สำหรับทางด้านการแพทย์นั้นได้รับการบูรณาการอย่างเร่งด่วน พยายามร่วมมือร่วมใจกันสืบหาผู้มีความรู้ด้านการแพทย์และตำรายาในทุกหัวเมือง เพราะขณะนั้นไพร่ฟ้าประชากรชาวไทยลำบากมาก ทั้งขาดแคลนข้าวปลาอาหารและยารักษาโรค ดังปรากฏในพระราชพงศาวดารสมัยกรุงธนบุรีว่า “คนทั้งปวงถึงพิบัติชีพตายด้วยทุพภิกขะ โจระ โรคะ สุมกองอยู่ประดุจหนึ่งภูเขา และเห็นประชาชนซึ่งลำบาก อดอยากอาหารมีรูปร่างดุจหนึ่งเปรตปีศาจ”
อีกทั้งในฐานะที่พระเจ้ากรุงธนบุรีทรงเป็นพระมหากษัตริย์ ผู้รับผิดชอบในความเป็นอยู่ของประชาราษฎร์ ถึงกับอธิษฐานเป็นสัจวาจาว่าจะยอมตัดพระพาหาให้หนึ่งข้างให้กับผู้ที่ทำให้ประชาชนมีความสุข ดังข้อความว่า “บุคคลใดเป็นอาทิคือเทวดา บุคคลผู้สัมฤทธิ์มากระทำให้ข้าวปลาอาหารสมบูรณ์ให้สัตว์โลกเป็นสุขได้ แม้ผู้นั้นปรารถนาพระพาหาแห่งเราข้างหนึ่งก็อาจตัดบริจาคให้แก่ผู้นั้นได้ตามความกรุณา เป็นความสัตย์”
สิ่งที่พระองค์ทรงตั้งก็สมจริง ตามคำอธิษฐาน เพราะเมื่อผู้ปกครองในชั้นหลังทรงทำให้ไพร่ฟ้ามีความสุขและพระโอรสของพระองค์เองมีอาชีพเป็นแพทย์หลวงถึงสี่พระองค์ ซึ่งจัดเป็นแพทย์หลวงที่มีความสามารถ ดำรงตำแหน่งเป็นหัวหน้าในการชำระตำรายาในสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ พระราชโอรสทั้งสี่พระองค์ ได้แก่
สมเด็จเจ้าฟ้าชายทัศพงศ์ ทรงเป็นพระราชโอรสพระองค์แรกของสมเด็จพระเจ้าตากสินกับกรมบริจาภักดีศรีสุดารักษ์ (เจ้าฟ้าฉิม) พระธิดาเจ้าพระนครศรีธรรมราช (หนู) เรียกกันว่าทูลกระหม่อมหญิงใหญ่ หลังจากสิ้นราชวงศ์ถูกถอดยศลงมาเป็น “พระพงศ์อมรินทร์” หรือที่เรียกกันว่า “พระพงศ์นรินทร์” เป็นโอรสของสมเด็จพระเจ้าตากสินที่ได้รับการยกย่องมากที่สุดพระองค์หนึ่งในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์
พระองค์เจ้าหนูแดง พระราชโอรสของสมเด็จพระเจ้าตากสินไม่ทราบนามทางฝ่ายพระมารดา ในสมัยรัชกาลที่สาม ได้รับตำแหน่งเป็นพระยาบำเรอราชแพทย์ คราวบูรณะวัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม มีหน้าที่เป็นแพทย์ใหญ่คุมจารึกเรื่องตำรับยาแพทย์แผนไทย และปรากฏหลักฐานในตำราเรื่องแพทย์หมอ พระราชนิพนธ์พระองค์เจ้าศรีเสาวภาคย์พระราชโอรสในพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้กล่าวถึงหมอหนูแดงว่า มีคำเล่าว่าพระบำเรอราช (หนูแดง) เป็นบุตรขุนหลวงตาก เป็นผู้รู้คัมภีร์แพทย์ ได้เรียบเรียงตกแต่งไว้มาก
พระองค์เจ้าชายละมั่ง เป็นพระราชโอรสของสมเด็จพระเจ้าตากสิน ไม่ปรากฏพระนามมารดา ภายหลังถูกถอดยศแต่เข้ารับราชการเป็นหมอหลวงได้เป็นพระยาสัมบัติยาธิบาล เป็นผู้หนึ่งที่ร่วมแต่งโคลงท่าฤาษีตัดตนที่วัดพระเชตุพนฯ
พระอินทรภัย พระราชโอรสของสมเด็จพระเจ้าตากสินกับกรมบริจาภักดีศรีสุดารักษ์ (ฉิม) ร่วมอุทรเดียวกับสมเด็จเจ้าฟ้าชายทัศพงศ์ (พระพงศ์นรินทร์) มีศักดิ์เป็นพระอนุชาและได้เรียนทางหมอเช่นเดียวกับพระเชษฐา ในสมัยรัชกาลที่สอง มีตำแหน่งเป็นหมอหลวง ภายหลังถูกกล่าวหาว่าเป็นชู้กับเจ้าจอมในวังและถูกประหารชีวิตเมื่อ พ.ศ. 2355
พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกปฐมกษัตริย์ราชวงศ์จักรีได้ทรงรวบรวมตำราแพทย์แผนไทยเป็นครั้งแรก หลังจากพระองค์สถาปนากรุงเทพมหานครเป็นนครหลวงของไทยจากศิลาจารึกที่วัดพระเชตุพนฯ มีหลักฐานว่า พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกโปรดให้ “ตั้งตำรายา”
จนสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ได้ทรงมีการรวบรวมตำราการแพทย์แผนไทยขึ้น พ.ศ. 2355 โดยมีพระองค์อมรินทร์พระราชนิกูล แพทย์ใหญ่เป็นหัวหน้าทำหน้าที่รวบรวมและชำระตำรายาที่รู้จักกันดี เรียกว่า ตำรายาโรงพระโอสถ เมื่อโรคระบาดครั้งร้ายแรงที่สุดในสมัยรัชกาลที่สอง คือการระบาดของอหิวาตกโรคซึ่งเรียกกันว่า ไข้ป่วงใหญ่ เมื่อ พ.ศ. 2363 ในชั่วระยะเวลาเพียงสิบห้าวันเท่านั้น วันนั้นปรากฏว่ามีคนตายถึงสามหมื่นคน
ในขณะที่ในเวียดนามคนตายในคราวนี้เกือบหนึ่งแสนคน จึงเป็นที่น่าสังเกตว่าใน พ.ศ. 2364 หลังจากอหิวาตกโรคระบาดเพียงหนึ่งปี ก็ได้พระราชทานโปรดเกล้าฯ ให้จารึกตำรายาไทยลงบนศิลาประดิษฐานไว้ที่วัดจอมทอง ผู้ควบคุมคือพระเจ้าลูกยาเธอ กรมหมื่นเจษฎาบดินทร์ และพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยได้ทรงตั้งพระนามวัดจอมทองใหม่ว่า วัดราชโอรส อันหมายถึงวัดที่พระราชโอรสเป็นผู้บูรณปฏิสังขรณ์นั้นเอง
การแพทย์แผนไทยในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ฟื้นตัวขึ้นอีกครั้งพร้อมกับวิทยาการในสาขาอื่นๆ นั่นคือ ได้โปรดให้ประชุมบรรดานักปราชญ์ราชบัณฑิต ผู้เชี่ยวชาญในสาขาวิชาต่างๆ เช่น ตำรายา ตำราหมอนวด ตำรา โคลง ประวัติศาสตร์ วรรณคดี ประเพณี ศาสนา และสุภาษิต เป็นต้น มาจารึกลงบนแผ่นศิลาประดับไว้ที่วัดพระเชตุพนวิมลมังคลารามหรือวัดโพธิ์ เมื่อ พ.ศ. 2375 เพื่อให้อาณาประชาราษฎร์ได้ศึกษาค้นคว้าเพราะสมัยนั้นตำรับตำรายังหายาก โดยเหตุนี้จึงกล่าวกันว่าวัดโพธิ์ เป็นมหาวิทยาลัยแห่งแรกของเมืองไทย ตำรายาและตำราเกี่ยวกับการนวดหรือที่เรียกว่า ตำราการแพทย์แผนไทย จารึกไว้ที่วัดพระเชตุพนฯ มีมากที่สุดรวมทั้งสิ้นประมาณสามสิบเปอร์เซ็นต์ของเนื้อหาจารึกทั้งหมด
ความรู้ทางการแพทย์แผนไทยที่วัดโพธิ์ ตามที่พระยาบำเรอราชแพทย์เป็นหัวหน้าผู้สืบเสาะหาตำรายาและตำราลักษณะโรคจากหมอหลวง หมอพระและหมอเชลยศักดิ์ มีการประกาศขอตำรายาดีซึ่งมีผู้นำมาให้มากมาย ผู้นำตำรายามาให้นั้นจะต้องสาบานตัวว่ายาขนานนั้นๆ ตนได้ใช้มาก่อนและใช้ได้ผลดีจริงๆ และพระยาบำเรอราชแพทย์ นำมาตรวจสอบอีกครั้งหนึ่ง ก่อนที่จะนำมาจารึกไว้
วิชาการแพทย์แผนไทยที่จารึกไว้ที่วัดโพธิ์ แสดงให้เห็นถึงการศึกษาค้นคว้าและรวบรวมครั้งสำคัญที่สุด มีการบันทึกหลักฐานอย่างมีระเบียบ จากความเชื่อที่ว่าแพทย์ไทยหวงแหนวิชานั้นไม่ปรากฏให้เห็น แสดงให้เห็นถึงความร่วมมือกันเป็นอย่างดีระหว่างหมอหลวง หมอเชลยศักดิ์ หมอพระ และเป็นรากฐานของแพทย์แผนไทยสืบมา ซึ่งโดยแท้จริงแล้ว เป็นการตั้งรับการแพทย์แผนตะวันตกที่กำลังรุกคืบเข้ามาอย่างน่ากลัว