สาเหตุของโรคกลิ่นปาก ส่วนมากร้อยละ 90 เกิดจากภายในช่องปาก เพราะกลิ่นปากเกิดจากเชื้อแบคทีเรียกลุ่มหนึ่งในปากทำการย่อยสลายสารประกอบประเภทโปรตีนที่ตกค้างอยู่ในช่องปากและลำคอ ทำให้เกิดกลิ่นเหม็นขึ้น สาเหตุที่สำคัญและพบได้บ่อยที่สุดคือ การมีฝ้าขาวบนลิ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่โคนลิ้นด้านใน สำหรับสาเหตุอื่น ๆ ในช่องปากยังมีอีกมากมาย เช่น ฟันผุ เพราะยิ่งฟันผุเป็นรูลึก หรือมีเศษอาหารตกค้างอยู่ตามซอกฟัน ก็ยิ่งมีกลิ่นเหม็นมาก
นอกจากนี้ สาเหตุจากโรคเหงือกอักเสบที่เกิดจากการแปรงฟันไม่สะอาด ทำให้มีแผ่นคราบฟันและหินปูนสะสม หากไม่ได้รับการรักษาโรคเหงือกอักเสบก็จะลุกลามมากขึ้นกลายเป็นโรคปริทันต์อักเสบ ซึ่งจะมีกลิ่นเหม็นรุนแรงยิ่งขึ้น สาเหตุสำคัญอีกประการหนึ่งที่ทำให้เกิดกลิ่นปากคือ ภาวะปากแห้ง นํ้าลายน้อย ซึ่งมีสาเหตุจากการดื่มนํ้าไม่เพียงพอ เมื่อมีนํ้าลายน้อย เชื้อโรคต่าง ๆ จะตกค้างอยู่ในช่องปากเป็นจำนวนมาก ทำให้เกิดกลิ่นมากขึ้น โดยในบางขณะจะมีการหลั่งของนํ้าลายลดลงตามธรรมชาติ ก็จะทำให้เกิดกลิ่นปากได้ เช่น เวลานอน ภาวะอดอาหาร หรือหิว ตลอดจนภาวะเครียด ทั้งนี้ อาชีพที่ใช้เสียงมาก ๆ เช่น ครู ทนายความ จะมีผลให้นํ้าลายลดลง ทำให้มีกลิ่นปากได้เช่นกัน
ดังนั้น “นํ้า” จึงเป็นยาที่ดีที่สุดในการลดกลิ่นปาก ส่วนสาเหตุจากภายนอกช่องปาก มักเกิดขึ้นจากระบบทางเดินหายใจและระบบทางเดินอาหาร โดยที่สาเหตุจากระบบทางเดินหายใจส่วนใหญ่เกิดจากการมีนํ้ามูกไหลลงคอทางด้านหลังโพรงจมูก และการมีเศษอาหารติดอยู่ตามร่องของต่อมทอนซิล สำหรับสาเหตุจากระบบทางเดินอาหารส่วนใหญ่เกิดจากการมีแบคทีเรียส่วนเกินในกระเพาะอาหารและลำไส้เล็ก ซึ่งมักจะมีอาการท้องอืด แน่น เรอมีกลิ่นเหม็น นอกจากนี้อาหารบางชนิดเมื่อรับประทานแล้วจะมีกลิ่นขับออกมาทางลมหายใจ เช่น กระเทียม ทุเรียน หัวหอม เครื่องเทศ ผู้ที่ดื่มสุรา หรือสูบบุหรี่เป็นประจำ หรือท้องผูกหลาย ๆ วัน ก็สามารถทำให้เกิดกลิ่นปากได้ การรักษากลิ่นปากก็คือ การแก้ไขสาเหตุเหล่านั้น ประกอบกับการปรับพฤติกรรมให้เกิดสภาพแวดล้อมที่ดีในช่องปาก
ที่สำคัญที่สุดคือ อย่าปล่อยให้ปากแห้ง ซึ่งการดื่มนํ้าจะช่วยขจัดแบคทีเรียและช่วยเพิ่มปริมาณออกซิเจนในช่องปาก ช่วยขจัดคราบบนลิ้นและเสมหะในลำคอ ตลอดจนเศษอาหารที่ติดอยู่ตามร่องของทอนซิล ทำให้มีนํ้าลายเพิ่มขึ้น ฉะนั้น จึงควรแปรงฟันทุกครั้งหลังอาหาร และ เลือกใช้ผลิตภัณฑ์ในช่องปากให้เหมาะสมที่ไม่ทำให้ปากแห้ง แต่หากยังมีกลิ่นปากอย่างเรื้อรัง แนะนำให้ไปพบทันตแพทย์ เพื่อทำการซักประวัติและตรวจเพื่อหาสาเหตุของโรคต่อไป