ในบรรดาคดีที่ค้างอยู่ในมือ ป.ป.ช. นับหมื่นเรื่อง มีคดีใหญ่ที่สำคัญและใกล้หมดอายุความภายในสิ้นปี 2549 นี้คือ คดีคลองด่าน ซึ่งถือเป็นคดีทุจริตที่คลาสสิกแห่งทศวรรษ ด้วยมูลค่าโครงการกว่า 20,000 ล้าน มีผู้เกี่ยวข้องตั้งแต่นักการเมือง, ข้าราชการประจำระดับสูง และเอกชนเครือข่ายทุนการเมือง
ที่ผ่านมา มีสำนวนคดีคลองด่านส่งมายัง ป.ป.ช. คือ รายงานผลสอบสวนของสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ที่มีพล.ต.ท.สุเทพ ธรรมรักษ์ ผู้ช่วยผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ เป็นหัวหน้าคณะสอบสวน และรายงานผลสอบสวนของคณะกรรมการตรวจสอบกรณีการทุจริตโครงการฯ ที่มีนายมานิตย์ สุธาพร รองปลัดกระทรวงยุติธรรม เป็นประธาน และยังมีการส่งเรื่องจากกรมควบคุมมลพิษโดยตรงอีกส่วนหนึ่ง
สำนวนการสอบสวนข้างต้น ระบุฐานความผิดร่วมกันทุจริตต่อตำแหน่งหน้าที่ราชการระหว่างข้าราชการการเมืองและข้าราชการประจำ โดยมีกลุ่มบริษัทเอกชนรับเหมารับสัมปทานจากรัฐ ให้การสนับสนุนการกระทำทุจริต
สำหรับรายงานผลการสอบสวนของสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ส่งมายังเลขาธิการป.ป.ช.เมื่อวันที่ 4 พ.ย. 46 ระบุผู้กระทำความผิด แยกออกเป็น 3 กลุ่ม
หนึ่ง กลุ่มที่เป็นเจ้าพนักงานที่ดินที่เกี่ยวข้องกับการออกโฉนดที่ดิน จำนวน 15 คน ประกอบด้วย นายสมมาตร ดลมินทร์, นายไพศาล กาญจนประพันธ์, นายคมชิต วิชญะเดชา, นายวิจิตร พรหมนารถ, นายวิชัย ฉ่างทองคำ, นายวิชัย สิงห์สุวรรณ, นายชวรัฐ โฉมจังหวัด, นายสมชัย แตงน้อย, นายวีรวงศ์ สุวรรณวนิช, นายอริยะ สุกวรรณรัตน์, นายพรชัย ดิสกุล, นายมานิตย์ อินทรักษ์, นางอุบลรัตน์ โอภาศ, นายสมพร พรหมพันธ์, นายสุรงค์ฤทธิ์ อุทยางกูร มีฐานความผิดร่วมกันปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบและปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต ตามประมวลกฎหมายอาญา ม. 83 และ 157 และร่วมกันเป็นเจ้าพนักงานรับรองเอกสารอันเป็นเท็จ มีความผิดตาม กม.อาญา มาตรา 83 และ 162 (1),(4)
