ด้วยรูปลักษณ์วิธีการปกครองที่ขาดความเอาใจใส่อย่างแท้จริงของข้าราชการ ทั้งยังทุจริต คอร์รัปชัน เอารัดเอาเปรียบ ไร้ความยุติธรรม และเลือกปฏิบัติ ประกอบกับเส้นทางคมนาคมห่างไกลจากศูนย์อำนาจที่แท้จริงจึงทำให้การปกครองจากศูนย์กลางกระทำได้ด้วยความลำบาก และที่สำคัญได้แก่ความแตกต่างกันด้านวัฒนธรรม ภาษา ศาสนา ขนบธรรมเนียมประเพณี และสังคมจิตวิทยาที่เอนเอียงเป็นทางมาเลย์มากกว่าไทย ดังนั้น เมื่อโอกาสใดเปิดให้ประเทศราชทางใต้เหล่านั้นได้แก่ ปัตตานี ตรังกานู กลันตัน ไทรบุรี และเปอร์ลิสมีความเข้มแข็งหรือมีต่างชาติยุยง ก็จะพากันแยกตัวไม่ยอมขึ้นในอาณัติสยามทันที
ดังนั้น พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงโปรดเกล้าฯจัดวิธีการปกครองเป็น 2 ระยะ โดยในระยะแรกจะเป็นปัญหาของเจ้าเมืองเก่าที่เสียอำนาจเพราะถูกพระราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ปลอดรอดจากตำแหน่ง และทรงแต่งตั้งให้หัวเมือง 7 แห่งปกครองกันเองโดยเจ้าเมือง ของแต่ละเมืองโดยเฉพาะในส่วนของเจ้าเมืองปัตตานีมีอิทธิพลสูงกว่าใครเพราะความสำคัญที่มีมาแต่โบราณจึงเกิดปัญหาเจ้าเมืองปัตตานีเอาเปรียบคนอื่นและถูกฟ้องเสมอจนถูกอาญาแผ่นดิน และในระยะที่ 2 พ.ศ. 2449 ทรงโปรดเกล้าฯ ให้มีการปรับปรุงการบริหารราชการใหม่อีกครั้ง โดยจัดตั้งมณฑลปัตตานีขึ้นใน พ.ศ. 2449 และทรงกำหนดนโยบายการปกครองหัวเมืองทั้ง 7 ซึ่งมีเนื้อหาสรุปดังนี้
1. ออกระเบียบวิธีการปกครองให้สอดคล้องกับสภาพสังคมจิตวิทยาทุกมิติ เพื่อหลีกเลี่ยงการกระทบกระเทือนทางจิตใจ โดยผ่อนปรนตามหลักศาสนาอิสลาม หากเป็นเรื่องครอบครัว เช่น คดีมรดก
2. คัดเลือกบุคคลที่มีคุณธรรม เสียสละ และมีความรู้ รวมถึงการปรับตัวให้เข้ากับสังคมอิสลามได้เป็นอย่างดี เพราะเข้าถึงจิตใจมุสลิมได้ดีไปปกครอง
3. เร่งรัดพัฒนาเศรษฐกิจ การศึกษา การคมนาคม การสาธารณสุขให้ดีกว่าหัวเมืองทางด้านใต้ที่อังกฤษปกครองเพื่อให้เกิดการเปรียบเทียบ
