นายมารุต บุนนาค อดีตประธานสภาผู้แทนราษฎร หนึ่งในผู้ริเริ่มการก่อตั้งสถาบันพระปกเกล้า แสดงความเป็นห่วงกรณีที่ คณะกรรมาธิการวิสามัญปรองดอง นำผลวิจัยของสถาบันไปใช้เพียงบางส่วน โดยไม่ปฏิบัติตามข้อเสนอของผู้วิจัยทั้งหมด จึงเรียกร้องให้คณะผู้วิจัย ถอนงานวิจัยดังกล่าวออก เพราะเห็นว่า สถาบันพระปกเกล้าต้องดำรงความเป็นอิสระทางวิชาการ ไม่ถูกแทรกแซงหรือใช้เป็นเครื่องมือทางการเมือง
ทั้งนี้ยังเชื่อมั่นในตัว นายบวรศักดิ์ อุวรรณโณ เลขาธิการสถาบัน ที่จะทำหน้าที่ด้วยความเป็นกลางตามหลักวิชาการ พร้อมยืนยันการออกกฎหมายใดๆ ก็ตามเพื่อล้มล้างคำพิพากษา ไม่เป็นไปตามหลักนิติธรรม รวมถึงการออกกฎหมายที่จะทำให้มีคนได้ผลประโยชน์เพียงกลุ่มเดียวไม่สามารถทำได้ เพราะหลักกฎหมายต้องออกเพื่อประชาชนส่วนใหญ่เท่านั้น
ทั้งนี้ยังเชื่อมั่นในตัว นายบวรศักดิ์ อุวรรณโณ เลขาธิการสถาบัน ที่จะทำหน้าที่ด้วยความเป็นกลางตามหลักวิชาการ พร้อมยืนยันการออกกฎหมายใดๆ ก็ตามเพื่อล้มล้างคำพิพากษา ไม่เป็นไปตามหลักนิติธรรม รวมถึงการออกกฎหมายที่จะทำให้มีคนได้ผลประโยชน์เพียงกลุ่มเดียวไม่สามารถทำได้ เพราะหลักกฎหมายต้องออกเพื่อประชาชนส่วนใหญ่เท่านั้น
