หลังจากที่มีลูกค้าร้องเรียนว่า ได้ใช้บริการผ่านแอปพลิเคชันชอปปิ้งออนไลน์แห่งหนึ่ง โดยผูกบัญชีธนาคารเพื่อชำระค่าสินค้าและบริการ แต่กลับเกิดความผิดพลาดถูกตัดจ่ายอัตโนมัติเป็นจำนวนหลายหมื่นบาทโดยไม่ทราบสาเหตุ จนเกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์ในวงกว้าง ทาง Shopee ก็ได้มีการแจ้งเตือนปรับปรุงระบบการผูกบัญชีของธนาคารต่างๆ อย่างต่อเนื่อง
ล่าสุด วันที่ 5 ธันวาคม Shopee ได้ส่งข้อความแจ้งถึงผู้ใช้แอพพลิเคชั่นว่า ประกาศ : เปลี่ยนแปลงช่องทางการชำระเงิน Shopee จะเริ่มทำการปิดช่องทาง "การชำระผ่านบัญชีธนาคาร" เป็นการถาวร ตั้งแต่ 6 ธ.ค.65 เป็นต้นไป โดยคุณสามารถชำระเงินผ่าน พร้อมเพย์, ShopeePay หรือช่องทางอื่นๆ ได้ตามปกติ"