4.หากผู้ว่าราชการเมืองเดิมยังมีชีวิตอยู่ ก็ดูแลเมืองและรักษาสถานภาพความเป็นเจ้าเมืองไว้ แต่เพิ่มค่าครองชีพให้สูงขึ้นจนอยู่กินสมบูรณ์แต่เมื่อสิ้นเจ้าเมืองลงให้รวมเมืองนั้นเสียกับเมืองอื่น เช่น กรณี พ.ศ. 2459 สามารถรวม 4 จังหวัดคือ ปัตตานี สายบุรี ยะลา และนราธิวาส และ พ.ศ. 2474 ยุบมณฑลปัตตานี ลดฐานะสายบุรีเป็นอำเภอขึ้นกับจังหวัดปัตตานี แต่ที่สำคัญในห้วงการล่าอาณานิคมนั้น สามารถแก้ปัญหาการคุกคามของอังกฤษลงได้ แต่ต้องยอมเสียดินแดนได้แก่ รัฐไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู และรัฐเปอร์ลิสให้อังกฤษไว้เป็นกันชน และป้องกันมิให้อังกฤษหาเรื่องยุยงให้เมืองเหล่านั้นแข็งข้อและอังกฤษหวังแทรกแซงด้วยกำลังอาวุธ ในเดือนมีนาคม ร.ศ. 127 หรือพ.ศ. 2451 และครั้นถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จเจ้าฟ้ายุคลธรฑิฆัมพร กรมหลวงลพบุรีราเมศวร์ เสด็จฯ ออกมาดำรงตำแหน่งอุปราชผู้สำเร็จราชการประจำหัวเมืองปักษ์ใต้ควบคุมดูแลหัวเมืองเหล่านั้นต่างพระเนตรพระกรรณอย่างใกล้ชิด เสมือนสร้างความเจริญตามหลักการปิยมหาราช (Rama V Doctrines)
ผลของการปฏิรูปการปกครอง และการดำเนินนโยบายตามหลักการของพระพุทธเจ้าหลวง 4 ประการนั้น ทำให้สามารถลดปัญหาเหตุการณ์ไม่สงบในลักษณะต่างๆลงได้ โดยเฉพาะการแข็งเมือง และความสับสนทางการเมือง การทูต และสังคมจิตวิทยา จนกระทั่งมีการเปลี่ยนแปลงการปกครอง พ.ศ. 2475 แต่นโยบายหลักการของรัชกาลที่ 5 มิได้เปลี่ยนแปลงมาก
ขณะเดียวกัน ชาวมาเลย์ และจีนในแหลมมลายูเริ่มคิดที่จะประกาศอิสรภาพจากอังกฤษ เช่นเดียวกันกับอินเดีย พม่าหรือเวียดนามในอินโดจีนของฝรั่งเศส ทำให้แนวคิดการแข็งเมืองปัตตานีไร้ทิศทาง เพราะไม่รู้ว่าจะขึ้นอยู่กับมลายูหรือเป็นรัฐอิสระเอง เพราะเกิดอิทธิพลทางการเมืองอิสระขึ้นหลายกลุ่ม เพราะเดิมทีอังกฤษเป็นคนเสียม แต่ต่อมาอังกฤษต้องปกป้องตัวเองจากกระบวนการกู้ชาติมาเลย์-จีน และเกิดแนวคิดสังคมนิยมคอมมิวนิสต์มลายู-จีนที่ต้องการประกาศให้รัฐมลายูเป็นรัฐสังคมนิยมคอมมิวนิสต์
ครั้นเกิดสงครามโลกครั้งที่ 2 หรือสงครามมหาเอเชียบูรพาสยาม โดยรัฐบาลจอมพล ป.พิบูลสงคราม ยอมรับข้อเสนอญี่ปุ่นให้เป็นพันธมิตร และประกาศสงครามกับพันธมิตรทำให้อังกฤษได้ทีสนับสนุน ตนกู มูฮัมหมัด ยิดดิน บุตรชาย ตนกู อับดุลกาเดร์ อดีตเจ้าเมืองปัตตานีที่ถูกพระราชโองการรัชกาลที่ 5 ปลดออกจากราชการให้แข็งข้อกับรัฐบาลกลางกรุงเทพฯ เพื่ออังกฤษจะได้ใช้เป็นเครื่องมือสร้างแนวป้องกันกองทัพญี่ปุ่นมิให้รุกรานอังกฤษที่มลายู และสิงคโปร์ โดยให้แยกดินแดน 3 จังหวัดชายแดนไทย-มลายูออกเป็นรัฐปัตตานี เพราะปัตตานีมีแม่น้ำจึงเป็นจุดยุทธศาสตร์ที่อังกฤษต้องการใช้เป็นฐานทัพเรือป้องกันแนวรบด้านเหนือป้องกันกองทัพญี่ปุ่น
