30 มิ.ย. 2551 เป็นวันครบวาระและสิ้นสุดการทำงานอย่างเป็นทางการของ คตส. ซึ่งจะมีการจัดงานสรุปผลงานและส่งมอบต่อให้กับคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) ที่หอประชุมใหญ่ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ในโอกาสนี้ คตส. ได้ออกหนังสือ "ปัจฉิมบทพันธกิจการตรวจสอบแทนประชาชน" สรุปผลการตรวจสอบของคตส. ตลอด 1 ปี 9 เดือนที่ผ่านมา มีเนื้อหาประมาณ 179 หน้า
บทนำของหนังสือดังกล่าว ได้ฉายให้เห็นความมุ่งมั่นในการทำงานของ คตส. ท่ามกลางอุปสรรคปัญหานานัปการ ทั้งยังต้องเผชิญหน้ากับการต่อสู้ตามกระบวนการยุติธรรม "โดยลำพังด้วยตนเอง" จากการถูกฟ้องร้องดำเนินคดีอาญา แพ่ง เรียกค่าเสียหายกว่าแสนล้านบาท โดยเนื้อหาของบทนำ มีดังนี้
คณะกรรมการตรวจสอบการกระทำที่ก่อให้เกิดความเสียหายแก่รัฐ (คตส.) ได้รับการแต่งตั้ง โดยประกาศคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ฉบับที่ ๓๐ เมื่อวันที่ ๓๐ กันยายน ๒๕๔๙
และได้มีการขยายระยะเวลาปฏิบัติงานตามพระราชบัญญัติแก้ไขเพิ่มเติมประกาศคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ฉบับที่ ๓๐ เรื่องการตรวจสอบการกระทำที่ก่อให้เกิดความเสียหายแก่รัฐ ลงวันที่ ๓๐ กันยายน พุทธศักราช ๒๕๔๙ พ.ศ.๒๕๕๐ ซึ่งจะครบกำหนดระยะเวลาปฏิบัติงานในวันที่ ๓๐ มิถุนายน ๒๕๕๐
ปฐมบทการตรวจสอบการกระทำที่ก่อให้เกิดความเสียหายแก่รัฐอันเนื่องมาจากการดำเนินงานหรือโครงการต่างๆของบุคคลในคณะรัฐมนตรีหรือคณะรัฐมนตรีซึ่งพ้นจากตำแหน่งโดยผลของการปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตย อันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ที่มีเหตุอันควรสงสัยว่าจะเป็นไปโดยทุจริตหรือประพฤติมิชอบนั้น มีจุดเริ่มจากการเสนอเรื่องตรวจสอบของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน (สตง.) ซึ่งได้มีการตรวจสอบและรวบรวมข้อมูลไว้อยู่แล้ว ในฐานะที่รับผิดชอบงานด้านธุรการของ คตส.จำนวน ๒๓ เรื่อง
ได้แก่ ๑.เรื่องจัดซื้อชุดอุปกรณ์ตรวจสอบวัตถุระเบิด CTX ,๒.เรื่อง ท่อร้อยสายไฟฟ้า,๓. เรื่อง กรณีภาระภาษีการซื้อขายหุ้นชินคอร์ป กรมสรรพกร,๔. เรื่องเงินกู้ EXIM BANK,๕. เรื่องการออกสลากพิเศษแบบเลขท้าย ๓ ตัว และ ๒ ตัว,๖. เรื่อง การจัดซื้อต้นกล้ายาง ,๗ เรื่อง การจ้างก่อสร้างและจัดซื้ออุปกรณ์ ห้องปฏิบัติการกลางฯ(Central Lab),๘ เรื่อง แอร์พอร์ต ลิงค์,
๙.เรื่องการก่อสร้างบ้านเอื้ออาทร ของการเคหะแห่งชาติมีความล่าช้า,๑๐.เรื่องการจัดซื้อรถดับเพลิงและเรือดับเพลิงของกรุงเทพมหานคร,๑๑. เรื่องการจัดซื้อรถพยาบาลฉุกเฉินระดับสูง ของกระทรวงสาธารณสุข,๑๒.เรื่องโครงการหนังสือเดินทางอิเลคโทรนิค (อี พาสสปอร์ต) ,๑๓.เรื่องค่าใช้จ่ายในการจัดการเลือกตั้ง ส.ส. และ สว. ของกกต.,๑๔.เรื่องโครงการให้บริการวิทยุโทรคมนาคม ระบบเซลูลาร์ดิจิตอล CDMA ,
