ประวัติความเป็นมาของปัญหา 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้นั้น มีศูนย์กลางความเคลื่อนไหวอยู่ที่จังหวัดปัตตานีมาตั้งแต่ยุคกรุงศรีอยุธยา ซึ่งก่อนหน้านี้เมืองปัตตานีก็มีลักษณะเป็นนครรัฐที่อยู่ระหว่างอิทธิพลกรุงศรีอยุธยากับอาณาจักรมะละกาและ เมื่ออิทธิพลกรุงศรีอยุธยาเข้มแข็ง กรุงปัตตานีก็จะตกอยู่กับอิทธิพลกรุงศรีอยุธยา หรืออิทธิพลกรุงมะละกาเข้มแข็งหัวเมืองภาคใต้ในอาณัติของไทยแถบ แหลมมลายูก็ตกเป็นของมะละกา เช่นครั้งรัชสมัยของสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ ถึงกับส่งกองทัพอยุธยาลงไปตีเมืองมะละกา 2 ครั้ง แต่ไม่ประสบความสำเร็จ ฝ่ายอาณาจักรมะละกากลับส่งกองทัพเข้ามาตีเอาเมืองขึ้นของไทยไปจนหมดสิ้นได้แก่ ปาหัง ตรังกานู กลันตัน ไทรบุรี และขณะเดียวกันกษัตริย์มะละกาก็ทำหน้าที่เผยแพร่ศาสนาอิสลามไปด้วย
เดิมทีพญาอินทิราหรือสุลต่านอิสมาเอลชาฮ์ ซึ่งเคยนับถือพุทธศาสนามาก่อนก็ต้องอ่อนโอนยอมผ่อนผันตามสุลต่าน มันสุร์ชาฮ์ กษัตริย์มะละกาด้วยการยอมรับนับถือศาสนาอิสลาม และมีคำกล่าวกันว่าในสมัยที่ปัตตานีถูกรุกรานจากกองทัพมะละกานั้น ได้มีการทำลายพระพุทธรูปเทวรูป และโบราณสถานในเมืองโกตา มหลิฆัย หรือลังกาสุกะ หรือปัตตานีจนหมดสิ้น สภาพลักษณะของสงครามนั้นผู้ชนะย่อมมีสิทธิทำลายสัญลักษณ์ เครื่องแสดงอำนาจ หรืออาคารวัตถุถาวรที่แสดงตัวตนของข้าศึกให้หมดสิ้นไปตามธรรมเนียมสงครามตั้งแต่อดีตกาลจนปัจจุบัน เช่น การทำลายรูปอนุสาวรีย์ของอดีตประธานาธิบดีซัดดัม ถูกกองทัพสหรัฐฯ ทำลายลง หรือรูปปั้นอนุสาวรีย์ของ เลนินหลายแห่งในยุโรปตะวันออกถูกทำลายเมื่ออดีต สหภาพโซเวียตแพ้สงครามเย็น
อย่างไรก็ดี ปัตตานีเป็นศูนย์กลางความเจริญด้วยเหตุที่มีแม่น้ำปัตตานีที่ไหลออกจากอ่าวไทยสู่ทะเลหลวงติตต่อกับโลกตะวันออกได้เป็นอย่างดี จึงมีความเจริญเป็นที่ต้องตาของหลายชาติ โดยเฉพาะชาติล่าอาณานิคมตะวันตกในศตวรรษที่ 18 หลังจากการที่ไทยรบติดพันกับพม่าในยุคอยุธยาตอนปลาย พ.ศ. 2310 จนถึง พ.ศ. 2329 ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชแห่งกรุงรัตนโกสินทร์ ทรงส่งกองทัพหน้าอันมีสมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาสุรสิงหนาทไปตีเมืองปัตตานี ซึ่งตั้งตัวเป็นอิสระไม่ขึ้นกับไทยเพราะขณะนั้นพม่ามีอิทธิพลเหนือกองทัพไทยแต่กองทัพไทยชนะศึกสุลต่าน อาหะหมัด
