ส่วนเชื่อมแม่น้ำท่าจีนกับแม่น้ำแม่กลองคือคลองดำเนินสะดวก ทั้งเพื่อเป็นเส้นทางสัญจรและเป็นเส้นเลือดใหญ่ให้กับพื้นที่เพาะปลูก 5 อำเภอ ของจังหวัดสมุทรสาคร ราชบุรี และสมุทรสงคราม
ดั้งเดิมมาปัญหาน้ำท่วม น้ำแล้ง และน้ำเค็มทะลัก ไม่ค่อยเกิดขึ้น ส่วนหนึ่งเป็นด้วยความสมบูรณ์ของแม่น้ำเจ้าพระยาที่แตกสาขาเป็นแม่น้ำท่าจีน และแม่น้ำแม่กลองที่รับน้ำจากเขื่อนศรีนครินทร์ และเขื่อนวชิราลงกรณ ส่งลงมาจ่ายแจกและไล่น้ำเค็ม และไม่ค่อยมีสิ่งปลูกสร้างที่ขวางทางน้ำมากนัก
ปี 2557-2559 เกิดภาวะแห้งแล้ง ไหนจะขาดแคลนน้ำจนส่งลงมาผลักดันน้ำเค็มได้น้อย น้ำเค็มจึงคงทะลักขึ้นสร้างความเสียหายให้แก่สวนเกษตรในพื้นที่เหล่านี้มากมาย
คลองจินดา ต.บางช้าง อ.สามพราน จ.นครปฐม เป็นคลองขุดสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ปากคลองเป็นแม่น้ำท่าจีน อยู่ด้านเหนือและขนานกับคลองดำเนินสะดวกในแนวตะวันตก-ตะวันออก แต่สั้นกว่าเพียง 14 กิโลเมตรก็ตันเพราะชนกับถนนสายพระประโทน-บ้านแพ้ว แต่มีคลองเชื่อมคลองดำเนินสะดวกในแนวเหนือ-ใต้ ได้แก่ คลองเจ็ดริ้ว คลองเขื่อนขันธ์ และคลองตาปลั่ง
คลองจินดาจึงมีความสำคัญ เพราะเมื่อถูกน้ำเค็มกระทบ ก็พลอยกระเทือนถึงคลองดำเนินสะดวก หรือน้ำหลากก็หลากลงคลองดำเนินสะดวกเช่นกัน
จึงเป็นที่มาของโครงการก่อสร้างประตูระบายน้ำคลองจินดา ซึ่งเปิดใช้อย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 4 กันยายน 2560 โดยนายสัญชัย เกตุวรชัย อธิบดีกรมชลประทาน เป็นประธานในพิธีเปิด โดยกล่าวว่า ประตูระบายน้ำคลองจินดาจะเป็นเครื่องมือบริหารจัดการน้ำให้เกษตรกรมีความมั่นคงด้านน้ำยิ่งขึ้น ไม่ว่าน้ำเค็ม น้ำท่วม และการขาดแคลนน้ำ ในฤดูแล้งที่น้ำเค็มหนุนเข้ามาก็จะปิดบาน และจะเปิดบานเมื่อน้ำหลากจากด้านเหนือลงมา พร้อมทั้งกักเก็บน้ำไว้ใช้เพื่อการเกษตร
“ที่น่าดีใจมาก ท่านผู้ว่าราชการจังหวัดนครปฐมเพิ่งลงนามแต่งตั้งคณะกรรมการบริหารจัดการน้ำ หรือ JMC กรมชลประทานก่อสร้างประตูระบายน้ำคลองจินดา ก็จะมอบการบริหารจัดการน้ำให้ JMC ซึ่งประกอบด้วยตัวแทนผู้ใช้น้ำ ฝ่ายปกครอง และกรมชลประทาน ได้ร่วมบริหารกันต่อไปเพื่อให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุด”
นายสัญชัยกล่าวอีกว่า ปากคลองสำคัญๆ ต่อไปต้องศึกษาและใช้อาคารชลประทานอย่างประตูระบายน้ำในการแก้ไขปัญหาน้ำเช่นกัน เมื่อประตูระบายน้ำคลองจินดาแล้วเสร็จและเปิดใช้งาน ต่อไปอาจต้องนำเกษตรกรในพื้นที่เดือดร้อนมาดูงานก็จะเห็นประโยชน์ของการมีประตูระบายน้ำปากคลอง และเข้าใจถึงความจำเป็นในการพัฒนา เพราะประตูระบายน้ำคลองจินดาเองก็ใช้เวลาหลายปีกว่าจะบรรลุความตกลงใจของเกษตรกรได้