๑๕.เรื่อง การให้สัมปทานบริษัท King Power ในสนามบินสุวรรณภูมิ ,๑๖.เรื่องครัวการบินไทย,๑๗.เรื่องคลังสินค้า,๑๘. เรื่องหนี้สูญออมสิน,๑๙ เรื่องบริษัทไทยเดินเรือทะเล (บดท.) จ่ายเงินค่าหุ้นตั้งบริษัทเดินเรือโดยมิชอบ,๒๐.เรื่องโครงการจ้างเหมากำจัดขยะมูลฝอยของ กทม.,๒๑.เรื่องระบบไฟทางวิ่งลานจอดทางบิน สุวรรณภูมิ,๒๒.เรื่องพืชสวนโลก และ๒๓.เรื่องระบบระบายน้ำ ท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ
คตส.ได้พิจารณาและมีมติรับเรื่องบรรจุเข้ากระบวรการตรวจสอบของ คตส.ในครั้งแรกมีจำนวน ๘ เรื่องคือ
๑.เรื่องจัดซื้อชุดอุปกรณ์ตรวจสอบวัตถุระเบิด CTX
๒.เรื่อง ท่อร้อยสายไฟฟ้าใต้ดินสนามบินสุวรรณภูมิ
๓. เรื่อง กรณีภาษีเงินได้เกี่ยวกับการซื้อขายหุ้น
๔. เรื่องเงินกู้ EXIM BANK
๕. เรื่องการออกสลากพิเศษแบบเลขท้าย ๓ ตัว และ ๒ ตัว
๖. เรื่อง การจัดซื้อต้นกล้ายาง
๗ เรื่อง การจ้างก่อสร้างและจัดซื้ออุปกรณ์ ห้องปฏิบัติการกลางฯ(Central Lab)
๘ เรื่อง แอร์พอร์ต ลิงค์
และต่อมา คตส. มีมติเพิ่มเรื่องเข้าบรรจุในการตรวจสอบอีก ๕ เรื่อง คือ
๙.เรื่องกล่าวหาธนาคารกรุงไทย
๑๐.เรื่องการจัดซื้อจัดจ้างเอกชนโดยการเคหะแห่งชาติ บ้านเอื้ออาทร
๑๑.เรื่องกิจการโทรคมนาคมในส่วนของภาษีสรรพสามิต
๑๒. เรื่องการจัดซื้อรถและเรือดับเพลิงของ กทม.
๑๓. การจัดซื้อที่ดินของกองทุนฟื้นฟู (ที่ดินรัชดาภิเษก)
ตลอดระยะเวลา ๑ ปี ๙ เดือน ที่ คตส.ได้ปฏิบัติหน้าที่ ท่ามกลางปัญหาอุปสรรคนานัปการ แต่ด้วยอุดมการณ์อันหนักแน่นในอันที่จะรักษาไว้ซึ่งผลประโยชน์ของประเทศชาติและประชาชน ภายใต้กระบวนการตรวจสอบไต่สวนที่ให้ความยุติธรรมแก่ทุกฝ่าย กรรมการ คตส.ทุกคนต่างยึดมั่นในความซื่อสัตย์สุจริตในการทำหน้าที่ของตน เพื่อสร้างบรรทัดฐานแห่งจริยธรรมและบรรทัดฐานแห่งความรับผิดชอบให้เกิดขึ้นในประเทศชาติ
การสร้างระบบตรวจสอบการกระทำที่ก่อให้เกิดความเสียหายแก่รัฐ ดังเช่น คตส. มิใช่ว่าจะถือกำเนิดและทำได้โดยง่าย เนื่องด้วยเหตุปัจจัยหลายประการ ไม่ว่าจะเป็นปัญหาในระบบกฎหมาย วัฒนธรรม และความเข้าใจของคน
โดยเฉพาะอย่างยิ่ง “ผู้ใช้อำนาจรัฐ” ซึ่งทุกประเทศจะมีลักษณะเหมือนๆ กัน คือ ไม่ต้องการให้ใครมาตรวจสอบการกระทำของตนและพยายามทุกวิถีทางที่จะให้หลุดพ้นจากการถูกตรวจสอบ โดยความพยายามเข้าไปควบคุมกลไกอำนาจรัฐ การแทรกแซงองค์กรอิสระและกระบวนการยุติธรรม เพื่อขจัดขัดขวางมิให้มีการดำเนินการใดๆที่จะเกิดโทษแก่ตน จึงสร้างปัญหาวิกฤติทางการเมือง การโกงกินคอรัปชั่นและเป็นเหตุให้การก่อรัฐประหารปรากฏอยู่หน้าประวัติศาสตร์ของไทยตลอดมา
เรามักจะได้รับคำถามเสมอว่าประเทศชาติได้อะไรจากการตรวจสอบของ คตส.
