ดร.นิพนธ์ พัวพงศกร ประธานสถาบันวิจัยเพื่อการพัฒนาประเทศไทย หรือ ทีดีอาร์ไอ (TDRI) กล่าวในงานเสวนาหัวข้อ "ยุทธศาสตร์และทิศทางการพัฒนาระบบการบริหารจัดการน้ำของประเทศไทย" ว่า จากการดำเนินการของคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) เรื่องการบริหารจัดการน้ำ ที่ให้หน่วยราชการเสนอโครงการต่างๆ เกรงว่าจะเกิดโครงการขึ้นจำนวนมาก กระจัดกระจาย ไม่บูรณาการกันและเกิดความซ้ำซ้อน เพราะแต่ละหน่วยงานก็ทำหน้าที่ต่างกัน อาจเกิดปัญหาเหมือนขนมชั้น จึงจำเป็นต้องคำนึงถึงในการบริหารจัดการน้ำทั้งระบบ ซึ่งมีถึง 5 ระดับที่ต้องบูรณาการกัน
โดยชั้นที่ 1 คือทำอย่างไรให้โครงการต่างๆ ของราชการบรรลุวัตถุประสงค์เดียวกันได้ ชั้นที่ 2 ทำอย่างไรให้ภาครัฐ เอกชน และประชาชนคุยกันได้ ซึ่งวัฒนธรรมการทำงานของภาครัฐมักจะทำกันเอง ชั้นที่ 3 จะบูรณาการอย่างไรในส่วนน้ำท่วม น้ำแล้ง และน้ำเสีย ชั้นที่ 4 การบูรณาการใช้น้ำและการใช้ที่ดิน และชั้นที่ 5 การบริหารจัดการน้ำจะเป็นรูปแบบใด รัฐบาลกลางหรือรัฐบาลท้องถิ่น ซึ่งไทยชินกับการรวมศูนย์ และชั้นสุดท้าย การเปลี่ยนแปลงของภูมิอากาศ ดังนั้นการบริหารจัดการน้ำจึงเป็นเรื่องที่ซับซ้อนมาก
โดยชั้นที่ 1 คือทำอย่างไรให้โครงการต่างๆ ของราชการบรรลุวัตถุประสงค์เดียวกันได้ ชั้นที่ 2 ทำอย่างไรให้ภาครัฐ เอกชน และประชาชนคุยกันได้ ซึ่งวัฒนธรรมการทำงานของภาครัฐมักจะทำกันเอง ชั้นที่ 3 จะบูรณาการอย่างไรในส่วนน้ำท่วม น้ำแล้ง และน้ำเสีย ชั้นที่ 4 การบูรณาการใช้น้ำและการใช้ที่ดิน และชั้นที่ 5 การบริหารจัดการน้ำจะเป็นรูปแบบใด รัฐบาลกลางหรือรัฐบาลท้องถิ่น ซึ่งไทยชินกับการรวมศูนย์ และชั้นสุดท้าย การเปลี่ยนแปลงของภูมิอากาศ ดังนั้นการบริหารจัดการน้ำจึงเป็นเรื่องที่ซับซ้อนมาก