สำนักพระราชวังหลวงของญี่ปุ่น แถลงว่า สมเด็จพระจักรพรรดิ และ สมเด็จพระจักรพรรดินี ทรงไว้ทุกข์ถวายความอาลัยเป็นเวลา 3 วัน นับตั้งแต่คืนวันพฤหัสบดีเป็นต้นไป
ทั้งสองพระองค์ไว้ทุกข์เพื่อถวายความอาลัยแด่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในพระบรมโกศ ซึ่งเสด็จสวรรคตเมื่อวันพฤหัสบดีที่ 13 ตุลาคม
นอกจากนี้ ทั้งสองพระองค์ทรงมอบหมายให้ นายชิกะโอะ คะวะอิ เลขาธิการสำนักพระราชวังหลวง เดินทางยังสถานเอกอัครราชทูตไทย ณ กรุงโตเกียว เพื่อส่งสารแสดงความเสียพระทัยของทั้งสองพระองค์
การที่ สมเด็จพระจักรพรรดิ และ สมเด็จพระจักรพรรดินีแห่งญี่ปุ่น ส่งผู้แทนเพื่อถวายอาลัยเช่นนี้เป็นเรื่องที่ไม่เกิดขึ้นบ่อยนัก สิ่งนี้สะท้อนถึงความสัมพันธ์อันใกล้ชิดและยาวนานระหว่างพระบรมราชจักรีวงศ์ กับพระราชวงศ์ของญี่ปุ่น
ความสัมพันธ์นี้เริ่มขึ้นเมื่อครั้งที่สมเด็จพระจักรพรรดิ และ สมเด็จพระจักรพรรดินีแห่งญี่ปุ่น ขณะที่ยังทรงเป็นมกุฎราชกุมารและพระชายา เสด็จเยือนประเทศไทยเมื่อปี 2507 ในครั้งนั้น พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในพระบรมโกศ ได้พระราชทานการต้อนรับทั้งสองพระองค์อย่างดียิ่ง
หลังเสด็จขึ้นครองราชย์เมื่อปี 2538 สมเด็จพระจักรพรรดิแห่งญี่ปุ่น ทรงเสด็จเยือนประเทศไทยอีกครั้ง โดยเป็นการเสด็จเยือนต่างประเทศครั้งแรกนับตั้งแต่เสด็จขึ้นครองราชสมบัติ
นอกจากนี้ สมเด็จพระจักรพรรดิ และ สมเด็จพระจักรพรรดินีแห่งญี่ปุ่น ยังได้เสด็จร่วมพระราชพิธีฉลองสิริราชสมบัติครบ 60 ปีของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในพระบรมโกศ เมื่อปี 2549 ด้วย
นายกฯญี่ปุ่นร่วมลงนามไว้อาลัย
นายกรัฐมนตรี ชินโซ อะเบะ แห่งญี่ปุ่น ได้เดินทางยังสถานเอกอัครราชทูตไทย ณ กรุงโตเกียว เพื่อถวายอาลัยแด่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในพระบรมโกศ
ในวันศุกร์ที่ 14 ตุลาคม นายกรัฐมนตรี ชินโซ อะเบะ แห่งญี่ปุ่น เดินทางยังสถานเอกอัครราชทูตไทย และลงนามถวายอาลัย ก่อนจะถวายคำนับต่อหน้าพระบรมฉายาลักษณ์ของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในพระบรมโกศ
ผู้นำญี่ปุ่นกล่าวต่อผู้สื่อข่าวว่า ตนในฐานะตัวแทนของรัฐบาล และประชาชนญี่ปุ่นได้แสดงความเสียใจในครั้งนี้ต่อพระบรมวงศานุวงศ์ของไทย ตลอดจนรัฐบาลและประชาชนไทย เขากล่าวว่า ประชาชนชาวญี่ปุ่นจะภาวนาและส่งความคิดคำนึงถึงประชาชนชาวไทยในช่วงเวลาแห่งความเศร้าโศกนี้
ผู้นำญี่ปุ่นกล่าวเสริมว่า ตนได้ระลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในพระบรมโกศ ซึ่งทรงเป็นที่เคารพรักของประชาชนชาวไทยในฐานะพ่อของแผ่นดิน และตนได้ถวายคำภาวนาให้พระองค์เสด็จสู่สวรรคาลัย
