สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี(สลค.) ออกหนังสือเวียนถึงรองนายกรัฐมนตรีทุกคน ทุกกระทรวง และเลขาธิการคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) เรื่องข้อสั่งการของนายกรัฐมนตรี ลงวันที่ 1 มิถุนายน 2560 โดยระบุว่า สืบเนื่องจากการประชุมคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม ที่ผ่านมา พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี มีข้อสั่งการว่า เนื่องจากสภาพอากาศในระยะต่อไปจะมีฝนตกอย่างต่อเนื่อง รวมทั้งมีความเสี่ยงที่จะเกิดพายุโซนร้อนและพายุไซโคลนพัดผ่านประเทศไทย จึงให้กระทรวงมหาดไทยร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เตรียมแผนอพยพประชาชนจากพื้นที่ที่มีความเสี่ยงน้ำป่าไหลหลาก รวมทั้งเตรียมพื้นที่แก้มลิงรองรับปริมาณน้ำที่ไหลจากภาคเหนือลงสู่ตอนกลางของประเทศ ตลอดจนการให้ความช่วยเหลือประชาชนที่อาจได้รับผลกระทบจากการเกิดน้ำท่วมด้วย พร้อมสั่งการให้กระทรวงมหาดไทยศึกษาแผนบริหารจัดการน้ำของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เพื่อใช้ประกอบการดำเนินการแก้ไขปัญหาน้ำท่วมขังในแต่ละพื้นที่ต่อไป