เหตุน้ำท่วมครั้งใหญ่ในญี่ปุ่นนอกจากสร้างความเสียหายเป็นวงกว้างแล้ว กระแสน้ำยังได้พัดพาวัสดุปนเปื้อนนิวเคลียร์ 395 ถุงลงแม่น้ำ และมีความเสี่ยงวัสดุปนเปื้อนกัมมันตภาพรังสีจะกระจัดกระจายไป
สถานีโทรทัศน์ NHK รายงานว่า ถุงบรรจุวัชพืชและของเสียปนเปื้อนสารกัมมันตรังสี 395ถุง ได้ถูกฝนที่ตกหนักในจังหวัดฟุกุชิมะพัดพาลงสู่แม่น้ำ โดยถุงพลาสติกดังกล่าวบรรจุวัชพืช กิ่งไม้ และดินที่ได้จากการเก็บกวาดพื้นที่ในหมู่บ้านอีทะเตะ จังหวัดฟุกุชิมะ ซึ่งเป็นบริเวณที่ได้รับสารปนเปื้อนจากอุบัติเหตุทางนิวเคลียร์ที่โรงไฟฟ้าพลังนิวเคลียร์ฟุกุชิมะ ไดอิชิ เมื่อปี 2554 และได้ถูกเก็บไว้เป็นการชั่วคราวในพื้นที่ทางการเกษตรใกล้แม่น้ำ
กระทรวงสิ่งแวดล้อมของญี่ปุ่นระบุว่า ในบรรดาถุงพลาสติกที่ถูกพัดพาไปทั้งสิ้น 395 ถุงนั้น 314 ถุงได้รับการเก็บกู้ไว้ได้ แต่ประมาณครึ่งหนึ่งฉีกขาดและวัสดุปนเปื้อนกัมมันตภาพรังสีที่อยู่ภายในหลุดลอยไปแล้ว
อย่างไรก็ตาม นายโยะชิโอะ โมชิซุกิ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงสิ่งแวดล้อมของญี่ปุ่นระบุว่า เศษขยะปนเปื้อนกัมมันภาพรังสีที่อยู่ในถุงดังกล่าวได้ถูกจัดเก็บเป็นส่วนใหญ่แล้ว และมีความเป็นไปได้น้อยที่จะเกิดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม
เหตุน้ำท่วมครั้งใหญ่ที่สุดในรอบกว่า 60 ปีของญี่ปุ่น ทำให้บ้านเรือนหลายพันหลังจมอยู่ใต้น้ำ และยังทำให้ภาคเกษตรกรรมได้รับความเสียหายมหาศาล
เจ้าหน้าที่ในจังหวัดอิบะระกิ ระบุว่า เหตุฝนตกหนักและน้ำท่วมสร้างความเสียหายแก่ภาคเกษตรกรรมของจังหวัด คิดเป็นมูลค่ากว่า 1,800 ล้านเยนหรือประมาณ 540 ล้านบาท
เจ้าหน้าที่ระบุว่า นาข้าวและพื้นที่เกษตรประมาณ 23,000 ไร่ถูกน้ำท่วมเพราะฝนตกหนักในพื้นที่จังหวัดอิบะระกิเมื่อสัปดาห์ที่แล้ว ความเสียหายต่อพื้นที่นาข้าวคิดเป็นมูลค่าประมาณ 432 ล้านบาท
อย่างไรก็ตาม มูลค่าความเสียหายจริงจะสูงกว่านี้ เนื่องจากการสำรวจของเจ้าหน้าที่ไม่ได้ครอบคลุมเมืองโจโซ ซึ่งเป็นพื้นที่ที่เสียหายหนักที่สุด โดยพื้นที่เกษตรกรรมประมาณ 12,500 ไร่ยังคงจมอยู่ใต้น้ำ.