ปัญหาอุทกภัยในปี 2564 ช่วงเดือนกันยายนถึงปัจจุบัน เกิดจากปริมาณฝนตกหนักอย่างต่อเนื่อง ตั้งแต่ช่วงวันที่ 8-11 กันยายน 2564 ภาคกลาง ภาคตะวันออก และภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนล่าง ได้รับอิทธิพลของพายุโซนร้อน “ไลออนร็อก”(Lion Rock ) ช่วงวันที่ 11-13 กันยายน 2564 ได้รับอิทธิพลของหย่อมความกดอากาศต่ำกำลังแรง อ่อนกำลังลงจากพายุดีเปรสชัน “โกนเซิน” (Con Son) ช่วงวันที่ 13-14 ตุลาคม 2564 ได้รับอิทธิพลของพายุโซนร้อน “คมปาซุ”(Kompasu) ร่วมกับร่องมรสุมพาดผ่าน ช่วงวันที่ 14-24 กันยายน 2564 ได้รับอิทธิพลของร่องมรสุมพาดผ่าน และในช่วงวันที่ 24-26 กันยายน 2564 ได้รับอิทธิพลของพายุดีเปรสชัน “เตี้ยนหมู่” (Dianmu) ทำให้ปริมาณฝนสะสมช่วงเวลาดังกล่าว เฉลี่ยมากกว่า 400 มิลลิลิตร ทำให้ในช่วงแรกของเดือนกันยายน ที่ผ่านมา พื้นที่ลุ่มน้ำเจ้าพระยาหลายพื้นที่มีน้ำท่วมขัง เช่น จังหวัดชัยนาท อ่างทอง และสุพรรณบุรี และในช่วงหลังของเดือน เกิดอุทกภัยจากปริมาณฝนร่วมกับน้ำล้นตลิ่งตามมา ในพื้นที่จังหวัดอ่างทอง ชัยนาท สุพรรณบุรี สิงห์บุรี ลพบุรี และพระนครศรีอยุธยา
จากกรณีอุทกภัยในพื้นที่ลุ่มน้ำเจ้าพระยาตอนล่างปี 2554 เห็นได้ว่า ควรมีการคาดการณ์ปริมาณน้ำที่ไหลเข้าอ่างเก็บน้ำล่วงหน้าเป็นเวลาไม่น้อยกว่า 2 สัปดาห์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในอ่างเก็บน้ำที่มีความจุเก็บกักน้อยกว่าปริมาณน้ำท่าที่ไหลเข้าสู่อ่างเก็บน้ำรายปีเฉลี่ย เช่น กรณีของอ่างเก็บน้ำลำเชียงไกร (ตอนล่าง) และอ่างเก็บน้ำเขื่อนป่าสักชลสิทธิ์ ซึ่งแผนงานวิจัยการพัฒนาเทคโนโลยีเพื่อเพิ่มปริมาณน้ำต้นทุนของเขื่อนหลักและการบริหารจัดการน้ำในพื้นที่ราบภาคกลาง ซึ่งได้รับทุนสนับสนุนการวิจัยจากสำนักงานการวิจัยแห่งชาติ (วช.) ได้ดำเนินกระบวนการประสานงานวิจัยภายในแผนงาน Co-Run เริ่มตั้งแต่งานวิจัยการคาดการณ์ฝนล่วงหน้า 2 สัปดาห์ และ 3 เดือน เพื่อนำไปสู่แบบจำลองการคาดการณ์การใช้น้ำและปริมาณน้ำท่าล่วงหน้า รวมถึงการวิเคราะห์การปล่อยน้ำจากอ่างเก็บน้ำล่วงหน้าที่เหมาะสม ซึ่งอยู่ในช่วงทำการวิจัยเชิงปฏิบัติการ ระหว่างผลวิจัยคาดการณ์ปริมาณฝน ปริมาณน้ำท่า และการปล่อยน้ำจากอ่างเก็บน้ำล่วงหน้า 2 สัปดาห์ โดยทำการวิเคราะห์ทุกสัปดาห์และเปรียบเทียบกับสถานการณ์ที่เกิดขึ้นจริงในพื้นที่ลุ่มน้ำเจ้าพระยา
ผศ.ดร.ไชยาพงษ์ เทพประสิทธิ์ หัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมชลประทาน คณะวิศวกรรมศาสตร์ กำแพงแสนมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ นักวิจัยแผนงานวิจัยเข็มมุ่งด้านการบริหารจัดการน้ำ สำนักงานการวิจัยแห่งชาติ (วช.) กระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม (อว.) เปิดเผยว่า จากกรณีศึกษาอ่างเก็บน้ำลำเชียงไกร (ตอนล่าง) จังหวัดนครราชสีมา ที่มีความจุเก็บกัก 27.70 ล้านลูกบาศก์เมตร กรมชลประทานได้คาดการณ์ปริมาณน้ำที่จะไหลเข้าเขื่อนไว้ล่วงหน้า