พายุฮากีบิสสร้างความเสียหายอย่างหนักให้ญี่ปุ่น หลายพื้นที่มีปริมาณฝนมากเป็นประวัติการณ์ ขณะที่ตัวเลขล่าสุดมีผู้เสียชีวิตแล้วอย่างน้อย 37 คน บาดเจ็บ 189 คน และสูญหายอีก 17 คน ทางการระบุว่าเขื่อนป้องกันน้ำท่วมตามริมฝั่งแม่น้ำพังถล่มถึง 21 แห่ง ส่งผลให้เกิดน้ำท่วมเป็นบริเวณกว้าง ประชาชนจำนวนมากต้องติดค้างอยู่ตามบ้านเรือน เจ้าหน้าที่กู้ภัยต้องใช้เฮลิคอปเตอร์เข้าไปช่วยอพยพ
นอกจากนี้ สะพานรถไฟแห่งหนึ่งยังพังถล่มลงไปในแม่น้ำ และจำเป็นต้องระงับให้บริการรถไฟบางส่วนจากภาวะน้ำท่วม บ้านเรือนในหลายพื้นที่ถูกไต้ฝุ่นพัดถล่มพังราบคาบ
ขณะที่นายกรัฐมนตรีชินโซ อาเบะ สั่งการให้เจ้าหน้าที่เพิ่มรถสูบน้ำ เพื่อระบายน้ำที่ท่วมขัง และให้การช่วยเหลือผู้ประสบภัยอย่างเต็มที่