สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ออกมายืนยันจะทำการแข่งขันฟุตบอล ลีก กึ่งอาชีพ ดิวิชั่น 3 จะลงฟาดแข้งกันในช่วงเดือนมกราคม 2560 แน่นอน โดยยึดการจับสลากแบ่งสายแบบเดิม ส่วนเรื่องวันแข่งจะมีการประกาศออกมาอีกครั้ง
หลังจากที่สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้มีนโยบายที่จะยกระดับการแข่งขันฟุตบอลกึ่งอาชีพในประเทศไทยให้มีคุณภาพ และมีการจัดการที่เป็นระบบมากขึ้น พร้อมทั้งได้วางแผนที่จะริเริ่มการแข่งขันฟุตบอลกึ่งอาชีพ ดิวิชั่น 3 ซึ่งจะเข้ามาแทนที่ของการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทาน ประเภท ง., ค. และ ข. เดิม และมีการประกาศรับสมัครทีมที่สนใจเข้าร่วมแข่งขันไปแล้วนั้น
ล่าสุด ทางสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้ออกมาประกาศ จะเริ่มแข่งขันฟุตบอลดิวิชั่น 3 ในเดือนมกราคม 2560 หลังจากที่เลื่อนด้วยสาเหตุพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช เสด็จสวรรคต ทำให้มีมติยุติการแข่งขันฟุตบอลทุกรายการที่สมาคมกีฬาฟุตบอลเป็นผู้ดูแล โดยจะแจ้งกำหนดการวันแข่งขันและสนามแข่งขันใหม่ให้ทราบโดยเร็วอีกครั้ง และยึดการจับสลากแบ่งสาย ประกบคู่ เมื่อวันที่ 20 กันยายน 2559 ณ ที่ทำการสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ (ชั่วคราว) อาคารพงษ์สุภี ซึ่งมีทีมเข้าแข่งขั้นรวมทั้งสิ้น 104 ทีม แบ่งออกเป็น 5 ภูมิภาค ดังรายละเอียดต่อไปนี้
ภาคเหนือ - รอบแรก
การแข่งขันฟุตบอลดิวิชั่น 3 ประจำปี 2559 ของภาคเหนือ มีทีมเข้าร่วมการแข่งขันทั้งสิ้นจำนวน 13 ทีม แบ่งการแข่งขันออกเป็น 4 สาย ทำการแข่งขันแบบพบกันหมดในสาย นำทีมที่มีคะแนนเป็น ที่ 1 และ ที่ 2 ของแต่ละสาย เข้าไปแข่งขันในรอบที่สอง ซึ่งจะแข่งขันในระบบน็อกเอาต์ ต่อไป
สายที่ 1 : 1. สโมสรแสนขัน เอฟซี 2. มหาวิทยาลัยราชภัฏพิบูลสงคราม 3. สมาคมนักเรียนเก่าอำนวยศิลป์
สายที่ 2 : 4. สถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตเชียงใหม่ 5. นอร์ทเทิร์น ตากยูไนเต็ด 6. ชัยนาท ยูไนเต็ด
สายที่ 3 : 7. สโมสรประชุมน้องเชค 8. นครแม่สอด ยูไนเต็ด 9. แม่โจ้ ยูไนเต็ด
สายที่ 4 : 10. หนองบัว ซิตี้ 11. เชียงรายวันเดอร์ คิด ฟอร์ เออีซี 12. สมาคมกีฬาฟุตบอลจังหวัดเพชรบูรณ์ 13. ช้างเผือก เชียงใหม่
ภาคใต้ - รอบแรก
การแข่งขันฟุตบอลดิวิชั่น 3 ประจำปี 2559 ของภาคใต้ มีทีมเข้าร่วมการแข่งขันทั้งสิ้นจำนวน 4 ทีม ทำการแข่งขันแบบพบกันหมดในกลุ่ม นำทีมที่มีคะแนนเป็น ที่ 1 และ ที่ 2 ของกลุ่ม เข้าไปแข่งขันในรอบชิงชนะเลิศ ต่อไป
