ศาลปกครองสูงสุดมีคำพิพากษาแก้คำพิพากษาของศาลปกครองชั้นต้น เป็นให้เพิกถอนคำสั่งของผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร ตามคำสั่งกรุงเทพมหานคร ที่ 5313/2551 ลงวันที่ 29 ธันวาคม 2551 ที่ให้ลงโทษปลดคุณหญิงณัษฐนนท ทวีสิน อดีตปลัดกรุงเทพมหานคร ออกจากราชการ และเพิกถอนคำวินิจฉัยอุทธรณ์ของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ที่ให้ยกอุทธรณ์ของคุณหญิงณัษฐนนท โดยให้มีผลย้อนหลังนับแต่วันที่มีคำสั่งและคำวินิจฉัยดังกล่าว
คดีนี้สืบเนื่องจากคุณหญิงณัษฐนนท ยื่นฟ้องว่ากรุงเทพมหานครกับพวกรวม 4 คน มีคำสั่งลงโทษปลดออกจากราชการ โดยอ้างว่าเมื่อครั้งคุณหญิงณัษฐนนท ดำรงตำแหน่งปลัดกรุงเทพมหานคร กระทำผิดวินัยกรณีจัดซื้อรถดับเพลิงและเรือดับเพลิงพร้อมอุปกรณ์บรรเทาสาธารณภัยของกรุงเทพมหานคร โดยละเว้นไม่ตรวจสอบเอกสารที่เกี่ยวข้องกับการเสนอราคาดังกล่าวให้ถูกต้องตามกฎหมายและระเบียบ ทำให้การกระทำผิดโดยการลงนามในข้อตกลงซื้อขายกับบริษัท STEYR-DAIMLER-PUCH SPEZIALFAHRZEUG AG&CO KG บรรลุผล ซึ่งตัวเองได้อุทธรณ์คำสั่งดังกล่าวแล้ว แต่มีการยกอุทธรณ์ตามหนังสือลงวันที่ 24 กันยายน 2553 จึงเป็นเหตุให้เดือดร้อนเสียหาย
ส่วนที่ศาลปกครองสูงสุดสั่งเพิกถอนคำสั่งปลดออก ให้เหตุผลว่าเนื่องจากศาลเห็นว่า คณะกรรมการ ป.ป.ช. ได้มีหนังสือแจ้งมติของคณะกรรมการ ป.ป.ช. ให้กรุงเทพมหานครทราบว่า ในกรณีของคุณหญิงณัษฐนนท นั้น เป็นกรณีที่มีมูลความผิดทางวินัยอย่างร้ายแรงฐานประมาทเลินเล่อในหน้าที่ราชการอันเป็นเหตุให้เสียหายแก่ราชการอย่างร้ายแรง ซึ่งอนุกรรมการข้าราชการกรุงเทพมหานครวิสามัญเกี่ยวกับกฎหมายและพิพทักษ์ระบบคุณธรรม หรือ อ.ก.ก. สามัญในการประชุม ครั้งที่ 6/2551 เมื่อวันที่ 26 ธันวาคม 2551 ได้มีมติให้ปลดคุณหญิงณัษฐนนทออกจากราชการ และต่อมาผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานครได้มีคำสั่งกรุงเทพมหานครที่ 5313/2551 ลงวันที่ 29 ธันวาคม 2551 ลงโทษปลดคุณหญิงณัษฐนนทออกจากราชการ ตั้งแต่วันที่ 30 กันยายน 2549 ซึ่งเป็นวันสิ้นปีงบประมาณที่ คุณหญิงณัษฐนนท ได้พ้นจากราชการตามกฎหมายว่าด้วยบำเหน็จบำนาญข้าราชการเป็นต้นไป อันเป็นการลงโทษคุณหญิงณัษฐนนทในความผิดทางวินัยอย่างร้ายแรง โดยมิได้มีการตั้งคณะกรรมการสอบสวนทางวินัยขึ้นทำการสอบสวนทางวินัย ตามมาตรา 102 วรรคสอง พ.ร.บ.ระเบียบข้าราชการพลเรือน พ.ศ. 2535 และเมื่อคณะกรรมการ ป.ป.ช. มีหนังสือแจ้งให้กรุงเทพมหานครลงโทษคุณหญิงณัษฐนนท อันมิใช่ในความผิดทางวินัยฐานทุจริตต่อหน้าที่ หนังสือฉบับดังกล่าวของคณะกรรมการ ป.ป.ช. จึงเป็นเพียงการชี้มูลความผิดทางวินัยนอกเหนืออำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการ ป.ป.ช. กรุงเทพมหานครจึงไม่อาจถือเอารายงานเอกสาร และความเห็นของคณะกรรมการ ป.ป.ช. เป็นสำนวนการสอบสวนทางวินัยของคณะกรรมการสอบสวนทางวินัยได้
ดังนั้น เมื่อไม่ได้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการสอบสวนทางวินัย ตามนัยมาตรา 102 วรรคสอง พ.ร.บ.ระเบียบข้าราชการพลเรือน พ.ศ. 2535 การที่ผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร ออกคำสั่งกรุงเทพมหานครลงโทษปลดคุณหญิงณัษฐนนทออกจากราชการในความผิดวินัยอย่างร้ายแรงฐานประมาทเลินเล่อในหน้าที่ราชการ อันเป็นเหตุให้เสียหายแก่ราชการอย่างร้ายแรง ตามมาตรา 84 วรรคสอง แห่งพ.ร.บ.ระเบียบข้าราชการพลเรือน พ.ศ. 2535 ดังกล่าว จึงเป็นการกระทำโดยไม่ถูกต้องตามรูปแบบขั้นตอน หรือวิธีการอันเป็นสาระสำคัญที่กฎหมายกำหนดไว้สำหรับการกระทำนั้น คำสั่งลงโทษทางวินัยคุณหญิงณัษฐนนท จึงเป็นคำสั่งที่ไม่ชอบด้วยกฎหมาย เมื่อคำสั่งดังกล่าวไม่ชอบด้วยกฎหมายแล้ว คำวินิจฉัยอุทธรณ์ของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ที่ให้ยกอุทธรณ์ของผู้ฟ้องคดี จึงเป็นคำสั่งที่ไม่ชอบด้วยกฎหมายเช่นเดียวกัน