ผช.ศ.ดร.บังอร เบ็ญจาธิกุล อธิการบดีมหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรี ทำหนังสือลงวันที่ 17 เมษายน 2560 ถึง ดร.สุภัทร จำปาทอง เลขาธิการคณะกรรมการการอุดมศึกษา (กกอ.) ชี้แจงข้อมูลหลักสูตรจำนวน 6 หลักสูตร ที่ปรากฎเป็นข่าวว่าไม่เป็นไปตามมาตรฐานอุดมศึกษา ว่า ปัจจุบันมหาวิทยาลัยได้ดำเนินการไปแล้วดังนี้
1.หลักสูตรนิเทศศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิทยุกระจายเสียงและวิทยุโทรทัศน์ หลักสูตรใหม่ พ.ศ.2553 มหาวิทยาลัยงดรับนักศึกษาตั้งแต่ปีการศึกษา 2558 จนถึงปัจจุบันและปิดหลักสูตรเมื่อนักศึกษาสำเร็จการศึกษาหรือพ้นสภาพนักศึกษาทั้งหมดแล้ว ซึ่งสภามหาวิทยาลัยอนุมัติเมื่อวันที่ 13 ตุลาคม 2559 โดยมีนักศึกษาคงค้างอยู่จำนวน 104 คน มหาวิทยาลัยได้จัดการเรียนการสอนเป็นไปตามเกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรครบถ้วน อนึ่งสภามหาวิทยาลัยได้อนุมัติให้เปิดหลักสูตรใหม่ คือหลักสูตรนิเทศศาสตรบัณฑิต สาขาวิชานวัตกรรมการออกแบบสื่อและการผลิตสื่อ (หลักสูตรใหม่ พ.ศ.2558)
2.หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการท่องเที่ยวและการโรงแรม หลักสูตรใหม่ พ.ศ.2550 มหาวิทยาลัยงดรับนักศึกษาตั้งแต่ปีการศึกษา 2556 โดยสภามหาวิทยาลัยอนุมัติให้งดรับนักศึกษา เมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม 2557 ปัจจุบันนักศึกษาสำเร็จการศึกษาไปหมดทุกคนแล้ว และมหาวิทยาลัยปิดหลักสูตร โดยสภามหาวิทยาลัยอนุมัติให้ปิดหลักสูตรเมื่อวันที่ 13 ตุลาคม 2559 อนึ่ง สภามหาวิทยาลัยได้อนุมัติให้เปิดหลักสูตรใหม่ คือหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิตสาขาวิชาการท่องเที่ยว หลักสูตรใหม่ พ.ศ.2556 และ หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการโรงแรม หลักสูตรใหม่ พ.ศ.2556
ก่อนหน้านี้ คณะกรรมการการอุดมศึกษา หรือ กกอ. เปิดเผย 10 มหาวิทยาลัยเอกชน ที่จัดการศึกษาไม่เป็นไปตามมาตรฐานอุดมศึกษา พร้อมหลักสูตรที่มีปัญหากับนักศึกษาและประชาชนได้รับทราบ หากเลือกเรียนแล้วจะมีปัญหาเรื่องคุณภาพ โดยหนึ่งในนั้นมี มหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรี และมี 6 หลักสูตร ที่ไม่เป็นไปตามมาตรฐานอุดมศึกษา
1.หลักสูตรนิเทศศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิทยุกระจายเสียงและวิทยุโทรทัศน์ หลักสูตรใหม่ พ.ศ.2553 มหาวิทยาลัยงดรับนักศึกษาตั้งแต่ปีการศึกษา 2558 จนถึงปัจจุบันและปิดหลักสูตรเมื่อนักศึกษาสำเร็จการศึกษาหรือพ้นสภาพนักศึกษาทั้งหมดแล้ว ซึ่งสภามหาวิทยาลัยอนุมัติเมื่อวันที่ 13 ตุลาคม 2559 โดยมีนักศึกษาคงค้างอยู่จำนวน 104 คน มหาวิทยาลัยได้จัดการเรียนการสอนเป็นไปตามเกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรครบถ้วน อนึ่งสภามหาวิทยาลัยได้อนุมัติให้เปิดหลักสูตรใหม่ คือหลักสูตรนิเทศศาสตรบัณฑิต สาขาวิชานวัตกรรมการออกแบบสื่อและการผลิตสื่อ (หลักสูตรใหม่ พ.ศ.2558)
2.หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการท่องเที่ยวและการโรงแรม หลักสูตรใหม่ พ.ศ.2550 มหาวิทยาลัยงดรับนักศึกษาตั้งแต่ปีการศึกษา 2556 โดยสภามหาวิทยาลัยอนุมัติให้งดรับนักศึกษา เมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม 2557 ปัจจุบันนักศึกษาสำเร็จการศึกษาไปหมดทุกคนแล้ว และมหาวิทยาลัยปิดหลักสูตร โดยสภามหาวิทยาลัยอนุมัติให้ปิดหลักสูตรเมื่อวันที่ 13 ตุลาคม 2559 อนึ่ง สภามหาวิทยาลัยได้อนุมัติให้เปิดหลักสูตรใหม่ คือหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิตสาขาวิชาการท่องเที่ยว หลักสูตรใหม่ พ.ศ.2556 และ หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการโรงแรม หลักสูตรใหม่ พ.ศ.2556
ก่อนหน้านี้ คณะกรรมการการอุดมศึกษา หรือ กกอ. เปิดเผย 10 มหาวิทยาลัยเอกชน ที่จัดการศึกษาไม่เป็นไปตามมาตรฐานอุดมศึกษา พร้อมหลักสูตรที่มีปัญหากับนักศึกษาและประชาชนได้รับทราบ หากเลือกเรียนแล้วจะมีปัญหาเรื่องคุณภาพ โดยหนึ่งในนั้นมี มหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรี และมี 6 หลักสูตร ที่ไม่เป็นไปตามมาตรฐานอุดมศึกษา