การรถไฟแห่งประเทศไทย ( ร.ฟ.ท.) แจ้งว่า ตั้งแต่วันที่ 15 มกราคม 2561 เป็นต้นไป ฝ่ายโครงการพิเศษ และก่อสร้างจะดำเนินการเบี่ยงแนวเส้นทางรถไฟสายใต้ ระหว่างสถานีชุมทางบางซื่อ – สถานีบางบำหรุ (ช่วงจากโรงรถจักรบางซื่อ – คลองเปรมประชากร) เพื่อทำการก่อสร้างอุโมงค์ถนนลอดทางรถไฟในโครงการก่อสร้างระบบรถไฟชานเมืองสายสีแดง จึงจะส่งผลกระทบให้ขบวนรถโดยสารสายใต้ทั้งเที่ยวขึ้น และเที่ยวล่องบางขบวนอาจจะล่าช้ากว่ากำหนดเวลาเดิม เนื่องจากจะต้องรอหลีกกันที่สถานีชุมทางบางซื่อ หรือสถานีบางบำหรุ ประมาณ 25 - 30 นาที( หรืออาจจะมากกว่าในกรณีมีขบวนรถหนาแน่นในช่วงเช้าและเย็น) เพราะจากปกติเป็นทางคู่ เมื่อมีการเบี่ยงทางจะเหลือทางให้ขบวนรถวิ่งร่วมกันเพียงทางเดียว ทั้งนี้จะใช้เวลาในการก่อสร้างประมาณ 1 ปี