เมื่อชาวฝรั่งตาน้ำข้าวทำลายหมอยาไทยจนหมดสิ้นจากแผ่นดินไทยแล้ว ก็ยังทำลายในทุกทางให้เห็นว่าการแพทย์แผนไทยเป็นเรื่องล้าสมัย งมงาย และเต็มไปด้วยไสยศาสตร์ ด้วยสร้างความหมายว่า “การประกอบโรคศิลปะโดยอาศัยความรู้จากตำราหรือการเรียนสืบต่อกันมา อันมิใช่การศึกษาตามหลักวิทยาศาสตร์” ทำให้คนรุ่นหลัง รวมทั้งบรรดาแพทย์ที่จบมาจากตะวันตกมักมองตามแนวคิดของชาวตะวันตกทั้งสิ้น มาจนกระทั่ง พ.ศ. 2510 รัฐบาลได้ออกพระราชบัญญัติยาขึ้น นับเป็นครั้งแรกที่กำหนดเรื่องยาไทย (ยาแผนโบราณ) ว่าหมายถึง “ยาที่มุ่งหมายสำหรับใช้ในการประกอบโรคศิลปะแผนโบราณ หรือการบำบัดโรคสัตว์”
การแพทย์แผนไทยเคยรุ่งโรจน์ทั้งในราชสำนัก ในสำนักสงฆ์ และในสำนักเชลยศักดิ์ (หมอเอกชน) ยามใดที่ชาติจะล่มจม ทุกสำนักจะออกมาช่วยเหลือกันและกันอย่างพร้อมเพรียง สามัคคีกันตั้งแต่สมัยสุโขทัย อยุธยา มาจนถึงการสร้างศิลาจารึกตำรายาในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น จนกระทั่งเมื่อพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงโปรดเกล้าฯ ให้การแพทย์แผนไทยมีการรักษาควบคู่กับการแพทย์แบบฝรั่งในโรงพยาบาล และกำหนดให้มีการเรียนการสอนการแพทย์แผนไทยในโรงเรียนแพทย์ นับเป็นการพัฒนาการแพทย์แผนไทยไปสู่การบูรณาการอย่างสมบูรณ์
แต่มาจนเมื่อหลังแผ่นดินพระพุทธเจ้าหลวง การแพทย์แผนไทยถูกทำลายอย่างย่อยยับสูญหายไปจากโลก ชาวตะวันตกได้พยายามผลักดันทุกวิถีทางให้การแพทย์แผนไทยสูญสิ้น และทำได้สำเร็จ เป็นผลให้ประชาชนชาวไทยต้องคิดแต่เรื่องการแพทย์แบบฝรั่ง ใช้ยาฝรั่ง หลงใหลในอิทธิพลการรักษาแบบฝรั่งมาจนกระทั่งทุกวันนี้
จนกระทั่งพุทธศักราช 2494 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวในรัชกาลปัจจุบัน เสด็จพระราชดำเนินทอดกฐินที่วัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม (วัดโพธิ์) ซึ่งเป็นวัดที่ได้รับการยกย่องให้เป็นมหาวิทยาลัยแห่งแรกของคนไทย เพราะมีสรรพวิชาให้ศึกษานานาชนิด และในด้านการแพทย์แผนไทยนั้นมีความรู้ด้านการแพทย์หลายสาขา
ในหลวงท่านทรงทราบเรื่องนี้มาโดยตลอด และทรงเล็งเห็นความสำคัญของวิชาด้านการแพทย์แผนไทย จึงได้ทรงปรารภกับคณะกรรมการวัดโพธิ์ว่า เหตุใดจึงไม่มีการฟื้นฟูการแพทย์แผนไทยขึ้นมาใหม่ และนำความรู้มาสอนสืบทอดให้คนรุ่นหลังได้เรียนรู้และเข้าใจ เพราะผู้มีความรู้ด้านการแพทย์แผนไทยที่หลงเหลืออยู่ก็นับวันจะน้อยลง
คณะกรรมการวัดโพธิ์ได้สนองตอบตามพระราชดำริ จึงได้ประชุมกันและร่างหลักสูตรการเรียนการสอนด้านการแพทย์แผนไทยขึ้น และจัดตั้งโรงเรียนแพทย์แผนโบราณแห่งประเทศไทยขึ้นที่วัดโพธิ์ เป็นการฟื้นฟูด้านการแพทย์แผนไทยขึ้นมาใหม่ ในนาม สมาคมแพทย์แผนโบราณ หลังจากที่การแพทย์แผนไทยซบเซามานมนาน มีนักเรียนได้เข้าศึกษาและการสอบเพื่อรับประกาศนียบัตรประกอบโรคศิลปะของรัฐบาลด้วย
