ความขัดแย้งทางนโยบายของรัฐบาลพรรคไทยรักไทย โดยทางหนึ่งซึ่งมุ่งแปรรูปบรรดารัฐวิสาหกิจ (ซึ่งน่าจะมีกำไรจากสภาวะการผูกขาดในตลาด) ไปสู่ความเป็นบริษัทมหาชน (ของใครบางคน) โดยอ้างเหตุผลจากปัญหาการขาดทุนของบรรดารัฐวิสาหกิจเหล่านั้น ทั้งๆ ที่ปัญหาการขาดทุนน่าจะมีสาเหตุมาจากประสิทธิภาพการบริหารจัดการของแต่ละหน่วยงาน อีกทางหนึ่งรัฐบาลกลับเสนอแนวนโยบายรัฐสวัสดิการเอื้ออาทร มุ่งเน้นหาคะแนนนิยมทางการเมือง โดยให้รัฐวิสาหกิจเข้าแทรกแซงระบบตลาด อาศัยศักยภาพความเป็นหน่วยงานภาครัฐซึ่งมีความได้เปรียบหน่วยธุรกิจภาคเอกชนในด้านต่างๆ
การดำเนินการของการเคหะแห่งชาติในโครงการบ้านเอื้ออาทรเพื่อตอบสนองต่อนโยบายของรัฐบาล จึงเป็นการเร่งสร้างโครงการที่อยู่อาศัยเพื่อมอบกรรมสิทธิ์แก่คนมีรายได้น้อย โดยมีวิธีการดำเนินการทั้งในแบบการลงทุนบนที่ดินของการเคหะแห่งชาติเองตลอดจนการร่วมลงทุนกับหน่วยงานภาครัฐและภาคเอกชนอื่นๆ ถึงแม้ว่าประเด็นเรื่องที่ตั้งและรูปแบบของโครงการจะยังมิได้ถูกศึกษาอย่างละเอียดรอบคอบตามหลักวิชาการ แต่เห็นได้ว่าโครงการบ้านเอื้ออาทรก็ยังสามารถบรรลุวัตถุประสงค์ในแง่การทำตลาด เนื่องจากอุปสงค์ของบ้านราคาถูกยังมีอยู่มาก ทั้งยังมีความได้เปรียบด้านการแข่งขันกับธุรกิจภาคเอกชนอื่นๆ ของตลาดอสังหาริมทรัพย์ในส่วนนี้ สาเหตุก็เป็นเพราะลักษณะการดำเนินการของการเคหะแห่งชาติในแบบผู้จัดการพัฒนาอสังหาริมทรัพย์เป็นไปตามเงื่อนไขที่สร้างความได้เปรียบในการตลาดก็คือ
1) ขนาดของตลาดอสังหาริมทรัพย์ของผู้มีรายได้น้อยมีขนาดใหญ่โตมาก และมีแนวโน้มที่จะขยายตัวสูงขึ้นตามการเติบโตของชุมชนเมือง แต่สภาวะการแข่งขันในตลาดอสังหาริมทรัพย์ราคาถูกของกลุ่มธุรกิจเอกชนอยู่ในระดับที่ต่ำ เนื่องจากข้อจำกัดบางประการอย่างเรื่องสินเชื่อ
2) ทรัพยากรของการเคหะแห่งชาติ ทั้งในรูปของที่ดินของการเคหะแห่งชาติเอง และความสามารถในการจัดหาที่ดินขององค์กรภาครัฐอื่นๆ ทั้งจากกรมธนารักษ์ สำนักงานทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์ การรถไฟแห่งประเทศไทย ตลอดจนบรรษัทบริหารสินทรัพย์ไทย และบริษัทบริหารสินทรัพย์สถาบันการเงินเอกชน นอกเหนือจากนี้ยังมีเงินงบประมาณที่รัฐบาลจัดให้และความสามารถในการระดมทุนจากสถาบันการเงินของรัฐอื่นๆ อย่าง ธนาคารอาคารสงเคราะห์ ธนาคารทหารไทย และธนาคารออมสิน
3) ความสามารถในการได้รับการยกเว้นจากระเบียบหรือข้อกำหนดต่างๆ ของทางราชการอย่างการเข้าสู่กระบวนการขออนุญาตปลูกสร้างอาคาร ข้อกำหนดผังเมือง และการทำรายงานการศึกษาผลกระทบสิ่งแวดล้อม
4) การได้รับสิทธิพิเศษเรื่องการยกเว้นด้านภาษี
5) ความสามารถในการใช้สื่อของรัฐในการทำประชาสัมพันธ์โครงการต่างๆ อย่างกว้างขวาง