การตรวจสอบของ คตส. ซึ่งเป็นพันธกิจการตรวจสอบแทนประชาชน และเรียกร้องความเป็นธรรมแทนประเทศนั้น ตลอดเวลาที่ผ่านมา คตส.ได้ทำหน้าที่ตรวจสอบโครงการต่างๆ ที่ดำเนินงานโดยรัฐมนตรี หรือคณะรัฐมนตรี หน่วยงานราชการ หน่วยงานของรัฐ เจ้าหน้าที่ของรัฐ รัฐวิสาหกิจ บุคคลและนิติบุคคลต่างๆที่ทำผิดก่อให้เกิดความเสียหายแก่รัฐ ซึ่งจากการตรวจสอบการกระทำทุจริต ๑๓ เรื่อง พบมูลความผิดที่ทำให้รัฐได้รับความเสียหายเป็นเงินกว่า ๑.๘ แสนล้านบาท
โดย คตส. ได้จัดทำรายงานสรุปผลการดำเนินงานของ คตส. โดยรวบรวมผลการดำเนินงานที่ คตส. ทำการตรวจสอบจนถึงปัจจุบัน เพื่อจะได้เป็นประโยชน์ในการศึกษาวิเคราะห์วิจัย เพื่อพัฒนาปรับปรุงระบบการตรวจสอบ ในการตรวจสอบทุจริต ความผิดในการกระทำที่ก่อให้เกิดความเสียหายแก่รัฐ การทุจริตเชิงนโยบาย การทับซ้อนของผลประโยชน์ การขัดกันของผลประโยชน์ส่วนบุคคลและประโยชน์ส่วนรวม ภาระภาษีและการหลีกเลี่ยงภาษี ซึ่งเป็นปัจฉิมบทที่จะเป็นอุทาหรณ์แก่ผู้ใช้อำนาจรัฐในการบริหารประเทศ ให้ระมัดระวังการดำเนินงานตามนโยบายของตนที่จะก่อให้เกิดความเสียหายแก่ประเทศ
เมื่อครบวาระและสิ้นสุดการทำงานอย่างเป็นทางการ คตส. ยังต้องเผชิญหน้ากับการต่อสู้ตามกระบวนการยุติธรรม “โดยลำพังด้วยตนเอง” จากการถูกฟ้องร้องดำเนินคดีทั้งอาญา ๑๐ คดี ,คดีแพ่ง ๗ คดี และถูกแจ้งความร้องทุกข์ ๓ คดี รวม ๒๐ คดี ฟ้องเรียกค่าเสียหายจาก คตส.กว่า ๑ แสนล้านบาท และยังมีคดีปกครองอีก ๑ คดี
สิ่งสำคัญที่ คตส. ต้องการฝากไว้ในแผ่นดิน คือการให้ประชาชนได้เกิดความตระหนักและสำนึกต่อความเป็นเจ้าของประเทศ ที่ย่อมมีสิทธิหวงแหน และช่วยกันดูแลรักษาการใช้จ่ายเงินแผ่นดิน เพราะ“เงินแผ่นดินนั้นคือเงินของประชาชนทั้งชาติ”