ยุทธศาสตร์นี้หลวงประดิษฐมนูธรรม หรือท่านปรีดี พนมยงค์ เขียนเล่าไว้ในบทความ “ข้อสังเกตเกี่ยวกับเอกภาพของชาติกับประชาธิปไตย” เกี่ยวกับ ตนกู มูฮัมหมัด ยิดดินว่า “เสรีไทยคนหนึ่งเล่าให้ข้าพเจ้า (ท่านปรีดี) ฟังว่าที่กรุงเดลลี อินเดีย มีชาวอังกฤษกลุ่มหนึ่งจัดเลี้ยงเพื่อเป็นเกียรติแก่ ตนกู ผู้นี้และดื่มให้พรตนกูคนนี้ว่า “Long Live The King Patani” ประกอบกับพรรคการเมืองบางพรรคในมาเลเซียคอยให้การสนับสนุนทำให้เกิดขบวนการเชื้อชาตินิยมขึ้น และได้รับการสนองตอบจากมุสลิมที่มีอุดมการณ์ทางการเมือง เช่น ตนกู ยาลา นาแซ บุตรของพระยาสุริยะสุนทรฯ อดีตเจ้าเมืองสายบุรี เป็นต้น
หลังจากตนกู มูฮัมหมัด ยิดดิน ถึงแก่กรรมลงก็เกิดขบวนการต่างๆ ขึ้น เช่น ขบวนการแยกดินแดนมุสลิมหัวรุนแรงหลายกลุ่ม พรรคคอมมิวนิสต์มลายู และพรรคคอมมิวนิสต์แห่งประเทศไทย ซึ่งมีแก่นอุดมการณ์แตกต่างกัน แต่มีจุดร่วมเดียวกันคือ ทำลายความมั่นคงของรัฐบาลไทย และกลุ่มขบวนการแยกดินแดนที่สำคัญเริ่มต้นที่กลุ่มแนวร่วมปลดแอกแห่งชาติปัตตานี (Barisan National Pembebasan Patani-BNPP) เป็นองค์กรแยกดินแดนสถาปนาขึ้นเมื่อห้าทศวรรษมาแล้ว จึงเป็นกลุ่มที่มีประวัติความเป็นมาเก่าแก่ และมีแนวคิดในห้วง ค.ศ. 1947 ขณะที่อังกฤษกำลังจะให้เอกราชแก่สหพันธรัฐมลายู 9 รัฐโดยมีพระราชาธิบดีปกครองโดยสุลต่านแต่ละรัฐผลัดกันครองราชย์พระองค์ละ 5 ปี และที่ปัตตานีขณะนั้นสามารถแยกตัวเป็นรัฐอิสระได้ก็จะสถาปนาเป็นรัฐปัตตานีที่มีพระราชาธิบดีแห่งรัฐปัตตานีและไม่ขึ้นอยู่กับประเทศใด แต่จะได้รับการอุปถัมภ์จากกลุ่มประเทศมุสลิมเพื่อนบ้าน
แนวคิดนี้ทำให้ตนกู มูฮัมหมัด ยิดดิน ใช้แนวคิดเดิมครั้งโบราณ แต่กลับเป็นการแยกดินแดนแทนการประกาศแข็งเมืองเป็นอิสระเพื่อผลประโยชน์ของชาติตระกูล ด้วยเพราะแนวคิดเป็นใหญ่จึงก่อตั้งองค์กรอย่างเปิดเผยใน พ.ศ. 2490 ใช้ชื่อเป็นภาษามลายูว่า Gabon Gan Melayu Patani Raya หรือสมาพันธ์ชาติมลายูปัตตานีหรือกัมปาร์ (Gampar)และมีสำนักงานใหญ่ที่เมืองโคกาบารู รัฐกลันตัน และมีสาขาในรัฐเคดาห์ รัฐเปอร์ลิส เกาะปีนัง และในประเทศสิงคโปร์ และกัมปาร์นี้มีแกนนำสำคัญๆ ประกอบกับ นายยะหีสุหลง โต๊ะมีนา นายหะยีสุหลง บินอับดุลกาเดร์ และนายอดุล ณ สายบุรี อดีตสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรระหว่าง พ.