เมื่อโครงการบ้านเอื้ออาทรมุ่งเน้นในด้านการผลิตเพิ่มปริมาณเพื่อให้สนองต่อนโยบายเอื้ออาทรอย่างกว้างขวางที่สุด ทำให้การเคหะแห่งชาติจำเป็นจะต้องปรับตัวเพื่อสามารถเพิ่มศักยภาพในการตอบสนองต่อนโยบายของรัฐบาล เนื่องจากโครงการบ้านเอื้ออาทรมีเป้าหมายที่จะสร้างที่พักอาศัยจำนวนมากว่า 600,000 หน่วยภายในระยะเวลา 5 ปีให้ประชาชนมีโอกาสเป็นเจ้าของ ซึ่งนับว่าเป็นภารกิจที่ใหญ่เกินกว่าที่การเคหะแห่งชาติซึ่งมีทรัพยากรทั้งในรูปของที่ดิน บุคลากร และเงินทุนซึ่งจำกัดการแปรสภาพของการเคหะแห่งชาติจากผู้ดำเนินการเกี่ยวกับสวัสดิการจัดสร้างและจัดหาที่อยู่อาศัยให้แก่ผู้มีรายได้น้อยมาเป็นหน่วยงานที่ทำหน้าที่เป็นผู้จัดการหรือกึ่งผู้ให้สัมปทานในการดำเนินงานดังกล่าวจึงกลายเป็นความจำเป็น
โครงการบ้านเอื้ออาทรเป็นสิ่งที่แสดงให้เห็นว่าการเคหะแห่งชาติมีการปรับเปลี่ยนวิถีการดำเนินงานไปจากเดิมที่เป็นผู้จัดการก่อสร้างและจัดที่อยู่อาศัยอย่างเดียว การแปรสภาพของการดำเนินงานทำให้การเคหะแห่งชาติมีความสามารถในการดำเนินโครงการได้มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น แต่ก็มีประเด็นที่น่าสังเกตถึงการเร่งทำโครงการจนกระทั่งส่งผลให้เห็นถึงความไม่โปร่งใสของการดำเนินการและความไร้คุณภาพของโครงการในประเด็นที่สำคัญคือ
1) การร่วมทุนกับภาคเอกชนซึ่งจะมีทั้งในแบบการร่วมพัฒนาโครงการและการให้ภาคเอกชนเข้ามารับช่วงงานก่อสร้างหรือทำการตลาด ในรูปแบบของการร่วมพัฒนาโครงการนั้น จะเห็นว่าจากวิกฤตเศรษฐกิจในปี พ.ศ. 2540 ได้มีโครงการพัฒนาอสังหาริมทรัพย์ของภาคเอกชนที่ประสบกับปัญหายังไม่สามารถสร้างต่อให้เสร็จได้หรือหลายแห่งยังคงเป็นที่ดินว่างเปล่าซึ่งรอการพัฒนา โครงการบ้านเอื้ออาทรนี้การเคหะแห่งชาติได้เปิดโอกาสให้ภาคเอกชนได้เข้ามามีส่วนร่วมในการพัฒนา โดยจะต้องเสนอที่ดินหรือโครงการมาให้การเคหะแห่งชาติพิจารณาภายใต้เงื่อนไขที่กำหนด ซึ่งการเคหะแห่งชาติจะเป็นผู้จัดทำโครงการและลงทุนต่อจนโครงการเสร็จสิ้น
ในเรื่องของการคัดเลือกเอกชนเพื่อการจัดสรรที่ดิน จัดแหล่งเงินทุน และรับเหมาก่อสร้างก็จะต้องเสนอให้การเคหะแห่งชาติพิจารณาเช่นกัน ในประเด็นเหล่านี้ทำให้เกิดข้อสงสัยถึงมาตรฐานของเงื่อนไขซึ่งการเคหะแห่งชาติกำหนดสำหรับการคัดเลือก เนื่องจากไม่มีการศึกษาถึงแผนการพัฒนาที่ระบุชัดเจนในเรื่องของที่ตั้งโครงการและจำนวนหน่วยที่พักอาศัยซึ่งขาดแคลน ตลอดจนลักษณะหรือรูปแบบของโครงการที่สอดคล้องกับความต้องการของผู้อาศัยอย่างแท้จริงในแต่ละพื้นที่
2) การรับโอนทรัพย์สินและขายโครงการที่คงค้างในท้องตลาด (Non-Performing Asset-NPA) ซึ่งมักจะรับโอนมาจากบรรษัทบริหารสินทรัพย์ไทย (Thai Asset Management Corporation-TAMC) และบริษัทสินทรัพย์สถาบันการเงินเอกชน (Asset Management Corporation-AMC) ซึ่งบรรดาทรัพย์สินเหล่านั้นได้รับโอนมาจากสถาบันการเงินในฐานะหนี้ด้อยคุณภาพ (Non-Performing Loan-NPL) การแก้ปัญหา NPL ของรัฐบาลโดยการตั้ง TAMC และ AMC ขึ้นมาเพื่อแก้ปัญหาให้กับสถาบันการเงินทั้งของภาครัฐและภาคเอกชน แต่ถ้าพิจารณากันอย่างแท้จริงแล้ว บรรดาหนี้ด้อยคุณภาพเหล่านั้นก็ยังมีภาระผูกพันทั้งกับเจ้าของโครงการเดิมตลอดจนลูกค้าโครงการที่ร่วมลงทุนก่อสร้างโครงการที่ประสบปัญหาเหล่านั้นมาแต่เดิมอีกด้วย