ใน พ.ศ. 2329 ไทยได้เมืองปัตตานีกลับเป็นของไทยดังเดิมก่อนเสียกรุงศรีอยุธยาใน พ.ศ. 2310 ส่วนเมืองไทรบุรี ตรังกานู และกลันตัน เมื่อรู้ว่าเมืองปัตตานีต้านทัพไทยไว้ไม่ได้ ก็ยอมสวามิภักดิ์ส่งต้นไม้เงินต้นไม้ทองเป็นเครื่องบรรณาการตามราชประเพณีการยอมเป็นเมืองขึ้น และทรงแต่งตั้งให้ ตนกู ลัมมิเด็น ขึ้นเป็นเจ้าเมืองปัตตานี แต่ต่อมาคิดทรยศยกทัพมาตีเมืองสงขลารบกัน 4 วัน กองทัพหลวงจากพระนคร กองทัพเมืองสงขลา และกองทัพเมืองนครศรีธรรมราชก็สามารถตีกองทัพพระยาตานีแตกทัพกลับไปปัตตานี และตัวแม่ทัพต้องปืนตายขณะเสกน้ำมนต์ประพรมประตูค่าย
ความวุ่นวายที่เกิดขึ้นในตัวเมืองปัตตานีไม่มีวันหมดสิ้น มีการต่อต้านระบอบการปกครองของสงขลาซึ่งพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าฯ ทรงโปรดเกล้าฯ ให้เจ้าเมืองสงขลาเป็นผู้ควบคุมดูแลเมืองปัตตานี ตรังกานู และกลันตัน
ต่อมาอังกฤษสมคบกับสุลต่านเมืองต่างๆ ในเขตมลายู โดยมีการวางแผนกันที่เมืองปีนัง สืบเนื่องมาจากข้าราชการและพ่อค้าอังกฤษในปีนังเห็นว่า การที่รัฐบาลไทยเข้ายึดครองไทรบุรีไว้นั้น จะทำให้ไทยเข้ามามีอำนาจครอบงำเหนือรัฐต่างๆ ในมลายูเป็นการขัดขวางผลประโยชน์ของพวกอังกฤษในอนาคต
ตำแหน่งเจ้าเมืองปัตตานีที่มีความวุ่นวายต่อเนื่องมีการสู้รบกันมาตลอดในรัชสมัยของรัชกาลที่ 1 ต่อเนื่องจนถึงรัชสมัยรัชกาลที่ 6 นั้น จะมีบรรดาศักดิ์เป็นพระยาวิชิตภักดีศรีรัตนา สืบต่อกันมา และในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงรวบรวมหัวเมืองภาคใต้ยุบระบบเมืองขึ้น และสถาปนาเป็นมณฑลภาคใต้ขึ้นตรงต่อเมืองนครศรีธรรมราช
ขณะเดียวกัน อังกฤษเริ่มแทรกแซงโดยตรงคอยยุยงส่งเสริมให้เจ้าเมืองต่างๆ เอาใจออกห่างจากรัฐบาลไทย เพื่อพวกตัวเองจะได้ผนวกเอาดินแดนในแหลมมลายูตอนเหนือไปครอบครอง โดยใน พ.ศ. 2439 รัชกาลที่ 5 ทรง ให้บรรดาเมืองในภาคใต้มาขึ้นกับข้าหลวงเทศาภิบาล มณฑลนครศรีธรรมราช อันเป็นหนทางหนึ่งในการป้องกันมิให้อังกฤษเข้ามายุยงเจ้าเมืองภาคใต้ได้ง่าย
