หลวงปู่พุทธะอิสระ เข้าแจ้งความที่กองปราบปราม ให้ดำเนินคดีกับพระธัมมชโย เจ้าอาวาสวัดพระธรรมกาย ข้อหาแต่งกายเลียนแบบสงฆ์ และหลอกลวงประชาชน และดำเนินคดีกับเจ้าคณะปกครอง และกรรมการมหาเถรสมาคม ข้อหาแจ้งข้อความอันเป็นเท็จแก่เจ้าพนักงาน ละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต และไม่ปฏิบัติตามหน้าที่ตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์
หลวงปู่พุทธะอิสระ กล่าวต่อไปว่า พระธัมมชโย ต้องอาบัติปาราชิกตามพระบัญชาของสมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ตั้งแต่วันที่ 26 เมษายน 2542 แต่พระธัมมชโย ยังคงแต่งกายเลียนแบบพระสงฆ์ ซึ่งเจ้าคณะปกครองและกรรมการมหาเถรสมาคมไม่ปฏิบัติตามพระบัญชาสมเด็จพระสังฆราชฯ โดยในปี 2549 ยังคืนตำแหน่งปกครองให้กับพระธัมมชโย ต่อมาในปี 2554 ยังขอพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์ระดับพระราชาคณะชั้นเทพให้กับพระธัมมชโย ที่ขาดจากความเป็นพระ ซึ่งมีลักษณะอาจเข้าข่ายความผิดฐานหมิ่นสถาบันเบื้องสูงด้วย
ส่วนที่มหาเถรสมาคมมีมติไม่รื้อฟื้นคดีพระธัมมชโย ขึ้นมาตรวจสอบใหม่ เพราะผิดต่อหลักธรรมวินัยนั้น ตนเห็นว่าเป็นความพยายามทำให้สังคมเข้าใจผิด ส่วนกรณีตนถูกวิพากษ์วิจารณ์ว่า การออกมาเคลื่อนไหวในกรณีนี้จะต้องอาบัติปาราชิกไปด้วยนั้น เห็นว่าตนออกมาเคลื่อนไหว เพื่อปกป้องพระศาสนา ไม่ได้ขัดต่อพระธรรมวินัย และวันพรุ่งนี้ (3 ก.พ.) ตนจะเดินทางไปยังสำนักงานอัยการสูงสุด และกรมสอบสวนคดีพิเศษ หรือ ดีเอสไอ เพื่อสอบถามถึงกรณีที่อัยการสูงสุดเคยถอนฟ้องพระธัมมชโย ในคดีเป็นเจ้าพนักงานเบียดบังเอาทรัพย์สินไปเป็นของตนโดยทุจริต เมื่อปี 2549
หลวงปู่พุทธะอิสระ กล่าวต่อไปว่า พระธัมมชโย ต้องอาบัติปาราชิกตามพระบัญชาของสมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ตั้งแต่วันที่ 26 เมษายน 2542 แต่พระธัมมชโย ยังคงแต่งกายเลียนแบบพระสงฆ์ ซึ่งเจ้าคณะปกครองและกรรมการมหาเถรสมาคมไม่ปฏิบัติตามพระบัญชาสมเด็จพระสังฆราชฯ โดยในปี 2549 ยังคืนตำแหน่งปกครองให้กับพระธัมมชโย ต่อมาในปี 2554 ยังขอพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์ระดับพระราชาคณะชั้นเทพให้กับพระธัมมชโย ที่ขาดจากความเป็นพระ ซึ่งมีลักษณะอาจเข้าข่ายความผิดฐานหมิ่นสถาบันเบื้องสูงด้วย
ส่วนที่มหาเถรสมาคมมีมติไม่รื้อฟื้นคดีพระธัมมชโย ขึ้นมาตรวจสอบใหม่ เพราะผิดต่อหลักธรรมวินัยนั้น ตนเห็นว่าเป็นความพยายามทำให้สังคมเข้าใจผิด ส่วนกรณีตนถูกวิพากษ์วิจารณ์ว่า การออกมาเคลื่อนไหวในกรณีนี้จะต้องอาบัติปาราชิกไปด้วยนั้น เห็นว่าตนออกมาเคลื่อนไหว เพื่อปกป้องพระศาสนา ไม่ได้ขัดต่อพระธรรมวินัย และวันพรุ่งนี้ (3 ก.พ.) ตนจะเดินทางไปยังสำนักงานอัยการสูงสุด และกรมสอบสวนคดีพิเศษ หรือ ดีเอสไอ เพื่อสอบถามถึงกรณีที่อัยการสูงสุดเคยถอนฟ้องพระธัมมชโย ในคดีเป็นเจ้าพนักงานเบียดบังเอาทรัพย์สินไปเป็นของตนโดยทุจริต เมื่อปี 2549