หลังจากสร้างความฮือฮาในการพัฒนาจนสามารถนำไปใช้งานได้จริงบนท้องถนน ฮอนด้า เอฟซีเอ็กซ์ ซึ่ง ณ เวลานี้ได้รับการพัฒนาต่อมาอีกขั้นหนึ่งในชื่อของ ฮอนด้า เอฟซีเอ็กซ์ คอนเซ็ปท์ ที่ได้กลายมาเป็นรถยนต์เซลล์เชื้อเพลิงที่มีความสวยงามในแบบรถยนต์นั่งระดับหรู กว้างขวาง สะดวกสบาย และที่สำคัญปราศจากมลพิษเป็นมิตรกับสิ่งแวดล้อมที่สุด
ฮอนด้า เอฟซีเอ็กซ์ คอนเซ็ปท์ ถูกออกแบบให้ตัวถังด้านหน้ามีขนาดสั้นเพื่อให้สอดรับกับพื้นตัวถังที่มีพื้นห้องโดยสารต่ำ ซึ่งจะช่วยเพิ่มความสะดวกสบายให้กับห้องโดยสาร รูปแบบของตัวถังห้องโดยสารถูกออกแบบให้มีรูปทรงเพรียวลมและเน้นความสวยเด่นของคิ้วกันกระแทกด้านข้าง
ภายในห้องโดยสารตกแต่งให้มีความล้ำสมัยผสานกับความคลาสสิก ด้วยการใช้พลาสติกรูปทรงล้ำสมัยผสมกับการใช้หนังและไม้ แผงหน้าปัดที่ทำให้ดูคล้ายกับลอยอยู่บนอากาศ เบาะนั่งถูกออกแบบให้เอนลง และมีลักษณะคล้ายเปลือกหอย
ฮอนด้า เอฟซีเอ็กซ์ คอนเซ็ปท์ อัดแน่นไปด้วยเทศโนโลยีที่ล้ำหน้าอย่าง แผงหน้าปัดสามารถปรับตำแหน่งได้เองตามความเร็วของรถโดยแผงหน้าปัดจะเอนมาทางด้านหน้าในระดับ 45 องศาขณะที่มีการใช้ความเร็วสูง และจะเอนไปทางด้านหลังเมื่อใช้ความเร็วต่ำ
ระบบบันทึกและตรวจสอบข้อมูลทางชีวภาพของคนขับ เมื่อเดินเข้าใกล้ตัวรถ ผู้ขับขี่จะได้รับการตรวจสอบโดยเซ็นเซอร์และกล้องบันทึกภาพพอัจฉริยะของรถ เพื่อตรวจสอบความถูกต้อง ก่อนที่จะลายล็อคประตู นอกจากนั้นก็จะสั่งปรับระดับของพวงมาลัย แป้นคันเร่ง และแผงมาตรวัดให้อยู่ในตำแหน่งที่พอดีกับสรีระของผู้ขับขี่
และไฮเทคสุดๆ ด้วย กระจกบังลมหน้าสามารถแสดงผลการควบคุมและการทำงานของระบบต่างๆ ที่อยู่บนแผงมาตรวัดผ่านทางสัญลักษณ์ ให้ผู้ขับขี่สามารถเลือกการทำงานอาทิ เครื่องเสียงหรือแอร์ ได้อย่างอิสระ
ในด้านตัวถังที่เป็นปัญหาหลักของรถยนต์เซลล์เชื้อเพลิงที่ต้องการพื้นที่ค่อนข้างมากในการวางระบบเซลล์เชื้อเพลิง ฮอนด้าแก้ปัญหานี้ได้ โดยออกแบบพื้นตัวถังด้วยแนวคิด V Flow คือ รูปแบบการไหลของก๊าซในแนวดิ่ง, เลย์เอาท์ที่มีแกนกลาง และขนาดของระบบโดยรวมที่มีประสิทธิภาพ
แผงเซลล์เชื้อเพลิงจะถูกจัดวางในแนวตั้งอยู่ในอุโมงค์ตรงกลางของพื้นตัวถัง ซึ่งเป็นรูปแบบการจัดวางแบบใหม่ที่ใช้พื้นที่ได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยแผงเซลล์เชื้อเพลิงขนาดกะทัดรัดสามารถผลิตกำลังออกมาได้ถึง 100 กิโลวัตต์ อันเป็นผลมาจากนวัตกรรมในการทำให้ออกซิเจน และไฮโดรเจนไหลผ่านแผงเซลล์เชื้อเพลิงจากที่สูงลงสู่ที่ต่ำ ทำให้แผงเซลล์เชื้อเพลิงรุ่นใหม่ของฮอนด้า ได้รับประโยชน์อย่างเต็มที่จากแรงโน้มถ่วงในการปล่อยน้ำออกจากระบบในขณะที่เกิดกระบวนการสร้างกระแสไฟฟ้า
ระบบขับเคลื่อนที่ติดตั้งในฮอนด้า เอฟซีเอ็กซ์ คอนเซ็ปท์ เป็นรูปแบบใหม่ของมอเตอร์ไฟฟ้า 3 ตัว ซึ่งจะทำหน้าที่ในการขับเคลื่อน โดย 1 ตัวติดตั้งอยู่บนเพลาหน้าและอีก 2 ตัวติดตั้งอยู่ที่เพลาหลัง ประสิทธิภาพการถ่ายทอดกำลังจะมาในรูปแบบของการขับเคลื่อน 4 ล้อ
อีกอุปสรรคที่ทำให้การพัฒนารถยนต์เซลล์เชื้อเพลิงสู่การผลิตในเชิงพาณิชย์เป็นเรื่องยาก ก็คือ ถังเก็บไฮโดรเจนที่เล็ก เบาและมีประสิทธิภาพสูง ซึ่งทางฮอนด้าสามารถทำได้โดย การนำวัสดุดูดซับไฮโดรเจนมาใช้ ทำให้สามารถเพิ่มประสิทธิภาพในการบรรจุไฮโดรเจนได้มากกว่าเดิมเท่าตัว ซึ่งไฮโดรเจนที่เก็บมีน้ำหนัก 5 กก.และถูกเก็บไว้ที่แรงดัน 350 เท่าของบรรยากาศ ผลก็คือตัวรถสามารถวิ่งได้ระยะทางเพิ่มขึ้นเป็น 350 ไมล์ (560 กม.)* เทียบเท่ากับรถยนต์ที่ใช้เครื่องยนต์เบนซิน
สำหรับในด้านของเชื้อเพลิงไฮโดรเจน ฮอนด้าได้พัฒนาระบบสถานีบริการ Home Energy Station หรือ HES ขึ้นมา โดยเป็นการสนับสนุนพลังงานทั้งในส่วนของระบบไฟฟ้าและความร้อนแก่บ้านเรือนควบคู่ไปกับการผลิตไฮโดรเจนให้กับรถยนต์เซลล์เชื้อเพลิง ซึ่งระบบ HES ทำให้ท่านสามารถเติมไฮโดรเจนที่หน้าบ้านตนเองได้
กระบวนการผลิตไฮโดรเจนจะใช้ก๊าซธรรมชาติซึ่งมีใช้อยู่ในครัวเรือนเป็นวัตถุดิบ ตัวระบบมีการติดตั้งแผงเซลล์เชื้อเพลิงซึ่งจะผลิตกระแสไฟฟ้าให้กับบ้านเรือน และเก็บความร้อนที่เกิดขึ้นจากกระบวนการของระบบส่งต่อมาให้กับระบบการทำน้ำร้อนในบ้านเรือนได้อีกด้วย
*จากการคำนวณของฮอนด้า