษิณ ไม่เอาด้วย และปลด บิ๊กจิ๋ว จากหน้าที่แก้ไขปัญหา 3 จังหวัดภาคใต้
การเสนอแนวทาง นครปัตตานี จึงเป็นเพียงการงัดมุขเก่ามาเล่าใหม่ เพื่อให้เป็นข่าวเขย่ารัฐบาลเล่นเท่านั้น ไม่ได้มีความจริงใจที่จะช่วยวสร้างความสงบสุขใน 3 จังหวัดภาคใต้แต่อย่างใด