สอง กลุ่มผู้กระทำผิด เจ้าพนักงานฝ่ายปกครองมีหน้าที่ชี้ระวังแนวเขต มี 4 คน คือ นายเกรียงศักดิ์ ตัณฑะตะนัย, นายณรงค์ ยอดศิรจินดา, นายวงษ์ ชาญสมร และนายสมศักดิ์ บุญเรือง มีฐานความผิดเป็นเจ้าหน้าที่ปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบและปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต มีความผิดตามกม.อาญา มาตรา 83 และ 157 ฐานร่วมกันเป็นเจ้าพนักงานรับรองเอกสารอันเป็นเท็จ มีความผิดตามกม.อาญา มาตรา 83 และ 162 (1)
สาม กลุ่มผู้กระทำผิด บุคคลและนิติบุคคล มี 5 คน คือ นายวัฒนา อัศวเหม, นางบุญศรี ปิ่นขยัน, นายรอยอิศราพร ชุตาภา, นายกิติชัย พิมพาภรณ์, นายสุทัศน์ ธัมมรักคิต ฐานความผิด ร่วมกันสนับสนุนเจ้าพนักงานปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบและปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต มีความผิดตามประมวลกม.อาญา มาตรา 83, 86 และ 157
ต่อมา พล.ต.ท.สุเทพ ธรรมรักษ์ เปิดเผยต่อสื่อมวลชนเมื่อวันที่ 16 มิ.ย. 47 ว่า สำนวนสอบสวนครั้งสุดท้ายที่ส่งให้คณะกรรมการ ป.ป.ช. สรุปว่ามีเจ้าหน้าที่รัฐร่วมทุจริต 17 คน มีบริษัทเอกชนร่วมกระทำผิดรวม 15 คน มีนักการเมืองที่เกี่ยวข้อง 1 คน คือ นายยิ่งพันธ์ มนะสิการ ซึ่งเสียชีวิตแล้ว
สำหรับข้าราชการที่ร่วมทุจริตจากกรมควบคุมมลพิษและกรมที่ดิน ตามการเปิดเผยของ พล.ต.ท.สุเทพ ประกอบด้วย นายปกิต กิระวานิช, นายศิริธัญญ์ ไพโรจน์บริบูรณ์, นางยุวรี อินนา, นายสมิทธ์ ปาลวัฒน์วิไชย, นายณรงค์ แก้วเศวตพันธุ์, นายชนินทร์ ทองธรรมชาติ, นายชานัน ติรณะรัต, นายแคล้ว ทองสม, นายปราการ บุญช่วยดี (เสียชีวิตแล้ว) นายวิศว ศะศิสมิต, นายสุทัศน์ วิภาวกุล, นางกัลยาณี แสงชูโต นายอนุพันธ์ อิฐรัตน์, น.ส.ณิชานันท์ ทองนาค, นายณรงค์ ยอดศิรจินดา, นายชะเอม ปู่มิ้ม, นายบุญลือ โพธิ์อรุณ
ส่วนเอกชนที่เกี่ยวข้องกับการทุจริตทั้งในฐานะนิติบุคคลและส่วนบุคคล ประกอบด้วย บริษัทปาล์มบีช ดีเวลลอปเม้นท์ โดย นายรอย อิศราพร ชุตาภา และนายสมศักดิ์ ติระพัฒนกุล, นางบุญศรี ปิ่นขยัน, บริษัทคลองด่านมารีน แอนด์ ฟิชเชอรี่ โดย น.ส.กัลยา มลทินอาจ, นายชาลี ชุตาภา, บริษัทวิจิตรภัณฑ์ก่อสร้าง โดยนายพิษณุ ชวนะนันท์, บริษัทประยูรวิศว์ก่อสร้าง โดยนายสังวรณ์ ลิปตพัลลภ, บริษัทสี่แสงการโยธา โดยนายสิโรจน์ วงศ์สิโรจน์กุล, บริษัทกรุงธนเอ็นจิเนียริ่ง โดยนายนิพนธ์ โกศัยพลกุล และบริษัทเกตเวย์ ดิเวลลอปเม้นท์ โดยนายกว๊อกกา โอเยง