เมื่อสถาบันการเงินซึ่งถูกกำกับโดยธนาคารแห่งประเทศไทยที่หวังจะแก้ไขปัญหาหนี้เสียเนื่องจากการปล่อยสินเชื่อที่หละหลวมซึ่งมีอยู่เป็นจำนวนมากในช่วงก่อนเกิดวิกฤตการณ์ทางเศรษฐกิจ เมื่อรัฐบาลต้องแก้ปัญหาของสถาบันการเงินเพื่อผลในการฟื้นฟูเศรษฐกิจของประเทศ โดยยอมให้สถาบันการเงินกระทำการโอนหนี้และจดจํานองเหล่านั้นไปยัง TAMC หรือ AMC โดยเป็นการขายหนี้แบบลดราคา (discount) เพื่อที่จะอาศัยพระราชบัญญัติซึ่งเป็นกฎหมายพิเศษของหน่วยงานเหล่านั้นในการบังคับขายทอดตลาดทรัพย์สินในราคาถูกต่อไป การที่การเคหะแห่งชาติได้ร่วมกับ TMAC และ AMC ในการรับโอนทรัพย์สินมาดำเนินการก่อสร้างต่อให้เสร็จในโครงการบ้านเอื้ออาทรนั้น มิได้เป็นการแก้ปัญหาโครงการเก่าที่สร้างคั่งค้างเท่านั้น แต่เป็นการสร้างข้อสงสัยในเรื่องของสิทธิในการทำประโยชน์เหนือทรัพย์สินเหล่านั้น กลายเป็นปัญหาด้านจริยธรรมซึ่งหมายความถึงหน่วยงานภาครัฐร่วมกันกระทำการยักยอกทรัพย์สินของภาคเอกชนและประชาชนเพื่อแก้ปัญหาหนี้เสียให้กับธนาคารเท่านั้น
3) การเคหะแห่งชาติเป็นหน่วยงานรัฐวิสาหกิจซึ่งได้รับมอบหมายให้รับผิดชอบโครงการบ้านเอื้ออาทร ซึ่งเป็นโครงการที่มุ่งสร้างกรรมสิทธิ์เหนืออสังหาริมทรัพย์ให้แก่ผู้มีรายได้น้อย โดยที่การเคหะแห่งชาติสามารถใช้ความเป็นองค์กรภาครัฐสามารถติดต่อจัดหาสินเชื่อในอัตราดอกเบี้ยแบบพิเศษจากธนาคารของรัฐ ทั้งธนาคารอาคารสงเคราะห์ ธนาคารกรุงไทย และธนาคารออมสินเพื่อดึงดูดลูกค้าโครงการ นับเป็นเพียงการสร้างภาพความสำเร็จด้านการตลาด แต่ความจริงแล้วกลับเป็นสร้างการแข่งขันที่ไม่เป็นธรรมในระบบตลาด ซึ่งหมายความถึงการที่ภาครัฐเข้ามาแทรกแซงตลาดอสังหาริมทรัพย์โดยมีนัยที่ไม่สุจริต
4) ในกรณีที่การเคหะแห่งชาติเปิดโอกาสให้ภาคเอกชนได้เข้ามาประมูลเพื่อรับงานจัดจ้างรับเหมาก่อสร้างในโครงการบ้านเอื้ออาทรนี้ นอกเหนือมาตรฐานและระบบในการคัดเลือกเอกชนผู้เข้ามาดำเนินงานแล้ว ยังมีประเด็นที่น่าสนใจเกี่ยวกับการจัดหาสินเชื่อให้แก่ธุรกิจเอกชนผู้ลงทุนในด้านการก่อสร้าง ทั้งนี้เป็นที่ทราบกันดีแล้วว่าธุรกิจประกอบการเกี่ยวกับพัฒนาอสังหาริมทรัพย์เป็นธุรกิจซึ่งมีผลตอบแทนสูงและมีความเสี่ยงที่สูงเช่นกัน จะเป็นกลุ่มธุรกิจซึ่งสถาบันการเงินพิจารณาอนุมัติสินเชื่อให้ยาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งใช่ช่วงที่ระบบเศรษฐกิจของประเทศกำลังอยู่ในความเสี่ยงที่จะเข้าสู่สภาวะตกต่ำ การที่รัฐบาลมุ่งหวังเพียงผลสัมฤทธิ์ด้านการตลาดและการก่อสร้างโครงการเท่านั้น จะเป็นช่องว่างที่ทำให้กลุ่มต่างๆ ทั้งจากภาครัฐและภาคเอกชนได้โอกาสเข้ามาแสวงหาผลประโยชน์ได้ การอาศัยความสัมพันธ์กับองค์กรภาครัฐและอำนาจของรัฐบาลในการปล่อยสินเชื่อที่หละหลวมอาจจะเป็นการสร้างสภาพหนี้เสีย (NPL) ในวงการอสังหาริมทรัพย์ซึ่งเคยเป็นสาเหตุสำคัญทำให้เกิดวิกฤตเศรษฐกิจของประเทศในปี พ.ศ. 2540 มาแล้ว
