รัฐบาลไทยจัดกองทหารเกียรติยศในพิธีอำลาส่งเสด็จ สมเด็จพระสันตะปาปาฟรานซิส ประมุขแห่งศาสนจักรโรมันคาทอลิก ในโอกาสเยือนไทยอย่างเป็นทางการระหว่างวันที่ 20-23 พฤศจิกายน 2562 ที่ท่าอากาศยานทหาร 2 กองบิน 6 ดอนเมือง โดยมีนายสมคิด จาตุศรีพิทักษ์ รองนายกรัฐมนตรี เป็นผู้แทนรัฐบาลไทย พล.อ.สุรยุทธ์ จุลานนท์ รักษาการประธานองคมนตรี นายดอน ปรมัตถ์วินัย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ นายอิทธิพล คุณปลื้ม รัฐมนตรีว่าการกระทรวงวัฒนธรรม เอกอัครราชทูตประจำนครรัฐวาติกัน เอกอัครสมณทูตนครรัฐวาติกัน ประจำประเทศไทย ผู้แทนสังฆมณฑล 11 เขตในประเทศไทย ผู้แทนเยาวชนจากสังฆมณฑล 11 เขตในประเทศไทย ร่วมส่งเสด็จ
สมเด็จพระสันตะปาปาฟรานซิส ทรงอำลาผู้แทนคณะฝ่ายไทยและฝ่ายวาติกัน พร้อมโบกพระหัตถ์อำลาตัวแทนคริสตชน จาก 11 สังฆมณฑล กว่า 100 คน และทรงโอบกอดตัวแทนเด็กที่รอส่งเสด็จอย่างอบอุ่น
ทั้งนี้ สมเด็จพระสันตะปาปาฟรานซิส เสด็จจากท่าอากาศยานทหาร2กองบิน 6 ดอนเมือง ไปยังกรุงโตเกียว ในโอกาสเสด็จเยือนประเทศญี่ปุ่น เป็นเวลา 4 วัน ระหว่างวันที่ 23-26 พฤศจิกายน 2562 โดยเที่ยวบินพิเศษของสายการบินไทย ในเวลา 09.47 น.
ซิสเตอร์ อานา โรซา ซิโวรี รองอธิการิณี โรงเรียนคาทอลิกหญิงล้วนเซนต์แมรี จังหวัดอุดรธานี พระญาติที่อยู่ในประเทศไทย ผู้มีทวดคนเดียวกันกับสมเด็จพระสันตะปาปาฟรานซิส กล่าวว่า ตลอดระยะเวลาที่สมเด็จพระสันตะปาปาเดินทางเยือนประเทศไทย พระองค์ทรงตรัสว่าชอบประเทศไทยมาก และประทับใจที่ได้เข้าเฝ้าพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินี และเข้าเฝ้าสมเด็จพระสังฆราช รวมถึงพบกับนายกรัฐมนตรี
ซิสเตอร์ อานา กล่าวด้วยว่า เป็นครั้งแรกที่มาพระองค์มาประเทศไทย ดีใจที่มีโอกาสที่ได้คุยและระลึกถึงสิ่งที่เกิดขึ้นในอดีต และได้คุยกันแบบพี่น้อง ปกติจะเจอกันที่โรม ประเทศอิตาลี สำหรับคนไทยทั้งหลายที่มีโอกาสครั้งหนึ่งในชีวิต ถือว่าเป็นบุญและได้รับพรจากพระเจ้าครั้งยิ่งใหญ่ ซึ่งจะอยู่ในความทรงจำ ทำให้รู้จักพระองค์ รู้จักพระศาสนจักรมากขึ้น
ด้านบาทหลวงยอแซฟ อนุชา ไชยเดช ผู้อำนวยการสื่อมวลชนคาทอลิกประเทศไทย กล่าวว่า มีความเชื่อว่าตลอดระยะเวลา 4 วันที่พระองค์เสด็จมาประเทศไทย นอกจากคริตชนแล้ว ประชาชนคนไทยก็ได้เห็นภาพที่น่าประทับใจตลอดเวลา ซึ่งภาพเหล่านั้นจะปรากฏออกไปทั่วโลก สื่อต่างชาติที่เดินทางมาร่วมทำข่าวชื่นชมการจัดการของคนไทย ถือเป็นกิจกรรมที่มีความสุข ชื่นชมยินดี เชื่อว่าเกิน 95% ของหลายคนที่มีโอกาสพบพระองค์เป็นครั้งแรก และจะประทับใจไปอีกนาน