ส่วนสำนวนคดีที่ นายมานิตย์ สุธาพร รองปลัดกระทรวงยุติธรรม ในฐานะประธานคณะกรรมการสอบสวนทุจริตฯ ส่งไปยังป.ป.ช. เมื่อต้นปี 2547 ได้ระบุว่า มีนักการเมืองเกี่ยวข้องกับการทุจริตโครงการคลองด่าน 3 คน คือ นายวัฒนา อัศวเหม, นายสุวัจน์ ลิปตพัลลภ และนายยิ่งพันธ์ มนะสิการ มีอดีตข้าราชการระดับ 10 เกี่ยวข้องทุจริต คือ นายปกิต กิระวานิช และข้าราชการระดับ 10 ซึ่งยังรับราชการอยู่คือ นายศิริธัญญ์ ไพโรจน์บริบูรณ์, นางนิศากร โฆษิตรัตน์ และข้าราชการกรมควบคุมมลพิษรวมกับข้าราชการกรมที่ดิน ประมาณ 20 ราย
ต่อมา ในเดือนเม.ย. 47 กรมควบคุมมลพิษ ได้ร้องไปที่ ป.ป.ช. กล่าวโทษนักการเมืองเกี่ยวข้องกับการทุจริต 3 คน ตามสำนวนการสอบสวนของคณะกรรมการสอบสวนทุจริตฯ
หลังจากนั้น พล.ต.ท.วิเชียรโชติ สุกโชติรัตน์ โฆษกคณะกรรมการ ป.ป.ช. แถลงเมื่อวันที่ 18 ต.ค. 47 ว่า คณะอนุกรรมการไต่สวนข้อเท็จจริงกรณีทุจริตคลองด่าน ได้สรุปสำนวนคดีเพื่อดำเนินการแจ้งข้อกล่าวหาผู้กระทำการทุจริตในคดีอาญา ซึ่งผู้ที่จะถูกแจ้งข้อกล่าวหามีนักการเมืองระดับชาติ 3 คน, อดีตข้าราชการระดับ 10 และข้าราชการระดับ 10 จำนวน 2 คน และข้าราชการรวมแล้วประมาณ 20 คน รวมทั้งบริษัทเอกชนที่มีส่วนเกี่ยวข้อในการกระทำผิดหลายข้อหา
สำหรับกระบวนการทุจริตในโครงการบ่อบำบัดน้ำเสียคลองด่านนั้น เริ่มตั้งแต่การปรับเปลี่ยนโครงการและเพิ่มงบประมาณจากหมื่นล้านเป็น 23,000 ล้านบาท โดยการย้ายจุดสร้างระบบบำบัดน้ำเสียจากฝั่งตะวันออกและตะวันตกของแม่น้ำเจ้าพระยา ที่อ.บางปู และอ.พระสมุทรเจดีย์ ไปรวมอยู่จุดเดียวที่ ต.คลองด่าน อ.บางบ่อ จ.สมุทรปราการ บนเนื้อที่ 1,903 ไร่ เพื่อหวังขายที่ดินที่มีนักการเมืองเป็นเจ้าของอยู่เบื้องหลัง อีกทั้งต้องการเพิ่มงบประมาณก่อสร้างระบบรวบรวมน้ำเสียทั่วจังหวัด ซึ่งมีบริษัทเอกชนในเครือข่ายทุนการเมืองเป็นผู้ชนะประมูลงานก่อสร้าง โดยงบส่วนนี้มีสัดส่วนสูงถึง 70% ของมูลค่าโครงการ
สมัยรัฐบาลทักษิณ 1 นั้น นายประพัฒน์ ปัญญาชาติรักษ์ รมว.กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติฯ ตั้งคณะกรรมการตรวจสอบโครงการฯ ขณะที่พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร ก็สั่งตั้งคณะกรรมการขึ้นตรวจสอบทุจริตในโครงการโดยตรง กระทั่งนำไปสู่การสั่งหยุดโครงการ ดำเนินคดีฟ้องร้อง และส่งเรื่องให้ ป.ป.ช.