นายณรงค์ ลีนานนท์ รองอธิบดีกรมชลประทาน กล่าวเสริมว่า การก่อสร้างครั้งนี้ได้รับความร่วมมือจากเกษตรกรในพื้นที่อย่างดี โดยเจ้าของที่ดินทั้งสองฝั่งคลองยินยอมให้กรมชลประทานเข้ามาใช้พื้นที่ในการก่อสร้างโดยไม่คิดมูลค่า นับเป็นความร่วมมือที่ดีและก่อเกิดประโยชน์ต่อส่วนรวมเป็นอย่างมาก โดยเฉพาะพื้นที่ดังกล่าวเป็นสวนไม้ผล และสวนกล้วยไม้ ซึ่งต้องกังวลใจจากน้ำเค็มรุกล้ำขึ้นมาทุกปี
ในขณะที่นายประพิศ จันทร์มา ผู้อำนวยการกองพัฒนาแหล่งน้ำขนาดกลาง ซึ่งเป็นหน่วยงานก่อสร้างประตูระบายน้ำคลองจินดา กล่าวว่า ประตูระบายน้ำคลองจินดา ประกอบด้วยประตูระบายน้ำขนาด 6x6 เมตร จำนวน 2 ช่อง และประตูเรือสัญจรขนาด 6x6 เมตร จำนวน 1 ช่อง และกำแพงป้องกันน้ำท่วมยาว 40 เมตร พร้อมสถานีสูบน้ำอัตราสูบ 3 ลูกบาศก์เมตร/วินาที จำนวน 6 เครื่อง บริเวณปากคลองจินดา ซึ่งจะใช้สูบน้ำออกในกรณีน้ำเหนือหลากลงคลองจินดา
“ประตูระบายน้ำคลองจินดาจะช่วยให้การบริหารจัดการน้ำในคลองจินดามีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น และไม่ต้องลงทุนใช้บิ๊กแบ็กปิดคลองกั้นน้ำเค็มทุกฤดูแล้ง และจะช่วยแก้ปัญหาเรื่องน้ำให้เกษตรกรในพื้นที่ได้ 16,500 ไร่ทีเดียว”
โครงการนี้แม้จะเป็นโครงการของกรมชลประทาน แต่มีลักษณะคล้ายโครงการประชารัฐที่มีความร่วมมือของหลายภาคส่วน นอกจากเกษตรกรแล้ว บริษัทก่อสร้างยังช่วยเร่งรัดงานก่อสร้างจนแล้วเสร็จก่อนสัญญาอีกด้วย
ทางด้านนายทรงวิทย์ เหลืองอ่อน ผู้อำนวยการสำนักงานพัฒนาแหล่งน้ำชลประทานขนาดกลางที่ 11 กล่าวว่า จุดเด่นอีกประการของประตูระบายน้ำคลองจินดา คือรูปแบบอาคารที่ออกแบบให้ทันสมัยขึ้น แทนที่จะเป็นบันไดตรงสูงลิ่วก็เป็นบันไดยักเยื้อง เช่นเดียวกับหลังคาอาคารก็ออกแบบให้มีรูปโค้งคล้ายกระแสน้ำ ไม่แข็งเหมือนในอดีต
ประตูระบายน้ำคลองจินดาเป็นส่วนหนึ่งของระบบชลประทานในพื้นที่ระหว่างแม่น้ำท่าจีนกับแม่น้ำแม่กลอง และอ่าวไทย ซึ่งขณะนี้กรมชลประทานอยู่ระหว่างศึกษาความเหมาะสมการปรับปรุงโครงข่ายระบบชลประทานอยู่ เนื่องจากเผชิญปัญหาน้ำท่วมซ้ำซาก น้ำแล้งซ้ำซาก รวมทั้งน้ำเค็มรุกล้ำ
ประกอบด้วยโครงการส่งน้ำและบำรุงรักษา (คบ.) 15 โครงการ ประกอบด้วย คบ.ทุ่งวัดสิงห์ คบ.พลเทพ คบ.ท่าโบสถ์ คบ.กระเสียว คบ.สามชุก คบ.ดอนเจดีย์ คบ.โพธิ์พระยา คบ.สองพี่น้อง คบ.บางเลน คบ.พนมทวน คบ.กำแพงแสน คบ.นครปฐม คบ.นครชุม คบ.ดำเนินสะดวก คบ.ราชบุรีฝั่งซ้าย มีพื้นที่รวม 9,508,971 ไร่ ครอบคลุมพื้นที่ จ.อุทัยธานี ชัยนาท อ่างทอง สุพรรณบุรี กาญจนบุรี ราชบุรี นครปฐม สมุทรสงคราม และสมุทรสาคร