เอเจนซี - อินโดนีเซียผู้เป็นพันธมิตรสำคัญของสหรัฐฯในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ กำลังประสบความยุ่งยากใจ จากการที่บารัค โอบามา ว่าที่ประธานาธิบดีอเมริกัน เสนอชื่อ ฮิลลารี คลินตัน เป็นรัฐมนตรีต่างประเทศของเขา สืบเนื่องจากกรณีอื้อฉาวเรื่องเงินหาเสียงในอดีต ตลอดจนจุดยืนของเธอในเรื่องการค้าและสิทธิมนุษยชน
ก่อนหน้านี้ อินโดนีเซียแสดงความปีติยินดีมากต่อชัยชนะของโอบามาในการชิงตำแหน่งประธานาธิบดี ในฐานะที่เขาเคยใช้ชีวิตช่วงหนึ่งสมัยเป็นเด็กในกรุงจาการ์ตา เมืองหลวงของประเทศนี้ และชาวอินโดนีเซียหลายคนก็หวังว่าเขาจะสานสัมพันธ์ระหว่างสหรัฐฯและอินโดนีเซียให้แน่นแฟ้นมากขึ้นต่อไป
สำหรับสองสามีภรรยาคลินตัน ก็มีสายสัมพันธ์ลึกซึ้งมิใช่น้อยกับแดนอิเหนา โดยผ่านนักธุรกิจชาวอินโดนีเซียที่ชื่อ เจมส์ ริอาดี ซึ่งมาจากตระกูลทำธุรกิจมากมายตั้งแต่อสังหาริมทรัพย์ ค้าปลีก และสื่อในเอเชีย
ในปี 2001 ริอาดีต้องยอมจ่ายเงินค่าปรับสูงถึง 8.6 ล้านดอลลาร์ในสหรัฐฯ เพราะว่าบริจาคเงินให้แก่อดีตประธานาธิบดีบิลล์ คลินตันอย่างผิดกฏหมาย ในช่วงทศวรรษ 1990
และตอนนี้สายสัมพันธ์คลินตัน-ริอาดีก็อาจจะถูกขุดคุยขึ้นมาอีกครั้ง ซึ่งทำให้หลายคนตั้งคำถามว่ามันจะเป็นข้อดีหรือสร้างปัญหาให้แก่ประเทศทั้งสอง สำหรับ เจฟฟรีย์ วินเทอร์สศาสตราจารย์ด้านเศรษฐศาสตร์การเมืองของมหาวิทยาลัยนอร์ธเวสเทิร์น เห็นว่าสายสัมพันธ์นี้น่าจะเป็นพิษต่อทั้งสองฝ่าย และทำให้ทั้งสองฝ่ายต้องมีท่าทีระมัดระวังตามมาก ในเมื่อฮิลลารี คลินตัน มีชื่อเป็นรัฐมนตรีต่างประเทศสหรัฐฯคนต่อไปแล้วเช่นนี้
"ความจริงที่ว่าตระกูลริอาดีเข้ามาเกี่ยวพันกับคดีคอร์รัปชั่นอื้อฉาวในสหรัฐฯของพวกคลินตันนั้น ไม่สำคัญเท่าผลประโยชน์ที่พวกริอาดีในอินโดนีเซีย ได้รับจากการกลายเป็นคนสำคัญในวงการธุรกิจและแวดวงรัฐบาล เพราะมีความสนิทสนมกับพวกคลินตัน"
"เพื่อหลีกเลี่ยงเรื่องปวดหัว บารัค โอบามาควรจะใส่ชื่อริอาดีไว้ในรายการควรระวังของคลินตันซึ่งอาจกลายเป็นกับระเบิดทางการเมืองขึ้นมาภายหลัง"
ทางด้านริชาร์ด โรบิสัน ศาสตราจารย์เกียรติคุณแห่งมหาวิทยาลัยเมอร์ดอค เมืองเพิร์ธ ประเทศออสเตรเลียก็ชี้ว่า "แน่นอนว่าทั้งกลุ่มธุรกิจอินโดนีเซียและสหรัฐฯจะใช้ทุกวิธีเพื่อจะได้มาซึ่งความได้เปรียบทางการค้าและการลงทุน และทั้งในระดับนโยบายของรัฐและส่วนบุคคล"