ในส่วนของที่ดินที่ตั้งโครงการ มีการชี้มูลความผิดว่า เจ้าหน้าที่กรมที่ดินออกโฉนดโดยมิชอบทับพื้นที่คลองสาธารณะและออกโฉนดโดยไม่มีหลักฐานที่ดินเดิมบางส่วน กระทั่งกรมที่ดินมีคำสั่งเพิกถอนโฉนดรวม 5 แปลง เนื้อที่ 1,357 ไร่ พร้อมกับดำนินการทางวินัยร้ายแรงกับเจ้าหน้าที่ที่ดินที่เกี่ยวข้องและส่งชื่อให้ ป.ป.ช.จัดการ
ส่วนการก่อสร้างระบบรวบรวมและบำบัดน้ำเสียนั้น พบการกระทำความผิดตั้งแต่ขั้นตอนการประมูล การเซ็นสัญญาโดยบริษัทที่ชนะประมูลขาดคุณสมบัติเพราะบริษัทนอสต์เวสท์ฯ ที่เชี่ยวชาญเรื่องการบำบัดน้ำเสียถอนตัวไปตั้งแต่ต้น แต่คณะกรรมการพิจารณาผลการประมูล ที่มีนายศิริธัญญ์ ไพโรจน์บริบูรณ์ รองอธิบดีกรมควบคุมมลพิษ ในฐานะประธานฯ ขณะนั้น กลับเพิกเฉยและปล่อยให้มีการเซ็นสัญญาโดยช่วงนั้น มีนายปกิต กิระวานิช เป็นอธิบดีกรมควบคุมฯ
แม้จะมีการชี้มูลความผิดชัดเจน แต่ การดำเนินการหลังจากนั้นกลับล่าช้าซ้ำเป็นไปในลักษณะช่วยเหลือผู้กระทำความผิด โดยช่วงเวลาไล่เลี่ยกันนั้น นายสุวัจน์ ลิปตพัลลภ ได้ยุบพรรคชาติพัฒนา เข้ามารวมกับพรรคไทยรักไทย แถมนั่งตำแหน่งรมว.กระทรวงยุติธรรม ซึ่งเกี่ยวข้องกับดำเนินคดีคลองด่านโดยตรง ขณะที่ ป.ป.ช.เจอคดีขึ้นเงินเดือนให้กับตัวเองถูกพิพากษามีความผิดและต้องออกจากตำแหน่ง
ขณะนี้ คดีคลองด่าน นอกจากจะอยู่ในมือของป.ป.ช.แล้ว ยังมีคดีฟ้องร้องกันอยู่ในชั้นศาล คือ คดีฉ้อโกง โดยกรมควบคุมมลพิษ ว่าจ้างบริษัทกฎหมายเอกชนดำเนินการฟ้องร้องเอาผิดกลุ่มกิจการร่วมค้าเอ็นวีพีเอสเคจี ผู้รับเหมาก่อสร้างโครงการ เรียกค่าเสียหาย 20,000 กว่าล้าน ซึ่งศาลประทับรับฟ้องและอยู่ระหว่างการไต่สวนคดี แต่ทั้งนี้ทางกระทรวงทรัพยากรฯ สมัยที่นายยงยุทธ ติยะไพรัช เป็นรมว.กระทรวงทรัพยากรฯ ไม่ได้ให้การสนับสนุนบริษัทกฎหมายเอกชนในการสู้คดีเท่าที่ควรโดยเฉพาะด้านงบประมาณ กระทั่งเวลานี้ยังไม่มีการต่อสัญญาให้ว่าความแต่อย่างใด ขณะเดียวกันหน่วยงานที่เกี่ยวข้องก็ไม่ค่อยให้ความร่วมมือในการส่งมอบเอกสารหลักฐานเพื่อสู้คดีเช่นกัน
นอกจากนี้แล้ว ยังมีคดีที่บริษัทเอกชนผู้รับเหมาก่อสร้าง ฟ้องร้องเรียกค่าเสียหายจากกรมควบคุมมลพิษ มูลค่ากว่า 6,000 ล้านบาท ซึ่งถึงเวลานี้ยังไม่มีการสืบคดีแต่อย่างใด เพราะสมัยของนายยงยุทธ ติยะไพรัช เป็น รมว.ว่าการกระทรวงทรัพยากรฯ ได้ให้ความสำคัญในการเจรจา (ใต้โต๊ะ) กับบริษัทเอกชนเพื่อนำเอาระบบรวบรวมและบำบัดกลับมาใช้งานใหม่ท่ามกลางเสียงคัดค้านไม่เห็นด้วยจากทุกฝ่ายเพราะจะทำให้รูปคดีที่ฟ้องร้องกันอยู่เสียหายและรัฐฯ จะเป็นฝ่ายแพ้เพราะพยานหลักฐานเอาผิดเอกชนจะถูกกลบเกลื่อน
