เอเจนซี - อินโดนีเซียและติมอร์เลสเต (ติมอร์ตะวันออก) กล่าวแสดงความเสียใจเมื่อวันอังคาร (15) ต่อเหตุความรุนแรงในระหว่างการลงประชามติเพื่อแยกติมอร์ตะวันออกเป็นประเทศอิสระในปี 1999 หลังจากที่คณะกรรมาธิการเพื่อความจริงและมิตรภาพ (ซีทีเอฟ) เสนอรายงานที่เกินความคาดหมายของหลายต่อหลายคนโดยกล่าวประณามกองกำลังรักษาความมั่นคงปลอดภัยของอินโดนีเซียว่าทำร้ายประชาชน และ "ละเมิดสิทธิมนุษยชนอย่างชัดเจน"
คณะกรรมาธิการดังกล่าวจัดตั้งขึ้นโดยรัฐบาลของทั้ง 2 ประเทศเมื่อปี 2005 เพื่อสืบสวนกรณีเหตุรุนแรงที่เกิดขึ้นในระหว่างการลงประชามติปี 1999 ซึ่งสหประชาชาติคาดการณ์ว่ามีชาวติมอร์ตะวันออกเสียชีวิตไปราว 1,000 คน ทว่า คณะกรรมาธิการดังกล่าวไม่มีอำนาจในการดำเนินคดีกับผู้กระทำผิด จึงทำให้เกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์ว่าคณะกรรมาธิกาจะมาช่วยล้างบาปให้กับผู้กระทำผิด ขณะที่สหประชาชาติก็ได้บอยคอตต์คณะกรรมาธิการดังกล่าวด้วย
"ในนามของรัฐบาลอินโดนีเซียและติมอร์ตะวันออก เราขอแสดงความเสียใจอย่างสุดซึ้งต่อผู้เกี่ยวข้องทั้งหมดและเหยื่อผู้ได้รับความทุกข์ทรมานทั้งทางร่ายกายและจิตใจ ไม่ว่าจะโดยตรงหรือโดยอ้อม จากการละเมิดสิทธิมนุษยชนอย่างรุนแรงที่เกิดขึ้น ทั้งก่อนหน้าและภายหลังการลงประชามติสนับสนุนการแยกประเทศติมอร์ตะวันออกเป็นอิสระเมื่อปี 1999" แถลงการณ์ร่วมของทั้งสองประเทศระบุ
แถลงการณ์ดังกล่าวมีขึ้นหลังจากที่คณะกรรมการส่งมอบรายงานเรื่องเหตุรุนแรงดังกล่าวต่อประธานาธิบดีซูซิโล บัมบัง ยุโธโยโน แห่งอินโดนีเซีย และประธานาธิบดีโฮเซ รามอส-ฮอร์ตา กับนายกรัฐมนตรีซานา กุสเมาแห่งติมอร์ตะวันออก ที่เกาะบาหลี
"เราขอแสดงความเสียใจอย่างสุดซึ้งต่อสิ่งที่เกิดขึ้นในอดีตซึ่งเป็นสาเหตุให้เกิดความสูญเสียทั้งชีวิตและทรัพย์สิน" ยุโธโยโนกล่าว และยังได้จับมือกับรามอส-ฮอร์ตา และกุสเมา พร้อมกับให้สัญญาว่าอินโดนีเซียจะปฏิรูปกองกำลังรักษาความปลอดภัยของตน
ทั้งนี้ รายงานดังกล่าว ระบุด้วยว่า กองกำลังทั้งที่เป็นทหารและพลเรือนของอินโดนีเซียนั้นมีบทบาทสำคัญใน "การละเมิดสิทธิมนุษยชนอย่างชัดเจน" โดยการกระทำเป็นระบบและแผ่กว้าง ไม่ว่าจะเป็นการฆ่า การข่มขืนหรือใช้ความรุนแรงทางเพศรูปแบบอื่น การทรมาน และการกักขังตัวอย่างผิดกฎหมาย ในขณะที่กลุ่มผู้สนับสนุนการแยกประเทศติมอร์ตะวันออกเป็นอิสระจำนวนไม่มากนัก มีบทบาทในเหตุการณ์ดังกล่าวเพียงเล็กน้อย
รามอส-ฮอร์ตา กล่าวว่า เขาเข้าใจถึงภาวะความตึงเครียดของกองกำลังรักษาความปลอดภัยของอินโดนีเซีย และว่า "การคาดหวังให้กองกำลังรักษาความปลอดภัยวางตัวเป็นกลางอย่างสมบูรณ์และไม่ใช้อารมณ์ในระหว่างปฏิบัติงานกับประชาชนที่ชุมนุมกัน เป็นเรื่องที่ไม่สอดคล้องกับความเป็นจริง หากพิจารณาว่ากองกำลังดังกล่าวก็สูญเสียคนในฝ่ายของตนไปจำนวนมากในติมอร์ตะวันออก"
รายงานดังกล่าว ระบุด้วยว่า เจ้าหน้าที่พลเรือนเป็นผู้ให้เงินสนับสนุนและอาวุธแก่กลุ่มทหารในการเข้ามาขู่ คุกคาม และใช้กำลังบังคับให้ประชาชนลงคะแนนสนับสนุนการรวมประเทศกับอินโดนีเซีย แต่ไม่มีการระบุชื่อผู้กระทำผิด
ก่อนหน้านี้มีทหารอินโดนีเซียหลายคนถูกนำตัวขึ้นศาลสิทธิมนุษยชนในอินโดนีเซียหลังเหตุการณ์รุนแรงในปี 1999 แต่ยังไม่มีผู้ใดถูกพิพากษาลงโทษ
ด้านนักเคลื่อนไหวด้านสิทธิมนุษยชน กล่าวว่า รัฐบาลทั้งสองจะต้องดำเนินการตามกระบวนการยุติธรรมต่อไป
"รัฐบาลอินโดนีเซียจะต้องปฏิรูปสถาบันต่างๆ ในประเทศ โดยหนทางหนึ่งก็คือลงโทษผู้กระทำผิดและสร้างความมั่นใจว่าการละเมิดสิทธิมนุษยชนอย่างรุนแรงในลักษณะเดียวกันนี้จะไม่เกิดขึ้นอีกเป็นอันขาด" มูลนิธิ "แฮค" ร่วมกับกลุ่มทำงานด้านสิทธิมนุษยชน และศูนย์เพื่อความยุติธรรมในช่วงเปลี่ยนผ่านนานาชาติ ออกแถลงการณ์
กลุ่มสิทธิมนุษยชน ระบุด้วยว่า จะผลักดันให้นำตัวพลเอกวิรันโต ซึ่งเกษียณราชการไปแล้วขึ้นศาลโลกต่อไป แม้ว่าที่ผ่านมาวิรันโตซึ่งเป็นผู้รับผิดชอบเรื่องการรักษาความปลอดภัยในระหว่างที่มีการลงประชามติ จะออกมาปฏิเสธว่าเขาไม่ได้กระทำผิดแต่อย่างใด