การจัดอันดับมหาวิทยาลัยดีเด่นของวารสารการศึกษาของอังกฤษ ปีล่าสุด พบว่ามหาวิทยาลัยญี่ปุ่นเริ่มตามหลังมหาวิทยาลัยในประเทศจีน โดยจำนวนมหาวิทยาลัยญี่ปุ่นที่ติดอยู่ใน 100 อันดับแรกมีน้อยกว่ามหาวิทยาลัยของจีนเป็นครั้งแรก
การจัดอันดับมหาวิทยาลัยดีเด่นของเอเชียโดยวารสาร The Times Higher Education ครั้งล่าสุดแสดงให้เห็นว่ามหาวิทยาลัยโตเกียวยังคงเป็นมหาวิทยาลัยอันดับ 1 ของเอเชียเป็นปีที่ 3 ติดต่อกัน ตามด้วยมหาวิทยาลัยแห่งชาติสิงคโปร์ และมหาวิทยาลัยฮ่องกง
อย่างไรก็ตาม จำนวนมหาวิทยาลัยญี่ปุ่นที่ติดอันดับมหาวิทยาลัยดีเด่น 100 อันดับแรกนั้นลดลงเหลือเพียงอยู่ที่ 19 แห่ง ขณะที่ประเทศจีนมีมหาวิทยาลัย 21 แห่งติดอยู่ใน 100 อันดับแรก ซึ่งเป็นครั้งแรกที่จีนมีจำนวนมหาวิทยาลัยดีเด่นมากกว่าญี่ปุ่น
ผลการสำรวจพบว่า นอกจากมหาวิทยาลัยโตเกียวที่ยังคงรักษาแชมป์ไว้ได้แล้ว มหาวิทยาลัยญี่ปุ่นอื่น ๆ มีอันดับลดลง ซึ่งรวมถึงมหาวิทยาลัยเกียวโตและมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีแห่งโตเกียว
ขณะที่มหาวิทยาลัยปักกิ่ง และมหาวิทยาลัยชิงฮวา รั้งอันดับ 4 และอันดับ5 ของมหาวิทยาลัยดีเด่นของเอเชีย ส่วนมหาวิทยาลัยอู่ฮั่นทำสถิติเลื่อนอันดับรวดเร็วที่สุด 15 อันดับ เป็นมหาวิทยาลัยดีเด่นลำดับที่ 49 ของเอเชีย
ผู้เชี่ยวชาญด้านการศึกษา ให้ความเห็นว่า มหาวิทยาลัยของญี่ปุ่นถดถอยลงเนื่องจากถูกตัดงบประมาณ เพราะสภาพเศรษฐกิจที่ซบเซา นอกจากนี้งบประมาณการวิจัยยังถูกจำกัดอยู่เฉพาะมหาวิทยาลัยชั้นนำ ไม่ถูกกระจายไปยังมหาวิทยาลัยอื่นๆ และนักวิชาการรุ่นใหม่ก็มีโอกาสเลื่อนวุฒิน้อยมาก ขณะที่มหาวิทยาลัยของแดนมังกรนั้นได้ทุ่มงบประมาณการวิจัยและพัฒนาให้กับมหาวิทยาลัยหลายแห่ง ทำให้มหาวิทยาลัยของจีนมีความก้าวหน้าอย่างรวดเร็วนับตั้งแต่ช่วงปี 1990.