จากกรณีที่ นายกสมาคมการค้าส่ง-ปลีกไทย ออกมาตั้งข้อสังเกตว่า โครงการร้านถูกใจที่กระทรวงพาณิชย์จัดทำขึ้น เป็นการนำงบประมาณไปสนับสนุนราคาสินค้าให้ต่ำลง เพื่อให้ประชาชนได้รับของถูก นางวัชรี วิมุกตายน อธิบดีกรมการค้าภายใน กระทรวงพาณิชย์ ยืนยันว่า ไม่เป็นความจริง เพราะการใช้งบประมาณของภาครัฐจะนำไปช่วยเหลือด้านค่าขนส่งและการกระจายสินค้า รวมทั้งการปรับปรุงตกแต่งร้านให้กับร้านค้าปลีกที่สมัครเข้าร่วมโครงการร้านถูกใจเท่านั้น ในส่วนของราคาสินค้าที่ถูกกว่าท้องตลาดเป็นสิ่งที่บริษัทผู้ผลิตสินค้ายอมลดราคาลง เพื่อที่จะเข้าร่วมโครงการร้านถูกใจกับรัฐบาลเอง โดยไม่มีการตั้งงบประมาณในการสนับสนุนในส่วนนี้ และเมื่อมีการปรับเปลี่ยนบริษัทในการจัดส่งสินค้าแล้ว เชื่อว่าจะทำให้การกระจายสินค้าทำได้รวดเร็วขึ้น