แหล่งข่าวนักกฎหมายที่ติดตามคดีคลองด่านมาโดยตลอด กล่าวว่า การเร่งรัดคดีคลองด่านควรทำทั้งระบบ ทั้งในส่วนของป.ป.ช., อนุญาโตตุลาการ และคดีอาญา ซึ่งในส่วนของป.ป.ช.นั้นตามกระบวนการหลังชี้มูลความผิดก็ต้องทำสำนวนส่งอัยการจากนั้นจึงส่งฟ้องศาลและต้องได้ตัวจำเลยมาขึ้นศาลภายในเวลาที่อายุความจะหมดลงภายในสิ้นปี 2549 นี้ จึงจะสามารถเอาตัวคนทุจริตมาลงโทษได้
ที่ผ่านมา มีสำนวนคดีคลองด่านส่งมายัง ป.ป.ช. คือ รายงานผลสอบสวนของสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ที่มีพล.ต.ท.สุเทพ ธรรมรักษ์ ผู้ช่วยผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ เป็นหัวหน้าคณะสอบสวน และรายงานผลสอบสวนของคณะกรรมการตรวจสอบกรณีการทุจริตโครงการฯ ที่มีนายมานิตย์ สุธาพร รองปลัดกระทรวงยุติธรรม เป็นประธาน และยังมีการส่งเรื่องจากกรมควบคุมมลพิษโดยตรงอีกส่วนหนึ่ง
สำนวนการสอบสวนข้างต้น ระบุฐานความผิดร่วมกันทุจริตต่อตำแหน่งหน้าที่ราชการระหว่างข้าราชการการเมืองและข้าราชการประจำ โดยมีกลุ่มบริษัทเอกชนรับเหมารับสัมปทานจากรัฐ ให้การสนับสนุนการกระทำทุจริต
สำหรับรายงานผลการสอบสวนของสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ส่งมายังเลขาธิการป.ป.ช.เมื่อวันที่ 4 พ.ย. 46 ระบุผู้กระทำความผิด แยกออกเป็น 3 กลุ่ม
หนึ่ง กลุ่มที่เป็นเจ้าพนักงานที่ดินที่เกี่ยวข้องกับการออกโฉนดที่ดิน จำนวน 15 คน ประกอบด้วย นายสมมาตร ดลมินทร์, นายไพศาล กาญจนประพันธ์, นายคมชิต วิชญะเดชา, นายวิจิตร พรหมนารถ, นายวิชัย ฉ่างทองคำ, นายวิชัย สิงห์สุวรรณ, นายชวรัฐ โฉมจังหวัด, นายสมชัย แตงน้อย, นายวีรวงศ์ สุวรรณวนิช, นายอริยะ สุกวรรณรัตน์, นายพรชัย ดิสกุล, นายมานิตย์ อินทรักษ์, นางอุบลรัตน์ โอภาศ, นายสมพร พรหมพันธ์, นายสุรงค์ฤทธิ์ อุทยางกูร มีฐานความผิดร่วมกันปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบและปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต ตามประมวลกฎหมายอาญา ม. 83 และ 157 และร่วมกันเป็นเจ้าพนักงานรับรองเอกสารอันเป็นเท็จ มีความผิดตาม กม.อาญา มาตรา 83 และ 162 (1),(4)
สอง กลุ่มผู้กระทำผิด เจ้าพนักงานฝ่ายปกครองมีหน้าที่ชี้ระวังแนวเขต มี 4 คน คือ นายเกรียงศักดิ์ ตัณฑะตะนัย, นายณรงค์ ยอดศิรจินดา, นายวงษ์ ชาญสมร และนายสมศักดิ์ บุญเรือง มีฐานความผิดเป็นเจ้าหน้าที่ปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบและปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต มีความผิดตามกม.อาญา มาตรา 83 และ 157 ฐานร่วมกันเป็นเจ้าพนักงานรับรองเอกสารอันเป็นเท็จ มีความผิดตามกม.อาญา มาตรา 83 และ 162 (1)