5) เมื่อการเคหะแห่งชาติมีความพยายามจะสร้างโอกาสในการแข่งขันเพื่อการลงทุนในโครงการบ้านเอื้ออาทร ก็จำเป็นจะต้องให้สิทธิประโยชน์ต่างๆ เพื่อจะสามารถทำให้โครงการบ้านเอื้ออาทรสามารถอยู่ได้ในตลาด ทั้งยังต้องดึงดูดให้ภาคธุรกิจเอกชนมีความสนใจที่จะเข้ามาร่วมลงทุนในโครงการนี้อีกด้วย อภิสิทธิ์เหล่านั้นได้แก่ข้อยกเว้นในการขออนุญาตปลูกสร้างอาคาร การยกเว้นเกี่ยวกับข้อกำหนดผังเมือง และยกเว้นการทำรายงานการศึกษาผลกระทบสิ่งแวดล้อม ซึ่งการละเลยต่อประเด็นเหล่านี้ย่อมจะส่งผลกระทบต่อคุณภาพของโครงการโดยตรง กล่าวคือการขาดมาตรฐานด้านการก่อสร้างและการจัดการสิ่งแวดล้อมซึ่งจะต้องกลายเป็นภาระของผู้อยู่อาศัยต่อไปในอนาคต และด้วยความสามารถในการแก้ไขปัญหาการขาดมาตรฐานของโครงการของผู้มีรายได้น้อยซึ่งเป็นกลุ่มเป้าหมายของโครงการบ้านเอื้ออาทรมีจำกัด ก็จะส่งผลทำให้สภาพชุมชนของโครงการบ้านเอื้ออาทรเสื่อมโทรมลงในที่สุด
การดำเนินงานในโครงการบ้านเอื้อาทรนั้นขาดการศึกษาในเรื่องของปริมาณความต้องการที่อยู่อาศัยตามพื้นที่หรือภูมิภาคต่างๆ เช่นเดียวกับลักษณะทางสถาปัตยกรรมที่พักอาศัยซึ่งมีความเหมาะสมแตกต่างกันในแต่ละพื้นที่ โดยจะเห็นได้ว่ามีการกำหนดรูปแบบทางสถาปัตยกรรมออกมาเป็น 4 แบบได้แก่ บ้านเดี่ยวขนาด 20 ตารางวา บ้านแฝดขนาด 20 ตารางวา บ้านเรือนแถวขนาด 14-16 ตารางวา และอาคารชุดขนาดยูนิตละ 24 ตารางเมตร โดยมีบ้านเดี่ยวขนาด 20 ตารางวาเป็นจุดดึงดูดความสนใจหลัก เพราะโอกาสของคนที่มีรายได้น้อยในการถือครองกรรมสิทธิ์ที่ดินในชุมชนเมืองจะเป็นไปได้ยากสำหรับยุคปัจจุบัน
การที่โครงการบ้านเอื้ออาทรให้โอกาสคนกลุ่มนี้ถือครองสิทธิบ้านบนที่ดินขนาด 20 ตารางวา กับการผ่อนชําระเพียงพันกว่าบาทต่อเดือนจึงนับว่าเป็นปรากฏการณ์ที่น่าสนใจ แต่ถ้าจะพิจารณาตามความเป็นจริงแล้ว การจัดการดูแลทรัพย์สินที่ดินในลักษณะบ้านเดี่ยวนี้นับว่าเป็นภาระที่สูงมากสำหรับประชาชนผู้มีรายได้น้อย ไม่ว่าจะเป็นค่าใช้จ่ายสาธารณูปโภค ค่าน้ำประปา ค่าไฟฟ้าของแต่ละครัวเรือน ตลอดจนค่าดูแลสาธารณสมบัติอย่างสภาพพื้นผิวถนน ท่อระบายน้ำ ระบบไฟฟ้าและโทรศัพท์สาธารณะ เป็นต้น การกำหนดลักษณะของโครงการให้มีความสัมพันธ์ต่อผู้อาศัยและพื้นที่จึงมีความสำคัญยิ่ง ที่อยู่อาศัยซึ่งเหมาะสมกับคนทำงานซึ่งมีรายได้น้อยในชุมชนเมืองควรจะเป็นลักษณะอาคารชุด เนื่องจากมีการใช้ประโยชน์ที่มีความเหมาะสมกับราคาที่ดิน ทั้งยังสามารถประหยัดค่าใช้จ่ายในด้านการบริหารจัดการสาธารณูปโภคพื้นฐานได้มาก ส่วนโครงการแบบบ้านเรือนแถวก็จะมีความเหมาะสมกับพื้นที่ในปริมณฑลและภูมิภาคมากกว่า เนื่องจากจะสัมพันธ์กับราคาที่ดินและสภาพแวดล้อมของชุมชน
ระยะเวลากว่า 5 ปีในการดำเนินนโยบายเอื้ออาทรของพรรคไทยรักไทย ไม่ว่าจะเป็นบ้านเอื้ออาทร แท็กซี่เอื้ออาทร หรือในอนาคตอาจจะเป็น (เติมคำในช่องว่าง) เอื้ออาทร ล้วนเป็นการสร้างมายาคติทางวัตถุให้คนไทยลุ่มหลง และยึดโยงว่าเป็นทั้งผลประโยชน์ที่คนหวังจะได้รับเช่นเดียวกับเป็นหนี้บุญคุณซึ่งต้องตอบแทน (ในคูหาเลือกตั้ง) วิถีการดำเนินนโยบายก็แฝงไว้ด้วยช่องโหว่เพื่อการแสวงหาผลประโยชน์ของภาคการเมืองและราชการมากมาย แต่สิ่งซึ่งน่ากลัวที่สุดของนโยบายเอื้ออาทรนี้เห็นจะเป็นการทำให้คนไทยรอคอยเพียงแต่การเอื้ออาทรจากผู้นำและสังคมไทยก็จะมีแต่ความอ่อนแอลงในทุกระดับ