กลุ่มภาคใต้ : 1. เมืองคอน ยูไนเต็ด 2. สุไหงปาดี เอฟซี 3. สุราษฎร์ ยูไนเต็ด 4. นิวบอล สตูล เอฟซี
ภาคกลาง - รอบแรก
การแข่งขันฟุตบอลดิวิชั่น 3 ประจำปี 2559 ของภาคกลาง มีทีมเข้าร่วมการแข่งขันทั้งสิ้นจำนวน 56 ทีม แบ่งการแข่งขันออกเป็น 18 สาย ทำการแข่งขันแบบพบกันหมดในสาย ให้นำทีมที่มีคะแนนเป็นที่ 2 ของสายที่ 1 ถึง สายที่ 8 (รวม 8 ทีม) เข้าไปทำการแข่งขันในรอบที่สองแบบแพ้คัดออกต่อไป และให้นำทีมที่มีคะแนนเป็นที่ 1 ของ สายที่ 1 ถึง สายที่ 18 (รวม 18 ทีม) และนำทีมที่มีคะแนนเป็น ที่ 2 ของ สายที่ 9 ถึง สายที่ 18 (รวม 10 ทีม) เข้าไปทำการแข่งขันในรอบที่สามต่อไป ผลของการจับสลากดังต่อไปนี้
สายที่ 1 : 1. มหาวิทยาลัยธนบุรี 2. หนองแค 3. เกริก
สายที่ 2 : 4. ตาลเดี่ยว เอฟซี 5. ม.มหิดล สโมสรวิทยาลัยวิทยาศาสตร์ และ เทคโนโลยีการกีฬา ม.มหิดล 6. โรงเรียนจ่าอากาศ
สายที่ 3 : 7. สโมสรการไฟฟ้านครหลวง 8. อโยธยา ซิตี้ 9. คลองหลวง ร็อกกี้ โรส
สายที่ 4 : 10. DHL ALL STAR FC 11. ประมงแหลมสิงห์ 12. เทศบาลตำบลบางเมือง
สายที่ 5 : 13. โรงเรียนพณิชยการราชดำเนิน 14. สถานีตำรวจนครบาลดอนเมือง 15. จิมทอมสันฟาร์ม เอฟซี.
สายที่ 6 : 16. มหาวิทยาลัยวงษ์ชวลิตกุล 17. มหาวิทยาลัยธุรกิจบัณฑิตย์ 18. โรงเรียนสมุทรสาครวิทยาลัย
สายที่ 7 : 19. โรงเรียนนานาชาติ เทรล อินเตอร์เนชั่นแนล สคูล 20. อ่างทอง ยูไนเต็ด 21. สโมสรเพลย์เมกเกอร์ ยูไนเต็ด
สายที่ 8 : 22. สโมสรเทิดไทไดมอนด์ 23. สมาคมนักเรียนเก่าวัดสุทธิวราราม 24. กรมแพททหารเรือ
สายที่ 9 : 25. สโมสรสิงห์อุบล เอฟซี 26. สมาคมนักเรียนเก่าเทพศิรินทร์ 27. NEW BRIDGE THONGLOR FC.
สายที่ 10 : 28. ยิ่งเจริญ 29. มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ 30. สโมสรดอนตาล PCCM
สายที่ 11 : 31. มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม 32. กรมสวัสดิการทหารอากาศ 33. กรุงเก่า
สายที่ 12 : 34. โรงเรียนบางปะอิน 35. โรงเรียนนายเรืออากาศ 36. สโมสรบางพลับ เอฟซี
สายที่ 13 : 37. สโมสรสิงห์บุรี ยูไนเต็ด 38. มหาวิทยาลัยราชภัฏบ้านสมเด็จเจ้าพระยา 39. มูลนิธิธรรมานุสรณ์
สายที่ 14 : 40. มหาวิทยาลัยรามคำแหง 41. พิชญเกษม 42. มหานคร เอฟซี.
สายที่ 15 : 43. มหาวิทยาลัยราชภัฏนครปฐม 44. ฟอเรสเตอร์เอฟซี 45. เพชรชัยพฤกษ์ เอฟ.ซี.
