โครงการธุดงค์ธรรมชัย ของวัดพระธรรมกาย สร้างความเดือดร้อนอย่างหนักให้กับประชาชน เพราะทำให้จราจรติดขัด นอกจากนั้น การนำบุคคลที่นุ่งเหลืองห่มเหลือง จำนวน 1,130 คน มาเดินตามท้องถนนในย่านชุมชน โดยมีบุคคลนุ่งขาวห่มขาว มานั่งเรียงราย กราบไหว้ โปรยดอกดาวเรืองให้เหยียบย่ำ ไม่อาจเรียกได้ว่า เป็นธุดงควัตรได้
ความเดือดร้อนเพราะรถติด เป็นปัญหาเฉพาะหน้าที่วัดพระธรรมกายก่อขึ้น ประชาชนทั่วไปตำพหนิติเตียน เพราะเป็นเรื่องที่กระทบโดยตรงกับตัวเอง แต่ลัทธิธรรมกาย ของวัดพระธรรมกายนั้น มีพิษภัยมากกว่า ทำให้รถติด และมอมเมาประชาชนให้บริจาคเงินให้กับงัดพระธรรมกาย หลายร้อยร้ายพันเท่า เพราะลัทธิธรรมกายที่เผยแพร่โดยวัดนี้ บิดเบือนพระธรรมวินัย และพระไตรปิฎก ด้วยวิธีการอันแยบยลคือ จำแลงแปลงร่าง นุ่งเหลืองห่มเหลือง เป็นพระภิกษุสงฆ์ แล้วสร้างลัทธิใหม่ที่ขัดแย้งกับพระไตรปิฎก ภายใต้การปกป้องของ พระเถระผู้ใหญ่หลายรูปในมหาเถรสมาคม ที่ตกอยู่ในอำนาจอามิสสินจ้างของวัดพระธรรมกาย
หนังสือ กรณีธรรมกาย ซึ่งเขียนโดย พระพรหมคุณาภรณ์ ( ป.อ.ปยุตโต) ครั้งที่ยังเป็น พระธรรมปิฎก กล่าวถึง วัดพระธรรมกาย ไว้ ว่า
ปัญหาเกี่ยวกับวัดพระธรรมกายที่กำลังได้รับการวิพากษ์วิจารณ์กันอยู่นี้มีหลายเรื่อง แยกได้หลายแง่หลายประเด็น เช่นเรื่องความประพฤติส่วนตัวของพระ เรื่องการดำเนินงานขององค์กร คือวัดและมูลนิธิ เกี่ยวกับการครอบครองกรรมสิทธิ์ในที่ดิน เป็นต้น ตลอดจนการดำเนินธุรกิจต่างๆ การแสวงหาเงินทอง โดยวิธีซึ่งเป็นที่สงสัยว่าจะไม่ถูกต้อง ในแง่กฎหมายบ้าง ในแง่พระวินัยบ้าง โดยเฉพาะการยกอิทธิฤทธิ์ปาฏิหาริย์ขึ้นมาเผยแพร่ในลักษณะที่เป็นการชักจูงให้คนบริจาคเงิน การใช้วิธีกึ่งเกณฑ์ให้เด็กนักเรียน นักศึกษา ตลอดจนข้าราชการ เป็นต้น จำนวนมากๆ มาร่วมกิจกรรม โดยมีเป้าหมายที่น่าสงสัยว่า จะมุ่งไปที่การให้บริจาคเงินหรือไม่ ตลอดจนในที่สุดก็คือ ปัญหาที่เกี่ยวกับพระธรรมวินัยโดยตรง โดยเฉพาะการแสดงหลักการของพระพุทธศาสนาเรื่องนิพพานเป็นอัตตา และเรื่องธรรมกาย
ปัญหาทั้งหมดนั้น ล้วนมีความสำคัญ และจะต้องแก้ไขด้วยวิธีที่เหมาะสมให้ถูกต้องแต่ละอย่าง แต่เมื่อ พิจารณาในแง่ของการดำรงรักษาพระศาสนา ปัญหาที่สำคัญที่สุดก็คือ ปัญหาเกี่ยวกับพระธรรมวินัย ซึ่งกระทบถึงหลักการของพระพุทธศาสนา
พูดให้เข้าใจง่ายว่า การทำพระธรรมวินัยให้วิปริต ซึ่งร้ายแรงยิ่งกว่าการประพฤติ วิปริตจากพระธรรมวินัย