การดำเนินการของการเคหะแห่งชาติในโครงการบ้านเอื้ออาทรเพื่อตอบสนองต่อนโยบายของรัฐบาล จึงเป็นการเร่งสร้างโครงการที่อยู่อาศัยเพื่อมอบกรรมสิทธิ์แก่คนมีรายได้น้อย โดยมีวิธีการดำเนินการทั้งในแบบการลงทุนบนที่ดินของการเคหะแห่งชาติเองตลอดจนการร่วมลงทุนกับหน่วยงานภาครัฐและภาคเอกชนอื่นๆ ถึงแม้ว่าประเด็นเรื่องที่ตั้งและรูปแบบของโครงการจะยังมิได้ถูกศึกษาอย่างละเอียดรอบคอบตามหลักวิชาการ แต่เห็นได้ว่าโครงการบ้านเอื้ออาทรก็ยังสามารถบรรลุวัตถุประสงค์ในแง่การทำตลาด เนื่องจากอุปสงค์ของบ้านราคาถูกยังมีอยู่มาก ทั้งยังมีความได้เปรียบด้านการแข่งขันกับธุรกิจภาคเอกชนอื่นๆ ของตลาดอสังหาริมทรัพย์ในส่วนนี้ สาเหตุก็เป็นเพราะลักษณะการดำเนินการของการเคหะแห่งชาติในแบบผู้จัดการพัฒนาอสังหาริมทรัพย์เป็นไปตามเงื่อนไขที่สร้างความได้เปรียบในการตลาดก็คือ
1) ขนาดของตลาดอสังหาริมทรัพย์ของผู้มีรายได้น้อยมีขนาดใหญ่โตมาก และมีแนวโน้มที่จะขยายตัวสูงขึ้นตามการเติบโตของชุมชนเมือง แต่สภาวะการแข่งขันในตลาดอสังหาริมทรัพย์ราคาถูกของกลุ่มธุรกิจเอกชนอยู่ในระดับที่ต่ำ เนื่องจากข้อจำกัดบางประการอย่างเรื่องสินเชื่อ
2) ทรัพยากรของการเคหะแห่งชาติ ทั้งในรูปของที่ดินของการเคหะแห่งชาติเอง และความสามารถในการจัดหาที่ดินขององค์กรภาครัฐอื่นๆ ทั้งจากกรมธนารักษ์ สำนักงานทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์ การรถไฟแห่งประเทศไทย ตลอดจนบรรษัทบริหารสินทรัพย์ไทย และบริษัทบริหารสินทรัพย์สถาบันการเงินเอกชน นอกเหนือจากนี้ยังมีเงินงบประมาณที่รัฐบาลจัดให้และความสามารถในการระดมทุนจากสถาบันการเงินของรัฐอื่นๆ อย่าง ธนาคารอาคารสงเคราะห์ ธนาคารทหารไทย และธนาคารออมสิน
3) ความสามารถในการได้รับการยกเว้นจากระเบียบหรือข้อกำหนดต่างๆ ของทางราชการอย่างการเข้าสู่กระบวนการขออนุญาตปลูกสร้างอาคาร ข้อกำหนดผังเมือง และการทำรายงานการศึกษาผลกระทบสิ่งแวดล้อม
4) การได้รับสิทธิพิเศษเรื่องการยกเว้นด้านภาษี
5) ความสามารถในการใช้สื่อของรัฐในการทำประชาสัมพันธ์โครงการต่างๆ อย่างกว้างขวาง
เมื่อโครงการบ้านเอื้ออาทรมุ่งเน้นในด้านการผลิตเพิ่มปริมาณเพื่อให้สนองต่อนโยบายเอื้ออาทรอย่างกว้างขวางที่สุด ทำให้การเคหะแห่งชาติจำเป็นจะต้องปรับตัวเพื่อสามารถเพิ่มศักยภาพในการตอบสนองต่อนโยบายของรัฐบาล เนื่องจากโครงการบ้านเอื้ออาทรมีเป้าหมายที่จะสร้างที่พักอาศัยจำนวนมากว่า 600,000 หน่วยภายในระยะเวลา 5 ปีให้ประชาชนมีโอกาสเป็นเจ้าของ ซึ่งนับว่าเป็นภารกิจที่ใหญ่เกินกว่าที่การเคหะแห่งชาติซึ่งมีทรัพยากรทั้งในรูปของที่ดิน บุคลากร และเงินทุนซึ่งจำกัดการแปรสภาพของการเคหะแห่งชาติจากผู้ดำเนินการเกี่ยวกับสวัสดิการจัดสร้างและจัดหาที่อยู่อาศัยให้แก่ผู้มีรายได้น้อยมาเป็นหน่วยงานที่ทำหน้าที่เป็นผู้จัดการหรือกึ่งผู้ให้สัมปทานในการดำเนินงานดังกล่าวจึงกลายเป็นความจำเป็น
