พระแก้วมรกต หรือ พระพุทธมณีรัตนปฏิมากร เป็นพระพุทธรูปเก่าแก่จนไม่รู้ว่าใครสร้าง และสร้างมาแต่เมื่อใด เป็นความลับที่ยังหาคำตอบไม่ได้จนถึงทุกวันนี้ อีกทั้งฝีมือที่สร้าง แม้จะลงความเห็นกันว่าเป็นฝีมือระดับช่างเอก แต่รูปแบบก็ไม่สามารถบอกได้ว่าเป็นฝีมือของช่างอินเดีย เขมร มอญ พม่า ไทย หรือจีน จนมีตำนานกล่าวไว้ว่าเป็นฝีมือเทวดาสร้าง
พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงนิพนธ์เรื่องตำนานพระแก้วมรกตไว้ตอนหนึ่งว่า
“อนึ่ง จะว่าด้วยฝีมือช่างที่ทำพระพุทธรูปองคนี้นั้นว่า เมื่อพิจารณาเห็นเทียบเคียงดู ก็เห็นเป็นฝีมือช่างเอกทีเดียวในครั้งหนึ่งคราวหนึ่ง จะเป็นฝีมือช่างอินเดียคือเมืองเบงกอลราฐสุรัฐและเมืองแขกพราหมณ์ข้างมัชฌิมประเทศ ที่ไทยเรียกเมืองเทศนั้นก็มิใช่เลย อนึ่งจะเป็นฝีมือเมืองสิงหนีมอญพม่า เขมร แลไทยเหนือหรือจีนก็มิใช่ ดูฝีมือไม่ใกล้เคียงคล้ายคลึงกับพระพุทธรูปซึ่งเป็นฝีมือช่างในเมืองทั้งปวงที่ออกชื่อมาเลย ถ้าจะว่าเป็นฝีมือเทวดาดังตำนานว่า ก็เห็นว่าฝีมือเทวดาคงจะผิดกว่าฝีมือช่างมนุษย์ทั้งปวงทีเดียว เมื่อเปรียบเทียบไปโดยละเอียด ดูเหมือนจะเป็นฝีมือช่างลาวเหนือโบราณข้างเมืองเชียงแสน เห็นคล้ายคลึงมากกว่าฝีมือช่างเมืองอื่น...”
มีตำนานโบราณเขียนเป็นภาษามคธ เรียกพระแก้วมรกตว่า “รัตนพิมพวงศ์” และกล่าวว่าเทวดาเป็นผู้สร้างถวายพระอรหันต์องค์หนึ่งนามว่า “พระนาคเสนเถระ” แห่งเมืองปาฏลีบุตร พระนาคเสนเป็นพระอรหันต์ที่มีฤทธิ์สำเร็จด้วยอภิญญา ได้อาราธนาพระบรมสารีริกธาตุของสมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า ให้ประดิษฐานอยู่ในองค์พระมหามณีรัตนปฏิมากรถึง ๗ พระองค์ คือในพระโมฬี พระนลาฏ พระอุระ พระอังสาทั้ง ๒ ข้าง ในพระชาณุทั้ง ๒ ข้างอีก รวมเป็น ๗ พระองค์ เนื้อแก้วก็ปิดมิดชิดสนิทติดเป็นเนื้อเดียวดังเดิม ไม่มีร่องรอย
พระมหามณีรัตนปฏิมากรอยู่เมืองปาฏลีบุตร แล้วตกไปอยู่ลังกาทวีป เมืองกัมโพชา เมืองศรีอยุธยา เมืองละโว้ เมืองกำแพงเพชร แล้วจึงตกไปอยู่เมืองเชียงราย เจ้าเมืองเชียงรายหวังจะซ่อนศัตรูจึงเอาปูนทา ลงรักปิดทอง แล้วบรรจุไว้ในเจดีย์
นอกจากนี้ยังมีนิทานอีกหลายเรื่อง ที่เมืองเขมรบ้าง ไทยบ้าง ลาวบ้าง แต่งไว้เกี่ยวกับพระแก้วมรกต แต่ทั้งหมดก็เป็นเพียงตำนานหรือนิทาน ไม่มีเรื่องไหนที่ยืนยันความจริงเกี่ยวกับพระแก้วมรกต
