“พระสมุทรเจดีย์” หรือรู้จักกันว่า “พระเจดีย์กลางน้ำ” เมื่อแรกสร้างก็อยู่บนเกาะกลางน้ำใกล้ปากน้ำเจ้าพระยา แต่ทั้งธรรมชาติและมนุษย์ก็สามารถที่จะเคลื่อนเกาะพระเจดีย์ให้เชื่อมเป็นเนื้อเดียวกับฝั่ง จนสามารถขับรถเข้าไปถึงได้เมื่อหลายปีมาแล้ว
ศาสนสถานที่สำคัญของประเทศไทยแห่งนี้ เป็นพระราชดำริในพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ซึ่งทรงให้ความสำคัญกับปากแม่น้ำเจ้าพระยาในการป้องกันข้าศึกทางทะเล ทรงสร้างเมืองนครเขื่อนขันธ์ หรือพระประแดง เพื่อป้องกันปากแม่น้ำแล้ว ยังทรงสร้างป้อมปราการเรียงรายทั้งสองฝั่งไว้หลายป้อม และทรงสร้างเมืองสมุทรปราการขึ้นใหม่หลังจากเมืองเก่าทรุดโทรม
ในปี พ.ศ.๒๓๖๖ เมื่อเสด็จพระราชดำเนินไปทอดกฐินที่เมืองสมุทรปราการ ทอดพระเนตรเห็นเกาะน้อยที่อยู่ด้านเหนือของเกาะใหญ่ที่ทรงสร้างป้อมผีเสื้อสมุทร จึงมีพระราชดำริจะสร้างพระมหาเจดีย์ขึ้นบนเกาะนั้น โปรดให้ออกแบบพระเจดีย์ถวายให้ทอดพระเนตร ทรงแก้ไขแล้วขนานนามพระเจดีย์ว่า “พระสมุทรเจดีย์” แต่เมื่อถมดินกันทรุด ขณะรอให้ดินอยู่ตัวเสียก่อนนั้น ก็เสด็จสวรรคต กรมหมื่นเจษฎาบดินทร์ พระราชโอรสผู้ทรงเป็นแม่กองถมดิน ได้ขึ้นครองราชย์เป็นรัชกาลที่ ๓ จึงทรงสร้างต่อ โดยเริ่มสร้างในวันที่ ๓๐ ตุลาคม พ.ศ.๒๓๗๐ แล้วเสร็จในวันที่ ๒ พฤษภาคม พ.ศ.๒๓๗๑ เป็นเวลา ๗ เดือนกับ ๕ วัน สิ้นพระราชทรัพย์ไป ๒๓๓ ชั่ง หรือ ๑,๘๖๔ บาท
พระสมุทรเจดีย์องค์ที่พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงสร้างนี้ เป็นเจดีย์ฐานสี่เหลี่ยมย่อมุมไม้สิบสอง ฐานกว้างด้านละ ๑๐ วา ๙ ศอก หรือ ๒๔.๕๐ เมตร จากฐานถึงยอดสูง ๑๓ วา ๓ ศอก ๑ คืบ หรือ ๒๗.๗๕ เมตร บรรจุพระบรมสารีริกธาตุ ๔ พระองค์ไว้ภายในองค์พระเจดีย์ แต่หลังจากสร้างเสร็จไมนาน ก็มีโจรใจบาปแอบปีนขึ้นไปเจาะองค์พระเจดีย์ขโมยพระบรมสารีริกธาตุไป
ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ ๔ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จมานมัสการพระสมุทรเจดีย์ ดำรัสว่าพระเจดีย์องค์นี้ดูต่ำเตี้ยไม่สง่างาม และเมื่อทรงทราบว่ามีโจรปีนขึ้นไปขโมยพระบรมสารีริกธาตุไป จึงโปรดให้ช่างไปถ่ายแบบพระเจดีย์ทรงระฆังคว่ำองค์หนึ่งที่กรุงศรีอยุธยา และพระราชทานพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์จำนวน ๕๘๘ ชั่ง หรือ ๔๗,๐๐๐ บาท ก่อสร้างสวมทับพระเจดีย์องค์เดิมไว้ เช่นเดียวกับพระปฐมเจดีย์ มีความสูงถึง ๓๙.๗๕ เมตร ให้ดูโดดเด่นสง่างามสมกับเป็นพระเจดีย์คู่บ้านคู่เมือง และปีนขึ้นไปยาก อัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุ ๑๒ พระองค์จากพระบรมมหาราชวังมาบรรจุไว้ ทั้งยังถมเกาะให้กว้างขึ้นด้วย
แอนนา เลียวโนเวน ครูสอนภาษาในพระราชสำนัก ได้บันทึกถึงพระสมุทรเจดีย์เมื่อนั่งเรือผ่านสันดอนเข้ามาว่า
“...กลางแม่น้ำที่หน้าเมือง มีเกาะกลางอยู่ ๒ เกาะ เกาะแรกมีป้อมปราการ รอบเกาะเขียวไปด้วยต้นไม้...อีกเกาะเป็นเกาะเล็กกว่า มีวัดพุทธศาสนาก่อสร้างไว้อย่างสวยงาม และแปลกตาเป็นเอกลักษณ์เฉพาะเมืองสยาม ที่จัดสร้างไว้อย่างยิ่งใหญ่ เปรียบได้ราวกับการสร้างปิรามิดที่อียิปต์เลย...”