สำนักวัดพระธรรมกาย เผยแพร่คำสอนคลาดเคลื่อนไปจากหลักพระพุทธศาสนาหลายประการ เช่น
1. สอนว่านิพพานเป็นอัตตา
2. สอนเรื่องธรรมกายอย่างเป็นภาพนิมิต และให้มีธรรมกาย ที่เป็นตัวตนเป็นอัตตาของพระพุทธเจ้ามากมายหลายพระองค์ ไปรวมกันอยู่ในอายตน-นิพพาน
3. สอนเรื่องอายตนนิพพาน ให้เข้าใจผิดต่อนิพพาน เหมือนเป็นดินแดนที่จะเข้าสมาธิไปเฝ้าพระพุทธเจ้า ได้ ถึงกับมีพิธีถวายข้าวพระ ที่จะนำข้าวบูชาไปถวายแด่พระพุทธเจ้าในอายตนนิพพานนั้น
คำสอนเหล่านี้ ทางสำนักสายวัดพระธรรมกายคิดขึ้นใหม่ เป็นของนอกธรรมนอกวินัยของพระพุทธเจ้า แต่แทนที่จะสอนไปตามตรงว่าเป็นลัทธิของครูอาจารย์ ทางวัดพระธรรมกายกลับพยายามนำเอาคำสอนใหม่ของ ตนเข้าใส่แทนที่หลักคำสอนเดิมที่แท้ของพระพุทธศาสนา
ยิ่งกว่านั้น เพื่อหาทางให้ลัทธิของตนเข้าแทนที่พระธรรมวินัยได้สำเร็จ สำนักวัดพระธรรมกายยังได้เผย แพร่เอกสาร ที่จ้วงจาบพระธรรมวินัย ชักจูงให้คนเข้าใจผิด สับสน หรือแม้แต่ลบหลู่พระไตรปิฎกบาลี ที่เป็นหลัก ของพระพุทธศาสนาเถรวาท เช่น
- ให้เข้าใจว่าพระไตรปิฎกบาลี บันทึกคำสอนไว้ตกหล่น หรือมีฐานะเป็นเพียงความคิดเห็นอย่างหนึ่ง เชื่อถือหรือใช้เป็นมาตรฐานไม่ได้
- ให้นำเอาพระไตรปิฎกฉบับอื่นๆ เช่น พระไตรปิฎกภาษาจีน และคำสอนอื่นๆ ภายนอกมาร่วมวินิจฉัยพระพุทธศาสนาเถรวาท
- ให้เข้าใจเขวไปว่าหลักการของพระพุทธศาสนาเป็นเรื่องอภิปรัชญา ขึ้นต่อการตีความ และความคิดเห็น ตลอดจนการถกเถียงทางวิชาการ
- อ้างนักวิชาการต่างประเทศ และการปฏิบัติของตน ดังว่าจะใช้วินิจฉัยหลักพระพุทธศาสนาได้
ฯลฯ
อีกทั้งสิ่งที่ยกมาอ้าง เช่น คัมภีร์ของมหายาน และทัศนะของนักวิชาการตะวันตก ก็ไม่ตรงตามความเป็นจริง หรือไม่ก็เลื่อนลอย
นอกจากนั้น ยังนำคำว่า "บุญ" มาใช้ในลักษณะที่ชักจูงประชาชนให้วนเวียนจมอยู่กับการบริจาคทรัพย์ เพื่อวัตถุประสงค์ต่างๆ ชนิดที่ส่งเสริมความยึดติดถือมั่นในตัวตนและในตัวบุคคล อันอาจกลายเป็นแนวโน้มที่บั่นรอนสังคมไทยในระยะยาว พร้อมทั้งทำพระธรรมวินัยให้ลางเลือนไปด้วย
พฤติการณ์ของสำนักวัดพระธรรมกายอย่างนี้ เป็นการจาบจ้วง ลบหลู่ ย่ำยีพระธรรมวินัย สร้างความสับสนไขว้เขวและความหลงผิดแก่ประชาชน
หนังสือ กรณีธรรมกาย พระพรหมคุณาภรณ์ เขียนขึ้น และเผยแพร่ เมื่อ ปี 2542 โครงการธุดงค์ธรรมชัย ก็คือ สิ่งที่สำนักสายวัดพระธรรมกายคิดขึ้นใหม่ แต่แทนที่จะบอกว่า เป็นลัทธิของครูอาจารย์ ก็กลับบิดเบือนว่า เป็นหลักคำสอนที่แท้ของพุทธศาสนา เพื่อหาทางให้ลัทธิของตนเข้าแทนที่พระธรรมวินัยได้สำเร็จ