สาม กลุ่มผู้กระทำผิด บุคคลและนิติบุคคล มี 5 คน คือ นายวัฒนา อัศวเหม, นางบุญศรี ปิ่นขยัน, นายรอยอิศราพร ชุตาภา, นายกิติชัย พิมพาภรณ์, นายสุทัศน์ ธัมมรักคิต ฐานความผิด ร่วมกันสนับสนุนเจ้าพนักงานปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบและปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต มีความผิดตามประมวลกม.อาญา มาตรา 83, 86 และ 157
ต่อมา พล.ต.ท.สุเทพ ธรรมรักษ์ เปิดเผยต่อสื่อมวลชนเมื่อวันที่ 16 มิ.ย. 47 ว่า สำนวนสอบสวนครั้งสุดท้ายที่ส่งให้คณะกรรมการ ป.ป.ช. สรุปว่ามีเจ้าหน้าที่รัฐร่วมทุจริต 17 คน มีบริษัทเอกชนร่วมกระทำผิดรวม 15 คน มีนักการเมืองที่เกี่ยวข้อง 1 คน คือ นายยิ่งพันธ์ มนะสิการ ซึ่งเสียชีวิตแล้ว
สำหรับข้าราชการที่ร่วมทุจริตจากกรมควบคุมมลพิษและกรมที่ดิน ตามการเปิดเผยของ พล.ต.ท.สุเทพ ประกอบด้วย นายปกิต กิระวานิช, นายศิริธัญญ์ ไพโรจน์บริบูรณ์, นางยุวรี อินนา, นายสมิทธ์ ปาลวัฒน์วิไชย, นายณรงค์ แก้วเศวตพันธุ์, นายชนินทร์ ทองธรรมชาติ, นายชานัน ติรณะรัต, นายแคล้ว ทองสม, นายปราการ บุญช่วยดี (เสียชีวิตแล้ว) นายวิศว ศะศิสมิต, นายสุทัศน์ วิภาวกุล, นางกัลยาณี แสงชูโต นายอนุพันธ์ อิฐรัตน์, น.ส.ณิชานันท์ ทองนาค, นายณรงค์ ยอดศิรจินดา, นายชะเอม ปู่มิ้ม, นายบุญลือ โพธิ์อรุณ
ส่วนเอกชนที่เกี่ยวข้องกับการทุจริตทั้งในฐานะนิติบุคคลและส่วนบุคคล ประกอบด้วย บริษัทปาล์มบีช ดีเวลลอปเม้นท์ โดย นายรอย อิศราพร ชุตาภา และนายสมศักดิ์ ติระพัฒนกุล, นางบุญศรี ปิ่นขยัน, บริษัทคลองด่านมารีน แอนด์ ฟิชเชอรี่ โดย น.ส.กัลยา มลทินอาจ, นายชาลี ชุตาภา, บริษัทวิจิตรภัณฑ์ก่อสร้าง โดยนายพิษณุ ชวนะนันท์, บริษัทประยูรวิศว์ก่อสร้าง โดยนายสังวรณ์ ลิปตพัลลภ, บริษัทสี่แสงการโยธา โดยนายสิโรจน์ วงศ์สิโรจน์กุล, บริษัทกรุงธนเอ็นจิเนียริ่ง โดยนายนิพนธ์ โกศัยพลกุล และบริษัทเกตเวย์ ดิเวลลอปเม้นท์ โดยนายกว๊อกกา โอเยง
ส่วนสำนวนคดีที่ นายมานิตย์ สุธาพร รองปลัดกระทรวงยุติธรรม ในฐานะประธานคณะกรรมการสอบสวนทุจริตฯ ส่งไปยังป.ป.ช. เมื่อต้นปี 2547 ได้ระบุว่า มีนักการเมืองเกี่ยวข้องกับการทุจริตโครงการคลองด่าน 3 คน คือ นายวัฒนา อัศวเหม, นายสุวัจน์ ลิปตพัลลภ และนายยิ่งพันธ์ มนะสิการ มีอดีตข้าราชการระดับ 10 เกี่ยวข้องทุจริต คือ นายปกิต กิระวานิช และข้าราชการระดับ 10 ซึ่งยังรับราชการอยู่คือ นายศิริธัญญ์ ไพโรจน์บริบูรณ์, นางนิศากร โฆษิตรัตน์ และข้าราชการกรมควบคุมมลพิษรวมกับข้าราชการกรมที่ดิน ประมาณ 20 ราย
