พล.อ.ชวลิต ยงใจยุทธ ได้มีหนังสือเป็นบันทึกข้อความส่งถึงสำนักนายกรัฐมนตรี ส่งถึง ฯพณฯ นายกรัฐมนตรี เพื่อขอลาออกจากตำแหน่งรองนายกรัฐมนตรี
โดยข้อความในจดหมายดังกล่าว ได้ชี้แจงเหตุผลในการลาออก 5 ข้อ ดังนี้
1. จากการที่ท่านนายกรัฐมนตรีได้กรุณาเชิญกระผมเข้าร่วมรัฐบาล เพื่อเข้ามาร่วมกันบริหารราชการแผ่นดินในด้านความมั่นคง และดูแล ช่วยเหลือ แก้ไข เกี่ยวกับความยากไร้ของประชาชน ตลอดจนสร้างความสมานฉันท์ให้เกิดขึ้นในสังคมนั้น ต่อมาถึงแม้ว่าสถานการณ์ได้เปลี่ยนไป ก็ยังเป็นความตั้งใจอันแน่วแน่ที่จะใช้เวลาอันน้อยนิดที่มีอยู่ เพื่อแก้ปัญหาเร่งด่วนของชาติให้หมดสิ้นไปโดยเร็ว
2. จากสถานการณ์ในวันที่ 6 - 7 ตุลาคม 2551 เจ้าหน้าที่ตำรวจได้ปฏิบัติหน้าที่ตามภารกิจเพื่อรักษารัฐสภา และเปิดเส้นทางเข้าสู่รัฐสภา เพื่อให้การบริหารราชการแผ่นดินดำเนินไปได้
3. การดำเนินการของเจ้าหน้าที่ตำรวจดังกล่าว ตนเองได้พยายามให้นโยบายในการดำเนินการเพื่อให้บรรลุภารกิจโดยไม่มีการสูญเสีย ถึงแม้ว่าผลการปฏิบัติของเจ้าหน้าที่ตำรวจไม่สามารถปฏิบัติตามนโยบายได้ ก็ขอให้ยุติไว้ก่อน แต่การปฏิบัติการไม่เป็นไปตามนโยบาย ถึงแม้ว่าเจ้าหน้าที่ตำรวจจะใช้ความพยายามเป็นอย่างมาก แต่ไม่สามารถหลีกเลี่ยงได้จนเกิดความสูญเสียขึ้นมาอยู่ในระดับที่น่าห่วงใย
4. กระผมถือว่าผลเสียหายที่เกิดขึ้นเป็นความรับผิดชอบของผมด้วยส่วนหนึ่ง ทั้งๆ ที่ได้ใช้ความพยายามมาโดยตลอดอย่างดีที่สุด โดยคำนึงถึงประชาชน และการปฏิบัติของเจ้าหน้าที่เป็นหลัก เพื่อให้บรรลุเป้าหมาย คือ การนำความสงบสุขกลับมาสู่สังคมไทยโดยเร็ว
5. ด้วยเหตุดังกล่าว จึงไม่บรรลุผลดังกล่าวที่ตั้งใจไว้ จึงขอรับผิดชอบในการปฏิบัติการครั้งนี้ และขอลาออกจากการเป็นรองนายกรัฐมนตรี ตั้งแต่บัดนี้เป็นต้นไป
โดยข้อความในจดหมายดังกล่าว ได้ชี้แจงเหตุผลในการลาออก 5 ข้อ ดังนี้
1. จากการที่ท่านนายกรัฐมนตรีได้กรุณาเชิญกระผมเข้าร่วมรัฐบาล เพื่อเข้ามาร่วมกันบริหารราชการแผ่นดินในด้านความมั่นคง และดูแล ช่วยเหลือ แก้ไข เกี่ยวกับความยากไร้ของประชาชน ตลอดจนสร้างความสมานฉันท์ให้เกิดขึ้นในสังคมนั้น ต่อมาถึงแม้ว่าสถานการณ์ได้เปลี่ยนไป ก็ยังเป็นความตั้งใจอันแน่วแน่ที่จะใช้เวลาอันน้อยนิดที่มีอยู่ เพื่อแก้ปัญหาเร่งด่วนของชาติให้หมดสิ้นไปโดยเร็ว
2. จากสถานการณ์ในวันที่ 6 - 7 ตุลาคม 2551 เจ้าหน้าที่ตำรวจได้ปฏิบัติหน้าที่ตามภารกิจเพื่อรักษารัฐสภา และเปิดเส้นทางเข้าสู่รัฐสภา เพื่อให้การบริหารราชการแผ่นดินดำเนินไปได้
3. การดำเนินการของเจ้าหน้าที่ตำรวจดังกล่าว ตนเองได้พยายามให้นโยบายในการดำเนินการเพื่อให้บรรลุภารกิจโดยไม่มีการสูญเสีย ถึงแม้ว่าผลการปฏิบัติของเจ้าหน้าที่ตำรวจไม่สามารถปฏิบัติตามนโยบายได้ ก็ขอให้ยุติไว้ก่อน แต่การปฏิบัติการไม่เป็นไปตามนโยบาย ถึงแม้ว่าเจ้าหน้าที่ตำรวจจะใช้ความพยายามเป็นอย่างมาก แต่ไม่สามารถหลีกเลี่ยงได้จนเกิดความสูญเสียขึ้นมาอยู่ในระดับที่น่าห่วงใย
4. กระผมถือว่าผลเสียหายที่เกิดขึ้นเป็นความรับผิดชอบของผมด้วยส่วนหนึ่ง ทั้งๆ ที่ได้ใช้ความพยายามมาโดยตลอดอย่างดีที่สุด โดยคำนึงถึงประชาชน และการปฏิบัติของเจ้าหน้าที่เป็นหลัก เพื่อให้บรรลุเป้าหมาย คือ การนำความสงบสุขกลับมาสู่สังคมไทยโดยเร็ว
5. ด้วยเหตุดังกล่าว จึงไม่บรรลุผลดังกล่าวที่ตั้งใจไว้ จึงขอรับผิดชอบในการปฏิบัติการครั้งนี้ และขอลาออกจากการเป็นรองนายกรัฐมนตรี ตั้งแต่บัดนี้เป็นต้นไป