ในช่วงหลายๆ ปีที่ผ่านมา ความสัมพันธ์ระหว่างสหรัฐฯกับอินโดนีเซียนั้นไม่ค่อยดีนัก เมื่อเร็ว ๆนี้อินโดนีเซียก็บอกว่าต้องการห้ามนำเข้าหนังสือชื่อ "Legacy of Ashes: The history of the CIA" เขียนโดยทอม ไวเนอร์ ที่กล่าวหาว่าอาดัม มาลิก ซึ่งภายหลังได้เป็นรองประธานาธิบดีแห่งอินโดนีเซีย เคยอยู่ภายใต้การสั่งการของซีไอเอมาในช่วงทศวรรษ 1960
ทั้งนี้ สหรัฐฯนั้นเคยแสดงความหวั่นวิตกอย่างมากต่อท่าทีเอนเอียงไปนิยมพวกคอมมิวนิสต์ของอดีตประธานาธิบดีซูการ์โน ต่อมาในปี 1965 นายพลซูฮาร์โตก็ยึดอำนาจการปกครองด้วยการรัฐประหาร ซึ่งตามมาด้วยการกวาดล้างพวกคอมมิวนิสต์ขนานใหญ่ โดยที่ประมาณกันว่ามีผู้คนเสียชีวิตไปราว 500,000 คน
หลังจากนั้นสหรัฐฯก็ให้การสนับสนุนแก่ซูฮาร์โตมายาวนานกว่าสามทศวรรษ รวมทั้งเปิดไฟเขียวให้เขากรีธาทัพเข้ายึดดินแดนติมอร์ตะวันออกในปี 1975 ตลอดจนเอาหูไปนาเอาตาไปไร่แม้ซูฮาร์โตมีพฤติการณ์ละเมิดสิทธิมนุษยชนภายในอินโดนีเซียอย่างรุนแรง
หลังจากซูฮาร์โตหล่นจากอำนาจในปี 1998 และมีการปฏิรูปต่อเนื่องหลายครั้ง ภาพลักษณ์ด้านความเป็นประชาธิปไตยและสิทธิมนุษยชนของอินโดนีเซียก็กระเตื้องขึ้น
อย่างไรก็ดี กระแสการก่อการร้ายโดยกลุ่มมุสลิมติดอาวุธ เจมาห์ อิสลามิยะห์ (เจไอ) ซึ่งก่อเหตุระเบิดร้ายแรงหลายครั้ง ก็ทำให้อินโดนีเซียและสหรัฐฯเพิ่มความสัมพันธ์
ทางด้านความมั่นคงและการทหารมากขึ้น แม้ว่าประชาชนชาวอินโดนีเซียจะชิงชังประธานาธิบดีจอร์จ ดับเบิลยู บุช เพราะนโยบายตะวันออกลางและการรุกรานอิรักของเขา
ฮิลลารี คลินตันนั้นเป็นผู้หนึ่งที่ต่อต้านการละเมิดสิทธิมนุษยชนในจีน และมีแนวโน้มว่าเธออาจจะกดดันอินโดนีเซียเพื่อให้ปรับปรุงวิธีการที่รัฐบาลปกครองจังหวัดปาปัว ซึ่งมีกลุ่มต่อสู้แบ่งแยกดินแดน ออกมาท้าทายรัฐบาลอินโดนีเซียเป็นระยะ ๆตลอดหลายทศวรรษที่ผ่านมา
เมื่อมองในแง่ภาพรวม ผู้นำธุรกิจและนักวิชาการบางคนเตือนว่าพรรคเดโมแครตอาจจะมีนโยบายเข้าไปสอดแทรกในกิจการภายในของประเทศต่าง ๆ มากขึ้น ขณะที่ในด้านการค้า ก็น่าจะใช้แนวทางอันดุดันมากขึ้นในการต่อสู้กับสิ่งที่สหรัฐฯเห็นว่าเป็นลัทธิกีดกันการค้า และการใช้มาตรการที่มิใช่ภาษีเพื่อขัดขวางการค้า