แต่ใน พ.ศ. 2444 อังกฤษที่สิงคโปร์คิดอยากรุกดินแดนไทยทางแหลมมลายู แต่รัฐบาลกลางกรุงลอนดอนไม่เห็นด้วยคนอังกฤษในสิงคโปร์จึงออกอุบายใช้ไส้ศึกเจ้าเมืองปัตตานีให้เอาใจออกห่างจากไทย ซึ่งพระยาตานี หรืออับดุลกาเดร์ หลงเชื่ออังกฤษต่อต้านรัชกาลที่ 5 จึงถูกจับตัวไปคุมขังที่จังหวัดพิษณุโลก ทำให้เหตุการณ์สงบลง และใน พ.ศ. 2447 ตนกู อับดุลกาเดร์ ได้รับพระกรุณาจากรัชกาลที่ 5 ทรงมีพระบรมราชานุญาตให้กลับเมืองปัตตานี โดยให้มีคำมั่นสัญญาถวายว่า “จะไม่เกี่ยวข้องแก่บ้านเมืองอย่างหนึ่ง อย่างใดเป็นอันขาด”
ต่อมาเมื่อพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จฯ ขึ้นเถลิงถวัลย์ราชสมบัติ ตนกู อับดุลกาเดร์ ก็ได้ทำหนังสือขึ้นกราบบังคมทูลขอพระราชทานเงินยังชีพ ซึ่งพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ก็ทรงพระเมตตาพระราชทานให้กับตนกู อับดุลกาเดร์ ได้รับเงินตามที่ขอเป็นเงินเดือนๆ ละ 300 บาท หลังจากนั้นก็ได้อพยพครอบครัวไปพำนักอยู่ในรัฐกลันตัน จนกระทั่งถึงแก่กรรมใน พ.ศ. 2476
ในราว พ.ศ. 2490 ตนกู อับดุลกาเดร์ มะไฮยัดดิน บุตรคนที่ 7 อันเป็นคนสุดท้องของพระยาวิชิตภักดี หรือพระยาตานี หรือตนกู อับดุลกาเดร์ กอมารุดดิน ที่เคยต้องพระอาญาในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และได้รับพระเมตตาจากพระองค์ และจากพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รับพระราชทานเงินเลี้ยงชีพและอพยพไปอยู่เมืองกลันตันในมลายู ได้จัดตั้งองค์กรสมาคมชาวปัตตานี (Gabongan Melayu Patani Raya -Gampar) หรือเรียกสั้นๆ ในภาษาไทยว่า กัมปาร์ มีสำนักงานใหญ่อยู่ที่เมืองโกตาบารู รัฐกลันตัน และมีสาขาในรัฐเคดาห์ รัฐเปอร์ลิส เกาะปีนัง และสิงคโปร์ เพื่อดำเนินนโยบายทางการเมือง สำหรับรัฐปัตตานี
เดิมทีพญาอินทิราหรือสุลต่านอิสมาเอลชาฮ์ ซึ่งเคยนับถือพุทธศาสนามาก่อนก็ต้องอ่อนโอนยอมผ่อนผันตามสุลต่าน มันสุร์ชาฮ์ กษัตริย์มะละกาด้วยการยอมรับนับถือศาสนาอิสลาม และมีคำกล่าวกันว่าในสมัยที่ปัตตานีถูกรุกรานจากกองทัพมะละกานั้น ได้มีการทำลายพระพุทธรูปเทวรูป และโบราณสถานในเมืองโกตา มหลิฆัย หรือลังกาสุกะ หรือปัตตานีจนหมดสิ้น สภาพลักษณะของสงครามนั้นผู้ชนะย่อมมีสิทธิทำลายสัญลักษณ์ เครื่องแสดงอำนาจ หรืออาคารวัตถุถาวรที่แสดงตัวตนของข้าศึกให้หมดสิ้นไปตามธรรมเนียมสงครามตั้งแต่อดีตกาลจนปัจจุบัน เช่น การทำลายรูปอนุสาวรีย์ของอดีตประธานาธิบดีซัดดัม ถูกกองทัพสหรัฐฯ ทำลายลง หรือรูปปั้นอนุสาวรีย์ของ เลนินหลายแห่งในยุโรปตะวันออกถูกทำลายเมื่ออดีต สหภาพโซเวียตแพ้สงครามเย็น
