รายงานข่าวแจ้งว่า สำนักงานศาลปกครองกลางมีหนังสือถึงทีมทนายความของสมศักดิ์ เจียมธีรสกุล อาจารย์ประจำภาควิชาประวัติศาสตร์ คณะศิลปศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เมื่อวันที่ 24 ก.ย. 58 แจ้งคำสั่งรับฟ้องคดีที่สมศักดิ์ฟ้องมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และคณะกรรมการข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา (ก.พ.อ.) ขอเพิกถอนคำสั่งลงโทษไล่ออกจากราชการ
โดยนายสมศักดิ์ยกกรณีที่เห็นได้ว่าหากผู้ฟ้องคดียังอยู่ในประเทศไทยจะต้องถูกข่มขู่คุกคามทั้งโดยกระบวนการทางกฎหมาย และที่ไม่เป็นไปตามกฎหมาย โดยเหตุจากการเป็นผู้ที่มีความเห็นต่างกับอำนาจรัฐซึ่งมีที่มาโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย การดำเนินคดีกับผู้ฟ้องคดีจึงเป็นการกระทำที่ไม่มีความชอบธรรมใดๆทั้งสิ้น
จากข้อเท็จจริงดังกล่าวที่เป็นเหตุให้ผู้ฟ้องคดีจะได้รับภัยอันตรายต่อเสรีภาพและความปลอดภัยต่อชีวิตร่างกายและเสรีภาพ อันเป็นการละเมิดสิทธิมนุษยชนร้ายแรง ทำให้ไม่สามารถอยู่ในประเทศไทยได้ และเมื่อวันที่ 27 ก.พ. 58 ประเทศฝรั่งเศสได้ให้สถานะผู้ลี้ภัยแก่ผู้ฟ้องคดี และอนุญาตให้พักอาศัยอยู่ที่ประเทศฝรั่งเศสอย่างถาวร ตามหลักอนุสัญญาว่าด้วยสถานภาพผู้ลี้ภัย (Convention Relating to the Status of Refugees)
อีกทั้งผู้ฟ้องคดีเห็นว่าการเรียกรายงานตัวโดย คสช. ซึ่งเป็นกลุ่มบุคคลที่มีความขัดแย้งกับตน จะเกิดภัยคุกคามแก่ทั้งโดยตรงและโดยอ้อม ผู้ฟ้องคดีจึงเดินทางออกนอกประเทศ ทำให้ไม่สามารถปฏิบัติราชการได้อันเป็นเหตุจำเป็นอย่างยิ่ง และหลังการเข้ายึดอำนาจของ คสช. ผู้ฟ้องคดีเห็นว่าไม่มีประโยชน์อันใดอีก ในการปฏิบัติหน้าที่เป็นอาจารย์ที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ภายใต้การปกครองในระบอบทหารต่อไป
ทั้งยังเห็นได้ชัดว่าการพิจารณาอนุมัติหรือไม่อนุมัติให้ผู้ฟ้องคดีลาไปปฏิบัติงานเพื่อเพิ่มพูนความรู้เป็นไปอย่างล่าช้าเมื่อวันที่19 ธ.ค. 57 ผู้ฟ้องคดีจึงทำหนังสือขอลาออกจากราชการ เพื่อไปประกอบอาชีพใหม่ โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 30 ธ.ค. 57 ทั้งที่ความจริงแล้ว ผู้ฟ้องคดีประสงค์จะปฏิบัติหน้าที่ราชการต่อไป แต่ในวันเดียวกัน มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ได้มีคำสั่งลงโทษไล่ผู้ฟ้องคดีออกจากราชการ และแม้ผู้ฟ้องคดีจะอุทธรณ์แล้ว แต่ ก.พ.อ. ก็มีมติให้ยกอุทธรณ์
ผู้ฟ้องคดีเห็นว่า คำสั่งของมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ที่ลงโทษไล่ออกจากราชการ และคำสั่ง ก.พ.อ. ที่ยกอุทธรณ์ เป็นคำสั่งทางปกครองที่ไม่ชอบด้วยข้อเท็จจริงและข้อกฎหมาย จึงฟ้องร้อง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 และคณะกรรมการข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 2 ต่อศาลปกครองกลาง ขอให้เพิกถอนคำสั่งมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ที่ 356/2558 เรื่อง ลงโทษออกจากราชการ และขอให้เพิกถอนผลการอุทธรณ์คำสั่งที่ ศธ.0592 (3) 1.9/6266 สำนักงานคณะกรรมการอุดมศึกษา (สกอ.) ลงวันที่ 7 มิ.ย. 58