ศ. 2480-2481 ซึ่งเป็นบุตรชายของพระยาสุริยะสุนทรบวรภักดี อดีตเจ้าเมืองสายบุรี ทำการปลุกระดมส่งเสริมให้มวลชนก่อความไม่สงบขึ้นในพื้นที่ภาคใต้เป็นระยะๆ ตั้งแต่นั้นมา จนตนกู มูฮัมหมัด ยิดดิน เสียชีวิตลงใน พ.ศ. 2496
และในปีต่อมานายยะหีสุหลง โต๊ะมีนา ก็เสียชีวิตลงอีกด้วยทำให้กัมปาร์อ่อนกำลังลง และค่อยๆ สลายตัวลง แต่ใน พ.ศ. 2520 นายอดุล ณ สายบุรี ซึ่งมองดูการเมือง ไทยพ.ศ. 2500 เกิดการแย่งอำนาจระหว่างกลุ่มจอมพล ป.พิบูลสงคราม กลุ่มพลตำรวจเอกเผ่า ศรียานนท์ กับกลุ่มจอมพลสฤษดิ์ ธนะรัชต์
ตลอดจนกระแสสงครามเย็นเริ่มสัมฤทธิผลให้การเมืองส่วนกลางอ่อนแอลง จึงสานอุดมการณ์ต่อด้วยการรวบรวมพลพรรคหัวรุนแรงกว่ายุคเริ่มแรก จัดตั้งกลุ่มโจรก่อการร้ายแนวร่วมแห่งชาติ ปลดปล่อยปัตตานีอันเป็นแฟชั่นสากลนิยมเชิงรัฐศาสตร์ในการแยกตัวเป็นอิสระ เพราะในขบวนการนี้มีสมาชิกที่ผ่านการศึกษาจากประเทศอียิปต์ เช่น นายอันนัน อุมัยดะห์ และนับว่าเป็นกลุ่มปัญญชาสำเร็จต่างชาติยุคแรก จึงทำให้มีการเคลื่อนไหวทั้งทางด้านการเมือง และการทหารซึ่งเป็นกองกำลังติดอาวุธทำการรบกับทหารรัฐบาล และเจ้าหน้าที่รัฐแต่ต่อมาถูกรัฐบาลจอมพล สฤษดิ์ที่รัฐประหารรัฐบาลจอมพล ป. สำเร็จปราบปรามอย่างรุนแรงจนเกิดความระส่ำระสายขาดผู้นำที่เข้มแข็งอีกวาระหนึ่ง
ดังนั้น พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงโปรดเกล้าฯจัดวิธีการปกครองเป็น 2 ระยะ โดยในระยะแรกจะเป็นปัญหาของเจ้าเมืองเก่าที่เสียอำนาจเพราะถูกพระราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ปลอดรอดจากตำแหน่ง และทรงแต่งตั้งให้หัวเมือง 7 แห่งปกครองกันเองโดยเจ้าเมือง ของแต่ละเมืองโดยเฉพาะในส่วนของเจ้าเมืองปัตตานีมีอิทธิพลสูงกว่าใครเพราะความสำคัญที่มีมาแต่โบราณจึงเกิดปัญหาเจ้าเมืองปัตตานีเอาเปรียบคนอื่นและถูกฟ้องเสมอจนถูกอาญาแผ่นดิน และในระยะที่ 2 พ.ศ. 2449 ทรงโปรดเกล้าฯ ให้มีการปรับปรุงการบริหารราชการใหม่อีกครั้ง โดยจัดตั้งมณฑลปัตตานีขึ้นใน พ.ศ. 2449 และทรงกำหนดนโยบายการปกครองหัวเมืองทั้ง 7 ซึ่งมีเนื้อหาสรุปดังนี้
