ญี่ปุ่นนอกจากอาหารที่ขึ้นชื่อแล้ว ของหวานหรือขนมก็ยังอร่อยไม่แพ้กัน และถึงแม้ช็อคโกแลตและเค้กจะเป็นที่นิยมอย่างมากในแดนอาทิตย์อุทัย หากแต่ขนมแบบดั้งเดิมของญี่ปุ่นก็ยังคงไม่เสื่อมถอย
ขนมหวานแบบญี่ปุ่น 5 อย่างที่นักท่องเที่ยวไม่ควรพลาดที่จะลิ้มรส ได้แก่
โยคัน
ขนมโบราณของญี่ปุ่นที่มีประวัติยาวนานหลายร้อยปี ทำจากวุ้นที่ได้มาจากสาหร่ายเทนสุกะ ผสมกับถั่วแดง, เกาลัด หรือมันเทศ โยคันมีหลากหลายรส รวมทั้งมีความนุ่มเหนียวที่แตกต่างกันตามสูตรของแต่ละร้าน นอกจากนี้ชาวญี่ปุ่นยังนิยมทำโยคันทานเองที่บ้าน โดยสามารถดัดแปลงเติมผลไม้หรือของอื่นๆได้จนบางครั้งอาจใกล้เคียงกับเยลลี่แบบตะวันตก
มันจู
คือขนมเค้กแบบตะวันตกที่ถูกชาวญี่ปุ่นดัดแปลงให้เป็นเอกลักษณ์ของตัวเอง ทำจากแป้งข้าวเจ้าหรือแป้งข้าวสาลี บางแห่งอาจผสมไข่ไก่ด้วย หากแต่ไม่นิยมผสมนมและเนยเหมือนขนมเค้กฝรั่ง นอกจากนี้มันจูยังมีไส้ขนมที่เป็นแบบญี่ปุ่น คือ เกาลัดหรือมันเทศ
ดันโกะ
ขนมที่เป็นตัวแทนของแดนอาทิตย์อุทัยได้ที่สุด และเป็นที่นิยมของชาวญี่ปุ่นทุกเพศทุกวัย ดันโกะคือแป้งข้าวเหนียวที่นวดจนเป็นก้อน หรือที่เรียกว่า “โมจิ” ซึ่งมีทั้งแบบแป้งล้วนๆ และผสมผัก หรือชาเขียวก็ได้ ดันโกะทานคู่ดับถั่วแดงกวนและชามัตฉะให้รสชาติที่ดีที่สุด นอกจากนี้บางร้านยังนำดันโกะไปย่างไฟอ่อนๆ เพื่อให้มีกลิ่นหอมมากยิ่งขึ้นด้วย
คาสุเทะระ
คือขนมเค้กที่เรียกกันว่า castella ซึ่งชาวโปรตุเกสนำมาเผยแพร่ที่ญี่ปุ่นตั้งแต่ช่วงทศวรรษ 1960 และชาวญี่ปุ่นนำมาปรับปรุงจนมีเอกลักษณ์ของตัวเอง ขนมเค้กแบบญี่ปุ่นชนิดนี้มีเนื้อที่แน่นและหอมหวานกว่าขนมเค้กทั่วไป โดยที่ด้านบนจะเป็นชั้นน้ำตาลเชื่อมเพื่อเพิ่มความหอมและรสชาติ
โอชิรุโกะ
ขนมหวานที่เป็นแบบธรรมเนียมที่สุดอย่างหนึ่ง เนื่องจากต้องรับประทานในถ้วย ซึ่งประกอบด้วยซุปถั่วแดงหวานและโมจิ โอชิรุโกะร้อนๆเป็นที่นิยมมากในวันที่อากาศหนาวเหน็บ และทุกวันนี้มีผู้ผลิตขนมหวานชนิดนี้บรรจุกระป๋องจำหน่ายผ่านเครื่องอัตโนมัติด้วย
ขนมญี่ปุ่นอาจไม่มีความหลากหลายมากมาย โดยส่วนใหญ่ทำจากโมจิ, ถั่วแดง, เกาลัด และมันเทศ เนื่องจากในอดีตประเทศญี่ปุ่นไม่มีผลผลิตทางเกษตรมากมาย และยังไม่มีธรรมเนียมการกินนมเนยและไข่เหมือนเช่นตะวันตก หากแต่ชาวญี่ปุ่นกลับสามารถผสมผสานวัตถุดิบที่แสนสามัญ จนกลายเป็นขนมรสอร่อยได้ นอกจากนี้ ขนมโบราณเหล่านี้ก็ยังคงได้รับความนิยมจากชาวญี่ปุ่นไม่เสื่อมคลาย ถึงแม้ทุกวันนี้ในญี่ปุ่นจะมีขนมหวานแบบตะวันตกแทบทุกชนิดก็ตาม.