เนื่องจากพระเจดีย์กลางน้ำอยู่ใกล้ปากน้ำเจ้าพระยา ซึ่งกระแสน้ำได้พัดพาตะกอนดินมา เมื่อประทะกับน้ำทะเลจึงอ่อนแรงลง ทำให้ตะกอนดินตกทับถมในย่านนี้จนเกิดเป็นสันดอนที่ปากอ่าว ซึ่งต้องขุดลอกกันเป็นประจำ ส่วนกระแสน้ำด้านหลังเกาะพระเจดีย์กับฝั่งแผ่นดินใหญ่ ก็เกิดตะกอนดินทับถมกันจนตื้นเขินขึ้นทีละน้อย ต่อมาในปี พ.ศ.๒๔๘๓ เมื่อมีการสร้างท่าเรือคลองเตยขึ้น มีการขุดลอกร่องน้ำให้เรือเดินสมุทรเข้าออกได้สะดวก ทำให้กระแสน้ำไหลสะดวกมากขึ้นในร่องน้ำที่ขุด ส่วนด้านหลังเกาะพระสมุทรเจดีย์ที่กระแสน้ำอ่อนกำลังลง จึงตื้นเขินเร็วขึ้น ทำให้เกาะกับฝั่งเชื่อมเป็นผืนดินเดียวกันเร็วขึ้น แต่หลังเกาะผีเสื้อสมุทรยังเหลือร่องน้ำให้เรือเล็กผ่านได้ ปัจจุบันจึงมีท่าเรือที่ตลาดพระสมุทรเจดีย์ข้ามไปจังหวัดสมุทรปราการ
ยังมีสิงที่น่าสนใจอีกอย่างที่พระสมุทรเจดีย์ ก็คือ ประเพณีห่มผ้าแดง ซึ่งเป็นไฮไลท์ของปี
หลังจากสร้างพระสมุทรเจดีย์เสร็จในสมัยรัชกาลที่ ๓ นั้น ได้มีการเฉลิมฉลองกัน ๕ วัน ๕ คืน เพื่อเป็นการสักการะพระบรมสารีริกธาตุที่บรรจุอยู่ในองค์พระเจดีย์ ทั้งยังได้นำผ้าแดงผืนใหญ่มาห่มพระเจดีย์ให้เห็นสะดุดตา ประกาศให้ชาวต่างชาติที่เดินเรือเข้ามาได้เห็นผ้าแดงผืนใหญ่ ซึ่งเป็นเสมือนธงชาติไทยในสมัยนั้น โดยนำผ้าแดงผืนนั้นแห่ทั้งทางบกทางน้ำให้ประชาชนมีส่วนร่วม ก่อนจะมาแห่ทักษิณาวรรตรอบองค์พระเจดีย์แล้วนำขึ้นห่ม
พระสมุทรเจดีย์ที่สร้างในสมัยรัชกาลที่ ๓ เป็นแบบย่อมุม มีเหลี่ยมมุมให้ปีนขึ้นได้ง่าย แต่ในรัชกาลที่ ๔ สร้างเป็นทรงระฆังคว่ำครอบ กลายเป็นทรงกลมที่ปีนขึ้นยาก จึงหาผู้ปีนขึ้นไปห่มผ้าให้องค์พระเจดีย์ไม่ได้ เกือบจะหมดหนทางที่จะขึ้นไปห่มพระเจดีย์ทรงใหม่เสียแล้ว ในที่สุดเมื่อไม่มีใครกล้าอาสา นายรอด รุ่งแจ้ง ชาวสมุทรปราการผู้หนึ่ง จึงอาสาปีนขึ้นไปห่ม เพื่อให้งานประเพณีลุล่วงไปได้ แล้วก็ทำสำเร็จ ได้รับความชื่นชมนับถือจากชาวปากแม่น้ำเจ้าพระยาทั้งสองฝั่งเป็นอย่างมาก จากนั้นนายรอดยังได้ฝึกลูกชาย อีก ๒ คนคือ นายบาง และ นายจำรัส เป็นอาสาสมัครรับหน้าที่เป็นผู้นำม้วนผ้าแดงปีนขึ้นไปห่มพระสมุทรเจดีย์ทุกปี ทั้งก่อนที่นายรอด นายบาง นายจำรัส จะเสียชีวิต ก็ได้ฝึกลูกหลานให้รับหน้าที่นี้ต่อกันมา จนหน้าที่ปีนขึ้นไปห่มพระสมุทรเจดีย์เป็นหน้าที่อาสาของตระกูลนี้โดยเฉพาะ