อย่างไรก็ดี ปัตตานีเป็นศูนย์กลางความเจริญด้วยเหตุที่มีแม่น้ำปัตตานีที่ไหลออกจากอ่าวไทยสู่ทะเลหลวงติตต่อกับโลกตะวันออกได้เป็นอย่างดี จึงมีความเจริญเป็นที่ต้องตาของหลายชาติ โดยเฉพาะชาติล่าอาณานิคมตะวันตกในศตวรรษที่ 18 หลังจากการที่ไทยรบติดพันกับพม่าในยุคอยุธยาตอนปลาย พ.ศ. 2310 จนถึง พ.ศ. 2329 ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชแห่งกรุงรัตนโกสินทร์ ทรงส่งกองทัพหน้าอันมีสมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาสุรสิงหนาทไปตีเมืองปัตตานี ซึ่งตั้งตัวเป็นอิสระไม่ขึ้นกับไทยเพราะขณะนั้นพม่ามีอิทธิพลเหนือกองทัพไทยแต่กองทัพไทยชนะศึกสุลต่าน อาหะหมัด
ใน พ.ศ. 2329 ไทยได้เมืองปัตตานีกลับเป็นของไทยดังเดิมก่อนเสียกรุงศรีอยุธยาใน พ.ศ. 2310 ส่วนเมืองไทรบุรี ตรังกานู และกลันตัน เมื่อรู้ว่าเมืองปัตตานีต้านทัพไทยไว้ไม่ได้ ก็ยอมสวามิภักดิ์ส่งต้นไม้เงินต้นไม้ทองเป็นเครื่องบรรณาการตามราชประเพณีการยอมเป็นเมืองขึ้น และทรงแต่งตั้งให้ ตนกู ลัมมิเด็น ขึ้นเป็นเจ้าเมืองปัตตานี แต่ต่อมาคิดทรยศยกทัพมาตีเมืองสงขลารบกัน 4 วัน กองทัพหลวงจากพระนคร กองทัพเมืองสงขลา และกองทัพเมืองนครศรีธรรมราชก็สามารถตีกองทัพพระยาตานีแตกทัพกลับไปปัตตานี และตัวแม่ทัพต้องปืนตายขณะเสกน้ำมนต์ประพรมประตูค่าย
ความวุ่นวายที่เกิดขึ้นในตัวเมืองปัตตานีไม่มีวันหมดสิ้น มีการต่อต้านระบอบการปกครองของสงขลาซึ่งพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าฯ ทรงโปรดเกล้าฯ ให้เจ้าเมืองสงขลาเป็นผู้ควบคุมดูแลเมืองปัตตานี ตรังกานู และกลันตัน
ต่อมาอังกฤษสมคบกับสุลต่านเมืองต่างๆ ในเขตมลายู โดยมีการวางแผนกันที่เมืองปีนัง สืบเนื่องมาจากข้าราชการและพ่อค้าอังกฤษในปีนังเห็นว่า การที่รัฐบาลไทยเข้ายึดครองไทรบุรีไว้นั้น จะทำให้ไทยเข้ามามีอำนาจครอบงำเหนือรัฐต่างๆ ในมลายูเป็นการขัดขวางผลประโยชน์ของพวกอังกฤษในอนาคต
ตำแหน่งเจ้าเมืองปัตตานีที่มีความวุ่นวายต่อเนื่องมีการสู้รบกันมาตลอดในรัชสมัยของรัชกาลที่ 1 ต่อเนื่องจนถึงรัชสมัยรัชกาลที่ 6 นั้น จะมีบรรดาศักดิ์เป็นพระยาวิชิตภักดีศรีรัตนา สืบต่อกันมา และในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงรวบรวมหัวเมืองภาคใต้ยุบระบบเมืองขึ้น และสถาปนาเป็นมณฑลภาคใต้ขึ้นตรงต่อเมืองนครศรีธรรมราช