1. ออกระเบียบวิธีการปกครองให้สอดคล้องกับสภาพสังคมจิตวิทยาทุกมิติ เพื่อหลีกเลี่ยงการกระทบกระเทือนทางจิตใจ โดยผ่อนปรนตามหลักศาสนาอิสลาม หากเป็นเรื่องครอบครัว เช่น คดีมรดก
2. คัดเลือกบุคคลที่มีคุณธรรม เสียสละ และมีความรู้ รวมถึงการปรับตัวให้เข้ากับสังคมอิสลามได้เป็นอย่างดี เพราะเข้าถึงจิตใจมุสลิมได้ดีไปปกครอง
3. เร่งรัดพัฒนาเศรษฐกิจ การศึกษา การคมนาคม การสาธารณสุขให้ดีกว่าหัวเมืองทางด้านใต้ที่อังกฤษปกครองเพื่อให้เกิดการเปรียบเทียบ
4.หากผู้ว่าราชการเมืองเดิมยังมีชีวิตอยู่ ก็ดูแลเมืองและรักษาสถานภาพความเป็นเจ้าเมืองไว้ แต่เพิ่มค่าครองชีพให้สูงขึ้นจนอยู่กินสมบูรณ์แต่เมื่อสิ้นเจ้าเมืองลงให้รวมเมืองนั้นเสียกับเมืองอื่น เช่น กรณี พ.ศ. 2459 สามารถรวม 4 จังหวัดคือ ปัตตานี สายบุรี ยะลา และนราธิวาส และ พ.ศ. 2474 ยุบมณฑลปัตตานี ลดฐานะสายบุรีเป็นอำเภอขึ้นกับจังหวัดปัตตานี แต่ที่สำคัญในห้วงการล่าอาณานิคมนั้น สามารถแก้ปัญหาการคุกคามของอังกฤษลงได้ แต่ต้องยอมเสียดินแดนได้แก่ รัฐไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู และรัฐเปอร์ลิสให้อังกฤษไว้เป็นกันชน และป้องกันมิให้อังกฤษหาเรื่องยุยงให้เมืองเหล่านั้นแข็งข้อและอังกฤษหวังแทรกแซงด้วยกำลังอาวุธ ในเดือนมีนาคม ร.ศ. 127 หรือพ.ศ. 2451 และครั้นถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จเจ้าฟ้ายุคลธรฑิฆัมพร กรมหลวงลพบุรีราเมศวร์ เสด็จฯ ออกมาดำรงตำแหน่งอุปราชผู้สำเร็จราชการประจำหัวเมืองปักษ์ใต้ควบคุมดูแลหัวเมืองเหล่านั้นต่างพระเนตรพระกรรณอย่างใกล้ชิด เสมือนสร้างความเจริญตามหลักการปิยมหาราช (Rama V Doctrines)
ผลของการปฏิรูปการปกครอง และการดำเนินนโยบายตามหลักการของพระพุทธเจ้าหลวง 4 ประการนั้น ทำให้สามารถลดปัญหาเหตุการณ์ไม่สงบในลักษณะต่างๆลงได้ โดยเฉพาะการแข็งเมือง และความสับสนทางการเมือง การทูต และสังคมจิตวิทยา จนกระทั่งมีการเปลี่ยนแปลงการปกครอง พ.ศ. 2475 แต่นโยบายหลักการของรัชกาลที่ 5 มิได้เปลี่ยนแปลงมาก
ขณะเดียวกัน ชาวมาเลย์ และจีนในแหลมมลายูเริ่มคิดที่จะประกาศอิสรภาพจากอังกฤษ เช่นเดียวกันกับอินเดีย พม่าหรือเวียดนามในอินโดจีนของฝรั่งเศส ทำให้แนวคิดการแข็งเมืองปัตตานีไร้ทิศทาง เพราะไม่รู้ว่าจะขึ้นอยู่กับมลายูหรือเป็นรัฐอิสระเอง เพราะเกิดอิทธิพลทางการเมืองอิสระขึ้นหลายกลุ่ม เพราะเดิมทีอังกฤษเป็นคนเสียม แต่ต่อมาอังกฤษต้องปกป้องตัวเองจากกระบวนการกู้ชาติมาเลย์-จีน และเกิดแนวคิดสังคมนิยมคอมมิวนิสต์มลายู-จีนที่ต้องการประกาศให้รัฐมลายูเป็นรัฐสังคมนิยมคอมมิวนิสต์