สายที่ 16 : 46. วิทยาเขตอุเทนถวาย 47. องค์การบริหารส่วนตำบลลุมพลี 48. เกษตรศาสตร์ กำแพงแสน
สายที่ 17 : 49. เทคโนโลยีพลฯ อินทรีย์ฯ 50. วังไผ่ล้อมสปอร์ตคลับ 51. มศว ยูไนเต็ด 52. โรงเรียนวัดสุทธิวราราม
สายที่ 18 : 53. สโมสรราชบุรี NNK BPF ยูไนเต็ด 54. สโมสรสิงห์บุรี โคปูน เอฟซี 55. วิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลรัตนโกสินทร์ 56. บางปลา
ภาคตะวันออก - รอบแรก
การแข่งขันฟุตบอลดิวิชั่น 3 ประจำปี 2559 ของภาคตะวันออก มีทีมเข้าร่วมการแข่งขันทั้งสิ้นจำนวน 21 ทีม แบ่งการแข่งขันออกเป็น 7 สาย ทำการแข่งขันแบบพบกันหมดในสายนำทีมที่มีคะแนนเป็นที่ 1 ของสายที่ 1 และสายที่ 7 รวมจำนวน 2 ทีม เข้าไปแข่งขันในรอบที่สาม และให้นำทีมที่มีคะแนนเป็น ที่ 1 และ ที่ 2 ของแต่ละสายที่เหลืออยู่เข้าไปแข่งขันในรอบที่สอง ต่อไป
สายที่ 1 : 1 .หน่วยบัญชาการต่อสู้อากาศยานและรักษาฝั่ง 2. นวนคร เอฟซี 3. โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา
สายที่ 2 : 4. นาเม่ ยูไนเต็ด 5. สิริโรจน์ เอฟซี 6. เทศบาลตำบลเขาบายศรี
สายที่ 3 : 7. ทราฟ มาบตาพุด เอฟซี 8. บ้านค่าย ยูไนเต็ด 9. ตะเคียนเตี้ย เอฟซี
สายที่ 4 : 10. สมาคมฮากกา 11. เทศบาลตำบลเกาะขวาง 12. สโมสรพัฒนาเอฟซี
สายที่ 5 : 13. ระยอง ซิตี้ 14. อีสาน พัทยา 15. บ้านบึง โรเวอร์
สายที่ 6 : 16. เทศบาลเมืองแสนสุขเม้งการยาง เอฟซี 17. ปากช่องซิตี้ 18. สมาคมกีฬาบางปะกง
สายที่ 7 : 19. สถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตชลบุรี 20. พัทยา ซิตี้คลับ 21. เทศบาลตำบลแสลง
ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ - รอบแรก
การแข่งขันฟุตบอลดิวิชั่น 3 ประจำปี 2559 ของภาคตะวันออกเฉียงเหนือ มีทีมเข้าร่วมการแข่งขันทั้งสิ้น จำนวน 10 ทีม แบ่งการแข่งขันออกเป็น 3 สาย ทำการแข่งขันแบบพบกันหมดในสาย นำทีมที่มีคะแนนเป็นที่ 1 และ ที่ 2 ของแต่ละสาย กับ ทีมที่มีคะแนนเป็นที่ 3 ของสายที่ 3 และ ทีมที่มีคะแนนเป็นที่ 3 ที่ดีที่สุด ของ สายที่ 1 และ สายที่ 2 อีกจำนวน 1 ทีม และหากทั้ง 2 ทีมมีผลสรุปออกมาที่เท่ากันให้ทำการจับสลากหาทีม 1 ทีม เข้าไปแข่งขันในรอบที่สอง ต่อไป
สายที่ 1 : 1. นครราชสีมา ยูไนเต็ด 2.สโมสรฟุตบอลโคราชซิตี้ 3. สโมสรฟุตบอลโคราช
สายที่ 2 : 4. สโมสรวิทยาลัยบัณฑิตเอเชีย 5. เทศบาลเมืองวังสะพุง 6. ห้วยแถลง เอฟซี
สายที่ 3 : 7. หนองหาน เอฟซี 8. เพื่อนปากช่อง 9. TWD ทนายตั้ม FC 10. สโมสรโคราช ยูไนเต็ด