โดยนายสมศักดิ์ยกกรณีที่เห็นได้ว่าหากผู้ฟ้องคดียังอยู่ในประเทศไทยจะต้องถูกข่มขู่คุกคามทั้งโดยกระบวนการทางกฎหมาย และที่ไม่เป็นไปตามกฎหมาย โดยเหตุจากการเป็นผู้ที่มีความเห็นต่างกับอำนาจรัฐซึ่งมีที่มาโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย การดำเนินคดีกับผู้ฟ้องคดีจึงเป็นการกระทำที่ไม่มีความชอบธรรมใดๆทั้งสิ้น
จากข้อเท็จจริงดังกล่าวที่เป็นเหตุให้ผู้ฟ้องคดีจะได้รับภัยอันตรายต่อเสรีภาพและความปลอดภัยต่อชีวิตร่างกายและเสรีภาพ อันเป็นการละเมิดสิทธิมนุษยชนร้ายแรง ทำให้ไม่สามารถอยู่ในประเทศไทยได้ และเมื่อวันที่ 27 ก.พ. 58 ประเทศฝรั่งเศสได้ให้สถานะผู้ลี้ภัยแก่ผู้ฟ้องคดี และอนุญาตให้พักอาศัยอยู่ที่ประเทศฝรั่งเศสอย่างถาวร ตามหลักอนุสัญญาว่าด้วยสถานภาพผู้ลี้ภัย (Convention Relating to the Status of Refugees)
อีกทั้งผู้ฟ้องคดีเห็นว่าการเรียกรายงานตัวโดย คสช. ซึ่งเป็นกลุ่มบุคคลที่มีความขัดแย้งกับตน จะเกิดภัยคุกคามแก่ทั้งโดยตรงและโดยอ้อม ผู้ฟ้องคดีจึงเดินทางออกนอกประเทศ ทำให้ไม่สามารถปฏิบัติราชการได้อันเป็นเหตุจำเป็นอย่างยิ่ง และหลังการเข้ายึดอำนาจของ คสช. ผู้ฟ้องคดีเห็นว่าไม่มีประโยชน์อันใดอีก ในการปฏิบัติหน้าที่เป็นอาจารย์ที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ภายใต้การปกครองในระบอบทหารต่อไป
ทั้งยังเห็นได้ชัดว่าการพิจารณาอนุมัติหรือไม่อนุมัติให้ผู้ฟ้องคดีลาไปปฏิบัติงานเพื่อเพิ่มพูนความรู้เป็นไปอย่างล่าช้าเมื่อวันที่19 ธ.ค. 57 ผู้ฟ้องคดีจึงทำหนังสือขอลาออกจากราชการ เพื่อไปประกอบอาชีพใหม่ โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 30 ธ.ค. 57 ทั้งที่ความจริงแล้ว ผู้ฟ้องคดีประสงค์จะปฏิบัติหน้าที่ราชการต่อไป แต่ในวันเดียวกัน มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ได้มีคำสั่งลงโทษไล่ผู้ฟ้องคดีออกจากราชการ และแม้ผู้ฟ้องคดีจะอุทธรณ์แล้ว แต่ ก.พ.อ. ก็มีมติให้ยกอุทธรณ์
ผู้ฟ้องคดีเห็นว่า คำสั่งของมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ที่ลงโทษไล่ออกจากราชการ และคำสั่ง ก.พ.อ. ที่ยกอุทธรณ์ เป็นคำสั่งทางปกครองที่ไม่ชอบด้วยข้อเท็จจริงและข้อกฎหมาย จึงฟ้องร้อง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 และคณะกรรมการข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 2 ต่อศาลปกครองกลาง ขอให้เพิกถอนคำสั่งมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ที่ 356/2558 เรื่อง ลงโทษออกจากราชการ และขอให้เพิกถอนผลการอุทธรณ์คำสั่งที่ ศธ.0592 (3) 1.9/6266 สำนักงานคณะกรรมการอุดมศึกษา (สกอ.) ลงวันที่ 7 มิ.ย. 58