ครั้นเกิดสงครามโลกครั้งที่ 2 หรือสงครามมหาเอเชียบูรพาสยาม โดยรัฐบาลจอมพล ป.พิบูลสงคราม ยอมรับข้อเสนอญี่ปุ่นให้เป็นพันธมิตร และประกาศสงครามกับพันธมิตรทำให้อังกฤษได้ทีสนับสนุน ตนกู มูฮัมหมัด ยิดดิน บุตรชาย ตนกู อับดุลกาเดร์ อดีตเจ้าเมืองปัตตานีที่ถูกพระราชโองการรัชกาลที่ 5 ปลดออกจากราชการให้แข็งข้อกับรัฐบาลกลางกรุงเทพฯ เพื่ออังกฤษจะได้ใช้เป็นเครื่องมือสร้างแนวป้องกันกองทัพญี่ปุ่นมิให้รุกรานอังกฤษที่มลายู และสิงคโปร์ โดยให้แยกดินแดน 3 จังหวัดชายแดนไทย-มลายูออกเป็นรัฐปัตตานี เพราะปัตตานีมีแม่น้ำจึงเป็นจุดยุทธศาสตร์ที่อังกฤษต้องการใช้เป็นฐานทัพเรือป้องกันแนวรบด้านเหนือป้องกันกองทัพญี่ปุ่น
ยุทธศาสตร์นี้หลวงประดิษฐมนูธรรม หรือท่านปรีดี พนมยงค์ เขียนเล่าไว้ในบทความ “ข้อสังเกตเกี่ยวกับเอกภาพของชาติกับประชาธิปไตย” เกี่ยวกับ ตนกู มูฮัมหมัด ยิดดินว่า “เสรีไทยคนหนึ่งเล่าให้ข้าพเจ้า (ท่านปรีดี) ฟังว่าที่กรุงเดลลี อินเดีย มีชาวอังกฤษกลุ่มหนึ่งจัดเลี้ยงเพื่อเป็นเกียรติแก่ ตนกู ผู้นี้และดื่มให้พรตนกูคนนี้ว่า “Long Live The King Patani” ประกอบกับพรรคการเมืองบางพรรคในมาเลเซียคอยให้การสนับสนุนทำให้เกิดขบวนการเชื้อชาตินิยมขึ้น และได้รับการสนองตอบจากมุสลิมที่มีอุดมการณ์ทางการเมือง เช่น ตนกู ยาลา นาแซ บุตรของพระยาสุริยะสุนทรฯ อดีตเจ้าเมืองสายบุรี เป็นต้น
หลังจากตนกู มูฮัมหมัด ยิดดิน ถึงแก่กรรมลงก็เกิดขบวนการต่างๆ ขึ้น เช่น ขบวนการแยกดินแดนมุสลิมหัวรุนแรงหลายกลุ่ม พรรคคอมมิวนิสต์มลายู และพรรคคอมมิวนิสต์แห่งประเทศไทย ซึ่งมีแก่นอุดมการณ์แตกต่างกัน แต่มีจุดร่วมเดียวกันคือ ทำลายความมั่นคงของรัฐบาลไทย และกลุ่มขบวนการแยกดินแดนที่สำคัญเริ่มต้นที่กลุ่มแนวร่วมปลดแอกแห่งชาติปัตตานี (Barisan National Pembebasan Patani-BNPP) เป็นองค์กรแยกดินแดนสถาปนาขึ้นเมื่อห้าทศวรรษมาแล้ว จึงเป็นกลุ่มที่มีประวัติความเป็นมาเก่าแก่ และมีแนวคิดในห้วง ค.ศ. 1947 ขณะที่อังกฤษกำลังจะให้เอกราชแก่สหพันธรัฐมลายู 9 รัฐโดยมีพระราชาธิบดีปกครองโดยสุลต่านแต่ละรัฐผลัดกันครองราชย์พระองค์ละ 5 ปี และที่ปัตตานีขณะนั้นสามารถแยกตัวเป็นรัฐอิสระได้ก็จะสถาปนาเป็นรัฐปัตตานีที่มีพระราชาธิบดีแห่งรัฐปัตตานีและไม่ขึ้นอยู่กับประเทศใด แต่จะได้รับการอุปถัมภ์จากกลุ่มประเทศมุสลิมเพื่อนบ้าน