โครงการบ้านเอื้ออาทรเป็นสิ่งที่แสดงให้เห็นว่าการเคหะแห่งชาติมีการปรับเปลี่ยนวิถีการดำเนินงานไปจากเดิมที่เป็นผู้จัดการก่อสร้างและจัดที่อยู่อาศัยอย่างเดียว การแปรสภาพของการดำเนินงานทำให้การเคหะแห่งชาติมีความสามารถในการดำเนินโครงการได้มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น แต่ก็มีประเด็นที่น่าสังเกตถึงการเร่งทำโครงการจนกระทั่งส่งผลให้เห็นถึงความไม่โปร่งใสของการดำเนินการและความไร้คุณภาพของโครงการในประเด็นที่สำคัญคือ
1) การร่วมทุนกับภาคเอกชนซึ่งจะมีทั้งในแบบการร่วมพัฒนาโครงการและการให้ภาคเอกชนเข้ามารับช่วงงานก่อสร้างหรือทำการตลาด ในรูปแบบของการร่วมพัฒนาโครงการนั้น จะเห็นว่าจากวิกฤตเศรษฐกิจในปี พ.ศ. 2540 ได้มีโครงการพัฒนาอสังหาริมทรัพย์ของภาคเอกชนที่ประสบกับปัญหายังไม่สามารถสร้างต่อให้เสร็จได้หรือหลายแห่งยังคงเป็นที่ดินว่างเปล่าซึ่งรอการพัฒนา โครงการบ้านเอื้ออาทรนี้การเคหะแห่งชาติได้เปิดโอกาสให้ภาคเอกชนได้เข้ามามีส่วนร่วมในการพัฒนา โดยจะต้องเสนอที่ดินหรือโครงการมาให้การเคหะแห่งชาติพิจารณาภายใต้เงื่อนไขที่กำหนด ซึ่งการเคหะแห่งชาติจะเป็นผู้จัดทำโครงการและลงทุนต่อจนโครงการเสร็จสิ้น
ในเรื่องของการคัดเลือกเอกชนเพื่อการจัดสรรที่ดิน จัดแหล่งเงินทุน และรับเหมาก่อสร้างก็จะต้องเสนอให้การเคหะแห่งชาติพิจารณาเช่นกัน ในประเด็นเหล่านี้ทำให้เกิดข้อสงสัยถึงมาตรฐานของเงื่อนไขซึ่งการเคหะแห่งชาติกำหนดสำหรับการคัดเลือก เนื่องจากไม่มีการศึกษาถึงแผนการพัฒนาที่ระบุชัดเจนในเรื่องของที่ตั้งโครงการและจำนวนหน่วยที่พักอาศัยซึ่งขาดแคลน ตลอดจนลักษณะหรือรูปแบบของโครงการที่สอดคล้องกับความต้องการของผู้อาศัยอย่างแท้จริงในแต่ละพื้นที่
2) การรับโอนทรัพย์สินและขายโครงการที่คงค้างในท้องตลาด (Non-Performing Asset-NPA) ซึ่งมักจะรับโอนมาจากบรรษัทบริหารสินทรัพย์ไทย (Thai Asset Management Corporation-TAMC) และบริษัทสินทรัพย์สถาบันการเงินเอกชน (Asset Management Corporation-AMC) ซึ่งบรรดาทรัพย์สินเหล่านั้นได้รับโอนมาจากสถาบันการเงินในฐานะหนี้ด้อยคุณภาพ (Non-Performing Loan-NPL) การแก้ปัญหา NPL ของรัฐบาลโดยการตั้ง TAMC และ AMC ขึ้นมาเพื่อแก้ปัญหาให้กับสถาบันการเงินทั้งของภาครัฐและภาคเอกชน แต่ถ้าพิจารณากันอย่างแท้จริงแล้ว บรรดาหนี้ด้อยคุณภาพเหล่านั้นก็ยังมีภาระผูกพันทั้งกับเจ้าของโครงการเดิมตลอดจนลูกค้าโครงการที่ร่วมลงทุนก่อสร้างโครงการที่ประสบปัญหาเหล่านั้นมาแต่เดิมอีกด้วย