ต่อมา ในเดือนเม.ย. 47 กรมควบคุมมลพิษ ได้ร้องไปที่ ป.ป.ช. กล่าวโทษนักการเมืองเกี่ยวข้องกับการทุจริต 3 คน ตามสำนวนการสอบสวนของคณะกรรมการสอบสวนทุจริตฯ
หลังจากนั้น พล.ต.ท.วิเชียรโชติ สุกโชติรัตน์ โฆษกคณะกรรมการ ป.ป.ช. แถลงเมื่อวันที่ 18 ต.ค. 47 ว่า คณะอนุกรรมการไต่สวนข้อเท็จจริงกรณีทุจริตคลองด่าน ได้สรุปสำนวนคดีเพื่อดำเนินการแจ้งข้อกล่าวหาผู้กระทำการทุจริตในคดีอาญา ซึ่งผู้ที่จะถูกแจ้งข้อกล่าวหามีนักการเมืองระดับชาติ 3 คน, อดีตข้าราชการระดับ 10 และข้าราชการระดับ 10 จำนวน 2 คน และข้าราชการรวมแล้วประมาณ 20 คน รวมทั้งบริษัทเอกชนที่มีส่วนเกี่ยวข้อในการกระทำผิดหลายข้อหา
สำหรับกระบวนการทุจริตในโครงการบ่อบำบัดน้ำเสียคลองด่านนั้น เริ่มตั้งแต่การปรับเปลี่ยนโครงการและเพิ่มงบประมาณจากหมื่นล้านเป็น 23,000 ล้านบาท โดยการย้ายจุดสร้างระบบบำบัดน้ำเสียจากฝั่งตะวันออกและตะวันตกของแม่น้ำเจ้าพระยา ที่อ.บางปู และอ.พระสมุทรเจดีย์ ไปรวมอยู่จุดเดียวที่ ต.คลองด่าน อ.บางบ่อ จ.สมุทรปราการ บนเนื้อที่ 1,903 ไร่ เพื่อหวังขายที่ดินที่มีนักการเมืองเป็นเจ้าของอยู่เบื้องหลัง อีกทั้งต้องการเพิ่มงบประมาณก่อสร้างระบบรวบรวมน้ำเสียทั่วจังหวัด ซึ่งมีบริษัทเอกชนในเครือข่ายทุนการเมืองเป็นผู้ชนะประมูลงานก่อสร้าง โดยงบส่วนนี้มีสัดส่วนสูงถึง 70% ของมูลค่าโครงการ
สมัยรัฐบาลทักษิณ 1 นั้น นายประพัฒน์ ปัญญาชาติรักษ์ รมว.กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติฯ ตั้งคณะกรรมการตรวจสอบโครงการฯ ขณะที่พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร ก็สั่งตั้งคณะกรรมการขึ้นตรวจสอบทุจริตในโครงการโดยตรง กระทั่งนำไปสู่การสั่งหยุดโครงการ ดำเนินคดีฟ้องร้อง และส่งเรื่องให้ ป.ป.ช.
ในส่วนของที่ดินที่ตั้งโครงการ มีการชี้มูลความผิดว่า เจ้าหน้าที่กรมที่ดินออกโฉนดโดยมิชอบทับพื้นที่คลองสาธารณะและออกโฉนดโดยไม่มีหลักฐานที่ดินเดิมบางส่วน กระทั่งกรมที่ดินมีคำสั่งเพิกถอนโฉนดรวม 5 แปลง เนื้อที่ 1,357 ไร่ พร้อมกับดำนินการทางวินัยร้ายแรงกับเจ้าหน้าที่ที่ดินที่เกี่ยวข้องและส่งชื่อให้ ป.ป.ช.จัดการ