จึงได้พยายามพร่องน้ำในอ่างที่ระดับกักเก็บน้ำต่ำสุด จนเหลือ 30 % เมื่อวันที่ 26 สิงหาคม 2564 แต่ถัดมาเพียง 10 วัน ปริมาณน้ำได้ไหลเข้าสู่อ่างเก็บน้ำสูงถึง 22.18 ล้านลูกบาศก์เมตร เต็มความจุ 100% และเพิ่มสูงเป็น 164 % ของความจุเก็บกัก หรือคิดเป็น 45.44 ล้านลูกบาศก์เมตร ในวันที่ 27 กันยายน 2564 จากการที่ฝนตกหนักต่อเนื่อง ร่วมกับการก่อสร้างปรับปรุงทางอาคารระบายน้ำ (Service Spillway) ยังไม่แล้วเสร็จ คันกั้นน้ำชั่วคราวที่สร้างขึ้นจึงถูกน้ำไหลล้นและกัดเซาะ นำไปสู่การศึกษาต่อว่า ระบบคาดกาณ์น้ำที่ไหลเข้าอ่างเก็บน้ำควรล่วงหน้านานแค่ไหน และกรณีการก่อสร้างปรับปรุงอาคารระบายน้ำควรดำเนินการให้แล้วเสร็จก่อนเข้าสู่ช่วงฤดูน้ำหลาก แต่ถ้าเสร็จไม่ทันช่วงฤดูน้ำหลาก ก็ควรก่อสร้างอาคารระบายน้ำในจุดที่ตั้งใหม่ และคงอาคารระบายน้ำเดิมไว้ใช้งานก่อน เมื่ออาคารระบายน้ำใหม่สร้างเสร็จแล้วจึงค่อยยกเลิกการใช้งานอาคารระบายน้ำเดิม ส่วนกรณีอ่างเก็บน้ำเขื่อนป่าสักชลสิทธิ์ ซึ่งมีความจุเก็บกัก 968.0 ล้านลูกบาศก์เมตร ได้พร่องน้ำในอ่างเก็บน้ำจนเหลือต่ำสุดที่ระดับคงเหลือ 4.29% เมื่อวันที่ 26 สิงหาคม 2564 แต่มีปริมาณน้ำไหลเข้าสู่อ่างเก็บน้ำสูงและต่อเนื่องกว่า 1,000 ล้านลูกบาศก์เมตร ทำให้เขื่อนป่าสักมีปริมาณน้ำเก็บกักเต็มความจุ 100% ในวันที่ 29 กันยายน 2564 กรมชลประทานจึงต้องทำการระบายน้ำจากเขื่อนป่าสักในระดับ 1,200 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที ซึ่งกระทบต่อพื้นที่ริมแม่น้ำป่าสักและแม่น้ำเจ้าพระยาด้านท้ายน้ำ เช่นเดียวกัน
นักวิจัยกล่าวต่อว่า กรมชลประทานได้รับมืออุทกภัยในพื้นที่ลุ่มน้ำเจ้าพระยา โดยเฝ้าระวังและคาดการณ์แนวโน้มของปริมาณน้ำที่ไหลผ่านสถานีวัดน้ำท่า C.2 อำเภอเมือง จังหวัดนครสวรรค์ โดยในปีนี้ ปริมาณน้ำที่ไหลผ่านสถานีวัดน้ำท่า C.2 เริ่มสูงเกิน 1,500 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที และสูงสุดในวันที่ 29 กันยายน 2564 ประมาณ 2,683 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที ทำให้ต้องเพิ่มการระบายน้ำผ่านเขื่อนเจ้าพระยามากขึ้น จนทำให้มีปริมาณน้ำไหลเข้าคลองโผงเผง สมทบกับปริมาณน้ำในแม่น้ำน้อย ทำให้น้ำล้นตลิ่งและเข้าท่วมในพื้นที่จังหวัดพระนครศรีอยุธยา เขื่อนเจ้าพระยาจึงได้ระบายน้ำสูงสุด ในปริมาณ 2,788 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที ในวันที่ 8 ตุลาคม 2564 พร้อมรับน้ำเข้าสู่พื้นที่ฝั่งตะวันออก ผ่านคลองชัยนาท-ป่าสัก (ปตร.มโนรมย์) และคลองชัยนาท-อยุธยา (ปตร.มหาราช) และรับน้ำเข้าสู่พื้นที่ฝั่งตะวันตก ผ่านคลองมะขามเฒ่าอู่ทอง (ปตร.มะขามเฒ่า-อู่ทอง) แม่น้ำท่าจีน (ปตร.พลเทพ) และแม่น้ำน้อย (ปตร.บรมธาตุ) เมื่อมีการระบายน้ำผ่านท้ายเขื่อนเจ้าพระยาในปริมาณตั้งแต่ 700-2,840 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที จึงส่งผลให้น้ำล้นตลิ่งเข้าท่วมในพื้นที่ลุ่มต่ำนอกคันกั้นน้ำ