ขณะเดียวกัน อังกฤษเริ่มแทรกแซงโดยตรงคอยยุยงส่งเสริมให้เจ้าเมืองต่างๆ เอาใจออกห่างจากรัฐบาลไทย เพื่อพวกตัวเองจะได้ผนวกเอาดินแดนในแหลมมลายูตอนเหนือไปครอบครอง โดยใน พ.ศ. 2439 รัชกาลที่ 5 ทรง ให้บรรดาเมืองในภาคใต้มาขึ้นกับข้าหลวงเทศาภิบาล มณฑลนครศรีธรรมราช อันเป็นหนทางหนึ่งในการป้องกันมิให้อังกฤษเข้ามายุยงเจ้าเมืองภาคใต้ได้ง่าย
แต่ใน พ.ศ. 2444 อังกฤษที่สิงคโปร์คิดอยากรุกดินแดนไทยทางแหลมมลายู แต่รัฐบาลกลางกรุงลอนดอนไม่เห็นด้วยคนอังกฤษในสิงคโปร์จึงออกอุบายใช้ไส้ศึกเจ้าเมืองปัตตานีให้เอาใจออกห่างจากไทย ซึ่งพระยาตานี หรืออับดุลกาเดร์ หลงเชื่ออังกฤษต่อต้านรัชกาลที่ 5 จึงถูกจับตัวไปคุมขังที่จังหวัดพิษณุโลก ทำให้เหตุการณ์สงบลง และใน พ.ศ. 2447 ตนกู อับดุลกาเดร์ ได้รับพระกรุณาจากรัชกาลที่ 5 ทรงมีพระบรมราชานุญาตให้กลับเมืองปัตตานี โดยให้มีคำมั่นสัญญาถวายว่า “จะไม่เกี่ยวข้องแก่บ้านเมืองอย่างหนึ่ง อย่างใดเป็นอันขาด”
ต่อมาเมื่อพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จฯ ขึ้นเถลิงถวัลย์ราชสมบัติ ตนกู อับดุลกาเดร์ ก็ได้ทำหนังสือขึ้นกราบบังคมทูลขอพระราชทานเงินยังชีพ ซึ่งพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ก็ทรงพระเมตตาพระราชทานให้กับตนกู อับดุลกาเดร์ ได้รับเงินตามที่ขอเป็นเงินเดือนๆ ละ 300 บาท หลังจากนั้นก็ได้อพยพครอบครัวไปพำนักอยู่ในรัฐกลันตัน จนกระทั่งถึงแก่กรรมใน พ.ศ. 2476
ในราว พ.ศ. 2490 ตนกู อับดุลกาเดร์ มะไฮยัดดิน บุตรคนที่ 7 อันเป็นคนสุดท้องของพระยาวิชิตภักดี หรือพระยาตานี หรือตนกู อับดุลกาเดร์ กอมารุดดิน ที่เคยต้องพระอาญาในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และได้รับพระเมตตาจากพระองค์ และจากพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รับพระราชทานเงินเลี้ยงชีพและอพยพไปอยู่เมืองกลันตันในมลายู ได้จัดตั้งองค์กรสมาคมชาวปัตตานี (Gabongan Melayu Patani Raya -Gampar) หรือเรียกสั้นๆ ในภาษาไทยว่า กัมปาร์ มีสำนักงานใหญ่อยู่ที่เมืองโกตาบารู รัฐกลันตัน และมีสาขาในรัฐเคดาห์ รัฐเปอร์ลิส เกาะปีนัง และสิงคโปร์ เพื่อดำเนินนโยบายทางการเมือง สำหรับรัฐปัตตานี