ส่วนการก่อสร้างระบบรวบรวมและบำบัดน้ำเสียนั้น พบการกระทำความผิดตั้งแต่ขั้นตอนการประมูล การเซ็นสัญญาโดยบริษัทที่ชนะประมูลขาดคุณสมบัติเพราะบริษัทนอสต์เวสท์ฯ ที่เชี่ยวชาญเรื่องการบำบัดน้ำเสียถอนตัวไปตั้งแต่ต้น แต่คณะกรรมการพิจารณาผลการประมูล ที่มีนายศิริธัญญ์ ไพโรจน์บริบูรณ์ รองอธิบดีกรมควบคุมมลพิษ ในฐานะประธานฯ ขณะนั้น กลับเพิกเฉยและปล่อยให้มีการเซ็นสัญญาโดยช่วงนั้น มีนายปกิต กิระวานิช เป็นอธิบดีกรมควบคุมฯ
แม้จะมีการชี้มูลความผิดชัดเจน แต่ การดำเนินการหลังจากนั้นกลับล่าช้าซ้ำเป็นไปในลักษณะช่วยเหลือผู้กระทำความผิด โดยช่วงเวลาไล่เลี่ยกันนั้น นายสุวัจน์ ลิปตพัลลภ ได้ยุบพรรคชาติพัฒนา เข้ามารวมกับพรรคไทยรักไทย แถมนั่งตำแหน่งรมว.กระทรวงยุติธรรม ซึ่งเกี่ยวข้องกับดำเนินคดีคลองด่านโดยตรง ขณะที่ ป.ป.ช.เจอคดีขึ้นเงินเดือนให้กับตัวเองถูกพิพากษามีความผิดและต้องออกจากตำแหน่ง
ขณะนี้ คดีคลองด่าน นอกจากจะอยู่ในมือของป.ป.ช.แล้ว ยังมีคดีฟ้องร้องกันอยู่ในชั้นศาล คือ คดีฉ้อโกง โดยกรมควบคุมมลพิษ ว่าจ้างบริษัทกฎหมายเอกชนดำเนินการฟ้องร้องเอาผิดกลุ่มกิจการร่วมค้าเอ็นวีพีเอสเคจี ผู้รับเหมาก่อสร้างโครงการ เรียกค่าเสียหาย 20,000 กว่าล้าน ซึ่งศาลประทับรับฟ้องและอยู่ระหว่างการไต่สวนคดี แต่ทั้งนี้ทางกระทรวงทรัพยากรฯ สมัยที่นายยงยุทธ ติยะไพรัช เป็นรมว.กระทรวงทรัพยากรฯ ไม่ได้ให้การสนับสนุนบริษัทกฎหมายเอกชนในการสู้คดีเท่าที่ควรโดยเฉพาะด้านงบประมาณ กระทั่งเวลานี้ยังไม่มีการต่อสัญญาให้ว่าความแต่อย่างใด ขณะเดียวกันหน่วยงานที่เกี่ยวข้องก็ไม่ค่อยให้ความร่วมมือในการส่งมอบเอกสารหลักฐานเพื่อสู้คดีเช่นกัน
นอกจากนี้แล้ว ยังมีคดีที่บริษัทเอกชนผู้รับเหมาก่อสร้าง ฟ้องร้องเรียกค่าเสียหายจากกรมควบคุมมลพิษ มูลค่ากว่า 6,000 ล้านบาท ซึ่งถึงเวลานี้ยังไม่มีการสืบคดีแต่อย่างใด เพราะสมัยของนายยงยุทธ ติยะไพรัช เป็น รมว.ว่าการกระทรวงทรัพยากรฯ ได้ให้ความสำคัญในการเจรจา (ใต้โต๊ะ) กับบริษัทเอกชนเพื่อนำเอาระบบรวบรวมและบำบัดกลับมาใช้งานใหม่ท่ามกลางเสียงคัดค้านไม่เห็นด้วยจากทุกฝ่ายเพราะจะทำให้รูปคดีที่ฟ้องร้องกันอยู่เสียหายและรัฐฯ จะเป็นฝ่ายแพ้เพราะพยานหลักฐานเอาผิดเอกชนจะถูกกลบเกลื่อน
แหล่งข่าวนักกฎหมายที่ติดตามคดีคลองด่านมาโดยตลอด กล่าวว่า การเร่งรัดคดีคลองด่านควรทำทั้งระบบ ทั้งในส่วนของป.ป.ช., อนุญาโตตุลาการ และคดีอาญา ซึ่งในส่วนของป.ป.ช.นั้นตามกระบวนการหลังชี้มูลความผิดก็ต้องทำสำนวนส่งอัยการจากนั้นจึงส่งฟ้องศาลและต้องได้ตัวจำเลยมาขึ้นศาลภายในเวลาที่อายุความจะหมดลงภายในสิ้นปี 2549 นี้ จึงจะสามารถเอาตัวคนทุจริตมาลงโทษได้