นักท่องเที่ยวจำนวนมากที่เดินทางมาญี่ปุ่นยังนิยมซื้อน้ำดื่มบรรจุขวด ด้วยความคิดว่าสะอาดกว่าน้ำประปา ทั้งๆที่มีผลการทดลองพิสูจน์ชัดว่าน้ำประปาของญี่ปุ่นสะอาดกว่าน้ำแร่บรรจุขวด
ที่ญี่ปุ่น ธุรกิจเครื่องดื่มเป็นกิจการที่ทำรายได้มหาศาลโดยผู้ผลิตน้ำดื่มบรรจุขวดส่วนใหญ่ คือ ค่ายเครื่องดื่มแอลกอฮอร์ ซึ่งสามารถผลิตน้ำดื่มด้วยต้นทุนที่ต่ำ แต่สามารถจำหน่ายด้วยราคาอย่างน้อยขวดละ 100 เยน หรือราว 30 บาท
ในระยะหลัง ค่ายผู้ผลิตเครื่องดื่มพยายามใช้กลยุทธ์ทางการตลาด ทั้งการสร้างสรรค์น้ำดื่มที่มีส่วนผสมของแร่ธาตุต่างๆ หรือมีรสชาติที่จูงใจ รวมทั้งระบุว่าน้ำดื่มบรรจุขวดเป็น “น้ำแร่” ซึ่งมีสารอาหารที่เป็นประโยชน์ต่อร่างกาย
อย่างไรก็ตาม ผลการสำรวจล่าสุดของมหาวิทยาลัยโตเกียว ที่เปรียบเทียบระหว่างน้ำประปากับน้ำดื่มบรรจุขวด พบว่า ในด้านมาตรฐานความปลอดภัย น้ำประปาของญี่ปุ่นมีความสะอาดมากกว่าน้ำดื่มบรรจุขวด
ตามกฎระเบียบของญี่ปุ่นแล้ว มาตรฐานความปลอดภัยของน้ำแร่บรรจุขวดมี 18 รายการ แต่ของน้ำประปามี 51รายการ นอกจากนี้น้ำประปายังมีการตรวจสอบสารปนเปื้อนและแร่ธาตุ เช่น ฟลูโอไรด์, โบรอน, สังกะสี, แมงกานีส ฯลฯ ซึ่งต้องมีระดับต้ำกว่าเกณฑ์จึงจะส่งผ่านท่อไปยังบ้านเรือนประชาชนได้
นอกจากนี้ การตรวจวัดสารขนาดเล็กที่อาจทำให้เกิดมะเร็งได้นั้น พบว่า มาตรฐานของน้ำประปาสูงกว่าน้ำดื่มบรรจุขวดถึง 5 เท่าตัว คือ ในน้ำประปามีสารที่อาจก่อมะเร็งเพียง 0.01 mg/L ขณะที่ในน้ำแร่บรรจุขวดมี 0.05 mg/L
คลอรีน ที่ใช้ในน้ำประปาก็เป็นปัจจัยหนึ่งที่หลายคนกังวล แต่นักวิทยาศาสตร์บอกว่า คลอรีนที่ใช้ในน้ำประปาไม่มีอันตรายต่อสุขภาพ แต่ใช้เพื่อระงับการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ ซึ่งในน้ำแร่บรรจุขวดที่ไม่มีการเติมคลอรีนนั้น กลับมีโอกาสปนเปื้อนเชื้อโรคมากกว่า โดยพบว่า น้ำดื่มบรรจุขวดที่เปิดฝาแล้ว หากทิ้งไว้เพียงไม่กี่ชั่วโมงก็สามารถที่จะปนเปื้อนจุลินทรีย์มากกว่า 1,000 ชนิด
ส่วนโฆษณาที่ระบุว่าน้ำแร่มีสารอาหารที่เป็นประโยชน์ต่อร่างกายนั้น นักวิทยาศาสตร์ชี้ชัดว่า แร่ธาตุที่ผสมลงในน้ำแร่นั้นแตกต่างจากแร่ธาตุจากอาหาร โดยมีแร่ธาตุเพียงไม่กี่ชนิดที่ร่างกายสามารถดูดซึมไปใช้ประโยชน์ได้ ดังนั้นความเชื่อที่ว่าแร่ธาตุจากน้ำแร่สามารถบำรุงร่างกายนั้นเป็นเพียงการ “มโน” เท่านั้น
อย่างไรก็ตาม ในช่วงฤดูร้อน บริษัทน้ำประปาของญี่ปุ่นจะมีการเติมคลอรีนในน้ำมากกว่าปกติเล็กน้อย ซึ่งอาจทำให้น้ำประปาที่เพิ่งออกจากก็อกน้ำมีลักษณะขุ่นเล็กน้อย แต่หากทิ้งไว้เพียงชั่วครู่ความขุ่นนั้นก็จะหายไป
นอกจากนี้ นักวิทยาศาสตร์ยังเตือนว่า น้ำดื่มที่ผ่านการต้มแล้วนั้นไม่ควรทิ้งไว้นานข้ามวันข้ามคืน เนื่องจากน้ำที่ต้มจะไม่มีคลอรีน แต่ก็ทำให้เกิดจุลินทรีย์ได้ง่ายเช่นเดียวกัน
ทั้งนี้ บริษัทน้ำประปาของญี่ปุ่นยืนยันว่า น้ำประปาของญี่ปุ่นในเกือบทุกพื้นที่สามารถดื่มได้ โดยน้ำที่ใช้เฉพาะเพื่อการชำระล้างจะมีการติดป้ายระบุว่า “ไม่ใช่น้ำดื่ม” ไว้อย่างชัดเจน.