แนวคิดนี้ทำให้ตนกู มูฮัมหมัด ยิดดิน ใช้แนวคิดเดิมครั้งโบราณ แต่กลับเป็นการแยกดินแดนแทนการประกาศแข็งเมืองเป็นอิสระเพื่อผลประโยชน์ของชาติตระกูล ด้วยเพราะแนวคิดเป็นใหญ่จึงก่อตั้งองค์กรอย่างเปิดเผยใน พ.ศ. 2490 ใช้ชื่อเป็นภาษามลายูว่า Gabon Gan Melayu Patani Raya หรือสมาพันธ์ชาติมลายูปัตตานีหรือกัมปาร์ (Gampar)และมีสำนักงานใหญ่ที่เมืองโคกาบารู รัฐกลันตัน และมีสาขาในรัฐเคดาห์ รัฐเปอร์ลิส เกาะปีนัง และในประเทศสิงคโปร์ และกัมปาร์นี้มีแกนนำสำคัญๆ ประกอบกับ นายยะหีสุหลง โต๊ะมีนา นายหะยีสุหลง บินอับดุลกาเดร์ และนายอดุล ณ สายบุรี อดีตสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรระหว่าง พ.ศ. 2480-2481 ซึ่งเป็นบุตรชายของพระยาสุริยะสุนทรบวรภักดี อดีตเจ้าเมืองสายบุรี ทำการปลุกระดมส่งเสริมให้มวลชนก่อความไม่สงบขึ้นในพื้นที่ภาคใต้เป็นระยะๆ ตั้งแต่นั้นมา จนตนกู มูฮัมหมัด ยิดดิน เสียชีวิตลงใน พ.ศ. 2496
และในปีต่อมานายยะหีสุหลง โต๊ะมีนา ก็เสียชีวิตลงอีกด้วยทำให้กัมปาร์อ่อนกำลังลง และค่อยๆ สลายตัวลง แต่ใน พ.ศ. 2520 นายอดุล ณ สายบุรี ซึ่งมองดูการเมือง ไทยพ.ศ. 2500 เกิดการแย่งอำนาจระหว่างกลุ่มจอมพล ป.พิบูลสงคราม กลุ่มพลตำรวจเอกเผ่า ศรียานนท์ กับกลุ่มจอมพลสฤษดิ์ ธนะรัชต์
ตลอดจนกระแสสงครามเย็นเริ่มสัมฤทธิผลให้การเมืองส่วนกลางอ่อนแอลง จึงสานอุดมการณ์ต่อด้วยการรวบรวมพลพรรคหัวรุนแรงกว่ายุคเริ่มแรก จัดตั้งกลุ่มโจรก่อการร้ายแนวร่วมแห่งชาติ ปลดปล่อยปัตตานีอันเป็นแฟชั่นสากลนิยมเชิงรัฐศาสตร์ในการแยกตัวเป็นอิสระ เพราะในขบวนการนี้มีสมาชิกที่ผ่านการศึกษาจากประเทศอียิปต์ เช่น นายอันนัน อุมัยดะห์ และนับว่าเป็นกลุ่มปัญญชาสำเร็จต่างชาติยุคแรก จึงทำให้มีการเคลื่อนไหวทั้งทางด้านการเมือง และการทหารซึ่งเป็นกองกำลังติดอาวุธทำการรบกับทหารรัฐบาล และเจ้าหน้าที่รัฐแต่ต่อมาถูกรัฐบาลจอมพล สฤษดิ์ที่รัฐประหารรัฐบาลจอมพล ป. สำเร็จปราบปรามอย่างรุนแรงจนเกิดความระส่ำระสายขาดผู้นำที่เข้มแข็งอีกวาระหนึ่ง