แม้โรงเรียนการแพทย์แผนโบราณแห่งประเทศไทย จะได้รับความนิยมและมีสมาชิกอยู่ทั่วประเทศก็ตาม ก็มิได้ทำให้การแพทย์แผนไทยพัฒนาขึ้นเท่าใดนัก เพราะกฎหมายไม่เอื้อต่อระบบการศึกษาด้านการแพทย์แผนไทย อีกทั้งผู้ร่างหลักสูตรส่วนใหญ่เป็นผู้ชำนาญการเฉพาะด้าน และกอร์ปกับผู้เรียนเป็นผู้สูงอายุ และไม่ได้เป็นผู้เข้าใจในระบบการศึกษาแผนใหม่ ทำให้หลักสูตรการศึกษาไม่ได้รับการรับรองจากรัฐบาล และประการสำคัญที่สุดผู้บริหารโรงเรียนการแพทย์แผนโบราณแห่งประเทศไทยขัดแย้งกันเอง ซึ่งนำไปสู่ความแตกแยกจนไม่สามารถประสานงานกันได้ ทำให้ส่วนหนึ่งออกมาตั้งโรงเรียนของตนเองเช่นเดียวกับ “สำนัก” ในสมัยก่อน แต่อย่างไรก็ตาม โรงเรียนการแพทย์แผนไทย ที่วัดพระเชตุพนฯ ก็ยังดำเนินต่อไปท่ามกลางสถานการณ์ที่คลอนแคลน
ต่อมาศาสตราจารย์นายแพทย์อวย เกตุสิงห์ ผู้เชี่ยวชาญด้านการแพทย์แผนไทยซึ่งแต่เดิมเคยไปศึกษาในด้านการแพทย์สมัยใหม่จากประเทศเยอรมนี และกลับมาทำงานร่วมกับนักวิจัยชาวเยอรมัน ได้ศึกษาพืชสมุนไพรในประเทศไทยจำนวนถึง 400 ชนิด หวังจะพัฒนาสมุนไพรมาผลิตยาแบบสมัยใหม่เพื่อใช้รักษาโรคตั้งแต่ก่อนสงครามโลกครั้งที่ 2 พ.ศ. 2483 แต่โครงการชะงักงันเพราะเยอรมนีแพ้สงครามต่อฝ่ายสัมพันธมิตร ดังนั้นบทบาทการผลิตและจำหน่ายยาในประเทศไทยส่วนใหญ่ตกเป็นของบริษัทจากอเมริกา และอังกฤษ เสียส่วนใหญ่
จนถึง พ.ศ. 2525 เมื่อสภาพทางการเมืองกระเตื้องขึ้น ทำให้ศาสตราจารย์นายแพทย์อวย เกตุสิงห์ ได้ก่อตั้งมูลนิธิส่งเสริมฟื้นฟูการแพทย์แผนไทย โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อบูรณาการภูมิปัญญาไทยด้านการแพทย์ เพื่อยกระดับให้เป็นมาตรฐานสากล รวมถึงเน้นการวิจัยด้านสมุนไพร นอกจากนี้ยังได้ก่อสร้างโรงเรียนทางการแพทย์แผนไทยขึ้น มีชื่อว่า อายุรเวทวิทยาลัย (ชีวกโกมารภัทร) อยู่ในซอยราชครู หลักสูตรเป็นการผสมผสานกันระหว่างการแพทย์แผนไทยและการแพทย์สมัยใหม่ รับนักเรียนจบชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 เรียนหลักสูตร 3 ปี จบหลักสูตรได้วุฒิบัตรเป็นแพทย์อายุรเวทมีวุฒิทางการศึกษาเทียบเท่าอนุปริญญา และปัจจุบันได้ย้ายไปอยู่ที่ศิริราชและเปิดการสอนในระดับปริญญาตรี
การดำเนินการฟื้นฟูแพทย์แผนไทยของศาสตราจารย์นายแพทย์อวย เกตุสิงห์ มีผลทำให้รัฐบาลได้เริ่มหันมาเห็นความสำคัญกับภูมิปัญญาไทย จึงได้เริ่มโครงการทดลองปลูกพืชสมุนไพรในพื้นที่ 25 จังหวัดๆ ละ 1 อำเภอ รวมที่ปลูกพืชสมุนไพรทั่วประเทศ 1,000 หมู่บ้าน รวมพืชสมุนไพรจำนวนหกสิบกว่าชนิด และไปสู่เป้าหมายนำสมุนไพรไปผลิตยาในเชิงอุตสาหกรรม