เมื่อสถาบันการเงินซึ่งถูกกำกับโดยธนาคารแห่งประเทศไทยที่หวังจะแก้ไขปัญหาหนี้เสียเนื่องจากการปล่อยสินเชื่อที่หละหลวมซึ่งมีอยู่เป็นจำนวนมากในช่วงก่อนเกิดวิกฤตการณ์ทางเศรษฐกิจ เมื่อรัฐบาลต้องแก้ปัญหาของสถาบันการเงินเพื่อผลในการฟื้นฟูเศรษฐกิจของประเทศ โดยยอมให้สถาบันการเงินกระทำการโอนหนี้และจดจํานองเหล่านั้นไปยัง TAMC หรือ AMC โดยเป็นการขายหนี้แบบลดราคา (discount) เพื่อที่จะอาศัยพระราชบัญญัติซึ่งเป็นกฎหมายพิเศษของหน่วยงานเหล่านั้นในการบังคับขายทอดตลาดทรัพย์สินในราคาถูกต่อไป การที่การเคหะแห่งชาติได้ร่วมกับ TMAC และ AMC ในการรับโอนทรัพย์สินมาดำเนินการก่อสร้างต่อให้เสร็จในโครงการบ้านเอื้ออาทรนั้น มิได้เป็นการแก้ปัญหาโครงการเก่าที่สร้างคั่งค้างเท่านั้น แต่เป็นการสร้างข้อสงสัยในเรื่องของสิทธิในการทำประโยชน์เหนือทรัพย์สินเหล่านั้น กลายเป็นปัญหาด้านจริยธรรมซึ่งหมายความถึงหน่วยงานภาครัฐร่วมกันกระทำการยักยอกทรัพย์สินของภาคเอกชนและประชาชนเพื่อแก้ปัญหาหนี้เสียให้กับธนาคารเท่านั้น
3) การเคหะแห่งชาติเป็นหน่วยงานรัฐวิสาหกิจซึ่งได้รับมอบหมายให้รับผิดชอบโครงการบ้านเอื้ออาทร ซึ่งเป็นโครงการที่มุ่งสร้างกรรมสิทธิ์เหนืออสังหาริมทรัพย์ให้แก่ผู้มีรายได้น้อย โดยที่การเคหะแห่งชาติสามารถใช้ความเป็นองค์กรภาครัฐสามารถติดต่อจัดหาสินเชื่อในอัตราดอกเบี้ยแบบพิเศษจากธนาคารของรัฐ ทั้งธนาคารอาคารสงเคราะห์ ธนาคารกรุงไทย และธนาคารออมสินเพื่อดึงดูดลูกค้าโครงการ นับเป็นเพียงการสร้างภาพความสำเร็จด้านการตลาด แต่ความจริงแล้วกลับเป็นสร้างการแข่งขันที่ไม่เป็นธรรมในระบบตลาด ซึ่งหมายความถึงการที่ภาครัฐเข้ามาแทรกแซงตลาดอสังหาริมทรัพย์โดยมีนัยที่ไม่สุจริต
4) ในกรณีที่การเคหะแห่งชาติเปิดโอกาสให้ภาคเอกชนได้เข้ามาประมูลเพื่อรับงานจัดจ้างรับเหมาก่อสร้างในโครงการบ้านเอื้ออาทรนี้ นอกเหนือมาตรฐานและระบบในการคัดเลือกเอกชนผู้เข้ามาดำเนินงานแล้ว ยังมีประเด็นที่น่าสนใจเกี่ยวกับการจัดหาสินเชื่อให้แก่ธุรกิจเอกชนผู้ลงทุนในด้านการก่อสร้าง ทั้งนี้เป็นที่ทราบกันดีแล้วว่าธุรกิจประกอบการเกี่ยวกับพัฒนาอสังหาริมทรัพย์เป็นธุรกิจซึ่งมีผลตอบแทนสูงและมีความเสี่ยงที่สูงเช่นกัน จะเป็นกลุ่มธุรกิจซึ่งสถาบันการเงินพิจารณาอนุมัติสินเชื่อให้ยาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งใช่ช่วงที่ระบบเศรษฐกิจของประเทศกำลังอยู่ในความเสี่ยงที่จะเข้าสู่สภาวะตกต่ำ การที่รัฐบาลมุ่งหวังเพียงผลสัมฤทธิ์ด้านการตลาดและการก่อสร้างโครงการเท่านั้น จะเป็นช่องว่างที่ทำให้กลุ่มต่างๆ ทั้งจากภาครัฐและภาคเอกชนได้โอกาสเข้ามาแสวงหาผลประโยชน์ได้ การอาศัยความสัมพันธ์กับองค์กรภาครัฐและอำนาจของรัฐบาลในการปล่อยสินเชื่อที่หละหลวมอาจจะเป็นการสร้างสภาพหนี้เสีย (NPL) ในวงการอสังหาริมทรัพย์ซึ่งเคยเป็นสาเหตุสำคัญทำให้เกิดวิกฤตเศรษฐกิจของประเทศในปี พ.ศ. 2540 มาแล้ว