เรื่องราวของพระแก้วมรกตปรากฏชัดแจ้งตั้งแต่ปีพุทธศักราช ๑๙๗๗ เป็นต้นมา เมื่อฟ้าได้ผ่าพระสถูปเจดีย์เก่าองค์หนึ่งของวัดป่าญะ ตำบลเวียง เมืองเชียงราย เมื่อพระสถูปเจดีย์นั้นพังลงลงมา ก็ได้เห็นพระพุทธรูปปูนองค์หนึ่งปิดทองทึบทั้งองค์ซ่อนอยู่ภายใน ก็คิดกันว่าเป็นพระพุทธรูปปูนธรรมดา จึงอัญเชิญไปไว้ในวิหาร ต่อมาอีก ๒-๓ เดือน ปูนที่ลงรักปิดทองที่พระนาสิกได้กระเทาะออก เห็นเป็นแก้วสีเขียวงาม เจ้าอธิการจึงให้แกะออกทั้งองค์ คนทั้งปวงจึงได้เห็นว่าเป็นพระพุทธรูปแก้วทึบทั้งองค์ สีเหมือนมรกต ไม่มีบุบสลาย
เรื่องราวของพระแก้วมรกตที่ปรากฏชัดจึงเริ่มขึ้นในตอนนี้ ส่วนใครจะเป็นผู้หุ้มปูนปิดทองแล้วนำมาซ่อนไว้ในพระเจดีย์ และซ่อนไว้ตั้งแต่เมื่อใด ด้วยเหตุผลใด ไม่มีใครทราบ
เมื่อชาวเมืองเชียงรายและใกล้เคียงได้ทราบข่าว ต่างแตกตื่นไปนมัสการบูชา ท้าวเพี้ยผู้รักษาเมืองจึงมีใบบอกไปถึงเจ้าเมืองเชียงใหม่ผู้ปกครองเชียงราย เจ้าเมืองเชียงใหม่ จึงจัดขบวนช้างแห่ไปรับพระแก้วมาโดยหลังช้าง ครั้นมาถึงสามแยกไปเมืองนครลำปาง ช้างที่รับพระแก้วมาก็ตื่นวิ่งไปทางเมืองนครลำปาง ควาญช้างเล้าโลมจนช้างสงบลงแล้ว ให้ออกเดินทางไปเชียงใหม่ ช้างก็ตื่นจะไปนครลำปางอีก แม้เปลี่ยนช้างเอาช้างที่เชื่องมารับ ช้างก็ตื่นจะไปทางลำปางเช่นกัน ครั้นมีใบบอกไปทางเมืองเชียงใหม่ เจ้าเมืองเชียงใหม่ที่นับถือผี วิตกว่าผีที่รักษาองค์พระไม่ยอมมาเมืองเชียงใหม่ จึงยอมให้อัญเชิญพระแก้วไปประดิษฐานไว้ที่นครลำปาง
พระแก้วมรกตประดิษฐานอยู่ที่วัดพระแก้วเมืองลำปางนาน ๓๒ ปี ครั้นถึง พ.ศ.๒๐๑๑ เจ้าเมืองเชียงใหม่องค์ใหม่ดำริว่า ที่เจ้าเมืององค์เก่ายอมให้พระแก้วไปอยู่มืองลำปางนี้นไม่ควรเลย จึงส่งขบวนไปอัญเชิญมาไว้ที่เชียงใหม่ สร้างเป็นปราสาทมียอดสูงจะให้เป็นที่ประดิษฐานพระแก้ว แต่ก็ถูกฟ้าผ่าหลายครั้งจนต้องเลิกล้มความตั้งใจ อัญเชิญไปไว้ในพระวิหารที่มีซุ้มจระนำอยู่ในผนังด้านหลัง พร้อมเครื่องประดับอาภรณ์ต่างๆ มีบานปิดเป็นตู้เก็บรักษา และเปิดให้ผู้คนนมัสการได้เป็นคราวๆ
พระแก้วมรกตประดิษฐานอยู่ที่เชียงใหม่นานถึง ๘๔ ปี จนถึง พ.ศ.๒๐๙๕ ก็ต้องเดินทางอีกครั้ง เมื่อ เจ้าไชยเสรษฐาธิราช เจ้าเมืองเชียงใหม่องค์หนึ่งเป็นบุตรของ พระเจ้าโพธิสาร เจ้าเมืองหลวงพระบาง เพราะเจ้าเมืองเชียงใหม่องค์ก่อนได้ยกราชธิดาชื่อ ยอดคำ ให้เป็นมเหสีพระเจ้าโพธิสาร มีราชบุตรคือเจ้าไชยเสรษฐ์องค์นี้ เมื่อเจ้าไชยเสรษฐ์อายุได้ ๑๕ ปี เจ้าเมืองเชียงใหม่ผู้เป็นอัยกาถึงชีพิตักษัย ไม่มีทายาทครอบครองเชียงใหม่ ท้าวพระยาและบรรดาพระสงฆ์ผู้ใหญ่ทั้งปวงจึงพร้อมกันไปขอเจ้าไชยเสรษฐ์มาเป็นเจ้าเมืองเชียงใหม่ มีนามว่า เจ้าไชยเสรษฐาธิราช ครั้นต่อมาพระเจ้าโพธิสารสิ้นพระชนม์ น้องชายต่างมารดาได้เป็นเจ้าเมืองหลวงพระบาง เจ้าไชยเสรษฐ์จึงพาครอบครัวไปร่วมงานศพพระบิดา โดยอัญเชิญพระแก้วมรกตไปด้วย อ้างว่าจะนำไปให้ญาติวงศ์นมัสการบูชา แต่เกิดความขัดแย้งกันในราชสมบัติ ในที่สุดเจ้าไชยเสรษฐาธิราชได้ขึ้นครองเมืองหลวงพระบาง ไม่ได้กลับเชียงใหม่
พระแก้วมรกตประดิษฐานอยู่ที่เมืองหลวงพระบาง ๑๒ ปี จนเมื่อเจ้าไชยเสรษฐาธิราชลงมาตั้งเมืองหลวงใหม่ที่กรุงเวียงจันทน์ ก็ได้อัญเชิญพระแก้วมรกตลงมาด้วย
พระแก้วมรกตประดิษฐานอยู่ที่เวียงจันทน์นานถึง ๒๑๕ ปี จนในปี พ.ศ.๒๓๒๑ ในสมัยกรุงธนบุรี สมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกเป็นแม่ทัพไปตีเมืองล้านช้าง หลวงพระบาง และเวียงจันทน์ ได้เป็นขอบขัณฑสีมา จึงได้อัญเชิญพาระแก้วมรกตกลับมากรุงธนบุรีด้วย พระเจ้าตากสินมหาราชโปรดให้สร้างโรงพระแก้วขึ้นที่หลังพระอุโบสถวัดอรุณราชวรารามในพระราชวัง เป็นที่ประดิษฐานพระแก้วมรกต
เมื่อสมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย?ศึกขึ้นครองราชย์ ได้ตั้งการพระราชพิธีปราบดาภิเษกขึ้นเป็น พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก เมื่อวันที่ ๑๐ มิถุนายน พ.ศ.๒๓๒๕ ทรงย้ายพระนครมาอยู่ฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยา โปรดให้สร้างวัดเพื่อประดิษฐานพระแก้วมรกตขึ้นในพระบรมมหาราชวัง เมื่อพระอารามแล้วเสร็จ จึงโปรดให้อัญเชิญพระแก้วมรกตแห่ด้วยขบวนเรือข้ามฟากมายังพระอารามที่สร้างขึ้นใหม่ในวันจันทร์ แรม ๑๔ ค่ำ เดือน ๔ ตรงกับวันที่ ๒๗ มีนาคม พ.ศ.๒๓๒๗ และผูกพัทธสีมาในวันนั้น พระราชทานนามว่า “วัดพระศรีรัตนศาสดาราม”
ส่วนกรุงเทพมหานคร ก็มีชื่อว่า “กรุงเทพมหานคร อมรรัตนโกสินทร์ มหินทรายุธยา” มีความหมายว่า พระนครอันกว้างใหญ่ดุจเทพนคร เป็นที่สถิตของพระแก้วมรกต เป็นนครที่ไม่มีใครรบชนะได้
เมื่อตอนที่ฝรั่งเศสบีบเค้นเอาดินแดนจากไทย ไม่ได้แค่จะเอาดินแดนในลาวและเขมรเท่านั้น ยังเรียกร้องจะเอาพระแก้วมรกตด้วย เนื่องจากอ่านประวัติศาสตร์ไม่จบ จึงอ้างว่าเป็นของลาว ไทยไปเอามาจากลาว ฉะนั้นต้องคืนให้ฝรั่งเศสด้วย ผู้แทนฝ่ายไทยต่างลุกขึ้นเดินออกจากที่ประชุมพร้อมกันโดยมิได้นัดหมาย ทำให้ฝรั่งเศสต้องถอนข้อเรียกร้องนี้จึงเจรจากันต่อได้
ฉะนั้นกรุงเทพมหานคร จึงต้องมีพระแก้วมรกตสถิตอยู่ คู่พระนครตลอดไป