5) เมื่อการเคหะแห่งชาติมีความพยายามจะสร้างโอกาสในการแข่งขันเพื่อการลงทุนในโครงการบ้านเอื้ออาทร ก็จำเป็นจะต้องให้สิทธิประโยชน์ต่างๆ เพื่อจะสามารถทำให้โครงการบ้านเอื้ออาทรสามารถอยู่ได้ในตลาด ทั้งยังต้องดึงดูดให้ภาคธุรกิจเอกชนมีความสนใจที่จะเข้ามาร่วมลงทุนในโครงการนี้อีกด้วย อภิสิทธิ์เหล่านั้นได้แก่ข้อยกเว้นในการขออนุญาตปลูกสร้างอาคาร การยกเว้นเกี่ยวกับข้อกำหนดผังเมือง และยกเว้นการทำรายงานการศึกษาผลกระทบสิ่งแวดล้อม ซึ่งการละเลยต่อประเด็นเหล่านี้ย่อมจะส่งผลกระทบต่อคุณภาพของโครงการโดยตรง กล่าวคือการขาดมาตรฐานด้านการก่อสร้างและการจัดการสิ่งแวดล้อมซึ่งจะต้องกลายเป็นภาระของผู้อยู่อาศัยต่อไปในอนาคต และด้วยความสามารถในการแก้ไขปัญหาการขาดมาตรฐานของโครงการของผู้มีรายได้น้อยซึ่งเป็นกลุ่มเป้าหมายของโครงการบ้านเอื้ออาทรมีจำกัด ก็จะส่งผลทำให้สภาพชุมชนของโครงการบ้านเอื้ออาทรเสื่อมโทรมลงในที่สุด
การดำเนินงานในโครงการบ้านเอื้อาทรนั้นขาดการศึกษาในเรื่องของปริมาณความต้องการที่อยู่อาศัยตามพื้นที่หรือภูมิภาคต่างๆ เช่นเดียวกับลักษณะทางสถาปัตยกรรมที่พักอาศัยซึ่งมีความเหมาะสมแตกต่างกันในแต่ละพื้นที่ โดยจะเห็นได้ว่ามีการกำหนดรูปแบบทางสถาปัตยกรรมออกมาเป็น 4 แบบได้แก่ บ้านเดี่ยวขนาด 20 ตารางวา บ้านแฝดขนาด 20 ตารางวา บ้านเรือนแถวขนาด 14-16 ตารางวา และอาคารชุดขนาดยูนิตละ 24 ตารางเมตร โดยมีบ้านเดี่ยวขนาด 20 ตารางวาเป็นจุดดึงดูดความสนใจหลัก เพราะโอกาสของคนที่มีรายได้น้อยในการถือครองกรรมสิทธิ์ที่ดินในชุมชนเมืองจะเป็นไปได้ยากสำหรับยุคปัจจุบัน
การที่โครงการบ้านเอื้ออาทรให้โอกาสคนกลุ่มนี้ถือครองสิทธิบ้านบนที่ดินขนาด 20 ตารางวา กับการผ่อนชําระเพียงพันกว่าบาทต่อเดือนจึงนับว่าเป็นปรากฏการณ์ที่น่าสนใจ แต่ถ้าจะพิจารณาตามความเป็นจริงแล้ว การจัดการดูแลทรัพย์สินที่ดินในลักษณะบ้านเดี่ยวนี้นับว่าเป็นภาระที่สูงมากสำหรับประชาชนผู้มีรายได้น้อย ไม่ว่าจะเป็นค่าใช้จ่ายสาธารณูปโภค ค่าน้ำประปา ค่าไฟฟ้าของแต่ละครัวเรือน ตลอดจนค่าดูแลสาธารณสมบัติอย่างสภาพพื้นผิวถนน ท่อระบายน้ำ ระบบไฟฟ้าและโทรศัพท์สาธารณะ เป็นต้น การกำหนดลักษณะของโครงการให้มีความสัมพันธ์ต่อผู้อาศัยและพื้นที่จึงมีความสำคัญยิ่ง ที่อยู่อาศัยซึ่งเหมาะสมกับคนทำงานซึ่งมีรายได้น้อยในชุมชนเมืองควรจะเป็นลักษณะอาคารชุด เนื่องจากมีการใช้ประโยชน์ที่มีความเหมาะสมกับราคาที่ดิน ทั้งยังสามารถประหยัดค่าใช้จ่ายในด้านการบริหารจัดการสาธารณูปโภคพื้นฐานได้มาก ส่วนโครงการแบบบ้านเรือนแถวก็จะมีความเหมาะสมกับพื้นที่ในปริมณฑลและภูมิภาคมากกว่า เนื่องจากจะสัมพันธ์กับราคาที่ดินและสภาพแวดล้อมของชุมชน
ระยะเวลากว่า 5 ปีในการดำเนินนโยบายเอื้ออาทรของพรรคไทยรักไทย ไม่ว่าจะเป็นบ้านเอื้ออาทร แท็กซี่เอื้ออาทร หรือในอนาคตอาจจะเป็น (เติมคำในช่องว่าง) เอื้ออาทร ล้วนเป็นการสร้างมายาคติทางวัตถุให้คนไทยลุ่มหลง และยึดโยงว่าเป็นทั้งผลประโยชน์ที่คนหวังจะได้รับเช่นเดียวกับเป็นหนี้บุญคุณซึ่งต้องตอบแทน (ในคูหาเลือกตั้ง) วิถีการดำเนินนโยบายก็แฝงไว้ด้วยช่องโหว่เพื่อการแสวงหาผลประโยชน์ของภาคการเมืองและราชการมากมาย แต่สิ่งซึ่งน่ากลัวที่สุดของนโยบายเอื้ออาทรนี้เห็นจะเป็นการทำให้คนไทยรอคอยเพียงแต่การเอื้ออาทรจากผู้นำและสังคมไทยก็จะมีแต่ความอ่อนแอลงในทุกระดับ